直接药敏试验法在血液细菌检测中的价值分析

观察直接药敏试验法在血液细菌检测中的应用价值。选择白龙江林业管理局中心医院进行检查的286例患者作为本次研究对象,在无菌操作方式下抽取所有患者静脉血样本20m L,分为2份各10m L,其中一份血液样本使用常规药敏试验法进行检测,另一份血液样本使用直接药敏试验法进行检测。以常规药敏试验结果作为标准,观察直接药敏试验法细菌鉴定结果,并比较两种检测方法所用时间。常规药敏试验法结果显示286例血液样本中,革兰氏阳性菌117例,革兰氏阴性菌169例。直接药敏试验法结果显示革兰氏阳性菌108例,革兰氏阴性菌165例,13例血液样本未检出,直接药敏试验法细菌鉴定符合率较高。常规药敏试验法所用时间为48~72h,平均(61.85±4.37)h,直接药敏试验法所用时间为8~15h,平均(11.64±3.15)h,直接药敏实验法所用时间明显比常规药敏实验法所用时间短,差异具有统计学意义(P0.05)。在血液细菌检测中应用常规药敏试验法与直接药敏试验法检出度均较高,其中直接药敏试验法检测所用时间更短,能迅速有效对血液细菌进行检测,值得临床推广使用。     

基于类不平衡学习的蛋白质与金属离子交互位点预测

为了提高蛋白质与金属离子的交互位点(PMIIS)预测的准确率,从解决数据分布不平衡问题出发,提出了1种结合下采样与上采样方法的类不平衡学习算法。同时对多数类样本与少数类样本进行采样,在补充少数类样本信息的同时,减少多数类样本的冗余信息。基于该文类不平衡学习算法与支持向量机(SVM),设计了1种基于序列信息的预测方法。为了客观评价PMIIS的预测性能,构建了领域内较为完备的、含有蛋白质与Zn~(2+)、Ca~(2+)与Fe~(3+)交互位点的标准数据集。在此数据集上的实验结果表明,该文预测方法在蛋白质与Zn~(2+)、Ca~(2+)与Fe~(3+)交互位点预测问题上的平均马氏相关系数(MCC)为0.646,优于TargetS与IonCom。     

关于7,7,8,8-四氰基对苯醌与药物荷移反应的研究

氟罗沙星(FLX)和左旋氧氟沙星(LVFX)是一类临床广泛应用的人工合成抗菌素.该类药物对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌均有强的抑制作用.     

基于全基因组测序的粘绿木霉Gv29-8中分泌蛋白预测

粘绿木霉Gv29-8作为木霉属中重要的生防菌之一,对该菌分泌蛋白进行预测及其特征进行明确具有重要的理论意义。利用SignalP、ProtComp等预测程序对该菌中12427条蛋白质序列进行分泌蛋白找寻,并对上述分泌蛋白的氨基酸分布、信号肽长度大小及切割位点等性质进行分析。粘绿木霉含有分泌蛋白为377个,其氨基酸长度、信号肽长度与植物病原菌不同;信号肽切割位点属于A-X-A类型,与其他已经报道的植物病原真菌、卵菌中分泌蛋白信号肽切割位点一致。     

含3-芳基吡唑的饶丹宁衍生物的合成及抗菌活性评价

目的设计合成一系列含芳基吡唑的饶丹宁衍生物,用于抗菌活性的筛选。方法以盐酸氨基脲和不同取代的苯乙酮为起始原料,经亲核取代消除反应、维尔斯迈尔—哈克反应和缩合反应,得到了12个的3-芳基吡唑缩饶丹宁衍生物。采用连续稀释法评价12个化合物对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的抑制活性。结果所合成化合物对革兰氏阴性菌未见抑制活性,部分化合物对革兰氏阳性菌显示出一定的抗菌活性,其中化合物3j对金黄色葡萄球菌(CMCC(B)26003)的抑菌活性MIC值达到32μg/mL。结论本研究合成的3-芳基吡唑缩饶丹宁衍生物对革兰氏阳性菌具有较弱的抑制活性,虽然活性强度未能达到预期目的,但该研究进一步丰富了饶丹宁类衍生物的抗菌构效关系,为新的抗菌活性化合物乃至候选药物的发现奠定了基础。     

苯基吡唑缩氨基胍衍生物的合成及其抗菌活性研究

目的设计合成一系列苯基吡唑缩氨基胍衍生物,用于抗菌活性的筛选。方法以苯乙酮与盐酸氨基脲为原料,经亲核加成反应、Vilsmeier-Haack反应、亲核取代反应和缩合反应得最终产物4a～4j和5a～5c。采用连续稀释法评价13个化合物对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的抑制活性。结果部分化合物对革兰氏阳性菌和阴性菌显示出一定的抑制活性,其中化合物5c对各种测定菌株均显示出抑制活性,对枯草芽孢杆菌(CMCC 63501)的抑菌活性MIC值达到16μg/mL。结论本研究合成的苯基吡唑缩氨基胍衍生物对所选择的革兰氏阳性菌和阴性菌具有一定的抑制活性,虽然活性强度未能达到预期目的,但该研究进一步丰富了缩氨基胍衍生物的抗菌构效关系,为新的抗菌活性化合物乃至候选药物的发现奠定了基础。     

巴东冬凌草的抗菌活性研究

对产自巴东的冬凌草鲜叶的水提物进行了抗菌活性研究,以平板菌落计数法进行了抑菌实验.结果表明:巴东冬凌草鲜叶的水提物具有广谱的抗菌活性,对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌均有抑制作用,对革兰氏阳性菌的抗菌活性要比对革兰氏阴性菌的高;对枯草芽孢杆菌和绿脓杆菌具有杀灭作用.     

HIV-1 Tat与P-TEFb复合物的分子动力学模拟及结合自由能计算

P-TEFb结构中与Tat蛋白的结合位点是新型抗HIV-1药物设计和虚拟筛选的重要靶标.对含有两个锌指结构的Tat.P-TEFb复合物体系进行了14ns的分子动力学模拟,应用MM-PBSA/GBSA方法计算体系的结合自由能,以及通过基于氨基酸残基的能量分解来探究体系中蛋白质之间的相互作用.结果表明范德华作用能是复合物形成的主要驱动力,Cys261与ZN88之间的配位作用是结合自由能的最大贡献者.根据Tat.P-TEFb体系的动力学结构信息和残基能量分解结果预测了P-TEFb结构中可能的活性位点.位点Ⅰ和位点Ⅱ应可作为基于受体三维结构的抗HIV-1药物分子设计的起始位点.模拟计算的结果可以为进一步指导药物设计奠定基础.     

新型双季铵盐复合抗菌剂的合成与抗菌活性的研究

为了解决细菌耐药性增强的问题,文中合成了一系列新型的双季铵盐/纳米溴化银抗菌复合材料.用质谱(MS)、核磁共振氢谱(1H-NMR)、红外(FTIR)和动态光散射(DLS)对合成的产物进行了分析,采用了最低抑菌浓度(MIC)对复合材料的抗菌性能进行了评估.结果表明:双季铵盐/纳米溴化银复合材料对革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌具有很好的抗菌效果.     

一种基于近邻样本评估的动态选择性集成预测算法

针对现有的动态选择策略局限于寻找待测样本的局部相似样本,未充分考虑样本特征之间的重要性程度,从而对预测精度造成影响的问题,该文提出一种基于近邻样本评估的动态选择性集成预测算法。算法基于误差扰动度量出特征的重要性权值,并在此基础上进行样本近邻的相似性度量。根据不同的待测样本特点自动适应近邻数目,找到最佳近邻。通过最佳近邻对具有不同预测精度的学习器的性能评估,择优筛选出精度较高的学习器进行选择性集成预测。实验结果表明,相比原有集成学习算法和普通选择性集成算法,该算法预测精度得到进一步提升,表现出良好的预测效果和较强的预测性能。     

基于全基因组序列的核桃细菌性黑斑病菌分泌蛋白的预测及特征分析

【目的】充分了解核桃黑斑病菌的侵染机制。【方法】以全基因组序列已经公布的7个核桃细菌性黑斑病菌菌株CFBP2528、CFBP7179、CFBP8253、DW3F3、J303、NCPPB1447、Xaj417等所具有的蛋白序列为预测数据,基于分泌蛋白所具有的主要特征,利用SignalP v4.1、ProtCompB v9.0、TMHMM v2.0、big-PI Fungal predictor、TargetP v1.1、LipoP v1.0等在线分析程序对分泌蛋白进行预测,同时分析其氨基酸组成及分布、信号肽长度、信号肽切割位点等特征。【结果】核桃细菌性黑斑病菌的分泌蛋白平均为74个,其氨基酸长度多集中于101～400氨基酸,所占比例为63.65%。信号肽氨基酸残基中以A最多,所占比例为22.04%; 其次是L,所占比例为19.27%。信号肽长度以19～29个氨基酸的最多,所占比例为79.62%,信号肽切割位点属于A-X-A类型。【结论】核桃细菌性黑斑病菌中分泌蛋白的有效预测,可为深入解析核桃细菌性黑斑病菌中分泌蛋白在侵染过程中所发挥的功能提供理论依据。     

110例下呼吸道感染致病菌及药敏分析

本组110例下呼吸道感染患者经痰菌培养分离出的122株致病菌中革兰氏阴性菌106株,占86.9％,显著多于革兰氏阳性菌。其中铜绿假单胞菌检出率最高(40/106),依次为肺炎克雷白氏菌(25/106)、大肠埃希氏菌(12/106)等。药敏试验结果显示不同致病菌对不同抗生素的敏感性不一。但有近半数抗生素的总敏感率在50％以下,表明耐药严重,应高度重视合理选用抗生素。     

中国不同地区蜂胶的抑菌性研究

蜂胶具有显著的抑菌性,常被做成药品或保健品.为了解中国蜂胶的抑菌性,本实验以采自中国23个省的29种蜂胶(根据采集地气候区域分为5类)为研究对象,分别提取获得蜂胶醇提物(EEP),并测定了EEP对枯草杆菌、金黄色葡萄球菌、产气杆菌、大肠杆菌、变形杆菌、毛霉、青霉、曲霉、根霉的抑菌圈大小和最小抑菌浓度,比较不同气候区域蜂胶的抑菌性差异.结果表明,EEP对革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和真菌均有明显的抑菌性,平均抑菌圈直径分别为:9.88mm±1.47 mm、8.75 mm±1.56 mm和10.01 mm±0.65 mm,EEP对真菌的抑菌性最强,其次为革兰氏阳性菌,最弱为革兰氏阴性菌;9个菌种中,EEP对变形杆菌的抑菌性最差,对根霉的抑菌性最好;不同气候区域蜂胶的EEP抑菌性没有显著差异.     

基于SVM的革兰氏阴性菌分泌系统蛋白识别方法

本文提出了一种基于SVM快速识别革兰氏阴性菌分泌系统蛋白的方法.该方法以氨基酸组成和位置特异性得分矩阵为最优特征集,充分考虑了蛋白质的序列信息及进化信息.实验结果表明,本文提出的方法对革兰氏阴性菌分泌系统蛋白具有较好的预测性能,可作为细菌分泌系统研究的有益补充.     

尼古丁微生物降解代谢机制和应用的研究进展

为进一步了解利用生物降解消除环境中尼古丁污染的最有前景的方法,综述了国内外尼古丁降解微生物、尼古丁降解代谢途径(真菌的去甲基化途径、革兰氏阳性菌的吡啶和吡咯途径、革兰氏阴性菌吡啶与吡咯途径的混合途径)、降解基因簇及其在环保和药学领域的应用,旨在为微生物降解尼古丁的深入研究和应用提供参考.     

基于加权PSSM直方图和随机森林集成的蛋白质交互作用位点预测

为了提高蛋白质相互作用位点预测的精度,该文基于蛋白质位置特异性得分矩阵(Position specific scoring matrix,PSSM),提出了一种新的加权得分矩阵直方图特征表示方法;针对训练数据的极端不平衡,结合下采样和分类器集成方法,训练随机森林集成分类器。相对于传统的特征,该文所提新特征具有更低的维数,同时拥有更好的鉴别性。分类器集成则缓解了下采样带来的信息丢失,并提高了分类精度。实验结果验证了所述方法是有效的,在标准数据集上的结果优于其他最新的蛋白质相互作用位点预测方法。     

外刊

正Cell Research本期的封面聚焦在炎症以及关于胞外菌的细胞内检测。所谓胞外菌,是指寄居在宿主细胞外的细菌,其中以革兰阳性菌作为研究对象。革兰阳性菌是根据对细菌进行革兰氏染色的结果来区分的。如果将细菌进行革兰氏染色,凡染后菌体呈伊红色,称"革兰氏阴性菌"。其中我们熟知的大肠杆菌就属于革兰阴性菌中的肠杆菌科,阴性菌会引起军团菌病,这种病多流行于夏秋季节,治疗不当,死亡率可达15%。最近的一份报告表明,细胞外膜囊泡(OMVS)外的革兰阴性菌LPS可以传递到宿主细胞的细胞质中。通过改变检测方式,可以更快速精确地察觉到胞外菌的入侵。     

基于核酸物化属性显著性约简的m~6A位点识别

为了提高核糖核酸(RNA)序列上6-甲基腺嘌呤(m~6A)位点的预测精度,该文提出一种新的基于核酸物化属性显著性度量的K重选择启发式约简算法。通过该算法获得K个物化属性约简子集来重新编码RNA样本,并结合支持向量机(SVM)训练得到K个基分类器,再通过分类器融合方法构建了m~6A位点预测器。最后,在相同的基准数据上,采用留一法交叉验证分别验证了伪二核苷酸成分分析和自协方差与互协方差变换两种典型的基于核酸物化属性的特征表示算法。实验结果表明,该文算法可显著提高m~6A位点预测的总体性能。     

某医院感染性病原菌分布及耐药性分析

对2012~2014年间某综合医院心脏中心感染性病原菌的构成及细菌耐药性变迁进行回顾性分析,为抗菌药物的合理使用提供依据.以痰液和尿液为主要标本来源,分离出177株病原菌,其中140株革兰氏阴性菌(79.1%),37株革兰氏阳性菌(20.9%).主要革兰氏阴性菌为大肠埃希菌(16.9%)、铜绿假单胞菌(15.3%)、肺炎克雷伯菌(14.1%)和鲍曼不动杆菌(12.4%).主要革兰氏阳性菌为金黄色葡萄球菌(12.4%).MRSA检出率为72.7%.大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌对阿米卡星、亚胺培南和美洛培南的敏感性高;铜绿假单胞菌对阿米卡星和美洛培南的敏感性高;不动杆菌属对包括亚胺培南、美罗培南在内的14种抗生素的耐药率均超过30%,金黄色葡萄球菌对青霉素、喹诺酮类、大环内酯类等大多数抗生素耐药,对万古霉素和替考拉宁敏感.2012~2014年我院心脏中心住院患者感染病原菌中革兰氏阴性菌占优势,病原菌主要来自呼吸道细菌耐药性仍然形势严峻,应加强对细菌耐药性监测.     

基于卷积神经网络的基因剪接位点预测

研究剪接位点可以更深入地探索剪接机制和基因预测方法,准确预测剪接位点至关重要。基于深度学习技术提出一种新的预测方法,无需人工提取样本特征,以基因序列的K-MER编码向量作为输入,采用训练后的卷积神经网络(CNN)模型进行预测。基于人类基因HS3D供体数据集,与传统机器学习方法进行预测比较,结果表明预测模型的主要性能指标,包含马修斯相关系数(MCC)、灵敏度(SN)均超过传统的机器学习方法。