TCP11基因在宫颈癌中表达的意义

目的 探讨TCP11基因在宫颈癌组织和细胞中的表达水平以及与HPV感染、患者临床特征和预后之间的关系。方法 运用UALCAN数据库及GEPIA数据库分析TCP11基因在宫颈癌中的表达及其与宫颈癌患者年龄和肿瘤分级的关系;运用The Human Protein Atlas(HPA)数据库、UALCAN数据库及Gene Expression Profiling Interactive Analysis(GEPIA)数据库分析TCP11基因的表达与宫颈癌患者生存率的关系;运用UALCAN数据库分析在宫颈癌中TCP11基因启动子甲基化状态。运用组织芯片分析TCP11基因在正常宫颈及宫颈癌组织中表达水平。利用第二代杂交捕获技术(HC-2)检测所收集样本HPV感染情况。体外培养HaCaT细胞(一种永生化的上皮细胞)及宫颈癌SiHa、HeLa、C33A细胞,利用Western blot、qRT-PCR分别检测宫颈癌细胞中TCP11蛋白和mRNA表达水平。结果 运用HPA、UALCAN、GEPIA数据库分析发现TCP11基因在宫颈癌组织中高表达,且与宫颈癌患者生存率显著相关(P<0.05);TC...     

PRL-3基因在前列腺癌组织中的表达分析

检测PRL-3在前列腺癌中的表达,探讨其与前列腺癌发生发展的关系。Westernblot、RT-PCR检测52例前列腺癌组织及其对应癌旁增生组织,12例阳性淋巴结相对表达水平,并分析其表达水平与临床病理学指标的关系。结果52例前列腺癌中PRL-3基因表达量较相应癌旁增生组织高,差异有统计学意义(p0.05),12例淋巴结转移灶PRL-3表达量明显高于原发肿瘤、阴性淋巴结及癌旁增生组织(p0.01)。PRL-3基因的表达水平与前列腺癌分化程度、淋巴结转移有关(p0.05),与年龄、家族史、血清PSA含量无关(p0.05)。说明PRL-3的表达与前列腺癌发生发展关系密切,PRL-3可作为前列腺癌诊断、治疗及预后判断过程中的一种较有价值的指标。     

基于生物信息学方法分析GABRD基因在结肠癌中的表达及预后情况

采用生物信息学方法探讨GABRD基因在结肠癌样本中的表达及预后情况。通过UCSC XENA下载33种肿瘤类型和正常组织的RNA序列数据和相关临床数据,使用R软件分析GABRD基因在结肠癌样本中的表达,并筛选共表达基因,对其进行富集分析;分析GABRD基因对结肠癌患者生存及预后的影响,并建立预后列线图;构建GABRD基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction, PPI)网络并筛选关键模块及枢纽基因,验证枢纽基因的生存及临床诊断价值。结果表明：GABRD基因在结肠癌样本中高表达并影响患者生存,筛选得到369个共表达基因,基因本体论(gene ontology, GO)功能富集发现其主要参与G蛋白偶联等生物学过程,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集显示其主要参与AMPK等信号通路;构建出由51个节点和523个连接组成的PPI网络,筛选枢纽基因5个,其中2个显著影响生存,5个具有临床诊断价值。综上,GABRD基因在结肠癌样本中高表达,影响结肠癌患者生存及预后,可能...     

宫颈癌中CALCA基因甲基化与HPV16-E7致癌蛋白表达的依存关系

 选择HPV16 阳性宫颈癌细胞和RNAi 技术,研究CALCA 基因甲基化与HPV16-E7 致癌蛋白表达的依存关系。构建慢病毒siRNA 重组表达载体,建立稳定表达HPV16-E7-siRNA 的RNAi 细胞模型。以SiHa 细胞和RNAi 细胞模型的基因组DNA 为对象,选择CALCA 基因启动子区富含CpG 岛屿的目标片段,使用亚硫酸氢盐测序法（bisulfite sequencing PCR,BSP）筛查分析,研究RNAi 抑制HPV16-E 7 表达后,CALCA 基因甲基化状态的可逆性程度。选出CALCA 基因启动子区富含CpG 位点的目标片段,其大小为365 bp,含有19 个CpG 岛屿,发现其中13 个CpG 位点的胞嘧啶在SiHa 细胞基因组DNA 中发生了甲基化（13/19）,而在表达HPV16-E7-siRNA 的RNAi 细胞模型中,所有CpG 位点的甲基化已发生逆转（0/19 位点）。本研究从细胞水平证明了宫颈癌细胞内的CALCA 基因启动子高甲基化对HPV16-E7 致癌蛋白表达有依赖性,为进一步研究E7 蛋白的作用及致癌机制奠定了重要的物质基础。     

巨噬细胞移动抑制因子在宫颈癌组织中的表达及临床意义

目的探讨巨噬细胞移动抑制因子（MIF）在宫颈癌组织中的表达,评价其在宫颈癌发生、发展中的作用。方法采用免疫组化SP法检测42例宫颈癌组织及20例正常宫颈组织中MIF的表达。结果MIF在宫颈癌中的阳性表达率明显高于正常宫颈组织（P〈0．05）;MIF表达与宫颈癌的分化程度、临床分期及淋巴结转移密切相关（P〈0．05）,与病理类型及肿瘤直径无关联性（P〉0．05）。结论MIF可能在宫颈癌的发生及进展中起着重要的作用。     

真核延伸因子-1A2基因在宫颈癌侵袭和迁移中的作用研究

目的探讨真核延伸因子-1A2(eEF1A2)基因对宫颈癌细胞增殖、侵袭和迁移的影响。方法设计eEF1A2基因的siRNA干扰片段分别转染宫颈癌SiHa细胞、HeLa细胞和C33A细胞,实验组包括:转染Si-eEF1A2-1和SieEF1A2-2的细胞组,未转染的细胞和非干扰转染细胞(NC组)为对照组。采用Western blot方法检测eEF1A2和E-cadherin在宫颈癌细胞中蛋白质表达水平,通过划痕实验和基质胶包被transwell实验分析细胞迁移能力,通过CCK-8实验和平板克隆实验检测细胞增殖。结果宫颈癌细胞中,siRNA干扰的细胞与对照组相比eEF1A2蛋白质表达水平降低,E-cadherin蛋白质表达水平升高,差异具有统计学意义(P0.05);划痕实验si-eEF1A2转染的细胞与对照组相比较,愈合间隙宽,差异有统计学意义(P0.05); Transwell迁移实验,RNA干扰的细胞与对照组相比,穿过小室基底膜的细胞明显少于对照组,差异有统计学意义(P0.05); si-eEF1A2干扰的细胞CCK8增殖实验、细胞克隆形成实验中可以抑制宫颈癌细胞增殖,差异有统计学意义(P0.05)。结论降低宫颈癌SiHa、HeLa和C33A细胞eEF1A2基因表达水平,可以抑制癌细胞的侵袭和迁移。     

T-bet和Gata-3基因在脐带血中的表达特点

目的:了解转录因子T-bet和Gata-3基因在脐带血中的表达情况.方法:采用实时定量RT-PCR检测21例脐带血单个核细胞(CBMC)中转录因子T-bet和Gata-3基因的表达水平,21例健康成人外周血单个核细胞(PBMC)作为对照.结果:T-bet基因和Gata-3基因在CBMC和PBMC中均存在一定表达,Gata-3基因在CBMC中的表达水平(0.43±0.35)%与PBMC(0.42±0.27)%相比无明显差异(P=0.925),而T-bet基因在CBMC中的表达水平(0.47±0.48)%则明显低于健康成人组(2.12±1.48)%(P=0.000).结论:CBMC中T-bet基因表达低下,可能与脐带血移植后GVHD发生率低下以及发生程度较轻有关.     

液基薄层细胞学技术与HPV检测在宫颈癌筛查中的应用

目的:综述宫颈癌早期诊断方法的新进展.方法:检索近年国内外文献,综合归纳.结果:液基薄层细胞学技术是早期发现宫颈癌的新技术,结合细胞病理诊断系统以及人乳头状瘤病毒检测可有效发现宫颈癌.结论:这些方法的结合是目前提高宫颈癌早期诊断的最佳组合.     

人丝氨酸蛋白酶抑制剂B3基因的生物信息学分析

人丝氨酸蛋白酶抑制剂B3 SERPINB3能抑制半胱氨酸蛋白酶,具有抗细胞调亡、促进细胞增殖和迁移作用,且与许多肿瘤的发生与发展密切相关.通过基因电子克隆(in silico cloning)获得SERPINB3基因全长cDNA序列(1779 bp),编码由390个氨基酸组成的蛋白质.核酸序列分析表明:SERPINB3...     

宫颈癌组织差异表达基因的检测及分析

选取三例经分型明确为HPV16感染的宫颈癌病例,取癌组织(T)、癌旁组织(N)及远瘤正常宫颈组织(F)标本,用Roche NimbleGen芯片系统筛选出差异表达的基因并进行分析.三例标本中,癌组织与远瘤正常宫颈组织相比,差异表达基因共有673个,其中261个上调,412个下调;差异表达基因主要有原癌基因、抑癌基因、细胞信号转导、代谢、免疫应答、细胞受体、蛋白翻译合成有关基因等.     

中国内蒙古通辽地区和吉林长春地区宫颈癌中HPV16型E6基因变异分析

为了解我国内蒙古通辽和吉林长春地区宫颈癌中HPV16亚型的分布情况,对通辽和长春的30例HPV16阳性宫颈癌样品中的HPV16 E6基因进行序列分析.结果在30例宫颈癌样品中的E6全长基因内发现11处位点突变,形成了14种突变体,其中突变T459G是本试验第一次发现的突变.经系统进化分析发现,所有突变体均属欧洲原型突变群.结合之前我国HPV16亚型分布调查结果表明,欧洲型和东亚型HPV16在我国不同地区,分布不均一,主要以欧洲原型突变群为主.     

PCR-CTPP技术在宫颈癌P73基因多态性研究中应用

采用PCR-CTPP技术检测分析新疆维吾尔族宫颈癌P73基因第二外显子G4C14-to-A4T14多态性, 并与PCR-RFLP技术检测结果对比,探讨PCR-CTPP在SNP检测及分析中的应用.结果显示：经PCR-CTPP扩增出P73基因第二外显子G4C14-to-A4T14三种基因型相应的DNA片段,与DNA测序结果符合.说明PCR-CTPP技术成本较低、省时、操作简便,结果稳定可靠,对于SNP研究具有较高的应用价值.     

KDR基因和Sema3基因在再障和正常人骨髓基质细胞中的表达

目的：了解激酶插入区域受体(Kinase insert domain receplor,KDR)基因和脑信号蛋白Ⅲ(Semaphorin3,Sema3)基因在再生障碍性贫血(AA)和正常人的骨髓基质细胞(BMSC)和骨髓造血细胞中的表达情况。方法：收集9例AA和33例正常骨髓标本,分离单个核细胞(MNC)后体外长期培养扩增BMSC,并收集悬浮细胞(骨髓细胞)。RT-PCR-ELISA检测KDR基因和Sema3基因在BMSC和造血细胞中的表达,分析表达率,并以管家基因β2微球蛋白(β2M)为内参照进行半定量分析。结果：KDR基因在正常对照BMSC中的表达率(97．0％)明显高于对应的骨髓细胞(70．8％,P=0．07)。I①R基因在AA的BMSC和骨髓细胞中的表达率和表达水平与正常对照比较均无显差异。Sema3基因在正常BMSC中的表达水平明显低于其对应的骨髓细胞(P=0．035)。Sema3基因在AA的BMSC和骨髓细胞中的表达率和表达水平与正常对照组比较均无显差异。KDR基因和Sema3基因的表达水平在正常造血细胞中呈显正直线相关(r=0．703,P=0．002)。结论：KDR基因在BMSC中的高表达提示其可能在维持造血微环境中有重要作用。Sema3基因在造血细胞中的高表达状态提示其可能具有维持造血细胞生存的作用。KDR基因和Sema3基因在AA中的表达变化不大。     

Egfl3在肝癌组织及细胞系中的表达水平及意义

目的:研究表皮细胞生长因子3(Egfl3)在肝癌组织及细胞系中的表达及其与肝癌病理临床特性的相关性.方法:采用荧光实时定量PCR(RT-qPCR)检测Egfl3基因在20对肝癌及相应癌旁肝组织,5株迁移、侵袭潜能不同的肝癌细胞系(SMMC-7721、BEL-7402、Huh-7、HepG2、Hep3B)和正常肝细胞系HL-7702中的表达水平;采用免疫组化检测Egfl3蛋白在40对肝癌及相应癌旁肝组织石蜡切片中的表达水平并分析其表达与肝癌临床病理特性的相关性.结果:RT-qPCR结果显示,Egfl3基因在20对肝癌组织中的表达水平(0.77±0.15)显著高于相应的癌旁肝组织(0.25±0.10)(t=2.904,P=0.006).Egfl3在5株肝癌细胞系中的表达水平也均明显高于正常肝细胞系HL-7702(P<0.05),且在侵袭迁移潜能中等的肝癌细胞系SMMC-7721中的表达高于侵袭迁移潜能较低的肝癌细胞系Bel-7402和Huh-7,后者又高于侵袭迁移潜能最低的肝癌细胞系HepG2和Hep3B.免疫组化结果显示Egfl3蛋白大多数表达于肝癌细胞或正常肝细胞的胞质内,并在62.5％(25/40)的肝癌组织中的表达显著高于相应的癌旁肝组织,且其表达与肝癌的TNM分期密切相关(P=0.04).结论:Egfl3在肝癌组织及细胞系中的表达显著上调,且其上调与肝癌的TNM分期及肝癌细胞的侵袭迁移潜能密切相关.     

中华按蚊AsBe3基因的克隆、生物信息学分析与分子对接

【目的】克隆中华按蚊(Anopheles sinensis)羧酸酯酶基因AsBe3,并对该基因进行生物信息学和分子对接分析。【方法】克隆AsBe3基因编码序列,并在AsBe3蛋白的理化性质、系统发生关系、二级结构、多重序列比对、系统发育关系等方面对进行了预测和分析;通过同源建模和分子对接,分析AsBe3蛋白与氟氯氰菊酯形成稳定复合物的关键氨基酸残基。【结果】通过克隆得到了编码AsBe3基因的序列,大小为1 302bp。在系统发育关系方面,AsBe3蛋白在8种不同物种中具有很高的保守性。AsBe3蛋白是疏水性蛋白,相对分子质量为48.45kDa,无信号肽和跨膜区。氟氯氰菊酯与AsBe3蛋白的结合自由能约为-42.3kJ·mol~(-1),理论上AsBe3蛋白能够代谢氟氯氰菊酯。【结论】研究结果为后续对AsBe3基因进行生物学功能研究奠定了基础,为下一步开展AsBe3蛋白代谢研究提供了基础数据,也为阐释羧酸酯酶代谢抗性的分子机制提供了理论依据。     

布鲁菌wzt基因的原核表达及生物信息学分析

利用PCR技术克隆wzt基因并对其进行了原核表达,采用SDS-PAGE和Western Blotting进行了检验,运用Clustalx1.83和Mega5.0进行了同源性分析,在此基础上,利用Discovery Studio 2.5软件进行了结构预测,探讨了wzt基因表达产物的分子基本特征.结果表明:本研究克隆了756bp的目的片段,经原核表达得到了相对分子质量约28 000的目的蛋白,该蛋白经HisTrapTMFF亲和层析柱纯化以及Western Blotting鉴定,证明为具有His标签的外源蛋白;系统树分析表明,布鲁菌wzt蛋白属内高度保守;结构分析表明,其具有8个α螺旋、7个β折叠片层结构域.     

白桦BpTCP8基因生物信息学及表达特性分析

【目的】通过研究白桦BpTCP8基因的序列特征及其在不同组织部位、激素处理与胁迫应答中的表达特性,为揭示BpTCP8在白桦生长发育中的功能提供依据。【方法】利用生物信息学方法对BpTCP8基因进行分析,采用实时荧光定量 PCR 技术分析BpTCP8基因在不同组织部位、激素处理与胁迫应答中的表达特性。【结果】生物信息学分析发现,BpTCP8含有TCP家族高度保守的bHLH结构域;qRT-PCR分析结果表明,白桦BpTCP8在发育和衰老初期的叶片中表达量高,并在深裂型叶片、顶芽、木质部、韧皮部中都上调表达。在激素(GA₃、ME-JA、ABA)与非生物胁迫(PEG、NaCl、CdCl₂、NaHCO₃)处理下,BpTCP8都对其产生了相应的应答。【结论】BpTCP8基因可能参与到了白桦叶片成熟、叶型、顶芽、木质部和韧皮部的生长过程中;该基因在GA₃、JA处理中呈现正调控的应答模式,并且可能通过ABA信号途径影响植物抗旱,耐盐、碱、重金属胁迫等。     

头颈部鳞状细胞癌差异表达基因分析

头颈部鳞状细胞癌是最常见的恶性肿瘤之一,病死率很高。本文从美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载头颈鳞癌的基因表达数据和临床数据,筛选HPV阳性和HPV阴性的头颈鳞癌组织之间与患者生存相关的差异表达基因,然后参考COSMIC和TSGene2.0数据库中的原癌基因和抑癌基因信息,挑选出可能使HPV阳性头颈鳞癌患者的预后优于HPV阴性头颈鳞癌患者的预后的基因。根据生存分析找到MAP4K1、IKZF3、MZB1、TSPAN32、CCND1、CDK6和WT1与HPV相关的头颈鳞癌的预后相关,为头颈鳞癌的临床诊断和治疗提供潜在的靶点。