Scanning for sisnatures of geosraphically restricted selection based on population genomics analysis

Natural selection, as the driving force of human evolution, has direct impact on population differentiation. However, it is still unclear to what extent the genetic differentiation has been caused by natural selection. To explore this question, we performed a genome-wide scan with single nucleotide polymorphism （SNP） data from the International HapMap Project. Single locus FsTanalysis was applied to assess the frequency difference among populations in autosomes. Based on the empirical distribution of FsT, we identified 12669 SNPs correlating to population differentiation and 1853 candidate genes subjected to geographic restricted natural selection. Further interpretation of gene ontogeny revealed 121 categories of biological process with the enrichments of candidate genes. Our results suggest that natural selection may play an important role in human population differentiation. In addition, our analysis provides new clues as well as research methods for our understanding of population differentiation and natural selection.     

中立型时滞种群对数模型的正周期解

通过更精确的先验估计,利用重合度理论中的连续定理,研究了一类时滞种群模型的周期解,获得了这类模型存在正周期解的充分条件,所得结果推广了文[1]中的有关结论,并使条件有所减弱．     

多时滞型种群对数模型的周期正解

通过更精确的先验估计,利用重合度理论中的连续定理,研究了一类时滞种群模型的周期解,获得了这类模型存在正周期解的充分条件,所得结果推广了有关结论,并使条件有所减弱.     

Detecting positive darwinian selection in brain-expressed genes during human evolution

To understand the genetic basis that underlies the phenotypic divergence between human and non- human primates, we screened a total of 7176 protein-coding genes expressed in the human brain and compared them with the chimpanzee orthologs to identify genes that show evidence of rapid evolution in the human lineage. Our results showed that the nonsynonymous/synonymous substitution (Ka/Ks) ratio for genes expressed in the brain of human and chimpanzee is 0.3854, suggesting that the brain-expressed genes are under functional constraint. The X-linked human brain-expressed genes evolved more rapidly than autosomal ones. We further dissected the molecular evolutionary patterns of 34 candidate genes by sequencing representative primate species to identify lineage-specific adaptive evolution. Fifteen out of the 34 candidate genes showed evidence of positive Darwinian selection in human and/or chimpanzee lineages. These genes are predicted to play diverse functional roles in em- bryonic development, spermatogenesis and male fertility, signal transduction, sensory nociception, and neural function. This study together with others demonstrated the usefulness and power of phy- logenetic comparison of multiple closely related species in detecting lineage-specific adaptive evolu- tion, and the identification of the positively selected brain-expressed genes may add new knowledge to the understanding of molecular mechanism of human origin.     

Positive correlation between recombination rate and nucleotide diversity is shown under domestication selection in the chicken genome

Positive correlation between recombination rate and nucleoUde diversity has been observed in a wide variety of eukaryotes on megabase scale. On the basis of genome-wide chicken genetic variation map generated by comparing three domestic breeds with wild ancestor and the positions of markers on the genetic linkage map, we found that SNPs rates were similar for all chromosomes while the recombination rates increased in micro chromosomes. In other words no correlation exists in chromosome size. Nevertheless, when we scanned the genome by calculating the values of each characteristic within non-overlapping windows, instead of single value for each chromosomes, the nucleoUde diversity was found to be significantly correlated with the recombination rate （r=0.27, P〈0.0005）. Furthermore, the significant association not only existed between these two features, but also existed between all 6 pairwise combinations of nucleoUde diversity, recombination rate, GC content and average gene length. This co-variation is very meaningful for the studies of sequence evolution.     

闽南语族群头面部9项遗传指标的人类学研究

对福建漳州地区闽南语族群的头面部9项遗传指标进行调查,采取随机抽样的方法对总计382例中学生(男212例、女170例)进行9项遗传学指标(内眦褶、上眼睑皱褶、门齿类型、鼻梁类型、鼻孔形状、下颏类型、耳垂类型、额头发际、头发类型)的研究,分析了这些遗传学指标相互间的关系,并与我国部分省份群体的9项遗传学指标进行比较.结果表明闽南语族群的上眼睑褶皱出现率与鼻梁类型方面的性别差异存在统计学意义;在与我国各族群的比较中,闽南语族群的有内眦褶率、上眼睑褶皱率、有耳垂率、额头发际有尖率处于中等水平,凸鼻梁率、突下颏率和卷发率处于较高水平,铲形门齿率和窄鼻孔率处于较低水平;9对性状的两两相关性分析结果表明,下颏类型-内眦褶、鼻孔形状-上眼睑褶皱、头发类型-门齿类型、下颏类型-鼻孔形状间的相关性具有统计学意义.     

中国有蹄类栖息地选择研究进展

综述了中国有蹄类栖息地选择研究的特点和方法.简要介绍了在定性描述水平、不同空间和不同时间尺度上有蹄类栖息地选择的研究概况,以及有蹄类栖息地选择研究的几种常用方法和基本模型,探讨了这些方法的优缺点、误差来源和适用范围等.并探讨了栖息地片断化与隔离对野生动物种群的影响及其相关领域的研究现状.     

安徽汉族头面部9项人类群体遗传学指标研究

抽样调查了安徽省滁州市348例(男212,女136)汉族的9项头面部遗传学指标(内眦褶、上眼睑皱褶、门齿类型、鼻梁类型、鼻孔形状、下颏类型、耳垂类型、额头发际、头发类型),分析了各指标间的关系,并与国内其他族群进行比较研究.结果表明:(1)仅有上眼睑皱褶、凸鼻梁和尖形发际出现率在性别间的差异具有统计学意义(p≤0.05);(2)仅鼻孔形状-内眦褶一对性状的相关性具有统计学意义(p≤0.05);(3)在选取的17个族群中,安徽汉族的内眦褶、上眼睑皱褶和有耳垂的出现率居较低水平,窄鼻孔和尖形发际出现率居中等偏低水平,铲形门齿出现率居中等偏高水平,凸鼻梁、突型下颏和卷发出现率居较高水平;(4)聚类分析结果显示安徽汉族的头面部9项群体遗传指标具有南方族群的特征.     

大花序桉群体适应性相关的SSR位点

【目的】检测大花序桉群体与环境适应性相关的基因组位点,为种质资源保护和利用提供分子生物学信息。【方法】利用84个SSR标记(包括29个基因组SSR 和55个EST-SSR)分析引种到广西,来源于澳大利亚昆土兰州北部和南部各7个大花序桉群体,通过Mantel 检验确定群体间是否存在地理隔离;检测群体间分化系数(F_st)离群值的受选择位点;并基于空间分析法检测与群体气候因子显著相关的等位片段,将显著相关位点的序列与NCBI数据库比对进行功能注释。【结果】大花序桉北部与南部群体间存在地理隔离,基于19个气候因子的聚类分析将北方与南方群体分为独立的组,这表明气候因子亦驱动了群体的分化。共检测到F_st离群值的受选择SSR位点39个(46.4%),其中,LOSITAN软件检测到12个正向选择位点和17个平衡选择位点。5个F_st离群值位点的6个等位片段与1个或多个气候因子显著相关(P<0.001),其等位频率在北部与南部群体间差异明显,其中,Embra6-118 bp与最冷月最低气温(T_mcm)显著相关,位点DNA序列的功能注释为碱性螺旋-环-螺旋(basic helix-loop-helix, bHLH)转录因子bHLH155;Embra20-121 bp与最暖季度降水量(P_wq)显著相关,位点的功能注释为蔗糖转运蛋白(sucrose transporters);EUCeSSR676-168 bp与T_mcm、P_wq、年均气温(T_ma)和最暖月最高气温(T_mwm)均显著相关,位点的功能注释为光系统Ⅱ稳定性/组装因子HCF136 (photosystem II stability/assembly factor HCF136);另外两个显著相关位点EUCeSSR298和EUCeSSR1009的功能未知。【结论】大花序桉北部与南部群体的显著分化受长期气候的影响,在第四纪大冰期可能存在北部和南部避难所。与气候因子显著相关的SSR位点在北部和南部群体间的等位频率差异为基于正向选择的气候适应性提供了分子证据。     

中立型对数种群模型的周期正解

本文研究中立型对数种群模型　　　　　用重合度理论，获得了至少存在一个周期正解的充分条件．     

矩阵空间上正线性映射的一个不等式

利用矩阵张量积的性质,证明了矩阵空间上正线性映射的一个不等式,所得结果给出了一些经典矩阵不等式的统一形式。     

国外气候变化与人口迁移研究

 通过对国外学术界关于气候变化与人口迁移的相关研究进行梳理发现,人口迁移不仅是气候变化应对机制,更是一系列国家背景、社会、政治和经济环境相互碰撞的复杂结果。针对气候变化问题,提出了各国应加强收集、共享与气候有关迁移的可靠数据,对移民相关政策制定应着力于改善目的地移民安置和生计问题。通过介绍气候变化和人口迁移方向现有国际研究趋势,展望了其未来的研究趋势。     

改进的特征选择算法在形状分析中的应用

文章介绍了粗糙集的发展现状和相关概念,指出特征选择是运用粗糙集理论进行数据挖掘中最重要的一个环节;利用已求得的正区域和限制正域使处理数据的范围不断缩小从而减少求约简的时间,最后通过对形状进行知识约简,验证了用这个方法进行形状分析是可行的。     

浙江西天目山天然林及银杏种群考察报告

在完成国内多处同类型研究的基础上 ,笔者对西天目山双清溪沟谷天然林及其银杏进行了专题考察 ,所获第一手资料包括 :双清溪森林古道样带式路线考察立木分布平面图 ;天目山双清溪天然林中银杏及伴生树种调查总表 ;双清溪天然林中银杏种群调查明细表 ;“5代同堂银杏”的树木形态学调查研究 ;禅源寺古森林群落的成分、结构及性质考察等。在充分分析的基础上作者认为 ,双清溪天然林原应属於典型“落叶与常绿阔叶混交林”群落 ,现已进入“针阔叶、落叶与常绿阔叶混交林”演替阶段。该演替系人为干扰下的一种“偏途演替”。银杏种群参与了演替和历史发展的全过程 ,因此 ,它们应该是野生的。“5代同堂银杏”建议正名为“无性系多代同株银杏”比较恰当。禅源寺古森林群落是双清溪沟谷天然林的延伸和残余部分 ,可简称为“禅源寺古森林残存群落”。     

贵州彝族白族8项群体遗传学性状的特征

目的:探讨贵州彝族、白族群体部分遗传性状出现率分布及其特征间的相关关系.方法:采用群体遗传学公认的方法,调查了879人(彝族472人、白族407 人)8对群体遗传学性状,使用SPSS 13.0统计软件包进行民族间、性别间以及两两特征间相关性的统计学处理.结果:贵州彝族翻舌、卷舌、唇厚、下颏类型、利手、拇指类型、中指毛、小指弯曲8对遗传性状显性出现率分别为56.8%、8.3%、11.7%、58.1%、86.2%、39.0%、56.4%、53.0%;白族则分别为62.4%、8.8%、15.0%、50.9%、91.2%、44.5%、60.4%、49.6%.结论:①贵州彝族、白族群体在下颏类型和利手2对性状间存在显著性差异(P<0.05).②彝族卷舌男女间存在显著性差异,白族拇指类型男女间存在显著性差异(P<0.05).③8项群体遗传学特征间相关性较小.     

莆田市体育人口与非体育人口比较研究

通过对莆田市体育人口与非体育人口的调查分析表明：体育人口比例低,年龄结构成＂L＂型,与文化程度成正比,体育人口与非体育人口的闲暇活动和增进健康方式选择上存在差异。准体育人口存在锻炼的强度、次数、时间等不足,参与项目、形式、动机与体育人口无显著差异。影响非体育人口参与体育活动的因素主要是缺乏余暇、工作负担重和没兴趣等。     

风暴潮灾害受灾人口与直接经济损失 评估方法研究进展

基于风暴潮致灾和成灾过程,分别对风暴潮灾害受灾人口与直接经济损失评估方法进行了综述.总体上看,国内外已建立多种风暴潮受灾人口和直接经济损失的评估方法,并开发了一些业务化评估系统.但国内风暴潮灾害损失评估所需数据比较缺乏,评估方法多是对潮灾损失与影响因素间的线性关系分析,对灾情的模拟评估较少,评估结果实用性较低.风暴潮灾情的评估应增强对历史灾情数据、现场调查数据、遥感数据和保险公司业务等数据源的融合和综合利用,加强对承灾体脆弱性定量评估的研究,通过建立风暴潮巨灾模型系统,实现对风暴潮灾情的实时动态可视化评估.     

林木分子育种研究的基因组学信息资源述评

分子育种是指利用与性状相关的DNA标记进行选育,也称标记辅助选择或标记辅助育种,广义上还包括基因工程育种和基因组学辅助育种。林木分子育种为早期选择和加速育种提供了极具潜力的高效手段。笔者对林木分子育种研究的基因组学信息资源进行了进展综述和前景展望。近30年来,林木分子标记技术从早期的低通量方法发展到目前基于微阵列芯片和新一代测序的高通量技术,如测序分型、转录组测序、重测序、扩增子测序和外显子组测序等,并广泛用于连锁作图、关联分析和基因组选择等林木性状相关的DNA变异检测研究。随着2006年毛果杨基因组序列的发表,已有50余个树种完成了基因组测序。基于连锁作图和关联研究检测了林木10余个属生长、材性和抗逆及非木质产品品质等性状相关的大量基因组位点,主要趋势表现为：① 表型广泛,涵盖经济性状、生理指标和代谢成分等;②标记数量成千上万甚至上百万,覆盖全基因组;③转录组和降解组等多组学的分子变异开始应用;④ 利用大群体以提高位点检测的精度;⑤ 重视环境的影响,大田试验设置多个地点,解析QTL与环境、年份的互作效应;⑥ 结合参考基因组序列和/或转录组差异表达基因进一步挖掘性状相关的候选基因,建立了桉属、松属和云杉属等主要造林树种的基因组选择模型。此外,积累了泛基因组、相关软件和算法、功能基因、基因组编辑技术及网站和数据库等其他信息资源。林木分子育种面临的挑战主要包括：① 如何获得稳定性好的性状相关基因组位点和基因组选择（GS）模型;② 缺乏自动化、无损和高通量的表型测定技术;③对大基因组的针叶树和一些多倍体树种,仍难获得高质量的基因组序列;④ 标记辅助选择增加了常规育种之外的费用,且存在不确定性;⑤多数树种的加速育种仍较困难。后基因组时代的林木分子育种将有效结合到常规育种程序中,显著促进遗传增益的提高。     

贵州苗族、水族5项群体遗传学特征的研究

对贵州苗族、水族人群共913人（苗族448人,水族465人）的叠舌、卷舌、前额发际、耳耵聍和足趾长5项群体遗传学特征进行了调查．结果显示：两民族叠舌、卷舌、前额发际和耵聍4项群体遗传学特征存在显著性差异（P〈0．05或P〈0．01）,足趾长差异不明显（P〉0．05）;两民族性别间前额发际差异极显著（P〈0．01）,苗族男女间卷舌差异明显（P〈0．01）;5项群体遗传学特征间相关性不大;贵州苗族与水族遗传距离较远．     

果蝇分子群体遗传研究分析方法概述

果蝇属物种长期以来被作为基础生物学、特别是群体和进化遗传学的模式物种,来探讨生物学中的一些基本问题,如物种形成的遗传机制、新基因的起源及其方式、适应性进化的遗传机制等.群体遗传的方法贯穿于遗传学、生态学、古生物学、系统发育学等领域之中,已渐成为基础生物学研究的重要方法.围绕果蝇群体遗传研究中的3个主要问题,即起源地、群体历史动态和群体遗传结构,就当前用于分析上述问题的方法进行了概述,并强调了发展适用于多个座位数据的分析方法是将来的一个重要发展方向.