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相似文献
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1.
为探讨葛花解酲方(GHJCF)通过调控自噬干预肝细胞癌进展的作用机制,根据GEO数据库中GSE45267和GSE87630肝癌数据集,将自噬相关的222个基因与GHJCF靶点和数据集的差异表达基因用韦恩图取交集得出关键基因,进行靶点预测并建立蛋白质-蛋白质相互作用网络图;随后利用生物信息学的方法进行临床因素相关分析和生存预后分析。最后使用分子对接进而筛选出GHJCF通过调控自噬干预肝细胞癌进展的作用机制,获得4个GHJCF介导自噬干预肝细胞癌的靶点。与对照组(癌旁组织)相比,肝癌组中CCL2、NFE2L2、FAS和BIRC5表达均具有显著差异;THPA数据库病理切片验证NFE2L2、CCL2、BIRC5等蛋白在正常组中低表达,在癌症组织中高表达;CCL2和BIRC5与性别、癌症分期、淋巴结转移具有显著相关性;5年生存预后分析显示两者都有预后价值;最后分子对接显示BIRC5蛋白能与GHJCF中的染料木素、槲皮素、葛根素和木犀草素成分结合且对接分数较高,CCL2能与槲皮素成分结合且对接分数较高。通过以上生物信息学分析,结合临床数据相关性,GHJCF可能通过染料木素、槲皮素、葛根素和木犀草素...  相似文献   

2.
肝细胞癌(HCC)是癌症最常见的一种预后不良的原发性肝癌,也是癌症相关死亡的主要原因.垂体肿瘤转化基因1(PTTG1)在多种癌症中过表达.本研究为了评估PTTG1在HCC患者中的表达和预后价值.使用GEPIA(gene expression profiling interactive analysis)数据库分析PTTG1的蛋白表达及其预后特征.KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路分析发现PTTG1的相关信号通路.采用免疫组织化学方法比较PTTG1在正常肝组织和肝癌组织中的表达.采用流式细胞术、western blot和CCK-8方法评估两种癌症细胞系和正常肝细胞系中PTTG1的分子生物学的功能.采用细胞划痕实验方法评估PTTG1对细胞迁移的影响.GEPIA数据库分析表明, PTTG1在肝癌组织中表达上调并且PTTG1的表达与肝癌细胞的增殖能力呈正相关.另外,细胞实验发现PTTG1被敲低后显著抑制细胞增殖、阻碍细胞迁移、抑制细胞周期、促进细胞凋亡.因此, PTTG1在肝细胞癌的发生以及病程进展中的作用至关重要,可能是肝细胞癌转移...  相似文献   

3.
目的:利用数据库和生物信息学的方法分析己糖激酶2 (HK2)在泌尿系肿瘤中表达水平、预后及与肿瘤免疫细胞浸润的相关性.方法:研究HK2在癌组织和癌旁组织mRNA表达水平,其表达水平与肿瘤预后的相关性,分析HK2表达水平与肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞标志物表达水平、肿瘤微环境免疫细胞和基质细胞浸润的相关性.结果:HK2表达在泌尿系肿瘤组织中均显著性升高,在膀胱癌(BLCA)中随肿瘤分级增加而降低,在高级别肾乳头状细胞癌(KIRP)和前列腺癌(PRAD)中HK2表达水平显著高于低级别表达水平;BLCA和肾透明细胞癌(KIRC)中HK2低表达的患者总体生存率显著低于高表达患者,而KIRP中则相反.HK2表达水平与BLCA和KIRP中多数免疫细胞浸润水平无明显相关性,与KIRC和PRAD中多数免疫细胞浸润水平呈显著正相关.与免疫细胞标志物表达相关性分析发现,HK2在BLCA中表达与免疫细胞标志物表达呈显著负相关,而在KIRC、KIRP和PRAD中大多呈显著正相关.HK2在BLCA和KIRC中表达水平与肿瘤微环境呈显著正相关,在PRAD和KIRP中则无显著相关性.结论:HK2表达水平与BLCA、KIRC和KIRP患者的预后相关;HK2表达水平与免疫细胞浸润性、免疫细胞标志物表达、肿瘤微环境免疫细胞和基质细胞浸润等相关.  相似文献   

4.
目的:检测丙酮酸羧化酶(pyruvate carboxylase,PC)在结直肠癌及相应癌旁组织中的表达,并分析PC在结直肠癌发生及进展过程中可能的生物学意义.方法:首先采用免疫组织化学方法测定PC在结直肠癌及相应癌旁组织(距离肿瘤边缘5cm)中的表达水平;SPSS软件统计分析PC蛋白表达水平与结直肠癌患者年龄、性别、肿瘤浸润深度、淋巴结转移、Dukes’分期及病理分化程度等临床病理指标之间的关系,同时分析PC蛋白表达水平与患者生存预后的关系;此外,利用R2数据库http://hgserver1.amc.nl/cgi-bin/r2/main.cgi中的大数据分析PCmRNA基因表达水平对结直肠癌患者预后的影响.结果:PC在结直肠癌组织中的表达水平高于其对应的癌旁组织(P0.01);而且PC高表达与肿瘤浸润深度、病理分化较差及患者临床分期较高有关(P值均0.05);此外,PC的表达与患者生存预后显著相关,PC高表达的患者预后较差(P0.001).结论:PC在结直肠癌组织中高表达,PC与结直肠癌的发生及进展密切相关,是结直肠癌患者独立的预后因素,因此PC可作为治疗结直肠癌的潜在临床靶点.  相似文献   

5.
对线粒体转录终止因子3(MTERF3)在甲状腺癌中的表达水平进行分析并评估其预后价值。从TCGA和GTEx等数据库提取甲状腺癌患者MTERF3的表达数据,探究MTERF3在甲状腺癌和癌旁组织中差异表达,分析差异表达对患者免疫细胞浸润和预后情况的影响,并明确MTERF3的临床意义。MTERF3在甲状腺癌中表达水平显著低于正常甲状腺组织,该基因在甲状腺癌中表达较低提示患者预后不良。MTERF3是甲状腺癌的预后标志物,是甲状腺癌诊断和治疗的潜在分子靶标。  相似文献   

6.
为探究Advillin(AVIL)基因在肝细胞癌(HCC)中的表达水平及其与患者临床特征、预后的关系,回顾性收集76例肝细胞癌患者的癌及配对癌旁组织,利用免疫组化法对AVIL蛋白表达水平进行检测;采用χ~2检验分析AVIL表达差异与患者临床特征的关系,运用Kaplan-Meier进行生存分析,并通过Cox单因素及多因素探索影响患者生存预后的相关因素。结果表明:AVIL在肝细胞癌组织中高表达(P0.01),其表达水平与BCLC分期及Edmondson分级有关(P0.05);AVIL高表达患者的生存时间显著低于低表达患者(P0.05);Cox单因素法提示AVIL表达水平、BCLC分期、肿瘤大小、有无癌栓、有无多灶性、甲胎蛋白(AFP)表达水平、谷草转氨酶(AST)表达水平、γ-谷氨酰转肽酶(γ-GT)表达水平、有无肝外转移与肝细胞癌患者预后相关(P0.05);然而Cox多因素法提示AVIL表达水平并不是预测肝细胞癌患者预后的一个独立因素(P0.05)。综上可知,AVIL基因在HCC中高表达并与BCLC分期及Edmondson分级有关,其高表达提示肿瘤恶性程度高、预后不良,但AVIL不作为影响肝癌预后的独立因素,研究结果为寻找肝细胞癌诊断及判断预后的分子标志物提供了新的方向。  相似文献   

7.
利用生物信息学数据库分析泛素样含PHD和环指结构域蛋白1(UHRF1)在恶性胸膜间皮瘤(MPM)中的表达水平及临床意义。基于TCGA数据库和GTEx数据库差异表达分析UHRF1 mRNA在MPM组织和正常肺组织中的表达水平;使用R软件分析UHRF1 mRNA表达量与临床病理参数的相关性;构建Kaplan-Meier模型和单因素多因素COX回归模型分析UHRF1基因在MPM中的预后;利用TIMER2.0数据库分析UHRF1基因与免疫细胞浸润的关系; GSEA分析UHRF1基因发挥功能的主要富集通路。选取8例MPM组织及4例非MPM胸膜组织,通过RT-qPCR的方法验证UHRF1在MPM与非MPM胸膜组织的表达情况。数据库分析结果表明,与正常肺组织相比,UHRF1 mRNA在MPM组织中高表达; UHRF1高表达患者提示MPM患者预后不良;UHRF1基因表达量与CD4+辅助型T细胞2、CD4+效应记忆性T细胞、巨噬细胞等多种免疫细胞浸润水平具有显著的相关性(P < 0.01),且显著影响MPM患者的预后。功能富集分析显示,UHRF1主要在DNA复制、蛋白酶体、同源重组等通路中起作用。在收集到的病例样本中,与非MPM胸膜组织相比,UHRF1 mRNA在MPM组织中的表达显著增高(P < 0.001)。UHRF1在MPM组织中高表达,可能通过调节DNA甲基化和免疫细胞浸润来影响MPM患者预后,有望成为MPM治疗和预后评估的潜在靶点。  相似文献   

8.
利用Oncomine数据库、cBioportal数据库、GEPIA数据库探索GABPA基因在肾上腺皮质癌(Adrenocortical carcinoma,ACC)及正常肾组织中的表达情况、GABPA基因突变情况及其对肾上腺皮质癌患者预后的影响。结果显示,与正常肾组织相比,GABPA mRNA在ACC组织中呈高表达。该基因编码的蛋白质在ACC组织中没有发生突变。预后分析表明,GABPA mRNA高表达组患者的无疾病进展生存时间显著低于GABPA mRNA低表达组。利用String-DB数据库分析与GABPA基因相互作用的蛋白质,包括NRF1、TFAM、TFB1M、TFB2M、GABPB1、GABPB2、PPRC1、PPARGC1A、HCFC1、SSBP1。本研究通过数据挖掘迅速获取分析肾上腺皮质癌组织GABPA基因表达的相关信息,为深入研究GABPA基因在肾上腺皮质癌发生发展中的作用机制奠定基础。  相似文献   

9.
目的:探究HMGA1对肝癌细胞增殖、迁移及细胞周期的影响。方法:通过生物信息学、qRT-PCR、蛋白质印迹法分析HMGA1在正常肝组织与肝癌组织、正常肝细胞与肝癌细胞中的表达及其表达量与患者生存期的关系;通过GO和KEGG通路分析HMGA1及其相关基因在肝癌细胞生理活动中可能发挥的作用;MTT、克隆形成、Transwell实验及流式细胞术用于分析下调HMGA1对肝细胞癌的增殖、迁移、凋亡和细胞周期的影响。结果:与正常肝组织比较,肝癌组织HMGA1表达上调,且表达水平与患者生存期呈负相关;筛选得出451个正相关基因和398个负相关基因在TCGA-LIHC和GSE15765两个数据集中都具有统计学意义,KEGG和GO分析结果表明HMGA1及其相关基因参与组成细胞组分,并主要影响肿瘤细胞的分裂增殖、转录调控、氧化还原过程和代谢过程等;下调HMGA1抑制肝癌细胞的细胞活力、迁移,诱导细胞凋亡并阻滞细胞周期;敲低HMGA1使肿瘤体积缩小、重量减轻。结论:HMGA1可能作为原癌基因促进肝癌细胞的生长。  相似文献   

10.
人原发性肝癌中p16,p15基因CpG岛甲基化研究   总被引:3,自引:0,他引:3  
目的 检测人原发性肝癌中 p16和 p15基因 5’启动子区CpG岛的异常甲基化 ,并分析其与人原发性肝癌发生发展的关系 ,探索其在临床早期基因诊断和治疗中的意义 .方法 用敏感的甲基化特异性PCR检测 2 0例人原发性肝癌患者癌组织、癌旁组织和远癌正常组织中p16 ,p15基因5’CpG岛的甲基化状况 ,统计分析这两个基因 5’CpG岛甲基化与肝癌病理特征的相关性 .结果 2 0例原发性肝癌肝癌组织中 p16和 p15基因 5’CpG岛分别有 6 5 %(13/2 0 )和 5 0 %(10 /2 0 )异常甲基化 ;癌旁组织中 p16和 p15基因 5’CpG岛分别有 6 0 %(12例 )和 4 0 %(8例 )异常甲基化 ;远癌正常组织中p16和 p15基因 5’CpG岛分别有 35 %(7例 )和 2 5 %(5例 )异常甲基化 .p16 ,p15基因 5’CpG岛甲基化在癌组织和癌组织旁、癌组织和远癌组织中均有相关性 .两个基因 5’CpG岛异常甲基化与临床病理特征无显著相关性 .结论 p16和 p15基因 5’CpG岛异常甲基化在人原发性肝癌中频率很高 ,可能在肝癌发生发展中扮演了重要角色 ;而...  相似文献   

11.
为了探究缺氧和免疫联合分析DNA甲基化位点在肺癌预后中的作用,提高肺癌免疫治疗的有效性,本研究基于甲基化和转录组二维数据,构建了一个用于预后评估的风险评分模型.从TCGA数据库中下载了247个与缺氧、免疫状态相关的去冗余肺癌样本作为训练集.然后对低缺氧-强免疫状态的样本、高缺氧-弱免疫状态的样本进行了差异基因表达、甲基化位点和临床生存率分析.生存曲线分析显示,低缺氧状态-强免疫状态组中的肺腺癌患者的1、3、5年生存率均优于高缺氧状态-弱免疫状态组(log-rank检验,P<0.05、P<0.001、P<0.001).使用LASSO回归构建的多基因预后模型包含9个甲基化位点,在肺腺癌测试数据集和验证数据集中均显示出良好的预后预测能力(AUC=0.83,0.80,0.82).这9个甲基化位点分别分布在PEBP4、FLI1、HLA-DMB、MYO1F、ABCC2、AKNA、ETS1、CCR7和TXNRD1基因上.此外,我们从5年生存曲线中发现,在低缺氧-强免疫状态组中高表达的PEBP4、CCR7、FLI1、AKNA、HLA-DMB、MYO1F和低表达的ABCC2基因也可作为...  相似文献   

12.
肝细胞癌是全球常见的高死亡率癌症之一,为找到可以作为其诊断和治疗的生物标志物,通过GEO数据库中的相关数据分析,获取异常甲基化差异表达基因;其中,甲基化下调表达上调的交集基因68个,甲基化上调表达下调的交集基因59个.对所获取的基因进行功能和通路富集分析,进而阐明与肝细胞癌相关的生物学功能及通路;构建蛋白互作网络并对其...  相似文献   

13.
目的:通过检测ULK1和Beclin1在原发性肝细胞癌组织中的表达,结合数个临床病理因素,探讨ULK1和Beclin1在原发性肝细胞癌治疗中的临床意义.方法:手术取得80对肝癌和癌旁组织及20例正常肝脏组织,采用定量Real-time PCR(qPCR)及免疫组织化学技术检测各组织中ULK1和Beclin1的表达情况,联合临床病理因素进行统计分析.结果:ULK1和Beclin1在肝癌中蛋白表达及mRNA的表达,均低于在癌旁组织以及正常肝组织中的表达(P0.05),而癌旁组织与正常肝组织中ULK1和Beclin1的表达的差异无统计学意义(P0.05).ULK1和Beclin1在肝癌组织中的表达可能呈正相关关系(r=0.26,P=0.02).ULK1在肝癌中与性别、年龄、乙型肝炎表面抗原(HBsAg)、术前肝功能分级、甲胎蛋白(AFP)、嗜酒、肿瘤部位及分级无关,与肿瘤大小相关.Beclin1在肝癌中与性别、年龄、HBSAg、术前肝功能分级、嗜酒、肿瘤的部位及分级无关,但与肿瘤的大小及AFP表达相关.结论:ULK1和Beclin1可能通过影响自噬,进而肝癌的发生发展相关联.  相似文献   

14.
检测Pokemon蛋白在胃癌及癌旁组织中的表达情况,探讨它与胃癌患者临床病理特征之间的关系以及与胃癌患者预后的关系,并筛选出胃癌的预后因素。利用组织芯片和免疫组织化学SP法检测Pokemon蛋白在胃癌及癌旁组织中的表达。胃癌中Pokemon蛋白的阳性表达明显高于癌旁,与胃癌的分化程度有关,在高分化腺癌中阳性表达率为48.15%(13/27),在中分化腺癌中阳性表达率52.63%(10/19),在低分化腺癌中阳性表达率为77.4%(41/53),并且阳性率越高,患者的生存期越短;但与胃癌患者的年龄、性别、浸润深度及有无淋巴结转移均无相关性。Pokemon参与了胃癌的发生、分化,可以作为判断患者预后的指标。  相似文献   

15.
目的:通过数据挖掘分析神经元正五聚体蛋白2(NPTX2)在肾透明细胞癌(ccRCC)中的表达及意义.方法:通过Oncomine、基因表达谱交互分析(GEPIA),以及人类蛋白质表达图谱(HPA)分别从mRNA水平和蛋白质水平上分析NPTX2在正常肾组织和ccRCC组织中的表达情况.使用GEPIA分析NPTX2与ccRCC临床分期及预后的相关性.经MethHC数据库分析NPTX2在ccRCC中的甲基化水平,利用String-DB分析NPTX2与上下游蛋白的相互作用.结果:在mRNA水平上,NPTX2在ccRCC组织中较正常肾组织显著高表达,且其表达水平与ccRCC病理分期呈正相关.TCGA数据分析结果显示,NPTX2高表达患者的总体生存率以及无病生存率明显低于低表达患者.免疫组化结果证实,NPTX2蛋白在ccRCC中也较正常肾组织高表达,且其启动子区甲基化水平明显增高.同时,NPTX2与AVP、MT-ATP6、MT-ATP8、NPAS4、RCN2等蛋白存在相互作用,并参与氧化磷酸化、ATP代谢过程等生物过程.结论:通过对肿瘤基因数据库的信息挖掘,发现NPTX2在ccRCC组织中呈高表达,且其高表达与患者预后有关.  相似文献   

16.
目的 探讨表皮生长因子样重复序列和盘状蛋白I样结构域3(EDIL3基因)在宫颈癌中表达及其对宫颈癌细胞SiHa、HeLa迁移的作用。方法 运用GEPIA、UALCAN、OncoLnc数据库分析EDIL3基因mRNA在宫颈癌组织中的表达水平、基因启动子甲基化状态和预后的意义;采用免疫组织化学染色、Western blot、qRT-PCR分别检测宫颈癌组织和细胞中EDIL3蛋白及EDIL3基因mRNA表达水平;构建EDIL3-pcDNA3.1过表达质粒,转染分为实验组(转染过表达EDIL3-pcDNA3.1质粒)和对照组NC(转染空质粒),transwell实验检测宫颈癌细胞SiHa、HeLa的迁移。结果 生物信息学数据库分析显示EDIL3基因mRNA在宫颈癌组织中低表达并且存在启动子高甲基化(P<0.05),在宫颈癌不同分期中EDIL3基因的表达无差异(P>0.05),EDIL3高表达与宫颈癌患者不良预后相关(P<0.05);免疫组织化学染色、Western blot、qRT-PCR与数据库分析结果一致,在宫颈癌组织和细胞中EDIL3基因均低表达(P<0.05),...  相似文献   

17.
目的:研究表皮细胞生长因子3(Egfl3)在肝癌组织及细胞系中的表达及其与肝癌病理临床特性的相关性.方法:采用荧光实时定量PCR(RT-qPCR)检测Egfl3基因在20对肝癌及相应癌旁肝组织,5株迁移、侵袭潜能不同的肝癌细胞系(SMMC-7721、BEL-7402、Huh-7、HepG2、Hep3B)和正常肝细胞系HL-7702中的表达水平;采用免疫组化检测Egfl3蛋白在40对肝癌及相应癌旁肝组织石蜡切片中的表达水平并分析其表达与肝癌临床病理特性的相关性.结果:RT-qPCR结果显示,Egfl3基因在20对肝癌组织中的表达水平(0.77±0.15)显著高于相应的癌旁肝组织(0.25±0.10)(t=2.904,P=0.006).Egfl3在5株肝癌细胞系中的表达水平也均明显高于正常肝细胞系HL-7702(P<0.05),且在侵袭迁移潜能中等的肝癌细胞系SMMC-7721中的表达高于侵袭迁移潜能较低的肝癌细胞系Bel-7402和Huh-7,后者又高于侵袭迁移潜能最低的肝癌细胞系HepG2和Hep3B.免疫组化结果显示Egfl3蛋白大多数表达于肝癌细胞或正常肝细胞的胞质内,并在62.5%(25/40)的肝癌组织中的表达显著高于相应的癌旁肝组织,且其表达与肝癌的TNM分期密切相关(P=0.04).结论:Egfl3在肝癌组织及细胞系中的表达显著上调,且其上调与肝癌的TNM分期及肝癌细胞的侵袭迁移潜能密切相关.  相似文献   

18.
目的:检测果糖代谢相关蛋白葡萄糖转运蛋白5(GLUT5)和己酮糖激酶(KHK)在肺腺癌中的表达及生物学功能.方法:利用http://kmplot.com/analysis/上的数据分析GLUT5和KHK的mRNA表达水平对肺腺癌患者生存预后的影响;免疫组织化学方法检测GLUT5和KHK蛋白在肺腺癌及相应癌旁组织中的表达水平;SPSS统计分析GLUT5和KHK表达水平与肺腺癌患者年龄、性别、肿瘤大小、淋巴结转移、远处转移、临床分期、病理分级等临床病理指标之间的关系,以及对患者生存预后的影响;MTT和克隆形成实验检测无葡萄糖条件下果糖对肺腺癌细胞增殖和克隆形成的影响,以及沉默GLUT5和KHK对细胞生物学行为的影响.结果:GLUT5和KHK mRNA表达水平较高的肺腺癌患者,其总生存和无进展生存均较差;GLUT5和KHK在肺腺癌组织中的蛋白表达水平均高于癌旁组织(P0.01);GLUT5高表达与肿瘤大小、淋巴结转移和病理分化较差有关(P0.05);KHK高表达与肿瘤大小、临床分期和病理分化较差有关(P0.05);而且GLUT5和KHK高表达的患者预后较差(P0.05).果糖可促进肺腺癌细胞的增殖和克隆形成,沉默GLUT5和KHK后,细胞利用果糖的能力显著下降.结论:果糖可以促进肺腺癌细胞的增殖和克隆形成,果糖代谢相关蛋白GLUT5和KHK在肺腺癌组织中高表达,且与肺腺癌的恶性进展密切相关,GLUT5和KHK可作为治疗肺腺癌潜在临床靶点.  相似文献   

19.
目的:探讨CXCL趋化因子家族作为肝癌治疗与预后标志物的价值.方法:检索UNIPROT、ONCOMINE、TCGA、GEPIA、TIMER数据库,分析肝癌中异常表达的CXCL因子类型.在KMPLOT网站分析CXCL与肝癌患者不良预后的相关性.使用R语言绘制热图并计算CXCL家族与上皮间质转化(EMT)、免疫因子浸润的相...  相似文献   

20.
目的:以硒蛋白硫氧还蛋白还原酶2基因(TXNRD2)为研究靶点,探讨TXNRD2与肿瘤微环境中的免疫细胞及免疫浸润的相关性,旨在揭示TXNRD2对人类恶性肿瘤发生和发展的影响,为肿瘤的免疫治疗和预后预测提供新的靶点。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库,基因型-组织表达(GTEx)数据库,癌症细胞系百科全书(CCLE)和人类蛋白质图集等采集数据,描述33种肿瘤中TXNRD2的表达、预后、免疫微环境、免疫新抗原、肿瘤突变负担(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)。采用Kaplan-Meier Plotter分析TXNRD2在肿瘤中的差异生存曲线。采用单因素和多因素COX回归分析皮肤黑色素瘤(SKCM)和脑下级脑胶质瘤(LGG)的总体生存率(OS)的影响因素,采用多因素回归和Nomogram列线图建立SKCM、LGG预测评分模型。结果:TXNRD2在多种肿瘤中普遍高表达,且其可以预测多种肿瘤患者的生存率。同时,TXNRD2表达水平与肿瘤免疫浸润、肿瘤微环境和免疫肿瘤抗原明显相关。单因素COX回归分析显示,TXNRD2、年龄、种族和pTNM-stage是SKCM患者的总生存期的危险因素,T...  相似文献   

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