海洋细菌的分子鉴定分类

从南海海底沉积物中分离到一批细菌,克隆了其中产抗菌活性物且培养形态多变的细菌ＺＳ１１０的１６ＳｒＤＮＡ,通过和比较１６ＳｒＤＮＡ的部分序列,对ＺＳ１１０进行了分子鉴定,结果表明它是一株适应了海洋环境的芽孢杆菌属的枯草芽孢杆菌种。     

中国南方沿海13种石斑鱼类的分子系统进化关系分析

石斑鱼类(Groupers)是世界性海洋经济鱼类,也是中国南方沿海省份重要的海水增养殖对象,其种类繁多,由于缺乏明显的种间外部形态区别特征,石斑鱼的分类一直是鱼类系统分类学的一个难题,存在着较多的争议和混淆。为了从分子水平揭示石斑鱼类的系统进化关系,应用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)及两个核糖体RNA基因(16S和12S)序列联合构建系统进化树对中国近海石斑鱼亚科3属13种进行种类鉴定及亲缘关系分析,探讨了石斑鱼类的分子系统进化。结果表明:①线粒体基因序列在石斑鱼类种间存在较大的变异,种内变异极小,是进行石斑鱼类种类鉴定较为适宜的分子标记;②所研究的3属13种石斑鱼类中,石斑鱼属与九棘鲈属的亲缘关系较近,与鳃棘鲈属的较远;③赤点石斑鱼和青石斑鱼、蜂巢石斑鱼与鲑点石斑鱼、斜带石斑鱼与棕斑石斑鱼两两间具有较近的亲缘关系。     

四川黑熊线粒体12S和16S rRNA基因的克隆及序列分析

利用哺乳动物线粒体基因的保守序列设计引物,采用PCR方法,首次从亚洲黑熊四川亚种（Ursus thibetanus mupinensis）的肌肉组织总DNA中扩增出了线粒体12S rRNA和16S rRNA基因并进行了序列测定及分析.结果表明,四川黑熊12S rRNA基因长965 bp;16S rRNA基因长1 580 bp.通过进一步的序列分析表明,四川黑熊的12S rRNA和16S rRNA基因有较高的进化速率,与美洲黑熊、棕熊、北极熊、眼镜熊及大熊猫的相应基因相比较有较大差异,其中与美洲黑熊的同源性相对较高.     

重要海水养殖鱼斜带髭鲷和花尾胡椒鲷16S rRNA遗传变异研究

应用PCR技术扩增了我国南方重要养殖石鲈科鱼类斜带髭鲷(Hapalogenys nitens)和花尾胡椒鲷(Plectorhinchus cinctus)线粒体DNA(mtDNA)的16S rRNA基因片段,纯化后分别进行EcoRⅠ、MseⅠ、PstⅠ、SacⅠ和HindⅢ等5种限制性内切酶酶切和测序分析.酶切结果为:斜带髭鲷16S rRNA扩增片段被MseⅠ和SacⅠ两种内切酶酶切,花尾胡椒鲷16S rRNA扩增片段只被MseⅠ酶切.两者在MseⅠ和SacⅠ酶切图谱的差异可作为区分两者的遗传标记.16S rRNA序列分析结果表明,斜带髭鲷和花尾胡椒鲷的遗传相似度为86.94 %,遗传差异为13.06 %.进化上,两者分化年代大约为1.98×106年前.     

福建漳江口红树林沉积物中的古菌类群

利用环境16S rRNA基因序列分析技术,对福建漳江口红树林沉积物中存在的古菌类群进行检测。首先提取红树林沉积物的总DNA,并进一步构建环境16S rRNA基因克隆文库。随机挑选文库克隆,根据Amplified rDNA restriction analysis(ARDRA)分析分型后进行测序。对所测序列进行系统进化分析。结果显示,文库中的大部分古菌克隆(95%)分别属于广古菌门(Euryarchaeota)中的Marine benthic group D和泉古菌门(Crenarchaeota)的Miscellaneous crenarchaeotic group和Marine group I等3个已描述的古菌类群, 另有小部分克隆(5%)可能代表广古菌门中新的古菌类群。Miscellaneous crenarchaeotic group类群古菌是红树林沉积物中古菌的优势类群。上述古菌类群的检测加深了人们对于红树林古菌群落结构复杂性及其生态学意义的认识。     

乌江网箱养殖丁(魚歲)细菌的分离与分子鉴定

利用微生物学常用的细菌分离、纯化方法从丁(魚歲)中分离出9株菌株,编号分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ.分别扩增出9株菌株的16S rRNA基因约600 bp的片段,并对其测序,将测序结果输入到NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中,用BLAST工具对序列进行同源性比对分析,并利用MEGA4绘制系统进化树,结果表明:9株菌株的16S rRNA基因测序结果分别与不动杆菌(Acinetobacter)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophi-la)、希瓦氏菌(Shewanella baltica)、不动杆菌(Acinetobacter)、希瓦氏菌(Shewanella baltica)、霍乱弧菌(Vibriocholerae)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiellapneumoniae)的16S rRNA基因的核苷酸序列同源,同源性分别为96%,99%,99%,97%,98%,98%,99%,98%,98%.9株菌株的系统进化树明显分为3支,Ⅰ和Ⅳ聚为一支,Ⅶ独聚一支,Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅷ、Ⅸ聚为一支,其中Ⅱ和Ⅷ相聚,Ⅲ和Ⅴ相聚后再与Ⅵ相聚,最后与Ⅸ相聚.     

一株富含类胡萝卜素光合细菌的分离鉴定

从不同生物环境中分离紫色非硫菌,测定其类胡萝卜素含量,筛选出富含类胡萝卜素的菌株.对该菌株的形态学特征、碳氮源利用情况、最适生长pH值及盐度等生物学特征进行研究;利用PCR技术扩增其16S rRNA基因,测序后进行16S rRNA基因序列分析,研究其分类地位.结果:分离自暨南大学明湖底泥的菌株R2,在所分离的8株紫色非硫菌中,类胡萝卜素质量分数最高,为4.83 mg/g(干菌体),该菌株符合红游动菌属(Rhodoplanes)的生物学特性,其最适生长pH为7.0,盐度为0.2%;16S rRNA基因的分子系统学分析表明,该菌株与红游动菌属的Rhodoplanessp.HA17相似性为99.4%.可确定筛选出一株高产类胡萝卜素的菌株,该菌株属于红游动菌属(Rhodoplanes).     

16S rDNA-RFLP方法分析抑菌土中的细菌多样性

 采集了从云南省16个县烟草主栽区的土壤样品129份.通过测定土壤抑制线虫生防菌Pochonia chlamydosporia孢子萌发率的大小将土样聚为抑菌率极显著差异的5个类群(P >0.01).为研究抑菌土中的细菌种群,构建了强抑菌土样的细菌16S rRNA基因文库;利用限制性片段长度多态性(RFLP)对随机克隆进行筛选;测定代表克隆的16S rDNA序列;对强抑菌土中的细菌种群进行了系统发育分析,并表明Proteobacteria和Acidobacteria的细菌是强抑菌土中的主要细菌类群.     

高产5-氨基乙酰丙酸光合细菌株的分离鉴定

从不同生态环境中分离培养出20株光合细菌,进行5-氨基乙酰丙酸(5-ALA)的产量检测,筛选出一株分离自广州市云溪公园池塘底泥的菌株R5,其5-ALA产量最高,达4.92 mg/L.为了确定菌株R5的分类学地位,对该菌株的形态学、碳源利用情况等生理生化特性进行了研究,表明该菌株符合红假单胞菌属的生物学特征;以菌株R5基因组DNA为模板PCR扩增16S rDNA基因,对PCR产物进行了序列测定,将所测得的核酸序列与相关细菌的16S rRNA序列进行比对,并构建进化树进行系统发育分析,发现菌株R5与沼泽红假单胞菌株KUGB306(Rhodop-seudom onas palustrisKUGB306)形成一个类群,序列同源性为99%.故最后确定该高产5-ALA的菌株属于红假单胞菌属(Rhodopseudom onas).     

一株煤矿地下水硫酸盐还原细菌的分离、鉴定及性质研究

从煤矿井下700 m深处含水层的钻孔涌水中分离获得一株硫酸盐还原细菌GY-2,该菌株革兰氏反应阴性,有芽孢,菌体棒状,能运动,氧化酶阴性;通过16S rRNA系统发育学分析,确定菌株GY-2为滴状脱硫肠状菌(Desul fotomaculum guttoideum).GY-2菌株为兼性厌氧菌,在含有Fe2+的条件下生长...     

16S rRNA基因技术在油藏微生物生态研究中的应用

分子生态学技术的发展大大促进了人们对环境中微生物群落的研究，也为研究油藏微生物群落和微生物采油技术提供了一个新的工具，尤其16S rRNA基因技术应用于油藏微生物生态研究．该技术克服了基于细胞水平研究方法的不足，能更准确、更客观地揭示油藏微生物的多样性、群落动态变化、种群结构及进化等方面的信息．文章简要综述了16S rRNA基因技术发展历程及在环境微生物生态学中的应用，详细概述了16S rRNA基因技术在油藏微生物生态研究中的地位和作用以及用于油藏微生物生态研究的16S rRNA基因技术，讨论了16S rRNA基因技术目前在油藏微生物生态研究中存在的问题，通过实例论证了该技术的现场应用效果，重点介绍了胜利油田利用T-RFLP、DGGE等分子生态学技术在河口采油厂罗801区块空气辅助微生物驱和单12区块内源微生物驱研究中的应用，阐明了分子生态学技术在微生物提高原油采收率研究中的重要的意义．     

一株氯苯降解菌的分离鉴定

氯苯是重要的化工原料,长期使用对环境造成了严重的危害．为了研究生物方法修复自然环境的可行性,采集化工厂排污口的污泥,利用富集驯化等方式,分离到一株能够降解氯苯的菌株KD131．通过分析该菌株的16SrRNA基因序列,并结合BIOLOG微生物鉴定系统的测定结果,确定KD131为短小芽孢杆菌（Bacillus pumilus）,同时构建了系统进化树．利用气相色谱方法,对分离菌株KD131降解氯苯的能力进行了初步分析,24h内氯苯分解率达60．8％．进一步研究发现,KD131对苯和邻二氯苯也具有一定的降解能力．     

Phylogeny and divergence time estimation of cheilostome bryozoans based on mitochodrial 16S rRNA sequences

The mitochondrial 16S rDNA sequences of 40 species of cheilostome bryozoans including those of 24 species newly determined were used to reconstruct the phylogenetic tree using neighboring-joining and maximum-parsimony methods. By applying molecular clock technique on the basis of the appropriate phylogeny and the fossil record, the divergence times of the two main cheilostome groups, Anasca and Ascophora sensu stricto, were estimated. The results show that the molecular phylogeny of the higher taxonomic groups (superfamilies and higher taxa) of cheilostome bryozoans is mostly in conflict with the morphology-based phylogenetic trees; the divergence of the extant groups of Anasca and those of Ascophora sensu stricto is estimated to have happened about 263 Ma (Permian Guadalupian Epoch) and 183 Ma (Early Jurassic), respectively.     

网箱养殖患病草鱼细菌分离鉴定与回复感染研究

利用常用细菌分离纯化方法从患病草鱼中分离出7株菌株,分别编号为Ⅰ～Ⅶ;对7株菌株的16SrRNA基因序列进行PCR扩增,均得到长约600bp的片段;将扩增结果进行测序,测序结果输入到美国国立生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/),用BLAST工具对序列进行同源性比对分析.结果表明:Ⅰ为沙雷氏菌,同源性达95%;II为腐生葡萄球菌,同源性达99%;III为荧光假单孢菌,同源性达97%;IV为产碱普罗威登斯菌,同源性达99%;V为嗜水气单孢菌,同源性达99%;VI为杀鲑气单孢菌,同源性达97%;VII为不动菌属,同源性达97%.将Ⅰ～Ⅶ号菌株回复感染健康草鱼,结果沙雷氏菌、腐生葡萄球菌、荧光假单孢菌、产碱普罗威登斯菌和嗜水气单孢菌对草鱼的危害较大,而杀鲑气单孢菌和不动菌属的感染症状不明显.     

网箱养殖鲈鱼内脏白点病病原的分离与鉴定

2007年5-6月,浙江省象山港海区网箱养殖鲈鱼暴发一种较为严重的传染性疾病.从自然发病和人工感染患病鲈鱼分别分离到LY-1、LY-2菌株.采用常规生理生化指标测定和分子生物学16S rRNA测序分析对病原菌进行分类学鉴定,两者鉴定结果一致并初步确定LY-1、LY-2均为哈维氏弧菌Vibrio harveyi.HSP60序列分析表明,所测病原菌HSP60基因序列与Vibrio harveyi同源性为99%,而与其他弧菌属细菌HSP60基因的同源性均小于91%.综合上述结果,LY-1、LY-2菌株被鉴定为哈维氏弧菌.     

5S及16S rDNA序列PCR扩增用于环境军团菌检测

军团菌病（Ｌｅｇｉｏｎｎａｉｒｅｓ’ｄｉｓｅａｓｅ）是一种严重的空气传播疾病,在世界各地都常有报道,是由军团菌（Ｌｅｇｉｏｎｅｌａ）引起,该菌迄今已鉴定出了４４个种,其中１８种具致病性,最常见的导致严重病症的种有嗜肺军团菌（Ｌ．ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ...     

基于形态特征及线粒体12S和16S rRNA基因序列的察隅棘蛙贡山种群的系统地位

察隅棘蛙贡山种群的分类地位一直存在争议．本文用线粒体12S,16S rRNA部分基因序列对察隅棘蛙（Paa chayuensis）地模标本以及贡山种群共5号棘蛙标本进行的分子系统发育分析表明,它们间平均遗传距离仅为0．002,而且镶嵌相聚,应为同一个物种,即察隅棘蛙．检视察隅棘蛙32号地模标本及贡山种群8号标本的外部形态以及29项量度性状,发现他们彼此在形态上差异较大,建议可分为2个不同亚种．     

淡水豚类mtDNA 16S rRNA基因的系统发生

ｍｔＤＮＡ １６Ｓ ｒＲＮＡ基因我分析支持将现生淡水豚４个属归入不同的科,即白暨豚科（Ｌｉｐｏｔｉｉｄａｅ）、恒河豚科（Ｐｌａｔａｎｉｓｔｉｄａｅ）、亚河豚科（Ｉｎｉｉｄａｅ）和弗西豚科（Ｐｏｎｔｏｐｏｒｉｄａｅ）。基于邻接法的系统发生分析显示淡水豚类由白暨豚＋恒河豚和弗西豚＋亚河豚两个单系组成,但两个单系之间并无姊妹关系。淡水豚类是并系的。１６Ｓ ｒＲＮＡ基因的系统发生树与ｍｔＤＮＡ细胞色素ｂ基     

一株高效脱氮磷菌的筛选及其特性的初步研究

从活性污泥中筛选出高效脱氮除磷菌,并进行分类鉴定,同时研究了不同pH和接种量对生长的影响.通过聚磷菌的富集培养、缺磷和富磷培养的筛选、PHB和异染颗粒染色实验进行鉴定,并通过除磷除氮实验、形态学和生理生化实验进行初步研究,通过16S rRNA进行分子鉴定.筛选得到一株高效脱氮除磷菌.该菌株在pH5~10之间均能正常生长,最佳生长pH为7.接种量在10%时生长效果最好,其中对氮磷的去除率分别达78.3%、87.8%.该菌株可以同时对氮和磷有较好的去除效果,通过形态学观察、生理生化试验和16S rRNA基因序列分析,构建系统发育树,初步鉴定为肠杆菌属.     

基于18S rRNA基因序列的毛茛科及近缘植物的分子进化关系研究

基于18S rRNA基因序列以近缘植物Paeonia suffruticosa和Mahonia bealei为外类群,采用邻接法（Neighbor-joining methods,NJ)和最大简约法（Maximum parsimony,MP）对毛茛科Ranunculaceae 6属12种植物的系统发育关系进行了分析．结果表明,18S rRNA基因序列长度范围在1807~1810bp之间,系统树显示耧斗菜属Aquilegia与唐松草属Thalictrum,升麻属Cimicifuga与乌头属Aconitu