SSR分子标记在作物遗传多样性研究中的应用现状

微卫星(microsatellites)或简单序列重复(simple sequence repeats,SSRs)是以1-6个碱基为基本单元的串联重复序列,具有含量丰富、多态性高、共显性和检测方法简单等优点,是研究植物遗传多样性的主要的分子标记方法之一,已被用于多种农作物的遗传多样性研究。概述了微卫星DNA标记的原理及特点,探讨了其在农作物物遗传多样性研究中的应用和发展前景。     

基于SSR标记的福建省闽楠代表性群体遗传多样性分析

【目的】闽楠(Phoebe bournei)是珍贵的用材树种,被列为国家Ⅱ级重点保护野生植物。以福建省内保存较好的3个代表性闽楠自然群体为对象,研究其群体间及群体内的遗传变异水平及遗传结构特征,探究其成因,为闽楠天然群体的保护和利用提供依据。【方法】利用自行开发的18个多态性SSR标记,对3个群体共计88个样本进行检测,利用Popgene 32软件,分析群体的有效等位基因数(N_e)、观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)、基因分化系数(F_st))等,利用Structure软件研究群体的遗传结构。【结果】3个闽楠群体的平均期望杂合度为0.629,表明遗传多样性较丰富;3个群体的平均观测杂合度明显低于期望杂合度,群体内近交程度较高[近交系数(F)=0.280)],尤其是罗卜岩群体H_o/H_e差异大(0.399/0.608)、近交程度高(F=0.378);分子变异分析显示,闽楠的变异主要来源于群体内,群体间存在中等程度的分化(F_st=0.197)。聚类分析结果表明,3个群体闽楠样本可明显区分为两类,两类间存在明显的遗传分化,福建罗卜岩和福建顺昌群体为第Ⅰ类,且两者地理位置较近;福建政和与其距离较远,为第Ⅱ类。【结论】福建闽楠3个代表性群体具有较高的遗传多样性,但具有小群体特征,群体内近交程度较高,而地理隔离和人为活动使闽楠具有一定程度的遗传分化;应采取措施使群体内充分异交,以维持闽楠群体较高的遗传多样性。     

基于SSR标记的麻栎天然群体遗传多样性分析

【目的】基于SSR分子标记对麻栎天然群体遗传多样性与遗传结构进行分析,为麻栎种质资源的保护和利用提供理论基础。【方法】以分布于我国7个省8个麻栎天然群体的150个个体为研究对象,利用筛选出的18对SSR引物,使用GenAIEx 6.51、MEGA 7.0.26和Structure 2.3.4等软件,采用AMOVA分析、主成分分析、聚类分析和Structure分析等方法,对麻栎群体及相应个体的遗传多样性、分子方差、遗传距离及遗传结构进行研究。【结果】18个SSR位点的等位基因数(N_a)平均为5.625个,有效等位基因数(N_e)平均为4.104个,Shannon指数(I)平均为1.338,观测杂合度(H_o)平均为0.895,期望杂合度(H_e)平均为0.645,筛选出的18对麻栎SSR引物具有丰富的多态性。8个麻栎群体的遗传距离为0.222~1.587,遗传一致度为0.205~0.801,遗传分化系数(F_st)平均为0.252,基因流(N_m)平均为1.140,固定指数(F)均为负值且平均为-0.441。麻栎群体的遗传多样性水平较高,遗传分化小,且群体间存在杂合子剩余;其98%的变异来自群体内, 2%的变异来自群体间。UPGMA聚类分析、Structure分析均将8个群体分为2组,二者的个体组成成分存在一定差异;主成分分析结果与上述基本一致,存在一定的交叉引种及基因渐渗现象。【结论】麻栎群体遗传多样性水平较高,遗传分化水平较低,遗传差异主要存在于群体内部,并呈现出沿“西南—东北”方向地理变异规律。因此,对麻栎天然群体的保护应该采取原地保护和异地繁育保存相结合的措施。     

基于SSR标记的白栎天然居群遗传多样性分析

[目的]利用SSR分子标记,对白栎天然居群进行遗传多样性分析,为其种质资源的合理开发与保护提供指导.[方法]采用筛选出的SSR引物对3个群体进行遗传多样性与遗传结构研究,并计算遗传参数;基于个体间的遗传距离进行主成分分析,运用GenAlEx 6.5进行遗传距离与地理距离的相关性Mantel检验,软件Arlequin用于...     

基于荧光SSR标记的紫薇遗传多样性分析

【目的】以收集的239份紫薇属(Lagerstroemia)种质和1份黄薇属(Heimia)种质为材料,开展种质种间特征分析和紫薇种内资源的遗传多样性分析,为进一步优化紫薇种质资源收集保存及合理利用提供科学依据。【方法】基于16对荧光引物鉴定样品基因型,利用GeneMarker软件进行基因型数据的读取;对239份紫薇属种质和1份黄薇属种质进行特征位点分析;并利用Popgene、Cervus、NTSYS和GenAlEx软件对227份紫薇种质进行遗传多样性参数估算、聚类分析和主成分分析。【结果】紫薇(L.indica)种内的特征位点信息最为丰富,其中15个引物所体现出的特征位点信息中,紫薇都有其独特的位点区别于其他6个种,而在福建紫薇(L.limii)、川黔紫薇(L.excelsa)和尾叶紫薇(L.caudata)中也有部分特异的特征位点是紫薇中没有的;16对紫薇SSR荧光引物共检测出143个等位基因,平均每个位点有8.938个等位基因,平均有效等位基因数(N_e)为3.600,Shannon’s信息指数(I)均值为1.459,观测杂合度(H_o)均...     

SSR标记对籼稻品种的遗传多样性分析

利用500多对SSR标记对广陆矮4号、珍汕97B、佳辐占、明恢86和明恢63 5个籼稻亲本品种进行遗传多样性分析.结果表明,佳辐占与明恢63、明恢86、珍汕97B和广陆矮4号之间的相似系数分别为78.1%、76.1%、72.8%和71.7%.相对而言,其相似系数越小,遗传距离越大,因此利用佳辐占与这些品种组配较有希望选育出品质优良、综合优势明显的新品系.同时研究表明,标记间平均距离为10 cM或小于10 cM时,分析所得结果较为可靠.     

水稻遗传多样性及其农艺性状与SSR标记的关联分析

分析水稻材料的遗传多样性,寻找与农艺性状相关联的分子标记,为水稻杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据.利用60对分布于水稻12条染色体组的SSR标记对190份水稻材料进行遗传多样性分析与群体遗传结构分析,并采用Tassel3.0的GLM和MLM进行标记与农艺性状的关联分析.结果显示,190份水稻材料的遗传相似系数(GS)变异范围为0.62～0.97,平均值为0.86.按群体遗传结构可将供试材料分为3个亚群.以GLM分析,发现8个与穗长、一次枝梗数、一次枝梗穗粒数、二次枝梗数、二次枝梗穗粒数、总穗粒数和饱满穗粒数相关联的标记,各标记对表型变异的解释率为0.0648;以MLM分析显示,8个标记对表型变异的解释率在0.0378～0.0648.本研究获得的这8个农艺性状相关的分子标记可以作为辅助育种培育高产水稻品种的分子标记.     

“石门核桃”种质资源遗传多样性的SSR分析

为了确定“石门核桃”种质资源的遗传多样性,采用SSR标记技术,对20份“石门核桃”实生优株,15份核桃种质资源进行了遗传多样性分析。结果表明,筛选出的16对SSR引物扩增的等位基因变幅为3～10,片段范围100～306 bp,多态性信息含量在0.481 0～0.765 6之间,具有较高的多态性。采用UPGMA法在遗传距离0.26处将35份资源分为5类,麻核桃种质盘龙纹独自聚为1类,“石门核桃”实生资源与其他种质资源分布于其他4类中。     

茄子种质资源SSR鉴定及遗传多样性分析

应用 SSR 技术对 83 份茄子种质资源进行了遗传多样性分析,从 23 对引物中筛选出15 对多态性高、稳定性好的引物进行扩增分析,共检测到 148 个位点,每个 SSR 位点的等位变异范围为 3～19 个,平均每对引物有9.8个扩增位点.83份种质的 Jaccard's 相似系数值最大为 0.989(2～7),最小...     

遗传多样性与植物的遗传标记

随着研究方法和实验技术不断的发展,植物遗传多样性的研究工作从形态学水平、细胞学 (染色体)水平、生化水平逐渐发展到了DNA分子水平．形态、细胞、生化及DNA等各水平的分析方法,为研究植物的遗传多样性提供了有效的工具．从以上几个方面介绍了植物遗传标记的发展和应用现状．     

老芒麦野生种质资源遗传多样性的SSR分析

采用SSR标记技术,对来源于内蒙古5个盟市的7个样点的35份老芒麦（Elymus sibiricus）野生种质资源进行了遗传多样性分析．从筛选出多态性强、重复性好的20对引物中,检测出326个等位位点,平均每对引物产生12．55个多态位点;多态位点百分率为76．99％,遗传距离的变化范围在O．0000—0．3079之间,说明供试材料问亲缘关系较近;35份老芒麦种质的Nei’S遗传多样性指数（h）为0．2223,Shannon指数（I）为0．3288,意味着供试的35份材料间的遗传多样性相对丰富．在O．71水平处,测试材料大致分为两大类,来源于内蒙古东部、中部和西部区的材料交叉明显,表现出地理非同源性．本研究为探讨老芒麦遗传变异与环境的关系及老芒麦野生种质资源的保护提供了理论依据．     

Chromosomal Location of Gene for Earbranching of Barley Natural Mutant ＂f151＂ Using SSR Markers

0　IntroductionHighgrainyieldisoneoftheimportanttargetsinbarleybreeding .Thenumberofgrainsperearisoneofthethreeconstitutivefactorsofyieldinbarley ,andthenumberofspikeletsperearisanimportantfactorwhichaffectsonthenumberofgrainsperear .Earbranching ,differentfromgeneralbranching ,hasbeensuggestedbyAsana (1 970 )asaplanttypewhichbearsagreaternum berofspikeletsandtherebyincreasesthegrainproduc tion[1] .Therefore ,theexcavationandcultivationofear branchingbarleycouldlayasoundfoundationforsignifi c…     

长白猪微卫星标记的遗传多样性

采用ESTMS20,SW2570和S0002等3个微卫星标记对长白猪进行了遗传多样性的研究。结果发现,3个卫星标记在长白猪中均具有多态性,遗传杂合度分别为0.69,0.70和0.41,多态信息含量分别为0.64,0.68和0.38。以上结果表明,这3个微卫星标记在长白猪群体中属于高度多态性座位,可以用于长白猪遗传多样性的评估。     

青藏高原铜矿资源研究进展

 青藏高原铜矿开发和利用历史悠久。得益于复杂的地质结构及地质演化过程,青藏高原具备得天独厚的铜矿成矿地质条件,铜矿因此成为高原地区最重要的优势矿种之一,探明铜资源量位列全国之首,是中国最重要的铜矿产地和后备铜资源基地。青藏高原地区铜矿床主要分布在玉龙铜矿成矿带、冈底斯铜矿成矿带及班公湖-怒江铜矿成矿带等3条铜矿带内,形成时代集中于喜马拉雅期和燕山期,暗示其形成和演化与高原构造-岩浆事件密切相关,是响应重大地质事件的产物。矿床具有成因复杂、综合利用价值大的特点。本文以铁格隆南铜（金）矿床、雄村铜金矿床、甲玛铜多金属矿床和驱龙铜钼矿床为例,介绍了青藏高原地区几种主要的铜矿床成因类型。巨大的铜矿资源潜力将改变中国铜矿资源分布格局,但在资源开发的同时,需要注意资源与环境的协同发展。     

小麦染色体2DS雌性育性位点遗传多态性分析

小麦雌性不育系XND126属于生态遗传型不育系.通过SSR分子标记分析,在2DS染色体上定位了一个雌性育性主效QTL位点.为了构建高密度遗传图谱并精细定位该主效位点,用2DS参考遗传图谱上的14对SSR标记,研究了59个育性正常的普通小麦品种与XND126的DNA多态性,筛选到不同生态型多态性较高的品种共12个,每个品种多态性标记达12~13个,这些品种可以用作杂交亲本,构建新的QTL精细定位群体.在品种组成的群体中,与主效基因位点最近的标记,表现出有较多的品种与雌性不育系具有差异.     

AFLP分子标记在鹀属遗传多样性分析中的初探

利用扩增片断长度多态性（AFLP）技术分析了鹀属(Emberiza)4种鹀(三道眉草鹀Emberi za cioides, 白头鹀Emberiza leucocephala, 白眉鹀Emberiza tristrami, 灰头鹀Emberiza spodocephala)基因组DNA的多态性. 在选取的39对引物中, 有11对能得到重复性好的多态性扩增条带, 每对引物扩增带数为27~76. 共得到535个标记位点, 其中429个为多态位点, 多态位点 比率达801%; 在UPGMA聚类关系图中, 4种鹀聚成一大类, 三道眉草鹀与白头鹀、 白眉鹀与灰头鹀分别两两相聚. 结果表明, AFLP可用于分析鹀属遗传多样性.     

青藏高原盐湖硼矿资源

 青藏高原赋有丰富的盐类矿产资源,尤以富含硼为其重要特征之一,形成地球上独特的外生硼成矿带,为中国已知最有远景的外生硼矿产区。青藏高原盐湖硼矿资源分为固体类型和液体类型,液体硼矿居多且有较大资源远景,但目前以开发利用固体硼矿为主。青藏高原盐湖不同水化学类型硼矿具有不同矿物组合和有用矿物,因此盐湖固体硼矿矿石类型繁多。目前,青藏高原已发现的硼酸盐矿物有14种,盐湖固体硼矿矿石类型分为硼砂型、镁硼酸盐-钠硼解石型、柱硼镁石-库水硼镁石型、库水硼镁石型和钠硼解石-柱硼镁石型。中国硼矿资源量虽大,但可利用资源十分有限,供需矛盾十分突出,因此推进青藏高原富硼盐湖的综合开发利用和扩大找硼研究工作,具有重要的科学与经济意义。