应用多位点数目可变串联重复序列对四川地区结核分支杆菌的基因分型

为了研究四川地区结核分枝杆菌的传播动态,选用12个VNTR位点对2009年1月至2009年12月间采集的结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型研究.结果表明,在80株结核分支杆菌临床分离株中,12个VNTR位点鉴定出7个簇和65单独基因型.HGI指数对12个VNTR位点等位基因多态性的评估表明,选用的12个VNTR位点在临床分离株中表现出高度多态性,它们的HGI值为0.503至0.799.根据此多态性,选取的VNTR 12个位点的组合应用可作为一线分型方法监测四川地区结核分枝杆菌的传播情况.     

四川省结核分枝杆菌基因分型中MIRU VNTR 位点稳定性评价及保守位点分析

本文收集了四川省2009～2013年184株结核分枝杆菌菌株,用标准12 MIRU-VNTR位点组对四川省结核分枝杆菌菌株进行基因分型研究,评估四川地区一线VNTR分型位点的稳定性,确定四川地区保守位点组合及主要MIT型.184株结核分枝杆菌基因分型后得到51个基因型,12个基因型成簇.本研究确定当前四川地区12高分辨力位点VNTR分型方法中的7个MIRU位点依然具有较高的分辩能力（h>055）.MIRU02, MIRU20, MIRU23, MIRU24为多态性最低的4个位点（0 ≤h< 04）,保守位点组的主要MIT型为“2251”.四川省结核分枝杆菌VNTR位点的多态性保持稳定,目前采用的12高分辨力VNTR位点依然稳定可靠.     

四川省结核分枝杆菌基因分型中MIRU-VNTR位点稳定性评价

摘要: 本文收集四川省2009-2013年184株结核分枝杆菌菌株，用标准12 MIRU-VNTR位点组对四川省结核分枝杆菌菌株进行基因分型研究，评估四川地区一线VNTR分型位点的稳定性，确定四川地区保守位点组合及主要MIT型。184株结核分枝杆菌基因分型后得到51个基因型，12个基因型成簇。本研究确定当前四川地区12高分辨力位点VNTR分型方法中的7个MIRU位点依然具有较高的分辩能力（h > 0.55）。MIRU02, MIRU20, MIRU23, MIRU24为多态性最低的4个位点（0 ≤ h < 0.4），保守位点组的主要MIT型为“2251”。四川省结核分枝杆菌VNTR位点的多态性保持稳定，目前采用的12高分辨力VNTR位点依然稳定可靠，本研究首次确定了四川地区保守位点组及主要MIT型，为下一步结核分枝杆菌进化研究奠定了基础。     

VNTR技术用于大理地区结核分枝杆菌基因分型的研究

目的:应用数目可变串联重复序列(VNTR)分子分型技术,对大理地区60株肺结核临床分离株进行分型研究,探讨大理地区菌株DNA多态性及基因型特征。方法:采用VNTR分子分型技术对60株结核分枝杆菌3个VNTR位点进行检测,应用Quantity one软件和BioNumerics 6.6软件进行聚类分析。结果:60株结核分枝杆菌可以分为4个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群),28个基因型。Ⅰ群占15.0%,含有5个基因型,Ⅱ群占31.7%,含有8个基因型,Ⅲ群占40.0%,含有11个基因型,Ⅳ群占13.3%,含有4个基因型。结论:大理地区的结核分枝杆菌存在基因多态性,其主要流行群为Ⅲ群。     

MIRU技术在石河子地区部分结核杆菌基因分型聚类分析中的初步应用

目的采用结核杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interspersed repetitive units,MIRU)分型技术,对石河子地区结核杆菌临床分离株进行基因分型及聚类分析,初步筛选可用于石河子地区结核杆菌临床分离株基因分型的MIRU位点。方法以本实验室保存的结核杆菌临床分离株基因组DNA为模板,采用PCR技术与核酸凝胶电泳技术,分别对7个MIRU位点进行检测,计算分辨指数,应用ntsys2.10e软件对菌株基因型进行聚类分析。结果石河子市33株临床分离株有22种基因型,均与结核杆菌标准株(H37Rv)不同;在石河子地区结核杆菌临床分离株的7个MIRU位点中,分辨率高的位点有1个(MIRU26);中等有2个(MIRU10,MIRU16);低的有3个(MIRU23,MIRU39,MIRU40);有一个位点分辨率为0(MIRU27);石河子地区分离株总HGI指数为:0.966。结论本实验选取的7个MIRU位点中有3个(MIRU26,MIRU10和MIRU16)可用于石河子地区结核杆菌临床分离株初步基因分型。     

乙胺丁醇耐药结核分枝杆菌embB基因分析

了解结核分枝杆菌耐乙胺丁醇(EMB)分离株embB基因突变情况,研究其应用价值。通过聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)和PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)技术分析98株新疆部分地区结核分枝杆菌临床分离株embB基因。以H37Rv标准株为对照,52株药物敏感株的embB基因SSCP均泳动正常,RFLP和测序分析与对照株相同。46株耐EMB分离株中,28株(60.9%)embB基因SSCP泳动异常;5株RFLP分析异常;测序分析5株均为306位密码子突变,为ATG→ATA。部分结核分枝杆菌耐EMB是由于其embB基因突变所致,PCR-SSCP和PCR-RFLP技术可能成为测定部分结核分枝杆菌EMB耐药简便、快速的方法。     

结核分枝杆菌耐链霉素与rpsL和rrS基因的相关性研究

为探讨新疆地区结核分枝杆菌对链霉素(streptomycin,STR)产生耐药性的分子机制,建立直接快速检测结核杆菌STR药物敏感性的方法.应用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)银染分析技术,检测62株结核杆菌临床分离株链霉素耐药性及rpsL和rrS基因变异情况,以结核分枝杆菌标准株(H37Rv)为对照.结果发现62株结核杆菌临床分离株中,32株STR敏感株的rpsL和rrS基因未见SSCP泳动异常,30株STR耐药株中,23株(76.7%)中rpsL(21株)和rrS(5株)基因出现SSCP泳动异常,并且3株出现了rpsL和rrS双基因的SSCP泳动异常.因此,rpsL和rrS基因突变可能是结核分枝杆菌对链霉素产生耐药性的重要分子机制,PCR-SSCP银染技术可作为快速检测结核杆菌STR药物敏感性的方法.     

结核分枝杆菌临床分离株链霉素耐药性的检测及耐药基因突变位点分析

为检测结核分枝杆菌链霉素(streptomycin,SM)耐药性,分析耐药基因突变,探讨DNA测序分析技术在结核分枝杆菌链霉素耐药性检测中的应用价值。采用方法:1、用传统的比例法药敏试验对49株结核分枝杆菌临床分离株进行链霉素耐药性检测。2、用DNA测序分析技术对49株结核分枝杆菌临床分离株进行链霉素耐药相关基因Rpsl和rrs的突变位点分析,筛查耐药相关突变位点。3、探讨DNA测序分析技术对结核分枝杆菌临床分离株进行链霉素耐药性检测的效率。结果:1、传统比例法药敏试验结果显示,49株实验菌株中16株为链霉素耐药株,33株为链霉素敏感株。2、Rpsl基因DNA测序。结果显示:Rpsl基因只存在一个突变位点,为第43位密码子AAG的突变,突变形式为AAG→AGG,氨基酸由赖氨酸(Lys)变为精氨酸(Arg)。rrs基因DNA测序结果发现:rrs基因共存在5个突变位点,分别为第513位碱基A突变为G、第523位碱基A缺失、第598位碱基A突变为G、第599位碱基A缺失、第612位碱基A缺失,其中第513位碱基突变只存在于链霉素耐药株中,其余4个突变位点在耐药株和敏感株中均存在。即初步认为Rpsl基因第43位密码子的突变及rrs基因第513位碱基的突变与结核分枝杆菌链霉素耐药性有关。3、分析Rpsl基因和rrs基因突变与结核分枝杆菌链霉素耐药性之间的关系,结果显示:16株链霉素耐药株中13株存在Rpsl基因第43位密码子的突变,1株存在rrs基因第513位碱基的突变。以传统的比例法药敏结果为参照,以DNA测序分析Rpsl基因或rrs基因发现Ppsl基因发生第43位密码子或rrs基因第513位碱基突变为判断菌株耐药的标准,DNA测序分析技术对结核分枝杆菌链霉素耐药性检测的敏感性为87.5%,特异性为96.97%。由此可知,初步认为Rpsl基因第43位密码子的突变及rrs基因第513位碱基的突变与结核分枝杆菌链霉素耐药性有关。用DNA测序分析结核分枝杆菌Rpsl基因和rrs基因链霉素耐药相关突变,判断结核杆菌链霉素耐药性具有较好的灵敏度和特异性,耗时短,在链霉素耐药结核病的快速诊断方面具有一定的应用价值。     

运用反向斑点杂交技术检测四川地区结核分枝杆菌katG基因315位点的突变

为了检测四川地区结核分枝杆菌KatG基因315位点的突变特点,并建立耐异烟肼结核分枝杆菌快速检测方法。运用反向杂交技术检测四川地区65株耐异烟肼和10株异烟肼敏感结核分枝杆菌KatG基因315位点的突变,并用DNA直接测序法验证杂交结果。结果显示在65株耐异烟肼结核分枝杆菌中,发现41株在KatG基因315位点发生突变,突变率最大的是AGC→ACC,占90％,其次是AGC→AAC和AGC→ATC突变。DNA序列测定结果进一步验证了反向杂交的结果。运用反向杂交技术检测四川地区结核分枝杆菌KatG基因315位点的突变的检出率和特异性分别是63％和100％。反向斑点杂交技术能快速有效地检测四川地区结核分枝杆菌KatG基因315位点的突变。     

四川地区利福平耐药结核分枝杆菌rpoB基因利福平耐药决定区突变分析

本文对268株结核分枝杆菌临床分离株(包括213株利福平耐药株、55株利福平敏感株)rpoB基因RRDR区进行测序并比较分析.结果表明,在213株利福平耐药株中有200株(93.90%)在rpoB基因RRDR区发生了突变,在55株利福平敏感株中RRDR均未发生突变.突变频率最高的类型依次为:531位点(55.87%),526位点(16.43%),516位点(10.33%)和511位点(8.92%),以上四个位点的突变菌株数占所有利福平耐药株的91.55%.四川地区利福平耐药株中511位点突变频率高于全国其他地区.     

结核分枝杆菌小分子热休克蛋白Hsp16.3基因缺失突变菌株对感染小鼠肺泡巨噬细胞凋亡率的影响及其时相性变化

探讨结核分枝杆菌小分子热休克蛋白Hsp16.3基因缺失突变菌株对感染小鼠肺泡巨噬细胞凋亡率的影响及其时相性变化。用激光共聚焦显微镜技术检测及鉴定结核分枝杆菌感染小鼠肺泡巨噬细胞,流式细胞术检测不同时期感染小鼠肺泡巨噬细胞凋亡率,比较结核分枝杆菌Hsp16.3基因缺失突变株与正常株感染小鼠肺泡巨噬细胞凋亡率的时相性变化。激光共聚焦显微镜检测结果显示:结核分枝杆菌国际标准强毒株H37Rv株、结核分枝杆菌国际标准强毒株H37Rv株Hsp16.3基因缺失突变株(△H37Rv)、卡介苗菌株(BCG)以及卡介苗株Hsp16.3基因缺失突变株(△BCG)均被小鼠肺泡巨噬细胞大量吞噬。流式细胞技术检测结果显示:小鼠感染△H37Rv菌株后,巨噬细胞的凋亡率逐渐上升,至感染7d时达到高峰,随后逐渐降低,1～7d内,各时间段△H37Rv感染组巨噬细胞凋亡率均显著高于H37Rv感染组,9～11d内,△H37Rv感染组巨噬细胞凋亡率反而低于H37Rv菌株组,但13～15d内,△H37Rv感染组巨噬细胞凋亡率又呈现出比H37Rv感染组高的现象,差异均有统计学意义(P<0.05)。△BCG组凋亡率1～7d内呈现明显下降趋势,7d后巨噬细胞凋亡率变化趋于平稳,且1～5d内,△BCG组凋亡率显著高于BCG组(P<0.05),7～15d内,△BCG组与BCG组巨噬细胞凋亡率无明显差异。结果表明:与结核分枝杆菌H37Rv株野生株相比,结核分枝杆菌H37Rv株Hsp16.3基因缺失突变株在感染的早期和晚期对小鼠肺泡巨噬细胞有更强的致凋亡作用,而这种致凋亡作用与结核分枝杆菌小分子热休克蛋白Hsp16.3基因的缺失相关,说明在结核分枝杆菌感染的早期和晚期,结核分枝杆菌小分子热休克蛋白Hsp16.3的表达能够抑制宿主巨噬细胞的凋亡。     

新疆维吾尔族人TNFβ-804基因多态性与乙型肝炎易感性的相关性研究

目的:研究TNF-β基因单核苷酸多态性(SNP)804位点与新疆地区维吾尔族人乙型肝炎之间的关系。方法:用套式PCR(nested PCR)和等位基因特异性PCR(allele一speciicfic PCR,AS-PCR)法,对120例乙肝患者和120例正常对照者TNF-β基因SNP804多态性位点进行基因分型。结果:SNP804多态性位点C/C基因型和C/A+AA基因型频率在病例组为77%和23%,正常对照组为88%和12%,两组间基因型和等位基因频率分布差异有显著性(p<0.05)。结论:TNF-β804多态性位点与新疆维吾尔族人乙肝有明显相关性。     

新疆维吾尔族代谢综合征患者CETP基因单体型和连锁不平衡分析

目的探索胆固醇酯转运蛋白(CETP)基因多态位点之间的连锁不平衡和单体型对新疆维吾尔族代谢综合征(MS)及其各组分的影响。方法遵从成组匹配原则,经性别匹配后从前期调查的5692名维吾尔族成年人中随机选择280例代谢综合征患者和291例健康对照者,用多重单碱基延伸单核苷酸多态性(SNP)分型技术检测CETP基因六个位点(rs5882、rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272)多态性。结果(1) rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272位点的基因型和等位基因频率分布在对照组和病例组之间差异有统计学意义(P0. 05)。(2) rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272位点多态性均与维吾尔族MS密切相关(P0. 05)。(3) rs1800775位点多态性与空腹血糖升高、低高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)血症有关; rs3764261与rs12149545位点多态性均与中心性肥胖、空腹血糖升高、高甘油三酯(TG)血症、低HDL-C血症有关; rs711752位点多态性与低HDL-C血症有关; rs708272位点多态性与高TG血症、低HDL-C血症有关。(4) rs3764261位点与rs12149545位点(D’=1. 000,r~2=0. 931),rs711752位点与rs708272位点(D’=1. 000,r~2=0. 996)间存在完全连锁不平衡。(5) A-A-T-A-A-T(P0. 001,OR=0. 435,95%CI=0. 306-0. 620)和G-A-T-A-A-T(P=0. 042,OR=0. 648,95%CI=0. 426-0. 986)单体型在对照组的频率高于病例组。结论 CETP基因位点多态性(rs1800775、rs3764261、rs12149545、rs711752和rs708272)与维吾尔族MS及其各组分间均密切相关; rs3764261位点与rs12149545位点以及rs711752位点与rs708272位点之间存在完全连锁不平衡关系; A-A-T-A-A-T和G-A-T-A-A-T单体型可能是维吾尔族人群中MS的保护因素。     

西安地区耐利福平结核杆菌rpoB基因突变特点

目的 阐明结核分枝杆茵耐利福平菌株rpoB基因的突变特征.方法 对包含81bp的利福平抗药性决定区(rifampicin-resistance determining region,RRDR)的30株结核分枝杆菌临床分离株rpoB基因的PCR产物进行测序分析.结果 18株耐利福平菌株中,除一株发生了513,514位密码子的缺失突变外,其他菌株均发生了单核甘酸替换(单点突变),并且这些突变均发生在rpoB基因的RRDR区内.其中531,526,516位密码子的突变率分别为44.4%,27.8%,16.7%,它们之和为88.9%;12株利福平敏感株中有3株检出了与耐药性有关的基因突变.结论 西安地区结核分枝杆菌耐利福平菌株rpoB基因突变以点突变为主,缺失突变则比较少见.最为常见的突变分别位于531位、526位和516位密码子,其中531位密码子的突变率同其他位相比占有明显优势,且531住TCG→TTG突变在rpoB基因所有突变类型中具有最高的突变频率.     

维吾尔族内皮型一氧化氮合酶基因4a/b VNTR多态性分布特征

 应用聚合酶链式反应(PCR)-琼脂糖凝胶电泳技术, 检测99 例(男性38 例, 女性61 例)无血缘关系的维吾尔族健康人群的内皮型-氧化氮合酶(endothelial nitric oxide synthase, eNOS)基因第4 内含子数目可变性串联重复序列(4a/b VNTR)多态性, 探讨eNOS 基因4a/b VNTR 多态性在中国维吾尔族健康人群中的分布特征。结果发现, 99 例健康维吾尔族人群中, aa 基因型频率为2.02%(4 例), ab 基因型频率为22.22%(22 例), bb 基因型频率为75.76%(75 例)。男女两组基因型和等位基因的分布差异不显著(P=0.194, P=0.382, P>0.05)。aa、ab、bb、ab+bb 基因型的各种生理生化指标用单因素方差分析进行比较, 不同基因型的生理生化指标之间的差异无统计学意义(P>0.05)。维吾尔族eNOS 基因4a/b VNTR 多态性与国内外各民族群体进行比较, 维吾尔族人群eNOS 基因aa+ab 基因型频率显著低于河南汉族、中国台湾汉族、北方汉族和巴西黑人(P<0.05, P< 0.01), 明显高于广东汉族(P=0.050)。a、b、c 3 种等位基因进行比较, 维吾尔族与河南汉族、中国台湾汉族、广东汉族、法国人和巴西黑人有显著性差异(P<0.05, P< 0.01)。结果显示, eNOS 基因4a/b VNTR 多态性符合Hardy-Weinbery 遗传平衡规律(χ²=0.017, P=0.991, P>0.05), 群体具有代表性。由此得出, 维吾尔族eNOS 基因4a/b VNTR 多态性与国内外的一些民族间存在显著性差异。     

维生素D受体基因多态性与新疆哈萨克族结核病的关联研究

为研究维生素D受体(VDR)基因两种多态现象与新疆哈萨克族(哈族)结核病易感性的相关性。采用PCR-RFLP分析的方法分别对213例新疆哈萨克族人群活动性结核病患者及211例有结核分枝杆菌接触史的新疆哈萨克族人群健康对照者进行VDR基因两种多态性(FokI、TaqI)基因分型,探讨它们与新疆哈萨克族结核病易感性的关系。结果显示在病例组中,FF、Ff与ff 3种基因型分别为72例(33.8%)、96例(45.1%)、45例(21.1%),对照组对应基因型为101例(47.9%)、88例(41.7%)、22例(10.4%),病例组ff基因型频率高于对照组((χ2=12.615,P0.05);等位基因f组间分布有统计学意义(χ2=13.8,P0.05)。病例组中TT、Ttt、t 3种基因型分别为191例(89.7%)、19例(8.9%)、3例(1.4%);对照组的相应基因型为183例(86.7%)、23例(10.9%)、5例(2.4%),组间基因型分布差异无统计学意义(χ2=0.577,P0.05)。因此可知,VDR基因FokI多态性与新疆哈萨克族人群结核病易感性有关联,与TaqI多态性无关联;等位基因f可能是新疆哈萨克族人群结核病的易感基因;FokI与TaqI两位点之间不存在连锁不平衡。     

结核分枝杆菌Hsp16．3对感染巨噬细胞凋亡的影响

为研究结核分枝杆菌Hsp16．3对感染巨噬细胞凋亡的影响。分别用结核分枝杆菌国际标准强毒株H37Rv株（H37Rv）、结核分枝杆菌国际标准强毒株H37Rv株Hsp16．3基因缺失突变株（△H37Rv）、卡介苗（BCG）和卡介苗Hsp16．3基因缺失突变株（△BCG）感染RAW264．7巨噬细胞株,使用流式细胞技术于感染1、3、6及12h检测各组感染巨噬细胞的凋亡率,并分析其变化。结果显示,巨噬细胞感染结核分枝杆菌后凋亡率升高,其中在感染1、3、12h,BCG组与H37Rv组比较差异具有统计学意义（P〈O．05）;在感染1、3h,△BCG组与AH37Rv组比较差异具有统计学意义（P〈0．05）;在感染3、6、12h,△H37Rv组与H37Rv组比较差异具有统计学意义（P〈0．05）,△BCG组与BCG组比较差异具有统计学意义（P〈0．05）。由此可知,结核分枝杆菌Hspl6．3可抑制感染巨噬细胞的凋亡。     

牛结核分枝杆菌PstS3基因克隆与序列分析

以牛结核分枝杆菌（Mycobacterium bovis）基因组DNA为模板,克隆PstS3基因,并进行序列测定,然后利用生物信息学软件对其序列进行分析.结果显示,PstS3基因全长1 113 bp,编码370个氨基酸,与GenBank所发表的人结核分枝杆菌PstS3基因的核苷酸同源性为99.82%,氨基酸同源性为99.4%,有1处位点发生有义突变.     

液相芯片快速检测结核耐药基因方法建立

基于Luminex100^TM技术平台,结合多重PCR技术,以5’生物素标记引物为信号指示,在H₉37)RV结核标准株做对照下,对104株结核分枝杆菌分离株的LFP耐药rpoB基因和INH耐药的katG,inhA基因进行检测,并与药敏试验绝对浓度法和测序结果比较.结果表明:液相芯片检出结果与药敏法比较,104株分离株中LFP、INH、多重耐药的检出结果分别为:液态芯片检测73株、50株、48株;药敏检测结果为74株、58株、53株;对比检出率98.6%,86.2%,90.6%.液相基因芯片技术对耐药,耐多药结核的检测,具有特异性高,敏感性强的特点,是检测结核分枝杆菌耐药基因的有效方法,可用于临床检测.     

翘嘴鳜淀粉酶基因SNPs和微卫星位点多态性的检测

本研究主要检测翘嘴鳜淀粉酶(amylase,AMY)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)和微卫星位点多态性.实验采用PCR产物直接测序法(PCR-direct sequencing,PCR-DS)检测翘嘴鳜AMY基因组序列的SNPs和微卫星位点,并使用创造限制酶切位点PCR法(created restriction sites PCR,CRS-PCR)和PCR-DS法对SNPs进行分型,应用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测AMY基因微卫星位点的多态性.实验结果发现AMY基因第1内含子有一个SNP位点A1,第5内含子有3个SNPs位点(A2、A3和A4);此外,第5内含子中还存在一个微卫星位点B1,共检测到4个等位基因,有9种单倍型.在翘嘴鳜群体中,4个SNP位点呈中度遗传多样性,而微卫星位点表现出高度遗传多样性.