基于遗传距离的粘孢子虫分类研究

以18SrDNA作为分子际记研究了以粘孢子虫（Myxosporidia）常见属为代表的不同分类水平下的遗传距离分布规律。结果表明,粘孢子虫亲缘关系的远近与遗传距离具有明显的相关性,即粘孢子虫亲缘关系越远遗传距离越大,反之亦然;同时表明,本研究所涉及的种内、种间和属间阶元的遗传距离虽在一定范围内有重叠,但遗传距离由小到大排列依次为种内、种间、属间。研究认为物种之间在遗传距离上可能并不存在绝对的界限,但基于18SrDNA遗传距离的分歧在一定范围内对大多数物种的鉴定是有效的。     

基于18S rDNA、rbcL和atpB序列的轮藻科植物的系统发育研究

为找到适宜用于轮藻科植物系统发育研究的分子片段,对本研究所选轮藻进行18S rDNA、rbcL、atpB及18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合序列的多样性分析,并通过构建系统进化树的方法,开展系统发育研究.结果表明,18S rDNA序列较适宜用于研究轮藻科下两个族和各属间的分类问题,但进一步对属内轮藻进行分类需要借助变异程度更高的序列;rbcL、atpB序列变异程度高于18S rDNA序列,但两者不适宜单独用于轮藻科植物的系统发育研究;三基因联合序列的种间、种内遗传距离有一定差异,种间遗传距离(0.002～0.097)大于种内遗传距离(0～0.001),且所得进化树的拓扑结构与传统形态学分类结构一致,属内轮藻分类不再混乱,进化树呈现良好的拓扑结构.综上所述,18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合分析后可将形态近似的轮藻分开,解决本研究选取的轮藻科植物的分类问题.     

江蓠属和龙须菜属5种海藻ITS序列分子系统学分析

测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITS(含5.8S rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITS序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海藻ITS序列长度在893～1 508 bp之间,种间遗传距离在0.041～0.600之间,种内遗传距离在0.000～0.012之间,其种间遗传距离均大于种内遗传距离;ITS系统发育聚类结果显示江蓠科分为两大分支,分别是江蓠属/Hydropuntia分支、龙须菜属/蓠生藻属Gracilariophila分支;江蓠科海藻5.8S序列种内种间变异很小,但存在稳定的属间区分位点,可用于属以上水平的分类鉴定;中国、美国和俄罗斯三地的真江蓠群体的ITS序列存在9个稳定的变异位点,可以将不同地理群体区分开。     

5种沙漠微藻的分离鉴定及其18S rDNA保守区片段差异分析

为了研究古尔班通古特沙漠中微藻的种类,采用96孔板有限稀释法,从该沙漠采集的沙样中分离出5种不同的微藻,并通过形态学特征初步鉴定为绿藻门。根据GenBank中绿藻门不同科属藻类的18S核糖体RNA基因(18S rDNA)保守区设计18S特异性引物,分别对5种微藻的基因组进行PCR扩增18S rDNA片段,经克隆测序、blast n比对、系统发育树构建及遗传距离值分析,将5种微藻初步鉴定到属。结果表明:从该沙漠分离得到的5个微藻物种分别来自绿藻门不同的科属,其中一个物种极可能为新物种。     

冬青属苦丁茶不同种质材料的过氧化物酶同工酶分析

应用聚丙烯酰胺凝胶电泳分析了冬青属5种苦丁茶的过氧化物酶同工酶酶谱,并根据同工酶分析结果探讨了冬青属苦丁茶种间的亲缘关系以及种内不同种质材料的遗传差异。研究结果表明,所有不同物种的供试材料均有两条共同的特征谱带,同时又有丰富的酶带多态性。同一物种的不同种质材料的过氧化物酶同工酶酶谱也显现出一定的差异。过氧化物酶同工酶的酶谱分析结果可以作为判定不同物种间的亲缘关系及冬青属苦丁茶种级水平分类的依据之一,但同一物种内不同种质材料的遗传差异以及种下分类群的划分则尚需更多分子生物学及形态学研究结果相互佐证。     

新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场硬蜱形态学和16S rDNA序列分析研究

为了掌握新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场畜牧体表寄生硬蜱的分布情况及物种多样性,对该地区12个调查点的寄生蜱类进行考察,采用形态学分类及16S rDNA序列进行遗传进化分析的方法对采集的323只羊和228只牛寄生硬蜱进行研究,从中选取26只硬蜱进行线粒体16S rDNA序列扩增、测序,并与34种GenBank参考序列进行遗传进化分析。结果显示:该地区共鉴定出2科3属7个种的硬蜱。其中2种硬蜱与边缘革蜱(Z97879)16S rDNA序列同源性分别为98.2%和96.8%,遗传距离为0.021和0.026;1种硬蜱与森林革蜱(JF979379)、草原革蜱(JF979375)16S rDNA序列的同源性为95%和96.3%,遗传距离为0.039和0.042;3种硬蜱基因序列与亚洲璃眼蜱(JF979380)16S rDNA的同源性为98.3%~99.8%,遗传距离为0.003~0.017;且获得的1种硬蜱,与刻点血蜱(Z97880)同源性完全相同。结论:首次应用形态学和16S rDNA序列分析报道了新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场牛、羊体表寄生的硬蜱种类,16S rDNA测序分析表明该地区硬蜱与GenBank报道的国际硬蜱有一定差异性,与国内其它省份分离的硬蜱16S rDNA序列亦不完全相同,具有区域差异性。     

利用SSR及ISSR分子标记研究苜蓿属及其近缘植物的亲缘关系

利用30对SSR引物和12个ISSR引物对苜蓿属(Medicago)及其近缘植物共11个物种的亲缘关系进行研究。通过遗传多样性研究及UPGMA聚类分析显示,"阔荚类群"(subgen.Platycapos)的4个种在两种分子标记下都聚为一支,符合其相似的形态学特征;"阔荚类群"在SSR分子标记中与胡卢巴属(Trigonella)聚成一支,网脉胡卢巴(T.cancellata)在ISSR分子标记中聚在"阔荚类群"中;两种分子标记中,"紫花苜蓿复合体"(Medicago sativa complex)3个种间的遗传距离都最短;南苜蓿(M.polymorpha)在两种分子标记下的聚类结果有所不同,SSR分子标记下与胡卢巴属的亲缘关系更近。研究说明苜蓿属与胡卢巴属具有很近的亲缘关系,苜蓿属内不同物种与胡卢巴属的亲缘关系有远有近,其中苜蓿属中的"阔荚类群"与胡卢巴属的关系最近,苜蓿属中其他物种与胡卢巴属的亲缘关系较远。     

刺纹车轮虫 18S rDNA 克隆与序列分析

首次对刺纹车轮虫(TrichodinacentrostrigataBasson,VanAs & Paperna, 1983)进行了 18S rDNA 的克隆测序并分析，研究结果显示：刺纹车轮虫是一种具有辐射状中央颗粒的淡水车轮虫，具有相对较高的 GC 含量而位于分子系统树的顶枝，它与海水环境中的车轮虫具有较高的序列相似性及较近的遗传距离从而聚为一枝。研究提示刺纹车轮虫具有较强的宿主适应性，在系统进化中分化较晚并与海水种类具有较近的亲缘关系；此外，车轮虫的同源性与 18S rDNA序列相似性、遗传距离具明显相关性，GC 含量与分子支序树分枝具有明显相关性。
     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

重庆地区家蚕微孢子虫遗传多态性分析

为探讨家蚕微孢子虫种内的遗传多样性,对本实验室保存的一株家蚕微孢子虫的SSUrDNA,rDNA—ITS,rDNA—IGS,Sec61β5’上游序列（Nb—IGS1）和Hsp70 5’上游序列（Nb—IGS2）进行了PCR扩增和序列测定．多重序列比对发现它们都存在着不同程度的多态性．其中rDNA—ITS和rDNA—IGS遗传多样性最为明显,序列中存在较大的差异区域,包括多碱基的插入或缺失、单碱基的转换和颠换;而对基因上游的调控序列分析发现,Nb—IGS1和Nb—IGS2序列中存在着少量的变异位点．结合GenBank中Nosema属微孢子虫的同源序列,分别构建rDNA-ITS和rDNA-IGS系统树,结果表明重庆地区家蚕微孢子虫遗传分化比较明显．研究表明家蚕微孢子虫种内存在遗传多样性．