斜带石斑鱼神经坏死病毒基因组RNA1和RNA2序列测定及分析

根据GenBank数据库公布的鱼类神经坏死病毒(nervous necrosis virus,NNV)同源序列设计了7对特异性引物,采用RT-PCR方法扩增出目的片断,将PCR产物测序和分析.斜带石斑鱼Epinephelus coioides神经坏死病毒(orange-spotted NNV,OGNNV)基因组由两个片断(RNA1和RNA2)组成,RNA1由3 103个核苷酸组成,含有一个开放阅读框,编码982个氨基酸;RNA2由1 433个核苷酸组成,含有一个开放阅读框,编码338个氨基酸.OGNNV基因组与新加坡GGNNV(greasy grouper NNV)的基因组有高度的相似性.分析病毒的RNA2序列发现:OGNNV与DGNNV(dragon grouper NNV)、RGNNV(redspotted NNV)和GGNNV的亲缘关系很近,并且具有相同的中和位点;分析病毒的RNA1序列,发现在OGNNV的RNA1序列中同样可以找到依赖RNA的RNA聚合酶的6个模序(motif).根据同源性比较和系统进化分析,OGNNV属于RGNNV血清型的成员.     

基于茎环法的RT-qPCR检测哺乳动物抗病毒siRNA的表达

抗病毒RNA干扰(RNA interference,RNAi)机制在哺乳动物中保守存在,宿主通过病毒源siRNA(virus-derived small interfering RNA,vsiRNA)引导Ago2蛋白剪切病毒RNA,从而发挥抗病毒作用.为了建立快速检测宿主抗流感病毒(PR8ΔNS1)和野田村病毒(NoVΔB2)特异性siRNA分子的方法,根据病毒特异性siRNAs序列设计茎环引物和扩增引物,筛选出具有高特异性和灵敏度的茎环引物和PCR扩增引物(16768,3280和24～45),成功建立了茎环法RT-qPCR检测哺乳动物病毒源siRNA表达水平的系统.该方法快速简便,准确性高,兼具较高的特异性与灵敏度,可作为小RNA测序替代方案检测siRNA或在测序前对宿主产生的病毒源siRNA进行有效监测与评价.     

海南石斑鱼苗病毒性神经坏死病的初步诊断

为了探究2019年1月份海南省乐东县某养殖场所培育的珍珠龙胆石斑鱼鱼苗发生大规模死亡的病因,本研究对发病情况进行了调查、临床诊断和实验室诊断.研究结果显示:该病并未在主要发病季节发生,但出现了典型的病毒性神经坏死病(viral nervous necrosis,VNN)症状,其症状为食欲降低、行为异常、转圈、鱼体发黑、体况差等,累计死亡率达62%.本研究针对患病鱼体进行了寄生虫学检查,结果为阴性;组织病理学结果显示:患病鱼的视网膜和脑组织空泡化严重;应用世界动物卫生组织(OIE)推荐的VNN特异性检测引物,运用RT-PCR检测方法,扩增出病毒性神经坏死病毒(nervous necrosis virus, NNV)特异性的421bp基因片段;运用虹彩病毒科蛙病毒(Ranavirus)、细胞肿大病毒(Megalocytivirus)检测引物,采用PCR方法排除了混合感染,并初步诊断该病为病毒性神经坏死病,此外,针对石斑鱼养殖后期的病害防御提出了合理的措施。     

鱼类神经坏死病毒研究进展

神经坏死病毒(nervous necrosis virus, NNV)是病毒性神经坏死病(viral nervous necrosis, VNN)的病原，可感染120余种海水鱼，感染后导致鱼类脑部与视网膜空泡化，发病死亡率最高可达100%.综述了神经坏死病毒的基因组、编码的蛋白、病毒的受体、诱导的免疫反应以及病毒的检测与防治研究，并对该疾病未来的防治手段和研究方向进行了探讨，以期对科学防治神经坏死病提供理论依据，推进石斑鱼、海鲈鱼等海水鱼养殖业的发展.     

卵形鲳鲹主要致病链球菌多重PCR诊断技术的建立

【目的】快速、准确地检测卵形鲳鲹(Trachinoms ovatus)感染无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)、停乳链球菌(Streptococcus dysgalactiae)、海豚链球菌(Streptococcus iniae)和格式乳球菌(Lactococcus garvieae)4种主要的致病菌,为卵形鲳鲹的健康养殖提供依据。【方法】针对4种致病菌的特异基因设计特异性引物cfb-F/cfb-R,tuf-F/tuf-R,Si-F/Si-R,PLG-F/PLG-R,建立多重PCR反应体系,通过调试各引物对之间的最佳比例以及最适退火温度,对反应体系进行优化及灵敏度测试。2014年6~8月,应用该体系对北海及湛江各养殖场的发病卵形鲳鲹进行检测,然后用通用引物扩增16SrRNA基因,经测序、比对检测体系的准确性。【结果】反应体系中cfb-F/cfb-R,tuf-F/tuf-R,Si-F/Si-R,PLG-F/PLG-R的最适浓度分别为0.2μmol/L,0.08μmol/L,1.6μmol/L和0.4μmol/L;最优退火温度为54.3℃;4种目标菌的检测灵敏度为5×10~(-2) ng/μL;11份病原样品检测中,2份出现海豚链球菌的目的条带,4份出现无乳链球菌的目的条带,5份未见目的条带,和测序分析结果一致。【结论】多重PCR方法能代替传统的微生物检测方法特异、快速、灵敏地检测4种致病菌。     

卵形鲳鲹TNFSF6的原核表达、纯化与多克隆抗体的制备

为了研究卵形鲳鲹肿瘤坏死因子配体6(TNFSF6)的功能,本研究构建了TNFSF6的原核表达载体并制备了其多克隆抗体,首先通过PCR扩增技术扩增获得了TroTNFSF6的开放阅读框序列,并构建了原核表达重组质粒pET-TroTNFSF6,随后将重组质粒转化至大肠杆菌表达菌株BL21中,进行原核表达并获得重组蛋白rTroTNFSF6.结果显示,重组蛋白rTroTNFSF6大小约46.5 kDa,其最适诱导温度为20℃,诱导时间为8 h,IPTG的最佳浓度为0.6 mmol/L.可溶性分析表明,重组蛋白rTroTNFSF6主要在沉淀中,以包涵体的形式存在.将纯化后的重组蛋白rTroTNFSF6免疫小鼠以制备多克隆抗体,ELISA检测结果表明其效价高达1∶32 000.本研究为进一步探究卵形鲳鲹TNFSF6的功能奠定了基础.     

实验动物雪貂阿留申病病毒核酸检测方法的建立

目的 建立阿留申病病毒PCR检测方法,以用于实验动物雪貂阿留申病病毒的检测。方法 参考Genebank中阿留申病病毒核酸VP2基因序列设计一对引物,建立PCR检测方法,进行特异性、敏感性测试,并对实验雪貂粪便样品进行筛查。结果 测序结果显示,使用设计的引物可特异性地扩增获得阿留申病病毒的VP2中531 bp基因片段;在常见实验动物DNA病毒,小鼠多瘤病毒、小鼠细小病毒、犬细小病毒、疱疹病毒、鼠痘病毒、仙台病毒、小鼠腺病毒中均未扩增出目的条带;以目的片段核酸为模板测试该方法敏感性,检测下限达到90. 6 copy/μL。应用该方法对39份雪貂粪便样品进行检测,未检测出阿留申病病毒核酸阳性。结论 本研究建立的方法具备一定的特异性和敏感性,可作为实验动物雪貂中阿留申病病毒感染病原筛查的方法。     

侵染加工番茄的BBWV2的分子鉴定及田间检测

利用蚕豆病毒属的兼并引物对23个加工番茄病株进行RT—PCR检测,其中19株检测出被该属病毒侵染。从中选取4个病株的RTPCR产物进行克隆和测序,将所得序列经过基因库检索发现,4个序列均与蚕豆萎蔫病毒2（BBWV2）基因组RNA1的序列同源性最高。然后对病毒分离物XJ14-1基因组进行进一步的克隆和测序,获得RNA1组分3659个核苷酸,RNA2组分1300个核苷酸,序列比对结果显示,它们与BBWV2的RNAl和RNA2具有高的序列同源性,分别为76．6％～94％和76．9％～94．1％,而与BBWVl的RNA1和RNA2的序列相似性都很低。因此分子鉴定结果表明,新疆加工番茄受到BBWV2的侵染。利用BBWV2的单克隆抗体对田间不同品种（品系）加工番茄病株进行ELISA检测,结果显示田间病株带毒率达到53．3％,并且供试20品种（品系）均可被BBWV2侵染,该数据表明,BBWV2在田间发生普遍。     

利用RT-PCR法对木槿病叶初步检测

本试验利用不同方法对木槿病叶进行总RNA提取效果比较 ,同时用RT PCR方法 ,用广谱性植物病毒TMV、CMV、PXV和PVY的外被蛋白基因设计的引物对染病木槿的花叶病和皱缩病检测 .结果显示 :磁珠式固态样本总RNA快速分离纯化的方法提取的RNA比较完整 ,而Sangon(上海生工 )Trizol法提取总RNA和BioDev(博大泰克 )高效Trizol试剂提取总RNA相比较较差 ;不同模板浓度对PCR反应产物的影响较大 ;探讨了四种病毒对木槿的感染情况 ,分析得知 ,木槿的花叶病和皱缩病可能不是由于其中的病毒引起的 .本文虽然没有证明了木槿是由何种病毒引起的 ,但是对木本植物病毒的检测工作翻开了新的一页 ,并且对我国更多的木本植物的病毒检测将有更重要的意义 .     

小鼠巨细胞病毒PCR 诊断方法的建立及其应用

摘要: 目的建立小鼠巨细胞病毒( MCMV) PCR 检测方法,并进行初步应用。方法根据NCBI 公布的巨细胞病毒设计引物,进行PCR 体系优化、敏感性、特异性测试; 运用优化后的方法,对87 份小鼠血清进行检测,对阳性样本进行测序分析。结果建立的小鼠巨细胞病毒PCR 方法灵敏度高,特异性好,初步检测4 个屏障设施的87 份小鼠血清, 13 份为阳性,通过测序证实为小鼠巨细胞病毒,验证了此方法的可行性。结论为小鼠巨细胞病毒的快速检测提供了方法。     

吐鲁番温室番茄病株及传毒烟粉虱的双生病毒检测与鉴定

为了明确吐鲁番地区温室番茄黄化曲叶病的病毒种类及传毒烟粉虱的生物型及携带病毒的情况,本研究利用番茄黄化曲叶病毒的特异引物通过PCR检测和DNA测序,对温室采集的43个番茄病株进行了病毒种类的分子鉴定;利用烟粉虱特异引物和番茄黄化曲叶病毒特异性引物通过PCR检测和DNA测序,对鄯善县温室采集的180头烟粉虱进行了生物型鉴定和带毒检测,并构建了双重PCR检测方法。结果显示:吐鲁番市和鄯善县温室发生的番茄黄化曲叶病的病毒种类为番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV),病株带毒率为39.5%。鄯善县温室发生的烟粉虱主要为Q型烟粉虱,带毒率为67.8%,是主要的传毒介体。本研究建立的双重PCR检测技术,能快速有效地确定Q型烟粉虱的生物型和携带TYLCV的情况。     

人博卡病毒微滴数字PCR定量方法的建立

为准确、快速地从临床鼻咽拭子样本中筛选出人博卡病毒(HBoV)感染的阳性样本,以HBoV-sh9基因的保守区序列为检测靶标合成引物和探针,建立了微滴数字PCR(dd PCR)检测HBoV的方法.结果表明:HBoV dd PCR方法具有较高的特异性,在(0.5~6.8)×10~3copies/μL HBoV DNA浓度范围内,具有良好的线性和精确度,定量限低至0.5 copies/μL.182份临床样本检测结果显示:HBoV感染的阳性率为8.24%.此建立的HBoV dd PCR方法在定量限、准确性和重复性上较常规PCR优势明显,不受样品基质和扩增效率的影响.     

进出口动物产品中ADV和CPV复合PCR方法的建立和应用

针对ADV和CPV基因序列保守区域设计两对引物,建立了ADV和CPV复合PCR方法,并对进出口动物样品进行了检测。结果表明,该方法特异性和敏感性良好,非常适宜临床样品的大量筛选检测,为建立特异、敏感、快速的水貂阿留申病和犬细小病毒病检测方法奠定了基础。     

1株卵形鲳鲹病原菌的分离、鉴定及其药敏试验

为了给卵形鲳鲹的病害防控提供科学的依据,本研究对2020年7月海南临高县桥头镇网箱养殖的发病卵形鲳鲹(Trachinotusovatus)进行了病原的分离、纯化、鉴定和药敏试验.结果显示:从脑心浸液培养基分离获得了 1株优势菌,其对卵形鲳鲹的14 d半数致死浓度(LC50)为6.863x105CFU/mL,经鉴定该优势...     

广西卵形鲳鲹小脑来源细胞系的建立及特征分析

【目的】卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)是广西重要的海水经济鱼类,但近年来随着养殖规模扩大,各种病害侵染引起的疾病频繁暴发,给广西卵形鲳鲹养殖产业造成重大损失。建立卵形鲳鲹小脑来源的细胞系(Cell line from cerebellum of Trachinotus ovatus,TOCC),将有利于广西卵形鲳鲹养殖中病毒性病害的分离、鉴定和病害的侵染致病分子机理的研究,以及环境污染和变化的动态监测。【方法】采用胰蛋白酶消化法分离得到卵形鲳鲹小脑组织的原代细胞,并进行原代培养。待原代细胞铺满单层后进行传代培养。对稳定传代的TOCC进行18SrDNA基因测序分析,然后进行生长速率分析和染色体分析,并开展病原菌(溶藻弧菌Vibrio alginolyticus)胞外产物对TOCC的毒性分析。【结果】稳定传代的TOCC为成纤维样细胞,18SrDNA基因分析结果显示其来源于卵形鲳鲹;染色体核型分析发现TOCC具有二倍体特征,特征染色体数目为62条;不同培养条件下TOCC细胞的生长速率不同,28℃生长速度最快;病原菌胞外产物对TOCC具有明显的毒性。【结论】本研究成功建立广西卵形鲳鲹小脑组织来源的细胞系(TOCC)。细菌胞外产物对TOCC细胞毒性结果表明,该细胞系在一定范围内能够替代活体检测,实现体外细胞水平对广西海水养殖中病害侵染和环境污染物的快速检测,为养殖病害的有效预防提供技术支持。     

甘蓝型油菜植物防御素基因的克隆与原核表达

根据Genbank上已知的植物防御素基因设计引物,以甘蓝型油菜中的品种”蜀杂九号”种子总RNA反转录成的eDNA为模板,进行PCR扩增,获得了243bp的片段．将该片段回收。连接到pMD18-T载体测序,将测序片段经酶切回收后克隆到GTK表达载体中,在0．1mmol IPTG诱导下表达出与理论值相符的34kD的融合蛋白条带,用GST单克隆抗体做第一抗体进行Western-blot检测,获得阳性结果,这为甘蓝型油菜植物防御素基因功能的进一步研究提供了基础．     

利用KS基因筛选Ⅱ型聚酮类化合物产生菌的方法研究

根据酮基合酶编码基因(ketoacyl synthase,KS)的同源性设计简并引物,并利用PCR技术快速筛选携带聚酮类化合物编码基因的放线菌菌株.试验筛选了33株放线菌菌株,检测获得PKSⅡ型阳性菌株16株.克隆并测序获得16条KS基因序列,进行BLAST同源性比对,与GenBank中已知的KS基因序列的相似度在89%~99%之间.提交GenBank,获得的各菌株KS基因登录号为FJ620885~FJ620889,FJ620892,FJ878801~FJ878810.抑菌实验表明,携带KS基因的16株放线菌中,13株具有抑制真菌活性,2株具有抑制革兰氏阳性细菌活性.系统进化树分析表明16株放线菌可以分为7个类群,其中,具有产生新型聚酮类化合物潜力的菌株8株,说明筛选出的KS基因具有一定的多样性.结果表明,利用PCR技术可以快速有效筛选Ⅱ型KS基因,为生物资源的开发利用奠定基础.     

文蛤(Meretrix meretrix)地理种群ISSR分子标记的初步研究

利用ISSR(InterSimpleSequenceRepeate)技术对文蛤(Meretrixmeretrix)江苏和辽宁两个地理种群进行了PCR扩增.从100条ISSR引物中筛选出引物13条,每条引物检测出位点数1到8.平均每条引物可检测到位点数4 6个.实验结果表明:江苏文蛤的位点多态性(80 7%)高于辽宁文蛤的位点多态性(68 4%);种群内平均遗传距离分别为0 3105±0 090和0 2658±0 044,江苏文蛤也高于辽宁文蛤.从筛选得到的引物可以发现,文蛤简单重复序列中A、G碱基含量较高.通过对不同实验条件的对比,对ISSR PCR反应体系进行了优化.     

利用mRNA分析技术鉴别血液与精液研究

目的:探讨鉴别血液与精液的一种新方法。方法:采集月经血、外周血和精液样本,试剂盒提取样本RNA,反转录试剂盒反转录后得到c DNA,利用挑选的引物进行PCR扩增,检测若干个特定基因m RNA的表达情况。结果:发现月经血中可以同时检测到HBB与MMP11基因m RNA;而在外周血中只检测到HBB基因m RNA;在精液中可以同时检测到TGM4、PRM2基因m RNA。结论:检测MMP11、TGM4、PRM2基因m RNA表达可用于鉴别外周血、月经血和精液。     

蓝舌病病毒内蒙古分离株VP_2基因5′端序列分析及探针制备

从内蒙古巴盟地区分离的蓝舌病病毒株(BTV-NM)提取总RNA,经反转录PCR扩增VP2基因5′端片段,并构建至pGEM-T载体中.序列测定后,将这一序列与蓝舌病毒澳大利亚株VP2基因5′端进行比较分析:同源性为40%.通过PCR法标记克隆的cDNA片段,制备地高辛标记探针,与粗提的蓝舌病发病羊病毒RNA进行Northernblot杂交,并作敏感性试验,结果表明此探针对蓝舌病毒内蒙古分离株具有特异性,可检测出50pg的病毒RNA.