基于支持向量机的多类凋亡蛋白亚细胞位置预测

基于支持向量机,以全部和局部氨基酸序列的n肽组分、序列的亲疏水性分布等五种特征提取方法构成特征向量表示蛋白质序列,对六类细胞凋亡蛋白的亚细胞位置进行预测.结果表明,基于氨基酸二肽组成成分构成的特征向量集(以符号DIPE表示)的预测结果高于其它四种特征向量集的预测结果,在Jackknife检验下,总预测成功率达到了89.3%;与现有的方法比较,发现对于Mitochondrial类凋亡蛋白,支持向量机方法有更好的预测效果.     

革兰氏阴性菌中蛋白质亚细胞定位预测

根据革兰氏阴性菌蛋白不同亚细胞位置、其一级结构中氨基酸含量、氨基酸的关联性及亲疏水性的不同，利用最小离散增量的方法，分别以20个氨基酸组份、400个氨基酸二联体组份及氨基酸亲疏水性在蛋白质上的分布为参数构成离散源，对革兰氏阴性菌蛋白的5类亚细胞定位进行预测，分别用self—consistency方法和Jack-knife方法预测，均取得了较高的预测成功率．     

改进的离散增量算法预测27类折叠子的结构类型

蛋白质二级结构预测是三级结构预测的一个非常重要的中间步骤,而折叠子识别和结构类型的准确预测则可以提高二级结构和三级结构预测的准确度.本文从蛋白质的一级序列出发,提出了一种改进的预测算法:以二肽组分、预测的二级结构信息、伪氨基酸组分和位置权重矩阵打分值等特征分别作为参数,输入离散增量算法的单分类器中,通过加权融合单分类器的计算结果,对27类折叠子的结构类型进行了预测,取得了较好的预测结果.     

使用蛋白质和mRNA序列信息预测蛋白质亚线粒体定位

线粒体是很重要的半自主性细胞器,主要为细胞提供能量,还承担了许多其他生理功能,而线粒体的某些功能只有在特定亚线粒体位置中才能实现.对亚线粒体定位的研究有助于进一步了解蛋白质的功能.文章计算了蛋白质的进化信息、同源序列的go信息、氨基酸指数信息、氨基酸粘性、氨基酸组分、平均化学位移,并结合mRNA序列的三联体频数,利用支持向量机算法和离散增量算法对蛋白质亚线粒体定位进行预测,在jackknife检验下准确率达到97.64%,同时用独立检验也取得较好的结果.     

运用小波分析对蛋白质进行亚细胞定位预测

基于传统的以20种氨基酸在蛋白质序列中的组分来预测蛋白质亚细胞定位的方法,运用了"离散小波变换"(Discrete Wavelet Transform,DWT)的数字信号处理技术,对蛋白质序列中氨基酸排序的特征进行提取,并与氨基酸百分组成相结合,对蛋白质亚细胞定位进行了预测.通过观察预测结果发现,引入氨基酸的排列顺序特征后,蛋白质亚细胞定位的预测正确率有了显著的提高.     

基于多信息融合的亚叶绿体定位预测研究

叶绿体是植物进行光合作用的主要场所,预测亚叶绿体定位对于研究其功能以及与其他大分子相互作用有重要的意义,因此更准确地预测蛋白质亚叶绿体定位成为一项必要的工作.文章建立了新的蛋白质亚叶绿体数据集,计算了氨基酸单肽分段组分信息,氨基酸二肽组分信息,预测的蛋白质二级结构信息,氨基酸指数信息,基于生物过程和分子功能的GO注释信息,以及基于PSSM矩阵的进化信息和保守信息,结合支持向量机算法(SVM)预测了亚叶绿体蛋白质定位.Jackknife检验的总体预测成功率为93.16%,同时交叉验证和独立测试也获得了较好的结果,分别为93.72%和90.65%.     

不同细胞器基因组转录的ncRNA的序列特征分析和识别

统计分析了不同细胞器基因组转录的非编码RNAs(non-coding RNAs,ncRNAs)的kmer频数、约化后的碱基组分、结构-序列模式中三联体偏好.并以上述三种特征提取方法分别构成特征向量表示ncRNA序列,利用支持向量机,对四类细胞器基因组转录的ncRNAs的序列进行识别.分析两种不同的碱基约化方式发现,嘌呤/嘧啶约化(MN约化)更能反应不同细胞器基因组转录的ncRNAs的序列信息;考虑结构和碱基种类的结构-序列模式(stru-seq mode)中的三联体短片段(k=3),揭示出ncRNA与编码蛋白质的mRNA或蛋白质相互作用可能存在局域结构三联体偏好.在Jackknife检验下,预测总精度最高达到83.10%.采用不同参数的预测结果表明,结构-序列模式(stru-seq mode)中的短片段(k=3)结构有助于不同细胞器基因组转录的ncRNAs区别.     

基于离散增量和协变判别函数识别蛋白质亚核定位

利用离散增量结合协变判别函数,选取氨基酸组份和N端氨基酸二肽组份为信息参数,对蛋白质亚核定位进行预测.在序列相似性小于等于25%时,406个单定位亚核蛋白Jackknife检验总预测成功率为75.9%,相关系数CC为0.644,把多定位亚核蛋白作为独立测试集,92个多定位亚核蛋白总预测成功率为78.3%.在序列相似性小于等于65%时,504个单定位亚核蛋白Jackknife检验总预测成功率为75.6%,相关系数CC为0.643,92个多定位亚核蛋白总预测成功率为80.4%.与 Lei等人利用Lei-SVM方法对该数据库预测结果相比,单定位亚核蛋白总预测成功率比Lei等人高9.1%,CC值比Lei等人高0.124,多定位亚核蛋白总预测成功率比Lei等人高15.2%.     

基于LightGBM的蛋白质类泛素化修饰位点预测

蛋白质类泛素化修饰位点的准确识别对基础研究和药物开发都具有重要意义.该文提出了一种基于蛋白质序列特征的类泛素化修饰位点预测模型.该模型结合氨基酸的物理化学属性统计特征和氨基酸序列二元语法模式特征,训练一种轻量型梯度提升机(Light gradient boosting machine,LightGBM)分类器预测某个蛋...     

用离散量方法预测细胞凋亡蛋白的亚细胞位置

细胞凋亡蛋白的亚细胞位置与它的功能紧密相联．基于一个凋亡蛋白的亚细胞位置主要决定于它的氨基酸序列这一观点，提出了一种新的预测凋亡蛋白亚细胞位置的算法——离散量方法．计算了蛋白质一级序列中紧邻残基对的出现个数，作为离散源中的参数，利用离散增量极小化对四类凋亡蛋白进行定位预测．采用Zhou和Doctor使用的数据库，通过Re-sub-stitution检验和Jack-knife检验方法，离散量方法比他们使用的协变判别式算法总体预测成功率分别高1．0％和12．2％；采用我们自己整理的扩大以后的数据库，通过Re-substitution检验和Jack-knife检验方法，总体预测成功率分别为88．1％和78．1％．     

复合氨基酸调味液

本文综述了氨基酸调味液的特点、生产工艺和国内外现状，并从原料、盐酸水解等方面对氨基酸调味液的生产进行了探讨，尤其对除臭、澄清两大难点进行了讨论。     

氨基三甲叉膦酸对铝合金钛锆钝化膜性能的影响

将氨基三甲叉膦酸添加到钛锆钝化液中,用浸渍法在AA6061铝合金表面上形成钝化膜.用电化学方法研究了添加氨基三甲叉膦酸前后的钛锆钝化膜的耐腐蚀性能,并对成膜机理和耐蚀机理进行了分析.电化学分析结果表明,添加氨基三甲叉膦酸后,腐蚀电位更低,且腐蚀电流密度明显降低,说明在钛锆钝化液中加入氨基三甲叉膦酸后可以更好地减缓铝合金的阴极反应,从而更有效地抑制铝合金腐蚀反应的发生.     

野生稻材料中氨基酸、碳、氮含量分析及其在种质资源评价中的应用

 野生稻是宝贵的遗传资源库.云南有较丰富的野生稻资源,研究对云南及其它来源的野生稻和栽培稻茎、叶和稻米中氨基酸含量及碳、氮含量进行了分析.结果表明:所涉及的几种材料中茎叶内总氨基酸质量比差异较大,小粒野生稻最高56.8 mg/g,野生的元江普通野生稻最低22.8 mg/g.换算的C/N和蛋白质质量分数变化范围分别为12~38和6%~20%.对野生稻茎、叶和相应的稻米中氨基酸总量及氨基酸组成间的相关性进行了分析,发现两者具有显著相关性.并初步探讨了茎、叶中氨基酸含量在评价植物种质资源评价中的应用.     

氨基酸在水溶液中扩散系数的测量

氨基酸的分离及加工过程经常会涉及到扩散问题,但相关的实验数据还远远不能满足需要,因此实验测定氨基酸的扩散系数具有十分重要的意义．利用实时激光全息干涉法对氨基酸在水溶液中的扩散进行了研究,在对实验装置可靠性验证的基础上,测定了L-异亮氨酸、L-丝氨酸、L-苏氨酸和L-精氨酸在298．15 K水溶液中的液相扩散系数,并分析了分子结构和溶液浓度对氨基酸扩散系数的影响．研究结果为优化氨基酸的分离及加工处理过程提供了一些实验依据．     

沙苑子对运动性疲劳大鼠血清BCAA、AAA的影响

分析中药沙苑子对运动性疲劳模型大鼠血清支链氨基酸(branched-chain amino acid,BCAA)及芳香族氨基酸(aromatic amino acid,AAA)的影响,为沙苑子作为运动保健品的开发利用提供实验依据.选用SD(Sprague Dawley,SD)雄性大鼠24只,体重190~230 g,随机分为安静对照组、一般训练组、强化训练组、强化加药组(各6只),进行7周递增负荷跑台运动建立运动性疲劳大鼠模型,于第8周始运动即刻后取材,运用氨基酸自动分析仪测定大鼠血清游离氨基酸含量.结果表明,长时间耐力跑台运动应激使大鼠血清BCAA含量有所下降,AAA尤其是游离色氨酸(free-tryptophan,f-Trp)含量上升,沙苑子可抑制BCAA下降、AAA上升趋势;长时间耐力跑台运动使实验大鼠血清f-Trp/BCAA、AAA/BCAA显著增加,运动过程中血中蛋白质代谢增强,BCAA大量分解供能,AAA相对增多,从而使f-Trp/BCAA、AAA/BCAA增高.沙苑子可以抑制f-Trp/BCAA、AAA/BCAA上升,且对强化训练引起的f-Trp/BCAA、AAA/BCAA升高有显著的降低作用.沙...     

水溶液中6种氨基酸与甘露醇的焓相互作用

利用2277热活性检测仪的流动混合系统测定了298．15K时甘氨酸、L-丙氨酸、L-丝氨酸、L-缬氨酸、L-脯氨酸和L-苏氨酸分别与甘露醇在水溶液中混合过程的焓变,根据McMillan-Mayer理论得到各级焓作用系数,并与6种氨基酸在纯水溶液中的焓对作用系数h2进行了比较．结果表明,甘露醇对缬氨酸和丝氨酸的焓对作用系数值改变较大,而对侧基极性或非极性都不明显的氨基酸改变值较小．用溶质—溶质相互作用和溶质—溶剂相互作用理论对结果进行了解释．     

下脚丝水解条件的实验研究

本文的重点是研究影响下脚丝水解程度的酸浓度、反应温度、反应时间等因素，由实验得出其最佳水解条件．     

氨基酸衍生物的电化学研究及碱性氨基酸的极谱测定

本文研究了多种氨基酸与水杨醛在碱性介质中的衍生化及其产物（席夫碱）的电化学行为。结果表明：席夫碱的生成和氨基酸的测定灵敏度受氨基酸的性质影响很大，碱性氨基酸能形成很好的极谐波，检测限低于１×１０－６ｍｏｌ／Ｌ，用此法测定了食品中的赖氨酸含量和血清中蛋白质总量，得到较满意的结果．     

含氮羧酸的羟乙基甲硝唑酯的合成

为寻找羟乙基甲硝唑的替代物,分别采用酸酐法、酰氯法或DCC法,将氨基羧酸与羟乙基甲硝唑反应,得到5个亲水性不同的单酯或二酯,用MS谱确证了次氨基三乙酸与乙酸酐反应的中间物,并对得到的酯的1H-NMR谱进行了初步研究.3个二酯中,有2个未见文献报道.     

氨基酸对映体拆分的研究进展

本文综述色谱法，毛细管电泳法和萃取法在分离氨基酸对映体方面的有关最新研究成果，讨论各种拆分方法的原理和影响因素。