呋喃的化学——Ⅰ利用呋喃环的氧化来制取α-氨基酸

1)用卤代烃对呋喃甲酰乙酸乙酯进行烃基化时,除活泼的丙烯式氯苄外,正氯代烃都不能进行反应,但溴或碘代烃则得到正常的产物。2)烃基化产物(Ⅰ)经水解得到呋喃酮(Ⅱ),再经肟还原到相应的胺,经酰基化以保护氨基,最后氧化为α-氨基酸的苯甲酰基衍生物。3)用本文所述方法制得的α-氨基酸衍生物(Ⅳ)R—CH—COOHNH CoC_6 H_5,其中R基为氢,甲基,正-丁基,正-戊基,正-庚基以及苄基。     

配合物稳定性和配体碱性之间的直线自由能关系——铜(Ⅱ)—水杨醛缩氨基硫脲—α—氨基酸三元体系

在25±0.1℃,Ⅰ=0.1mol·dm~(-3)KNO_3条件下,在80％(V/V)DMSOH_2O混合溶剂中,应用pH电位法测定了水杨醛缩氨基硫脲(缩写H_2L,记为A配体),α-氨基酸(缩写α-AA,记为B配体)的酸性离解常数,铜(Ⅱ)—水杨醛缩氨基硫脲,铜(Ⅱ)-α-氨基酸二元配合物和铜(Ⅱ)—水杨醛缩氨基硫脲-α-氨基酸三元配合物的稳定常数。所用的α-氨基酸有甘氨酸,缬氨酸,脯氨酸,丝氨酸和苯丙氨酸。实现发现在logβ_102与PK_2~B,logβ_111与PK_2~B及logβ_111与logβ_102三对参数之间均存在良好的直线自由能关系。用△logK_M和△logβ_111描述了三元配合物相对于二元母体配合物的稳定性。应用溶剂的性质,配体间的疏水作用和堆积作用讨论了配合物的稳定性。     

草酸青霉外切葡聚糖酶CBHⅠ基因的克隆

以草酸青霉SJ1菌株的基因组DNA和总RNA,利用PCR和RT-PCR技术进行扩增得到外切葡聚糖酶CBHⅠ(ExocellobiohydrolaseⅠ)基因的序列.CBHⅠ基因DNA序列全长1 638 bp,无内含子,编码545个氨基酸的多肽,推测其蛋白分子大小约为57 ku,蛋白的p I值为4.90.预测结果表明,CBHⅠ是一种很强疏水性的蛋白,具有43个磷酸化修饰位点,蛋白质三级结构以β-折叠为主,根据蛋白质序列比对分析,推测E236、D238和E241这3个氨基酸为酶的活性位点,为后续利用分子改造方法提高青霉产纤维素酶的能力提供理论依据.     

蚕丝蛋白仿生多肽RAGA16的纳米结构与性能研究

利用天然蛋白质氨基酸序列设计生物仿生材料是近年来兴起的一个热门研究领域.本文中将蚕丝蛋白特征氨基酸序列(Gly-Ala-Gly-Ala-Gly-Ser)部分引入离子互补型多肽RA-DA16-Ⅰ中,设计了新型多肽RAGA16.采用原子力显微镜(AFM)、旋转流变仪(Rheometer)、傅立叶变换红外光谱仪(FTIR)、倒置荧光显微镜等技术对多肽RAGA16的自组装结构、肽链的二级结构、流变学性能以及细胞相容性等进行研究.结果表明,蚕丝蛋白多肽序列引入后,多肽RAGA16具有自组装特性,能够自组装形成致密的纳米级三维网络结构,所形成的水凝胶力学性能明显提高,通过分析得知这可能是由于多肽二级结构中Silk Ⅰ结构成分比例增加所致.荧光染色显示,绝大多数接种于多肽水凝胶中的小鼠前成骨细胞MC3T3-E1能存活,且在不同的三维平面上生长增殖.综上,利用蚕丝蛋白特征序列对RADA16-Ⅰ进行仿生改性后,对拓展多肽材料在生物医学领域的应用具有重要意义.     

猪血氨基酸的制取与分析

目前,我国对猪血的利用,除供食用外,还用作油漆颜料等,但用量都不大。为了进一步开发综合利用猪血,我们对猪血氨基酸的种类和含量作了分析。取新鲜猪血5282克,经酸水解、中和、脱色及溶剂处理等步骤,制得白色复合氨基酸产物Ⅰ219克和浅棕黄色复合氨基酸产物Ⅱ264克。按全血计,复合氨基酸(Ⅰ+Ⅱ)收率约为9%。经氨基酸自动分析仪分析,结果如下:     

第一类鱼抗冻蛋白与天然气水合物吸附结合过程中局部结构变化研究

采用分子动力学模拟方法，计算分析第一类鱼抗冻蛋白(AFP-Ⅰ)在与天然气水合物吸附结合过程中局部结构的变化，并通过AFP-Ⅰ氨基酸突变体模拟结果来进一步说明AFP-Ⅰ抑制水合物生长的作用机理。结果表明，在AFP-Ⅰ与水合物结合过程中分子局部结构发生改变，水合物结合位点(Hydrate-binding site, HBS)处部分氨基酸残基的甲基发生迁移以适应水合物的笼状结构并取代甲烷分子与水合物表面结合。此外，氨基酸突变体模拟表明AFP-Ⅰ侧链上的甲基的缺失会减弱抗冻蛋白与水合物的结合能力。研究结果对研发可降解的天然产物类水合物抑制剂具有参考意义。     

猪肝脏和肌肉肉碱脂酰转移酶Ⅰ基因片段克隆及序列分析

分别从金皮F2代猪的肝脏、第十肋背最长肌中提取总RNA,并根据报道的猪L-CPT ⅠcDNA和M-CPT Ⅰ cDNA序列分别设计引物1和引物2,用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)进行cDNA扩增,获得两条长度分别为733 bp和510 bp的片段,克隆于pUCm-T Vector后进行序列分析.结果表明,长度为733 bp的片段为L-CPT Ⅰ基因cDNA的部分序列,编码243个氨基酸,而长度为510 bp的片段则为M-CPT Ⅰ基因cDNA的部分序列,编码169个氨基酸.得到的两条基因片段与报道的猪L-CPT Ⅰ cDNA和M-CPT ⅠcDNA部分序列同源性分别为99.59%和99.61%.     

Cu(Ⅱ)-α-氨基酸配合物溶液在金电极上的电化学行为

在金电极上,用循环伏安法对Cu(Ⅱ)与甘氨酸(Gly)、亮氨酸(Leu)和组氨酸(His)3种α-氨基酸形成的二元及混配配合物溶液的电化学行为进行了初步研究,并讨论了不同介质的影响.研究结果表明,在-0.20- 0.60V或-0.10- 0.60V(vs.SCE)电位范围内,以KNO3介质或磷酸盐缓冲溶液(pH=7.2)为底液时,Cu(Ⅱ)及其配合物的循环伏安曲线都出现了一对稳定的氧化还原峰,从峰电位可知,此对氧化还原峰应为Cu(Ⅱ)还原为Cu(Ⅰ)的电极反应过程.     

中国软珊瑚化学成份的研究(四)

从软珊瑚sinularia foeta 分离出一个少见的去甲基十四元环二萜内酯(Ⅰ),C_(19)H_(24)O_6.从(Ⅰ)及其六氢化产物(Ⅰ_α)和六氢化二酰化产物(Ⅰ_b)的光谱数据证明了(Ⅰ)的结构.根据它们的光谱数据的相互关系解释了(Ⅰ_α)的内酯羰基红外吸收的偏低和(Ⅰ)的4个带氧的sp~3碳在高分辨率~(13)CNMR 谱中显示的五个信号.此外,还分离出另一个化合物,新的甾醇C_(30)H_(50)O,23乙基-24亚甲基-△~5-胆甾烯-3β卢醇.     

基于mtDNA COⅠ基因的西藏牦牛遗传多样性及系统进化研究

为从分子水平上探讨西藏牦牛的序列多态性、群体遗传多样性和系统进化关系,本研究对17个西藏牦牛类群170个个体的mtDNA COⅠ全序列进行测序,用MEGA5.0、DNASP5.0等软件分析核苷酸组成、单倍型多样性和核苷酸多样性.基于Kimura-2-Parameter双参数模型,分别采用邻近法(NJ)和最大似然法(UPGMA)构建系统进化树,分析不同牦牛类群的亲缘关系和分类.结果表明:①西藏17个牦牛类群的mtDNA COⅠ全序列长度均为1 545 bp,个体间无长度差异,无内含子,起始密码子为AUG(ATG),终止密码子为UAA(TAA),共编码514个氨基酸.T、C、A和G 4种碱基的平均含量分别为29.5%(29.3%~29.8%)、25.5%(25.2%~25.6%)、28.7%(28.6%~28.9%)和16.3%(16.2%~16.5%);A+T的平均含量为58.2%,存在一定的碱基偏倚性.②在17个西藏牦牛类群的170头牦牛中,共发现mtDNA COⅠ有25种单倍型,单倍型多样性值在0~0.978之间,平均单倍型多样性和核苷酸多样性值分别为0.566、0.00326,表明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性.③西藏牦牛mtDNA COⅠ中亮氨酸平均含量最多(11.496%),半胱氨酸平均含量最少(0.1946%).碱性氨基酸、酸性氨基酸的含量分别为6.6171%、4.8627%;亲水性氨基酸、疏水性氨基酸分别为57.39%、42.61%.④基于mtDNA COⅠ,西藏17个牦牛类群可分为2大类,即类乌齐(LWQ)牦牛单独成一类,其它牦牛类群聚为一类.     

半胱氨酸基硫醇配体分子侧链结构对其Ag(Ⅰ)配位聚合物的影响

设计合成了硫醇类配体N-乙酰-L-半胱氨酰基苯胺(L-1)、N-乙酰-L-半胱氨酰基苯酚酯(L-2)和N-乙酰-L-半胱氨酰基乙酯(L-3),并采用紫外-可见光谱、荧光光谱、圆二色(CD)光谱、动态光散射(DLS)和扫描电子显微镜(SEM)等方法研究了乙醇中L-1～L-3与Ag⁺配位后的光谱性质和形貌特征.结果表明:L-1和L-3与Ag⁺形成了配位聚合物,观察到与Ag(Ⅰ)-Ag(Ⅰ)相互作用相关的吸收和荧光光谱信号,但这两个体系的光谱并不相同;而L-2则与Ag⁺形成了配位寡聚物,其对应的吸收和荧光光谱信号均较弱且峰波长较短.Ag(Ⅰ)-L-1和Ag(Ⅰ)-L-3配位聚合物体系中还观察到对应吸收的CD信号,意味着手性氨基酸残基的分子手性已传递至超分子聚合物中与Ag(Ⅰ)-Ag(Ⅰ)相互作用相关的生色团上,这归因于配体侧链间的相互作用;而Ag(Ⅰ)-L-2配位寡聚物体系则无CD信号.据此推测,Ag(Ⅰ)-L-1和Ag(Ⅰ)-L-3配位聚合物中配体侧链间的相互作用可能是氢键作用,且二者的作用模式并不相同.     

基于ProtBert预训练模型的HLA-Ⅰ和多肽的结合预测算法

针对现有的第Ⅰ类HLA(HLA-Ⅰ)分子与多肽结合亲和力预测算法在特征构造时依赖传统序列评分函数的问题,为突破用经典机器学习算法构造氨基酸序列特征的局限性,提出一种基于蛋白质预训练模型ProtBert的HLA-Ⅰ与多肽的结合预测算法ProHLAⅠ.该算法利用生命体语言与文本语言在组成上的共性,将氨基酸序列类比句子,通过整合ProtBert预训练模型、 BiLSTM编码和注意力机制的网络结构优势,对HLA-Ⅰ序列和多肽序列进行特征提取,从而实现HLA-Ⅰ独立于位点的多肽结合预测.实验结果表明,该模型在两组独立测试集中均取得了最优性能.     

α-氨基酸 α-氨基保护试剂亚磷酸二乙酯的研究

研究了亚磷酸二乙酯作为α-氨基酸的α-氨基保护试剂用于肽合成的可行性。合成了几种N-(O,O＇-二乙基磷酰基)-氨基酸及其甲酯和酰肼,以叠氮法制取了两种二肽。对N-(O,O＇-二乙基磷酰基)-氨基酸衍生物在2mol/L氢氧化钠,10％柠檬酸及85％水合肼中的稳定性作了考察,还探讨了用4mol/L HCl和三氟乙酸(TFA)脱除保护基的条件。     

N-(5-溴-2-羟基苄基)氨基酸衍生物及其金属配合物的合成、表征及抑菌活性

室温下以N-(5-溴-2-羟基苄基)氨基酸及其希夫碱为配体,水和甲醇为溶剂,采用分步法,将配体与金属离子按1:1的摩尔比在弱碱性条件下络合,合成了24种N-(5-溴-2-羟基苄基)氨基酸类金属配合物,并用核磁、红外光谱对其结构进行了表征.结果表明:在配合物中配体N-(5-溴-2-羟基苄基)氨基酸的羟基、氨基和羧基均参与了配位.抑菌测试表明,N-(5-溴-2-羟基苄基)氨基酸衍生物金属配合物的抑菌活性普遍高于其配体,并且还原型配合物活性要高于希夫碱型,对白色念珠菌的抑菌效果更为明显,均高达100%.     

Salinivibrio sp.YH4胞外蛋白酶EYHⅠ的分离纯化、酶学性质及基因克隆

从中度嗜盐菌Salinivibrio sp.YH4发酵的粗酶液中分离纯化出蛋白酶EYHⅠ,对其进行酶学性质分析、串联质谱鉴定及全基因克隆。结果表明,EYHⅠ属于金属蛋白酶,最适温度55℃,热稳定性较好。最适p H为9.0,碱性条件下较稳定;在4 mol/L的Na Cl溶液中EYHⅠ仍保持较高活性,EYHⅠ全基因序列共1 836 bp,蛋白序列共611个氨基酸。比对发现EYHⅠ氨基酸序列与Salinivibrio sp.AF-2004所产Zn金属蛋白酶前体(ABI93183)同源性最高(96%)。结构分析表明,EYHⅠ由一个FTP结构域,一个Pep SY结构域,一个M4中性蛋白酶和一个PPC结构域组成。本研究为嗜盐菌及其胞外蛋白酶的生产和应用奠定了理论基础。     

铁(Ⅱ)-L-苏糖酸的合成及其二元配合物和铁(Ⅱ)-α-氨基酸-L-苏糖酸三元配合物的稳定性研究

合成了铁(Ⅱ)-L-苏糖酸(2,3,4-三羟基丁酸).用pH法在(25.0±0.1)℃,I=0.1mol/L KNO3条件下,测定了Fe(Ⅱ)-L-苏糖酸二元配合物和Fe(Ⅱ)-α-氨基酸-L-苏糖酸三元配合物的生成常数,讨论了Fe(Ⅱ)-L-苏糖酸二元和铁(Ⅱ)-α-氨基酸-L-苏糖酸三元配合物在溶液中的配位方式及配位能力.     

聚乙二醇-聚乳酸-聚谷氨酸苄酯共聚物的合成

利用乳酸和γ-谷氨酸苄酯分别合成了乳酸氧酸酐(LacOCA)和谷氨酸苄酯氮酸酐(BLG-NCA),然后在室温下用二甲氨基吡啶(DMAP)催化LacOCA、BLG-NCA和聚乙二醇单甲醚(MPEG)开环聚合,合成聚乙二醇-聚乳酸-聚谷氨酸苄酯的三元共聚物,用核磁、GPC等方法对共聚物进行了表征.该聚合物综合了聚醚、聚酯、聚氨基酸的性能,改善了聚氨基酸的溶解性.为聚酯-聚醚-聚氨基酸共聚物的合成提供一种新思路.     

β-锗-α-甲基-丙酰氨基酸酯倍半氧化物的合成

用β-锗-α-甲基-丙酰氯(以下简称甲基-锗丙酰氯)与氨基酸酯反应，继而水解，制得2佧新的β-锗-α-甲基-丙酰氨基酸酯倍半氧化物。     

新皮啡肽Ⅰ类似物构效关系的研究

用固相法合成了内源性类阿片肽新皮啡有为Ⅰ（DELⅠ）及其3个类似物（Asp从5位到7位）。实验发现DELⅠ及其类似物的镇痛和免疫活性次序（由大到小）分别是Asp^5(Asp^6)、Asp^4(Asp^7)和Asp^4、Asp^7、Asp^6、Asp^5，这说明DELⅠ类似物序列中碳端疏水氨基酸残基的位置的改变对生物活性和整个分子的三维结构影响很大。     

丹参脂溶性成分的化学研究

研究了丹参脂溶性化学成分.采用硅胶柱色谱,Sephadex LH-20和HPLC等色谱技术进行分离和纯化,根据波谱数据对化合物进行结构鉴定.从丹参的乙醇提取物中分离得到11个化合物,分别鉴定为2,3-反式-4,5-顺式-二烯-6-羰基硬脂酸(1)、丹参螺旋缩酮内酯(2)、丹参酮Ⅰ(3)、丹参酮ⅡA(4)、二氢丹参酮Ⅰ(5)、二氢异丹参酮Ⅰ(6)、异隐丹参酮(7)、丹参酸甲酯(8)、弥罗汉酚(9)、Sibiriqninone A(10)、Sibiriqninone B(11).化合物1为新化合物,命名为2,3-反式-4,5-顺式-二烯-6-羰基硬脂酸.