Cloning and sequence analysis of VP2 gene of infections bursal disease virus

用SPF鸡胚成纤维细胞繁殖鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV) J1C7毒株.用纯化的病毒颗粒提取RNA基因组.根据已报道的IBDV JD1株的VP2序列设计引物,利用反转录—聚合酶链式反应(RT-PCR)进行扩增,将获得的1359 bp片段克隆于pMD 18-T载体上.经过限制性酶切及PCR鉴定后,得到阳性重组质粒.对VP2基因进行全序列测定表明,克隆的VP2基因长1359 bp,编码452个氨基酸.J1C7株VP2蛋白高变区内两个亲水区与其他标准Ⅰ型毒株完全相同,而且具有弱毒疫苗株的特征性氨基酸:222P、256V、279N、284T、294L、299N,七肽区的氨基酸序列为SWS ARGS,因此,从分子水平上推断本研究的J1C7株为标准Ⅰ型毒株,且属于弱毒疫苗株.与已报道的IBDV VP2基因的氨基酸序列进行比对,结果表明,本研究的J1C7株与来自欧洲和中国的弱毒疫苗株有密切的亲缘关系.     

核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum) arom基因3''''-末端的克隆与分析

根据五功能AROM蛋白保守区域设计简并引物,从核盘菌基因组中获得了一段大小为1626bp的DNA片段.结合Southern杂交结果,用反向PCR克隆了arom基因3'-末端4104bp的序列.序列分析结果表明,该DNA片段推测的氨基酸序列与烟曲霉、粗糙脉孢霉、构巢曲霉和粟酒裂殖酵母等的AROM蛋白同源,包含了部分5-烯醇丙酮酰莽草酸-3-磷酸合成酶(EPSP合成酶)结构域、莽草酸激酶结构域、脱氢奎尼酸脱水酶(脱氢奎尼酸酶)结构域和脱氢莽草酸脱氢酶结构域,其中含有EPSP合成酶模式2(255-273)、莽草酸激酶模式(426-453)和Ⅰ型脱氢奎尼酸酶活性位点模式(659-687).     

鸡传染性法氏囊病病毒VP2基因的克隆及序列分析

用SPF鸡胚成纤维细胞繁殖鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)J1C7毒株。用纯化的病毒颗粒提取RNA基因组。根据已报道的IBDV JD1株的VP2序列设计引物,利用反转录—聚合酶链式反应(RT-PCR)进行扩增,将获得的1 359 bp片段克隆于pMD 18-T载体上。经过限制性酶切及PCR鉴定后,得到阳性重组质粒。对VP2基因进行全序列测定表明,克隆的VP2基因长1 359 bp,编码452个氨基酸。J1C7株VP2蛋白高变区内两个亲水区与其他标准Ⅰ型毒株完全相同,而且具有弱毒疫苗株的特征性氨基酸:222P、256V、279N、284T、294L、299N,七肽区的氨基酸序列为SWS ARGS,因此,从分子水平上推断本研究的J1C7株为标准Ⅰ型毒株,且属于弱毒疫苗株。与已报道的IBDV VP2基因的氨基酸序列进行比对,结果表明,本研究的J1C7株与来自欧洲和中国的弱毒疫苗株有密切的亲缘关系。     

红麻微卫星DNA的分离

分别采用RAPD、锚定PCR和磁珠捕获等3种方法富集含微卫星序列的红麻基因组DNA片段,并连接到pMD18-T载体,构建基因组文库.然后以通用引物M13F,M13R和根据微卫星核心序列所设计的引物[VRV(CT)12或VRV(TG)12],用PCR方法直接对文库筛选,并将获得的阳性克隆进行测序.分别从RAPD,锚定PCR和磁珠捕获3种富集方法构建的基因组文库中获得6,23,19个微卫星位点.     

核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)arom基因3′-末端的克隆与分析

根据五功能AROM蛋白保守区域设计简并引物,从核盘菌基因组中获得了一段大小为1626bp的DNA片段。结合Southern杂交结果,用反向PCR克隆了arom基因3′-末端4104bp的序列。序列分析结果表明,该DNA片段推测的氨基酸序列与烟曲霉、粗糙脉孢霉、构巢曲霉和粟酒裂殖酵母等的AROM蛋白同源,包含了部分5-烯醇丙酮酰莽草酸-3-磷酸合成酶(EPSP合成酶)结构域、莽草酸激酶结构域、脱氢奎尼酸脱水酶(脱氢奎尼酸酶)结构域和脱氢莽草酸脱氢酶结构域,其中含有EPSP合成酶模式2(255—273)、莽草酸激酶模式(426—453)和Ⅰ型脱氢奎尼酸酶活性位点模式(659-687)。     

日本白鲫生长激素-I基因编码区cDNA的克隆

从日本白鲫(carassius cuvieri)脑下垂体中提取总RNA，采用逆转录PCR法扩增出日本白鲫生长激素—Ⅰ cDNA编码区，克隆到Pucm-T载体上，序列测定表明日本白鲫生长激素—Ⅰ基因的开放阅读框含有630bp，其中包括22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟肽，日本白鲫生长激素—Ⅰ基因的克隆成功为该基因的功能及应用研究奠定了基础。     

苏云金芽胞杆菌cry7Ab9基因的克隆与杀虫活性的测定

以辽宁省千山市的22株苏云金芽胞杆菌进行PCR cry型的cry7类基因鉴定,对cry7类基因进行克隆表达及生物活性测定,为cry基因储备奠定基础.菌株QZG121经比对后发现含有cry7Ab基因.克隆该基因全长序列为3 417 bp,编码1 138个氨基酸残基,相对分子质量为130 000,并在Gene Bank中登记,基因登录号为GU936713,由苏云金芽胞杆菌国际命名委员会正式命名为cry7Ab9.通过构建原核表达系统获得cry7Ab9基因表达蛋白,并进行暗黑鳃金龟幼虫杀虫活性的测定,7天校正死亡率10 mg.L-1为11.11%、100 mg.L-1为25.93%;两周校正死亡率10 mg.L-1为33.33%、100 mg.L-1为48.15%,LC50为289.99 mg.L-1.     

斑鳜轻链3基因(MLC3)cDNA的克隆及纵向表达分析

提取斑鳜肌肉组织总RNA,逆转录得到cDNA,然后利用常规PCR法扩增得到斑鳜肌球蛋白轻链3基因(MLC3)序列.斑鳜MLC3基因cDNA序列的全长为532 bp,编码150个氨基酸.通过PROSITE tools软件预测显示该序列具有2个EF-手相结构.通过实时荧光定量PCR法对斑鳜MLC3纵向表达进行分析发现,ML...     

拟南芥FIE基因特异片段的克隆及序列测定

根据拟南芥FIE基因的序列设计PCR引物,以拟南芥基因组DNA为模板,通过PCR反应扩增FIE基因特异性片段,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳分析,长为1633bp,与预期结果相符。将该基因片段定向克隆到pGEM-T载体上,得到重组质粒p1633,酶切鉴定及测序分析结果表明该克隆为拟南芥FIE基因特异片段,与拟南芥FIE基因比较同源性达99.8％,可以作为探针使用。     

东北红豆杉紫杉二烯合成酶cDNA克隆及其与紫杉醇产生菌基因组DNA的Southern杂交(英文)

为进一步研究紫杉二烯合成酶的作用机理和紫杉醇生物合成代谢调控机制,采用RT-PCR技术从东北红豆杉(Taxus cuspidata)树叶中获得了紫杉二烯合成酶基因片段,将该片段克隆在载体pGEMT-easy vector上,并转化到E.coliJM109中,经EcoRI酶切鉴定后,对阳性克隆进行序列测定,获得紫杉二烯合成酶基因片段长度为909 bp,编码303个氨基酸,与GenBank中收录的紫杉二烯合成酶的同源性达到98%;对获得的紫杉二烯合成酶基因和紫杉醇产生菌HQD33基因组DNA进行了Southern杂交。结果初步证实了紫杉二烯合成酶存在于通过内生真菌发酵生产紫杉醇的生物合成途径中。为利用分子生物学手段研究通过内生真菌发酵生产紫杉醇生物合成的代谢调控和构建高产紫杉醇基因工程菌株提供了强有力的理论指导。     

东北红豆杉细胞GGPPS基因cDNA的克隆

牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶是红豆杉细胞紫杉醇生物合成途径中的关键酶。试验采用RT-PCR技术从东北红豆杉中克隆GGPPS基因片段,将GGPPS基因片段与pMD20-Tvector连接,转化E.coli DH5α,对阳性克隆进行序列测定。生物信息学分析结果表明,获得GGPPS基因片段长度为371 bp,与GenBank中收录的GGPPS同源性达到99%。为从内生真菌紫杉醇生物合成途径中克隆关键酶基因和高产紫杉醇基因工程菌株的构建提供了借鉴。     

花粉管通道法转柱头外露棉DNA及转化体RAPD分析

提取“异9-3”柱头外露棉总基因组DNA，通过花粉管通道法经微量注射导入抗虫棉707．1的胚囊内，D1代田间筛选到柱头外露的转化植株，遗传分析结果表明转化株柱头外露性状由一对隐性基因控制，50个随机引物进行PCR扩增，33个引物扩增出的DNA在供体、受体和转化体之间呈现出多态性，其中引物S462(TCG GCA CGC A)在供体和转化体之间出现相同产物而受体没有出现扩增产物，该引物有可能作为柱头外露系的分子标记．RAPD分析结果表明转化体与受体有较多相同基因位点，而与供体相同基因位点较少，转化体还有供体和受体都不具有的基因位点，这可能是外源DNA导入时引起碱基突变所致。     

CCoAOMT基因反义表达载体的构建及转化苎麻的研究

采用RT-PCR的方法,克隆烟草木质素合成关键酶咖啡酰甲基转移酶(CCoAOMT)基因并测序．构建CCoAOMT基因反义表达载体,通过农杆菌介导法对苎麻进行遗传转化,得到转基因植株．采用PCR方法对其进行分子检测．为利用基因工程技术,创造适合我国国情的环保型低木质素苎麻转基因新品种奠定了基础。     

不同倍性鱼cdc2基因cDNA部分序列的克隆及其在卵巢中的表达分析

利用3-’RACE的方法分别从异源四倍体鲫鲤、三倍体湘云鲫、二倍体红鲫的卵巢中克隆了cdc2基因cDNA的部分序列.选取这3种鱼cdc2 cDNA中一段长为157 bp的保守片段设计特异引物,通过Real-time PCR检测cdc2 mRNA在这3种不同倍性鱼卵巢中的表达水平,结果表明cdc2转录量随着倍性的递增而相应升高.     

果蝇血液标记基因srp原核表达质粒构建及多克隆抗体制备

果蝇基因srp是血液发育的早期标记基因,为了研究果蝇这一模式动物中血液发育的详尽过程,通过提取野生型成体果蝇的总RNA,反转录获得其cDNA文库,设计引物克隆出srp基因,将所得片段插入原核表达载体pET28a中,经酶切和序列鉴定,成功构建重组质粒,并通过IPTG诱导表达出His-srp融合蛋白,经Ni-IDA凝胶柱纯...     

PCR扩增HBV x基因特征序列检测乙肝病毒DNA

提出了通过扩增特征序列检测乙肝病毒DNA的新方法．根据乙肝病毒DNA保守区的特点,利用Primer Premier 5.0设计出乙肝病毒x基因的特异性引物,并在以血清DNA为模板的聚合酶链反应体系中进行扩增,由此检测待测血清中是否存在乙肝病毒DNA．实验结果表明,该方法较传统的酶联免疫法灵敏,可以检测出酶联免疫法所检测不到的乙肝病毒,具有与免疫印迹一样的准确度;通过与以乙肝病毒s基因为靶序列的PCR反应体系比较,发现乙肝病毒x基因比s基因在序列上更为保守,更适合做乙肝病毒DNA检测的特征序列．     

紫杆柽柳谷胱甘肽硫转移酶基因的烟草转化

将所克隆的紫杆柽柳谷胱甘肽硫转移酶基因(TaGST)构建成植物表达载体pBI-TaGST,通过农杆菌介导法将其转入烟草W38(Nicotiana tabacum cv.W38),获得了转基因的烟草植株.转基因植株的PCR和RT-PCR检测表明,该目的基因已经整合到烟草基因组上.     

甜菜M14品系特异表达基因ESTs的生物信息学分析

甜菜M14品系具有无融合生殖特性,为了获得M14品系特异表达的基因,本实验室前期利用抑制消减杂交(SSH)和mRNA差异显示(DDRT-PCR)技术对M14品系和能够进行有性生殖的栽培甜菜A2Y品系进行了基因特异表达研究,获得了298条M14品系特异表达基因的ES-Ts。对这些ESTs进行生物信息学分析并进行了GO分类,筛选出5条可能与基因表达调控和细胞周期调控相关的ESTs,为进一步获得这些基因的全长序列并研究其功能奠定了基础,也为今后能在甜菜M14品系中寻找并克隆与无融合生殖相关的基因提供了可靠的保证。     

18srDNA为内参照的Real-Time-PCR方法检测半夏病毒

利用实时荧光PCR方法,以18srRNA为内参照,对半夏植株及相应组培苗携带的黄瓜花叶病毒(Cu-cumber Mosaic Virus,CMV)含量进行了相对定量检测.并以DAS-ELISA和RT-PCR方法检测结果相比较.结果表明,相比原始植株,组培苗的病毒含量大大降低.以带病毒半夏母株为外植体培养的组培苗,其病毒含量以叶片中的相对较高,在块茎和愈伤组织中病毒相对较低.而ELISA方法在检测病毒含量低的样品时有假阴性结果;RT-PCR方法灵敏度可靠但不适宜精确量化.