文昌红树林海草床产蛋白酶菌的多样性

为了探究海南红树林/海草床沉积物中产蛋白酶细菌的多样性及产胞外酶的特性,以海南文昌红树林-海草床复合生态系统表层沉积物中的可培养产蛋白酶细菌为研究对象,通过16S rRNA测序和蛋白酶抑制剂实验进行探究.结果表明,在10个采样点共分离出111株产蛋白酶细菌,分别隶属于厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,共9属,其中弧菌属菌株占总数的75.7%,为优势属.选择61株产蛋白酶活性较高的菌株,通过抑制剂实验结果显示,蛋白酶类型主要有金属蛋白酶和丝氨酸蛋白酶,占比分别为91.8%和86.9%.本研究初步探明了文昌红树林/海草床沉积物中产蛋白酶细菌的丰度及蛋白酶种类的多样性,初步探索了养殖尾水的排放对微生物群落结构的影响,这为后续开展应用性的研究奠定了基础.     

鲫鱼养殖池塘底泥菌群结构及常见可培养菌分析

为了研究江苏地区鲫鱼养殖池塘底泥细菌菌群结构与多样性,通过高通量测序技术对2017年8-10月间采集的江苏省不同区域养殖池塘底泥中所有细菌的16S rRNA V3-V4基因进行扩增测定,分析了底泥菌群结构特征;并通过平板计数法和选择培养基法检测池塘底泥中细菌总数和主要常见菌。结果表明,49个样品高通量测序共获得有效序列2152956条,可归为17735个分类操作单元(OTUs);物种注释结果显示,鲫鱼养殖池塘底泥中具有较高的菌群多样性,检测到的细菌归属于29个门类,所有池塘底泥都具有主要门类为变形菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、水生古细菌门、酸杆菌门、放线菌门、硝化螺旋菌门、螺旋菌门、芽单胞菌门、蓝细菌门、浮霉菌门、疣微菌门等。在属的水平上主要以硫杆菌属,乳酸球菌属,硫氧化菌,甲烷菌,地杆菌属,假单胞菌属,厌氧粘杆菌属,甲烷绳菌属,芽孢杆菌属等为主;所有池塘底泥共有菌主要有乳酸球菌属,甲烷菌,盐单胞菌,芽孢杆菌,红杆菌属,链球菌属,肉杆菌属,微小杆菌属,土芽孢杆菌属等。通过细菌培养发现,池塘底泥中常见益生菌如乳酸菌、芽孢菌具有较高的比例。可见鲫鱼养殖池塘底泥菌群结构及组成具有多样性,不同养殖池塘中共有的细菌可作为益生菌开发的参考菌株。     

文昌航天发射场室内外可培养微生物的分离与鉴定

空间站中的微生物可能会威胁到宇航员的健康和设备的可靠性,影响空间站的长期在轨运行。航天器的AIT厂房（总装、集成、测试）、运输和发射环境是中国空间站主要的地面微生物污染源,采用自然沉降法收集了文昌发射场AIT厂房、加注厂房、员工宿舍、发射塔半封闭厂坪、发射塔通风井、环境试验站6个区域的空气微生物样本,并运用传统的培养法和Sanger测序法对菌株进行了分离鉴定。通过对生物样品的分离纯化,共获得了35株细菌和57株真菌。菌株的基因序列分析表明优势细菌属有芽孢杆菌属（Bacillus）和假单胞菌属（Pseudomonas）,优势真菌属有弯孢属（Curvularia）、曲霉属（Aspergillus）和青霉属（Penicillium）。部分优势菌对空间站内部的系统和设备有潜在的微生物腐蚀危害。     

海南优势海草营养元素的含量及其影响因素研究

研究了海南新村港、黎安港、文昌和琼海（潭门）等地的优势海草种类海菖蒲(〖WTBX〗Enhalus acoroides〖WTBZ〗)、海神草(〖WTBX〗Cymodocea rotundata〖WTBZ〗)及泰来藻(〖WTBX〗Thalassia hemperichil〖WTBZ〗)中氮、磷及铁的含量和影响因素.研究结果表明,海南潮间带海草对养分的吸收与海水营养水平及沉积物氮、磷、有机碳、铁有关.相对于氮,海草叶片磷含量受海水和沉积物的影响更明显.海水磷、沉积物有机碳和铁均能促进海草组织对磷的吸收.海草叶片的氮磷比为新村港（21.73）>黎安（14.25）>文昌（9.53）≈潭门（10.29）,与海水中溶解性总氮和溶解性无机磷的比值呈线性正相关,说明海水的富营养化影响了海草叶片的氮磷平衡.     

湿地水葱根际、根内细菌群落结构及其驱动因素

根际和根内微生物群落对植物的属性和功能具有重要的影响。湿地植物与微生物协同作用,驱动湿地生态系统的物质循环过程,去除污染物,净化水体。本研究运用高通量测序对不同污染梯度下水葱（Scirpus validus）根际、根内细菌群落的结构和多样性进行了分析,研究了环境因子对植物微生物组多样性的影响。结果表明：水葱根际和根内细菌群落在门水平上的组成相似性达69.23%,主要由厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteriota）等组成。根际与根内细菌群落的优势属组成差异性达76.92%。根内的优势属主要为微小杆菌属（Exiguobacterium）、红球菌属（Rhodococcus）、硫杆菌属（Thiobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）以及norank＿f Steroidobacteraceae属。db-RDA分析结果表明,环境因子对根际细菌多样性的影响较大,总解释率达51.93%,而对根内细菌多样性影响较小,总解释率为39.99%。pH、NO₃^-、NH₄     

PCR-DGGE法研究Sludge bio-membrane(SB)系统中反硝化聚磷菌的变化

采用SB同步脱氮除磷系统富集反硝化聚磷菌,利用平板分离法和PCR-DGGE技术,进行微生物种群的跟踪.研究结果表明:通过平板法分离到的微生物主要为棒状杆菌属、不动杆菌属、假单胞菌属、肠杆菌科、莫拉氏菌属、葡萄球菌属、副球菌属共7种,富集后细菌主要为不动杆菌属、假单胞菌属、肠杆菌科、副球菌属4种,富集后系统内细菌种类减少,与采用Sequencing Batch Reactor(SBR)池富集的反硝化聚磷菌不同.采用PCR-DGGE法发现富集前以黄杆菌属、产碱杆菌属、副球菌属、紫色杆菌属、赤细菌属为主,富集后以产碱杆菌属、副球菌属、紫色杆菌属为主,副球菌属是唯一通过2种办法获得确认的反硝化聚磷菌株.采用PCR-DGGE和16S rDNA克隆文库方法研究的同步反硝化聚磷菌都以变形门占优势.     

室内新风空气净化系统微生物多样性研究

对济南市历城区使用不同时间的新风空气净化系统滤膜样本的细菌多样性进行检测，分析室内新风系统潜在的微生物二次污染风险。采集使用6至12个月的新风系统中超细玻璃纤维空气滤膜积累的微生物为样本，进行16S rDNA扩增子测序分析。结果显示：变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门为优势菌门，优势属有副球菌属、鞘氨醇单胞菌属、芽孢杆菌属、甲基杆菌属、双歧杆菌属等；随着滤膜使用时间的增加，优势菌门之间的相对丰度比例变化不明显，但总丰度呈现上升趋势，表明该地区室内空气微生物丰富且群落结构长期变化不大；使用12个月的样本中特别富含莱茵海默氏菌属、乳杆菌属和不动杆菌属，且条件致病菌奥斯陆莫拉氏菌的相对丰度较高，表明该地区的室内新风系统使用12个月时存在微生物二次污染风险。研究结果对居民防控室内空气二次污染起指导作用。     

室内新风空气净化系统微生物多样性研究

对济南市历城区使用不同时间的新风空气净化系统滤膜样本的细菌多样性进行检测，分析室内新风系统潜在的微生物二次污染风险。采集使用6至12个月的新风系统中超细玻璃纤维空气滤膜积累的微生物为样本，进行16S rDNA扩增子测序分析。结果显示：变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门为优势菌门，优势属有副球菌属、鞘氨醇单胞菌属、芽孢杆菌属、甲基杆菌属、双歧杆菌属等；随着滤膜使用时间的增加，优势菌门之间的相对丰度比例变化不明显，但总丰度呈现上升趋势，表明该地区室内空气微生物丰富且群落结构长期变化不大；使用12个月的样本中特别富含莱茵海默氏菌属、乳杆菌属和不动杆菌属，且条件致病菌奥斯陆莫拉氏菌的相对丰度较高，表明该地区的室内新风系统使用12个月时存在微生物二次污染风险。研究结果对居民防控室内空气二次污染起指导作用。     

广西北部湾局部海域海洋沉积物细菌多样性及生物活性评估

为有效探究海洋新型天然微生物资源,本研究以广西北部湾局部海域海洋沉积物样品为研究对象,采用高通量测序技术和纯培养分离方法分析海洋沉积物样品中细菌群落组成及多样性,利用双层琼脂扩散法检测纯培养菌株的抗菌活性,通过PCR扩增法筛选基因组中含有7种功能基因的阳性菌株。高通量测序结果显示：海洋沉积物中检测到1407个操作分类单元（Operational Taxonomic Units,OTUs）;在门水平上,变形菌门（Proteobacteria）的物种丰度最高,其次是厚壁菌门（Firmicutes）和酸杆菌门（Acidobacteria）。纯培养分离纯化鉴定出278株菌,分布在3门5纲16目24科31属,其中YIM 150853为1个潜在新分离单元。生物活性评估实验表明,76.34%的纯培养菌株至少对1种指示菌有抑制作用,其中链霉菌YIM 150601、YIM 150634抑菌谱广、抑菌活性强,放线菌的功能基因检出率高于非放线菌。广西北部湾局部海域海洋沉积物中蕴藏着丰富的细菌资源,纯培养菌株具有抗菌及合成生物活性产物的潜力,是开发新型天然产物的新菌源。     

黄河三角洲贝壳堤岛滨海湿地沉积物细菌群落结构多样性特征

为研究黄河三角洲贝壳堤岛滨海湿地沉积物微生物遗传多样性水平和群落结构特征,应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, PCR-DGGE)技术检测该区域不同样线沉积物的细菌群落结构,对所得DGGE指纹图谱进行样品相似性聚类分析和环境因素主成分分析;对DGGE回收条带进行克隆测序和BLAST系统发育分析,并分类、鉴别优势微生物.结果显示：贝壳堤岛滨海湿地单个样线上,低潮带样品的多样性指数(H′)相对较高;同一样线沉积物的微生物群落结构相似性较高,倾向聚类在一起;优势微生物多数属于变形菌门(Proteobacteria)、鞘脂杆菌门(Sphingobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和海杆菌属(Marinobacter)等与解磷、降解纤维素、光合产能或石油烃类降解相关的菌类,也有一定的病原菌分布,绝大部分能够鉴别到属,且属于未培养微生物.     

会仙湿地底泥可培养微生物

利用平板涂布法分离会仙湿地底泥可培养原核微生物,共获得65个分离株,基于细菌16S rRNA基因序列的相似性和系统聚类分析显示,它们分属4个门,12个属,24个种,包括厚壁菌门的芽孢杆菌属Bacillus、类芽孢杆菌属Paenibacillus、Fictibacillus属、Lysinibacillus属和肠球菌属Enterococcus;放线菌门的链霉菌属Streptomyces和红球菌属Rhodococcus;变形菌门的假单胞菌属Pseudomonas、寡养单胞菌属Stenotrophomonas、泛菌属Pantoea、代尔夫特菌属Delftia以及拟杆菌门的金黄杆菌属Chryseobacterium。分离株中芽孢杆菌属的菌株占53.85%,为优势菌群,其在有机物含量高的条件下会大量繁殖,与湿地富营养化特征相吻合;分离的微生物中含10株4种条件致病性菌,占分离株的15.38%,有机砷耐受菌株30株12种,占46.15%,表明该生态环境已被人为活动严重影响。此外,还分离获得对农药五氯硝基苯(PCNB)耐受性在300 mg/L以上的菌株1株,它们的出现与当地农药与化肥的滥用有着直接关系。     

俄罗斯卡尔梅克共和国传统奶酪中细菌多样性研究

俄罗斯传统奶酪生产历史悠久、工艺独特,其中蕴含着丰富的微生物。本研究采用454焦磷酸测序技术对俄罗斯卡尔梅克共和国的6份传统奶酪进行分析。结果表明,6份样品共鉴定出7个细菌门、50个细菌属。优势菌门为硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),优势菌属以乳球菌属(Lactococcus)和链球菌属(Streptococcus)为主,但R5号样品的优势菌属为柠檬酸杆菌属(Citrobacter)和不动杆菌属(Acinetobacter)。个别样品中检测到了含量较低的有害微生物如漫游球菌属(Vagococcus)和克雷伯氏菌属(Klebsiella)等。通过主坐标分析发现,采自同一地区的R1-R4号样品在菌群结构上较为接近,因此初步判断地理区域因素可能是影响传统奶酪中细菌构成的重要因素。     

特殊竹林土壤细菌群落结构及多样性研究

为对活竹酒生产区这种特殊环境中的竹林土壤细菌群落进行分析,研究其土壤微生物结构及其多样性,通过16S rDNA测序技术在IonS5TMXL测序平台上完成土壤细菌的高通量测序,对位于竹酒酿造区域的竹林核心区J1、非竹林区J2及竹林边缘区J3土壤进行了细菌群落结构分析。结果表明:样本细菌种类主要集中在酸杆菌门（Acidobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、芽单胞菌门（Gemmatinonadetes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）。其中,竹林核心区J1土壤细菌以放线菌门OTUs数占比最高,但其优势菌群为酸杆菌门酸栖热菌属（Acidothermus）;非竹林区J2以酸杆菌门占比最高,优势菌群为其下苔藓菌属（Bryobacter）;竹林边缘区J3处于竹林生境和非竹林生境的交汇地带, 生境不稳定,土壤细菌以变形菌门占比最高,优势菌属主要包括变形菌门鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、酸杆菌门苔藓菌属（Bryobacter）、芽单胞菌门金雀花属（Gemmatimonas）等,群落内物种较为复杂,但其细菌群落结构仍与竹林核心区J1相似。可见,随着样本从非竹林区逐渐接近竹林核心区,1）细菌群落多样性总体呈现先增加后降低的趋势,可能与竹林单一生境有关;2）个别细菌菌群数理和结构发生了较大变化,活竹酒酿造环境使得竹林土壤放线菌门而非变形菌门数量最多,或与当地独特的竹酒酿造环境相关。     

基于宏基因组方法对西藏传统发酵牦牛奶中微生物多样性的研究

采用454高通量测序技术从宏基因组角度对西藏地区自然发酵牦牛奶中微生物多样性进行分析,以细菌16S rRNA的V3区和真菌的ITS区序列为扩增、测序靶点,分别获得3 051和3 396条高质量序列.研究发现,西藏自然发酵牦牛奶样品中真菌的丰度要大于细菌.在门的水平上,细菌和真菌分别由硬壁菌门(Firmicutes)和子囊菌门(Ascomycota)组成,而在属的水平上细菌和真菌的优势菌分别为乳杆菌属(Lactobacillus)和耐碱酵母属(Galactomyces).     

广东连县红土型金矿中的微生物及对重金属元素的浸出作用

对广东省连县观头垌红土型金矿中的微生物进行培养、分离和鉴定,获得的主要微生物类型有芽孢杆菌属、肠杆菌属、假单孢杆菌属、乳杆菌属、不动杆菌属、气单孢杆菌属、利斯特氏菌属、土壤杆菌属、棒状杆菌属、莫拉氏菌属等细菌,青霉菌属、交链孢霉属、芽枝霉菌属、酵母菌属和毛霉属等真菌以及化能自养菌(硫杆菌属).浸出实验表明,微生物可以加速Cu、Cd、Zn的浸出,G菌对Cu、Zn的浸出效果明显,而G 菌对Cd的浸出效果较好.     

东太平洋结核区细菌调查及鉴定

对东太平洋结核区6个站点沉积物样品进行细菌培养和数量统计，发现各个站点间的细菌总量变化幅度较大，站点E2003-01的细菌量最多；细菌量纵向分布规律基本是从表层到深层逐渐递减．对所获得的菌株进一步用RFLP和16S rDNA基因序列分析，发现所获得的菌株主要来自变形菌门（Proteobacteria）的α、β、γ亚群和放线菌门（Actinobacteria），厚壁菌门（Firmicutes）等类群．此外还发现了与已知细菌菌种相似性在97％～95％之间的有12株，它们可能是新种；与已知细菌菌种相似性小于或等于95％的有4株，它们可能是新的属种．     

基于高通量测序的液态奶中微生物多样性研究

目的 为探究不同液态奶样品中微生物的菌群组成和其多样性。方法 采用高通量测序技术对液态奶中细菌16S rRNA的V₃-V₄区进行测序,研究了四组液态奶样品在门水平和属水平的菌群结构。结果 四组样品中共有分类操作单元(Operational Taxonomic Unit, OTU)数目为119个,独有的OTU数分别占15.0%、6.85%、8.86%和12.35%。在门水平,厚壁菌门和变形菌门是四组液态奶的共有菌门,其中4组样品中厚壁菌门的相对丰度分别为38.9%、73.8%、20.9%、29.6%,变形菌门的相对丰度分别为46.9%、10.0%、28.0%、17.2%;在属水平,4组液态奶中的优势菌属分别是芽孢杆菌属、短波单胞菌属;芽孢杆菌属;Cloacibacterium和寡养单胞菌属;芽孢杆菌属、微杆菌属和异常球菌属。结论 四组样品在门水平的菌群组成基本相似。属水平上,液态奶中含有的不动杆菌属、芽孢杆菌属和克雷伯氏菌属属于嗜冷菌,这些菌属可以导致液态奶发生腐败变质等现象。这为今后探索液态奶中腐败菌防治措施提供重要依据。     

基于高通量测序对四川怀远特色发酵食品微生物群落结构分析

为了研究四川怀远特色传统发酵食品的微生物多样性,利用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台,对当地豆腐帘子和冻糕的微生物群落结构进行了系统分析.结果表明,豆腐帘子的菌群主要隶属于变形菌门(Proteobacteria)和担子菌门(Basidiomycota),检测出40个细菌属和21个真菌属,主要优势微生物是Acinetobacter和Trichosporon.冻糕的菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和子囊菌门(Ascomycota),检测出36个细菌属和23个真菌属,主要优势微生物是Lactobacillus和Kazachstania.     

海洋细菌在不同基质表面微生物粘膜中的组成

在青岛近岸海区两个不同地点,分别进行浸海挂片实验研究四种不同基质表面（玻片,铜片以及涂有防污漆,防锈漆的玻片）微生物粘膜中细菌组成,从不同基质表面微生物粘膜中共分离323株附着细菌,大多数为杆状或球杆状革兰氏阴性细菌,且大部分具有鞭毛,依据形态及生理生化特征将革兰氏阴性细菌鉴定到属,分别属于气单菌属（Aeromonas),发光杆菌属（Photobacterium),莫拉氏菌属（Moraxella) ,假单 菌属（Pseudomonas),弧菌属（Vibrio)和产碱菌属（Alcaligenes）等12个属,其中气单菌属是优势菌属,不同基质表面,微生物粘膜细菌组成不同。     

基于传统分离和高通量测序的健康和患锈腐病西洋参根际土壤微生物群落分析

探究健康和患锈腐病西洋参根际土壤微生物的群落多样性和可培养菌株分离，以期为西洋参锈腐病发生机制及防控提供参考。利用传统分离技术和高通量测序技术分析健康和患锈腐病西洋参的根际土壤，探究其微生物的群落组成及多样性变化。经由传统分离技术合计得到24株细菌和25株真菌，优势菌属包括假单胞菌属(Pseudomonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)和青霉菌属(Penicillium)。高通量测序结果显示，健康和锈腐病土壤中细菌群落均以蓝细菌门(Cyanobacteria)和变形门(Proteobacteria)为主；患锈腐病组有所降低的为蓝细菌门(Cyanobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)和变形菌门(Proteobacteria),大幅上调的为拟杆菌门(Bacteroidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)与厚壁菌门(Firmicutes)。健康和锈腐病土壤内所含的真菌群落以子囊菌门(Ascomycota)为主，被锈腐病感染后有所上调的为担子菌亚门(Basidiomycota)、子囊菌门(Ascomycota)与被孢...