哺乳动物MHC密码子使用概率的聚类分析

利用系统聚类分析方法对随机选取的3种哺乳动物的60个主要组织相容性复合体（MHCⅠ类和Ⅱ类）基因的mRNA序列进行了同义密码子使用概率偏性研究。结果发现，不同物种的MHC基因群中类型相同的基因具有相近的同义密码子使用偏性，而对于同一类型的基因由物种引起的同义密码子使用偏性的差异较小。即功能和类型决定密码子使用模式的大的分类，而物种决定该大类中进一步的差异。基因密码子偏向性的研究对于大幅度增加目标蛋白的产量具有重要的意义。该结果也为基因分类和基因功能的预测提供了新的生物信息学方法。     

一种基于密码子使用偏性的检测型基因芯片设计方法

首先预测特定蛋白密码子使用概率表，以确定序列中各氨基酸的编码密码子，这样可以将芯片表面探针的数量减少为原来的4．47％，然后进一步考虑密码子在编码时的C－G选择性分离原则，G－T配对原则，以进一步将芯片表面探针的数量减少至4．25％，在对探针特异性要求不高的情况下，可以采用最优密码子使用概率表，以求最大限度的降低探针的数目，这样芯片表面探针的数量可减少到原来的0．20％，通过上述方法，可以显著提高单位芯片面积的信息检测量。     

宁夏哺乳动物地理分布的聚类分析

用组平均法对宁夏哺乳动物地理分布区进行聚类,６ 个动物地理州在距离系数为０．３８７０ 时聚为４ 个类群,在距离系数为０．５１４９ 水平聚合为２ 个类群组．聚类结果与中国动物地理区划中宁夏跨２ 个动物地理区及宁南、宁中北分属华北区黄土高原亚区和蒙新区东部草原亚区的划分相吻合,而与宁夏西北边缘的贺兰山地和腾格里沙漠东南缘同属蒙新区西部荒漠亚区的划分不吻合．文章对聚类结果作了分析,比较了应用不同匹配系数公式对动物地理分布聚类结果的影响．     

玉米同义密码子分析

利用现有的玉米基因组数据库数据,使用Codon w软件对筛选得到的29657个有效基因进行同义密码子使用的多变量分析.结果表明:在玉米中发现23个最优密码子,并且密码子第3位碱基呈现出明显的GC偏性.表明基因的GC含量直接影响玉米的密码子使用频率,同时片段长度越短,其最优密码子的使用频率越高.23个最优密码子的确定对玉米的基因改造和基因育种提供了重要的参考依据.     

天山雪莲叶绿体基因组密码子偏好性分析

分析天山雪莲叶绿体(cp)基因组密码子使用偏倚的一般模式和影响因素,为提高转基因植物外源基因的表达效率以及了解药用植物雪莲的基因功能研究提供了理论基础。利用生物信息学方法从雪莲叶绿体基因组中筛选出50条长度大于300 bp且以ATG为起始的蛋白编码基因为对象,找出导致密码子偏倚的影响因素。结果表明：第三位的GC平均含量为27.70%,有效密码子数(ENC)变化范围35.59～57.43之间;同义密码子相对使用度(RSCU)>1的密码子有30个,其中29个以A/U结尾;中性绘图显示GC₃和GC₁₂的相关系数为0.062,相关性不显著,回归曲线斜率为0.094 6;ENC-plot分析显示ENC比值位于-0.1～0.1区间的基因有37个,大部分基因沿抛物线轨迹分布,但也有几个低ENC的基因分布于曲线下方;奇偶偏好图(PR2-plot)分析显示,第3个碱基的密码子使用不平衡;对应分析结果表明,第1轴贡献率为17.61%,第2、3、4轴贡献率分别为11.59%、7.97%和5.8%,且第1轴与密码子适应指数(CAI)、密码子偏爱指数(CBI)呈...     

不同折叠类型蛋白编码基因的密码子使用

对195个编码不同折叠类型蛋白（50种全α结构蛋白，66种全β结构蛋白，37种α β结构蛋白，42种α/β结构蛋白）基因的密码子使用偏性的方差分析研究表明，不同折叠类型蛋白的密码子使用偏性有着显著的区别，特定折叠类型的蛋白有着特定的编码基因的密码子使用模式，这一结果表明，在蛋白质折叠类型和蛋白质二级结构的预测过程中，编码基因的密码子使用偏性可以作为蛋白质一级结构以外的一项重要的预测标准。     

密码子使用频率及其与进化相关性

本文据1987年基因库的的10~5密码子资料计算了密码子的使用频率和氨基酸的丰度,讨论了使用频率与进化的关系,并与有关资料作了比较。     

雌雄异株植物MADS-box基因密码子偏好性分析

为了解雌雄异株植物间MADS-box基因家族的密码子使用偏好性特点,以拟南芥为参照,利用Gen-Bank Feature Extractor,Codonw和CUSP等软件对已发表的雌雄异株植物MADS-box基因序列的密码子偏好性进行分析,发现拟南芥及雌雄异株植物中均偏好使用密码子第3位点为U和A的密码子.再运用SPSS11.5对拟南芥和雌雄异株植物的MADS-box基因密码子偏好性进行聚类分析,发现雌雄异株植物与拟南芥在MADS-box基因的密码子选择偏好方面的差异不显著.从而得出雌雄异株植物对MADS-box基因密码子偏好性不具有显著影响.     

锡金海棠叶绿体基因组结构及密码子偏好性分析

为研究锡金海棠叶绿体基因组结构、明确其叶绿体基因组密码子使用模式,通过NOVOPlasty、geneious和codonW等软件,组装出锡金海棠叶绿体基因组,在注释后分析叶绿体基因组结构,并筛选出53条蛋白编码序列(CDS)用于密码子偏好性分析。结果表明,锡金海棠叶绿体基因组全长160 088 bp, GC含量为36.6%;不同碱基位置GC含量分别为GC1(46.98%)>GC2(39.46%)>GC3(28.30%),表明其密码子末位碱基偏向以A/U结尾;中性图分析表明GC12与GC3未有明显相关性,即密码子第1、2位碱基与第3位碱基存在一定差异;根据ENC-plot和PR2-plot分析,影响密码子偏好性的主要因素是自然选择;最后确定UUG、CUU和AUU等14个密码子为锡金海棠叶绿体基因组的最优密码子。研究结果对今后研究锡金海棠亲缘关系、系统发育、物种鉴定提供了数据支持,对优化目标基因、种源的鉴定及异源表达基因的改造和系统发育分析提供了理论依据。     

3个茶树品种WOX基因家族的进化及密码子偏好性比较

【目的】WOX基因家族在模式植物组织培养中扮演着重要的分子调控角色。非模式植物WOX基因家族的系统发育和密码子使用偏好性研究有助于探索遗传进化规律和基因表达特征,进而为其转基因体系构建提供指导。【方法】利用生物信息学方法在3个茶树品种全基因组数据中鉴定WOX基因;通过ClustalX 2.1和MEGA X软件探索它们的进化规律。运用Perl语言、Codon W 1.4.2程序和SPSS 23.0等软件分析3个茶树品种WOX基因编码序列,探究它们的密码子使用偏好模式;基于ENc-GC_3s、PR2分析和中性分析结果解析影响密码子偏好的主要因素。【结果】共鉴定出42个WOX成员,其中‘云抗10号’(CSA)11个,‘舒茶早’(CSS)18个,‘云南野生古茶DASZ’(DASZ)13个,系统发育揭示3个茶树品种WOX基因在进化上存在较强的保守性。密码子偏好性分析揭示,3个茶树品种WOX基因密码子都偏好使用A/T和以A/T结尾;CSA和DASZ的WOX基因密码子使用模式相似,表明两者亲缘关系较近;以CSA和CSS作为转基因受体时,3个茶树品种WOX基因中个别密码子需优化;烟草是3个茶树品种WOX基因的最佳异源表达受体;ENc-GC_3s绘图、PR2分析和中性分析表明自然选择是影响3个茶树品种WOX基因密码子使用偏倚的主要因素。【结论】3个茶树品种WOX基因进化上较保守,密码子偏好使用A/T和以A/T结尾,且密码子偏好原因主要是自然选择;揭示出转茶树时密码子的优化信息和烟草为最佳异源表达受体的结果。     

高频密码子分析法及其在烟草密码子分析中的应用

利用自编的RFCS程序计算同义密码子相对使用频率（RFSC），并根据RFSC值筛选出高频密码子，将高频密码子分析法筛选出的酵母Y.lipolytica高频密码子和传统的高表达优越密码子分析法筛选出的优越密码子进行比较，证实高频密码子分析法的可靠性。应用高频密码子分析法分析烟草的256个cDNA全序列，计算出同义密码子的相对使用频率，初步确定烟草的高频密码子， 为外源基因在烟草中的表达提供参考。     

果蝇姊妹种间亲缘关系的聚类分析

本文以聚丙烯酰胺凝胶电泳（ＰＡＧＥ）技术分析了金色果蝇复合种（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａａｕｒａｒｉａｓｐｅｃｉｅｓｃｏｍｐｌｅｘ）的５个姊妹种共１７个地理种群及其它种类的５个地理种群的８种同工酶酶谱，根据其中７种酶（Ａｍｙ、Ａｏ、Ｅｓｔ、α－Ｇｐｄｈ、Ｍｄｈ、Ｍｅ、Ｔｙｒ、Ｔｏ）的条带特征按Ｆｏｒｇｕｓｏｎ及Ａｑｕａｄｏ　＆Ａｖｉｓｅ的公式分别计算遗传相似系数及遗传距离，以类平均法（ＵＰＧＭＡ）进行了聚类分析，绘制出８个种类共２２个地理种群的生化系统树，结合姊妹种间无选择杂交可能组合的结果讨论了ａｕｒａｒｉａｓｐｅｃｉｅｓｃｏｒｎｐｌｅｘ各姊妹种间的亲缘关系、种化模式及分布在日本Ｋａｍｅｔｏｋｕ岛上的Ｄ．ｔｒｉａｕｒａｒｉａ发生分化的可能性。     

基于植物形态标记的福建常见榕树聚类分析

对福建省30种常见榕属植物的22个性状进行形态聚类分析,结果表明:榕属植物各种之间的平均欧氏距离是5.336 8,欧氏距离最近的是日本匍茎榕和珍珠莲,为1.715 5;硬叶榕和大果榕的欧氏距离最远,为9.770 7.从形态标记聚类图可看出,在纵切线位置(欧氏距离为7.575 1)可将福建省30种常见榕属植物分为6个类群,第1类包括6种榕属植物;第2类包括16种榕属植物;第3类、第5类有3种榕属植物;第4类、第6类只有1种榕属植物.研究结果为福建省榕属植物的分类提供可借鉴的资料.     

12种龙胆科植物胚胎学资料的聚类分析

本文在平均欧氏距离系数基础上，运用UPGMA法，对12种龙胆科植物胚胎学资料进行了Q型聚类分析，聚类结果如下：(1)在树系图上，12种龙胆科植物明显分为4大类，其中第一大类包括椭圆叶花锚和四数獐牙菜，双蝴蝶属的峨眉双蝴蝶和假龙胆属的黑边假龙胆则分别单独聚为第三、第四类，其它8种植物共聚为第二大类；(2)獐牙菜属的4个种在胚胎学性状上明显分化3支，其中抱茎獐牙菜、西南獐牙菜与喉毛花聚为1支，红直獐牙菜与湿生扁蕾另聚1支，四数獐牙菜与椭圆叶花锚聚为1大类：(3)龙胆属的3个种与抱茎獐牙菜、西南獐牙菜、红直獐牙菜以及喉毛花、湿生扁蕾等共聚为一大类，且存在一定的分化，东北龙胆和线叶龙胆关系密切，条纹龙胆与前两者差异较大．聚类分析结果支持将双蝴蝶属、扁蕾属以及喉毛花属作为属级处理的意见，同时认为扁蕾属、喉毛花属和花锚属在系统学上与獐牙菜属有着密切的联系，獐牙菜属在低等类群中分化出扁蕾属，在高等类群中分化出花锚属，在中等进化的类群中分化出喉毛花属，而扁蕾属则进一步分化出龙胆属．     

两种超嗜热菌基因组中同义密码子使用的分析

对两种超嗜热菌敏捷气热菌(Aeropyrum pernix)和风产液菌(Aqui fex aeolicus)的密码子使用进行分析．相对密码子使用值(RSCU)的计算表明,它们在密码子使用上具有一定的相似性,但也有不同的使用模式,导致这一现象的机制可能存在差异．密码子RSCU值对应分析表明,两种菌中高表达基因均具有相对较高的GC含量,但基因表达水平对密码子使用偏好的影响程度却不一样．在A．pernix中,它是造成整个基因组密码子使用偏好的最主要因素,而在A．aeolicus中却不是．     

聚类分析在证券投资基本分析中的应用

选用14个聚类分析统计指标,用离差平方和法对31家上市公司的股票进行聚类分析,借以通过对股票的基本面的分析,为证券投资者提供长期理性投资的依据．降低投机性带来的风险,树立以基本投资为主,技术分析为辅的理性投资理念,找出真正具有投资价值的股票,进行长期投资．