中国北方汉族人群PPARδ基因C/T多态研究

为研究中国汉族群体PPARδ基因C294T酶切位点的遗传多态性以及该位点的具体多态形式,采用PCR-RFLP技术对329例无血缘关系的健康中国北方汉族人的染色体进行检测.用卡方检验对所得等位基因频率、基因型频率进行分析,实验结果与其他种族进行比较.结果显示C294T位点存在多态性,等位基因频率rC=25.9%,rT=74.1%;基因型频率rC/C=6.1%,rC/T=39.8%,rT/T=54.1%;经卡方检验符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律;认为中国汉族群体PPARδ基因C294T酶切位点也具有遗传多态性.其基因型频率和等位基因频率在男女间没有显著性差异,与德国人群有显著性差异;与瑞典人群相比有极显著差异,而与韩国人相比没有显著性差异.     

葱蝇PDK1基因的克隆及生物信息学分析

3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1(3-phosphoinositide-dependent protein kinase1,PDK1)是磷脂酰肌醇3-激酶(Phos-phatidylinositol-3 kinase,PI3K)/蛋白激酶B(PKB/Akt)信号通路中一个关键的激酶。该通路在人(Homo sapiens)、黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)、秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)中是一条保守的通路,通过激活下游的因子对代谢、细胞分化、寿命等产生重要调节作用。本研究基于葱蝇(Delia antiqua)转录组数据通过生物信息学分析从其中鉴定出PDK1基因4条Unigene序列,并通过PCR技术克隆了PDK1基因的全长cDNA,命名为DaPDK1,其全长为3215bp,开放阅读框长2730bp,编码909个氨基酸。采用生物信息学的方法,推测该基因编码的蛋白质相对分子质量为100.3kD,等电点为8.53。该蛋白第87~109氨基酸是跨膜区,第284~627和744~833氨基酸是两个保守结构域STKc和PH。同源性分析表明DaPDK1蛋白与地中海实蝇(Ceratitis capitata)PDK1蛋白氨基酸序列相似性最高(一致率为53.1%,相似率为63.2%)。本研究结果有望为进一步研究葱蝇PI3K/Akt信号通路中PDK1基因的特性及功能奠定基础。
     

意大利蜜蜂AmCht11基因的克隆鉴定和发育时期表达分析

【目的】克隆鉴定和定量PCR组织表达分析意大利蜜蜂(Apis mellifera)几丁质酶AmCht11基因。【方法】克隆测序鉴定AmCht11基因序列,通过多重序列比对分析该基因编码的氨基酸序列特征和结构域组成;在线预测AmCht11蛋白的二级结构、三级结构以及相互作用靶蛋白,构建系统进化树分析该蛋白在几丁质酶家族中的分类和进化关系;实时定量PCR分析AmCht11基因的组织表达特征。【结果】AmCht11基因cDNA序列全长1404bp,编码468个氨基酸;预测AmCht11蛋白质相对分子质量为53.5kDa,等电点为7.21。多重序列比对和系统进化分析表明,AmCht11蛋白为几丁质酶GH18家族Group-Ⅷ亚家族成员,该蛋白的氨基酸序列N-端含有跨膜域,具典型的几丁质酶催化结构域,无结合结构域,也不具信号肽。进一步实时定量PCR分析表明,AmCht11基因表达量在意大利蜜蜂幼虫发育第2至第5日龄无明显波动,至幼虫后期第6日龄表达量明显上调。【结论】推测AmCht11基因与意大利蜜蜂幼虫发育后期的蜕皮有关。
     

4种樟属植物精油抗氧化活性的比较研究

【目的】比较香樟(Cinnamomum camphora)、天竺桂(Cinnamomum japonicum)、蜀桂(Cinnamomum szechuanense)和香桂(Cinnamomum subavenium)叶片精油的抗氧化能力。【方法】采用水蒸气蒸馏法提取4种植物叶的精油,比较分析4种精油的总抗氧化能力,对1,1-二苯基-2-三硝基苯肼(DPPH)自由基、羟基自由基清除的能力。【结果】4种精油都表现出一定的抗氧化活性,尤其是香桂精油在低质量浓度(小于0.4mg·m L-1)时的总抗氧化活性明显优于人工合成抗氧化剂丁基羟基茴香醚(BHA)。香桂精油清除 DPPH 自由基的活性最高,半数效应浓度(EC50)小于1.0 mg·m L-1,而香樟精油、天竺桂精油和蜀桂精油的 EC50分别为23.86,34.11,11.99mg·m L-1。4种精油对羟基自由基也都表现出了较好的清除活性。随着质量浓度升高,4种精油对羟基自由基的清除活性逐渐低于 BHA。在质量浓度为1.0×10-5~2.0×10-5mg·m L-1时,只有香桂的羟基自由基清除活性低于 BHA 并在p<0.05水平有统计学意义;【结论】4种樟属植物的叶片精油均具有一定的抗氧化能力,尤其是香桂精油具有较强的总抗氧化能力和 DPPH 自由基清除能力,具有开发为天然抗氧化物质的潜力。
     

桑青枯病病原G12-9内切葡聚糖酶基因的克隆和分类

桑青枯病是一种土传性细菌病害,从广东省桑园发生青枯病的桑树根部分离得到1株病原菌G12-9;经鉴定确定该菌为青枯菌(Ralstonia solanacearum),该病原菌在TZC固体培养基上呈圆形及不规则圆形,菌落中央呈现淡红色,革兰氏染色成阴性。对G12-9分离株内切葡聚糖酶基因的克隆、序列测定及聚类分析结果表明,桑青枯菌G12-9内切葡聚糖酶属于糖基水解酶家族12。青枯菌最重要的致病性分泌系统为Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型分泌系统,内切葡聚糖酶属于细菌Ⅱ型分泌系统,内切葡聚糖酶对于青枯菌的定植及寄主植物的致病性有着非常重要的作用,明确该酶在糖基水解酶家族的分类地位对桑青枯病的防治具有重要意义。
     

草鱼过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)基因 cDNA序列的克隆及其组成型表达

过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)是核激素受体超家族成员之一,分α,β,γ 3个亚型,PPAR具有多种生物学效能,对其基因进行研究将有助于揭示草食性鱼类对营养物利用规律及其机制.通过简并引物克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus)PPAR基因cDNA核心序列,应用3'RACE技术扩增该序列的3'末端序列,并对其进行序列分析,最后用荧光定量PCR方法比较草鱼肝脏、脑、脾脏、肌肉、脂肪和心脏的PPARα、PPARβ和PPARγ基因mRNA相对表达水平.序列分析结果表明,草鱼PPARα、PPARβ和PPARy基因cDNA核心序列片段大小为631 bp,604 bp和651 bp,分别编码210、201和217个氨基酸,PPARy经3'RACE后共获得大小为1 331 bp的片段,编码337个氨基酸.草鱼与鲤鱼(Cyprinus carpio)、斑马鱼(Danio rerio)、鲈鱼(Lateolabrax japonicus)等鱼类PPAR氨基酸序列同源性很高,为71.4%～96.1%;与人(Homo sapiens)、大鼠(Rattus norvegicus)、小鼠(Mus musculus)、牛(Bos taurus)等哺乳动物PPAR氨基酸序列的同源性也较高,为65.0%～77.6%;与非洲爪蟾(Xenopus laevis)等两栖动物PPAR氨基酸序列的同源性约为67.0%.荧光定量PCR结果表明,草鱼PPARα于肝脏,PPARβ于肝脏、肌肉和心脏,PPARγ于肝脏的表达相对较高.相同物种不同PPAR亚型的同源性较低,而不同物种同型PPAR同源性很高,反映了不同亚型在结构上的差异,这与其在功能上的差异是相一致的.     

昆虫致病性斯氏线虫亲环素基因的克隆、特征及表达分析

亲环蛋白(Cyclophilin)广泛存在于原核和真核生物中,在进化过程中结构保守,多数具有肽基脯氨酰基顺反异构酶活性。本文在斯氏线虫(Steinernema car poca psae)差减杂交分析的基础上,克隆一个亲环蛋白基因(Sca-CYN)。该胞质蛋白有171个氨基酸组成,分子量约为16.2kD,等电点约为6.89。BLAST分析表明,Sca-CYN蛋白与线虫、昆虫及其它生物亲环蛋白的序列一致性达75%~89%。基因表达分析显示该基因在寄生初期就上调表达。序列比较及进化标记分析发现Sca-CYN为秀丽隐杆线虫亲环蛋白3的直系同源蛋白。同源建模分析显示该蛋白具有亲环蛋白的经典三维结构。系统发育分析结果表明该蛋白在进化早期与其同源基因分离。研究结果为进一步研究该基因功能及探讨线虫亲环蛋白基因家族的分子进化提供基础。
     

瓶囊碘泡虫HSP70基因的克隆、鉴定及功能预测

HSP70(Heat shockproteins 70)是分子量约为70 k D的热休克蛋白,具有保护细胞和生命体的重要作用。通过分子克隆和染色体步移技术首次获得瓶囊碘泡虫(Myxobolus ampullicapsulatus Zhao et al.,2008)HSP70家族同源基因的完整序列,并利用生物信息学方法对该基因进行鉴定,同时对它编码的蛋白序列进行分析。结果显示:瓶囊碘泡虫HSP70蛋白为HSPA8同源物,命名为Ma HSPA8;Ma HSPA8基因核苷酸序列全长2 696 bp,共编码662个氨基酸,Ma HSPA8蛋白相对分子量为72.5 k D,等电点为5.37,无跨膜区和信号肽,共有24个潜在的抗原位点。此发现将为进一步研究HSP70基因在瓶囊碘泡虫寄生过程中的作用提供基础资料。
     

脂代谢相关基因PPARγ2和SCD1与血管内皮生长因子VEGF在肝细胞癌组织的蛋白表达相关性及临床意义

近年来研究发现肿瘤组织有脂代谢异常,但脂代谢异常在肿瘤发生发展中的作用还不清楚.为了探讨脂代谢异常在肿瘤中的作用,本研究对45例肝细胞肝癌患者,用免疫组化方法研究其癌组织中硬脂酰辅酶A去饱和酶1(SCD1)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ2(PPARγ2)、血管内皮生长因子(VEGF)的表达情况,并结合ishak评分和患者的病理检查结果,分析和探讨PPARγ2,SCD1及VEGF在肝细胞癌组织中的表达与肿瘤发生发展的关系、它们相互之间的表达相关性及临床意义.本研究发现在肝细胞癌组织中,PPARγ2,SCD1及VEGF在肿瘤组织中高表达,其高表达率分别为40.00%、46.70%、75.50%.相关性分析发现SCD1和VEGF之间存在相关性(r=0.482,p≤0.001),但是PPARγ2和SCD1(r=0.221,p=0.164),以及PPARγ2与VEGF(r=0.219,p=0.169)之间不存在相关性.该研究提示脂代谢相关基因与血管生成相关,但不通过PPARγ2调控SCD1途径;脂代谢相关基因SCD1是抑制血管生成和肿瘤发展的潜在靶点.