蒙药协日嘎-4的分子对接研究

基于前期网络药理学的研究,对蒙药复方协日嘎-4中化学成分与前列腺增生和前列腺癌受体进行分子对接研究,共筛选出32个相关化合物,9个相关受体,分别对接.判断二者结合自由能的大小,并分析受体与配体的相互作用.结果显示,齐墩果酸与所有受体结合能都较低,汉黄芩素、姜黄素、山奈酚、异鼠李素等与多个受体结合能较低;通过对协日嘎-4中化学成分与受体的研究,为后期协日嘎-4对前列腺癌和前列腺增生的作用机制研究提供参考.     

外磁场下电子-声子相互作用对球形量子点杂质态的影响

在有效质量近似下,采用变分法研究了外磁场下球形量子点中的施主杂质基态结合能随量子点半径和磁感应强度的变化关系.考虑电子与体纵光学声子和表面光学声子相互作用,计算了施主杂质态结合能随杂质位置和量子点半径的变化.数值结果表明,结合能随量子点尺寸减小和外加磁感应强度的增强单调增加,且基态结合能明显依赖于杂质位置和电子-声子相互作用.     

HIV-1逆转录酶非核苷类抑制剂MKC分子结合位点的理论研究

1RT1蛋白是一个HIV-1逆转录酶核心蛋白,是抑制剂药物分子的作用靶点.非核苷类抑制剂MKC分子是1RT1蛋白中的配体分子.采用量子力学密度泛函理论,B3LYP计算方法,结合6-31G(d,P)基组,逐个计算MKC分子与其周围半径0.7 nm结构范围内的34个氨基酸残基相互作用和结合能,发现在1RT1蛋白中103Lys残基是MKC分子的结合作用位点,结合能值为-46.73 kJ·mol-1.该结合位点的发现将为进一步设计和寻找抗HIV-1逆转录酶抑制剂药物分子提供一些理论基础.     

含能增塑剂和NPBA对粘合剂-HMX相互作用影响的分子动力学模拟

为研究含能增塑剂和中性高分子键合剂（NPBA）对粘合剂-HMX（奥克托今）相互作用的影响,运用分子模拟软件Materials Studio进行了分子动力学模拟计算.根据文献中所举的应用实例,搭建了相应的粘合剂-含能增塑剂-NPBA-HMX微观模型,计算了各个组分之间的结合能E和径向分布函数（RDF）.计算得到的结合能表明,含能增塑剂将削弱粘合剂与HMX之间的相互作用,而NPBA可以增强这种相互作用,其效果优于NC.     

碱基与氨基酸二肽间的氢键相互作用

对于碱基-蛋白质之间的相互作用,氢键的形成及断裂起着重要的作用.选取7种氨基酸二肽和3种碱基,以它们之间形成单根氢键的体系为研究对象,在ab initioB3LYP/6-311++G(d,p)水平下进行结构优化,MP2/6-311++G(d,p)水平下进行能量的计算.同时应用ABEEMσπ/MM方法优化结构和计算能量.通过改变氢键相互作用区域的静电相互作用参数kH-bond和形成氢键的氢原子与其受体原子的孤对电子之间距离Rlp,H来拟合函数kH-bond(Rlp,H).用所得函数对选取的复合物进行结合能计算,其结果与ab initio方法所得的结果符合的很好.     

Zn_(1-x)Cd_xSe/ZnSe异质结中的束缚极化子

对半导体单异质结系统 ,引入三角势近似异质结势 ,考虑电子、杂质与声子的相互作用 ,利用改进的 LLP变分法讨论在界面附近束缚于正施主杂质的极化子基态能量 .对 Zn1-xCdx Se/Zn Se系统的杂质态结合能进行了数值计算 ,给出了结合能、声子贡献随杂质位置、电子面密度和组分的变化关系 .结果表明 ,杂质 -声子相互作用显著且声子对结合能的作用为负 .     

SH2域与磷酸化多肽相互作用的连续溶剂模型研究

使用连续溶剂模型方法研究了SH2结构域与磷酸化多肽pYXXX(X为20种常见氨基酸残基中的任意一种)之间的相互作用.首先计算了已知的SH2域-磷酸化酪氨酸多肽复合物之间的结合能,理论计算的结果与实验测得的亲合能之间的相关系数为0.91,验证了理论模型的正确性.然后,用该模型方法计算了SH2域与pYXXX之间的结合能,分析了磷酸化酪氨酸多肽pYXXX中 1, 2, 3位置上残基对结合能的影响.结果表明 2, 3位置上残基的变化对结合能影响较大, 2位置上带负电的残基和 3位置上的疏水性残基有利于SH2域与pYXXX之间的相互作用,这与实验结果一致.     

((≡))-N相互作用的初步研究及4(≡)He、8(≡)He、11(≡)B结合能的计算

利用手征SU(3)夸克模型,采用共振群方法得到((≡))-N作用相互非定域位以及((≡))超子与10(≡)He壳心核的相互作用势,并利用其计算4(≡)He、8(≡)He、11(≡)B的基态结合能.计算结果表明利用手征SU(3)夸克模型能得到与实验相近的结果.同时本文也对(≡)超核结合能的性质做了初步研究,以进一步加深对重子-重子相互作用的了解.     

((≡))-N相互作用的初步研究及4(≡)He、8(≡)He、11(≡)B结合能的计算

利用手征SU(3)夸克模型,采用共振群方法得到((≡))-N作用相互非定域位以及((≡))超子与10(≡)He壳心核的相互作用势,并利用其计算4(≡)He、8(≡)He、11(≡)B的基态结合能.计算结果表明利用手征SU(3)夸克模型能得到与实验相近的结果.同时本文也对(≡)超核结合能的性质做了初步研究,以进一步加深对重子-重子相互作用的了解.     

铁基换热面CaCO3析晶污垢结合力分子动力学模拟

为了研究腐蚀产物Fe2O3在污垢与换热表面相互作用时的作用机理,采用分子动力学(MD)方法模拟了Fe和Fe2O3吸附方解石(1-10)晶面的体系,并且对2个体系进行吸附过程的平衡处理,通过计算2个体系吸附后的各种能量推导出吸附结构中结合能的大小,将Fe和Fe2O3吸附方解石(1-10)的2个体系的结合能进行了比较。计算结果表明:Fe2O3吸附方解石(1-10)晶面的结合能要比Fe吸附方解石(1-10)晶面的结合能高,同时,径向分布函数的计算也进一步证明了该结果。该理论计算得出,Fe的腐蚀产物Fe2O3吸附的污垢比Fe吸附的污垢更难以清理。     

HIV-1 Tat与P-TEFb复合物的分子动力学模拟及结合自由能计算

P-TEFb结构中与Tat蛋白的结合位点是新型抗HIV-1药物设计和虚拟筛选的重要靶标.对含有两个锌指结构的Tat.P-TEFb复合物体系进行了14ns的分子动力学模拟,应用MM-PBSA/GBSA方法计算体系的结合自由能,以及通过基于氨基酸残基的能量分解来探究体系中蛋白质之间的相互作用.结果表明范德华作用能是复合物形成的主要驱动力,Cys261与ZN88之间的配位作用是结合自由能的最大贡献者.根据Tat.P-TEFb体系的动力学结构信息和残基能量分解结果预测了P-TEFb结构中可能的活性位点.位点Ⅰ和位点Ⅱ应可作为基于受体三维结构的抗HIV-1药物分子设计的起始位点.模拟计算的结果可以为进一步指导药物设计奠定基础.     

一种采用知识打分函数的分子对接方法

分子对接是计算机辅助药物分子优化设计的重要组成部分.引入了一种通过计算原子对间距离来评价结合自由能的知识打分函数,其构造方法与平均力势能函数相似.同时采用基于信息熵的多种群自适应遗传算法,形成一种新型的分子对接程序KGAsDock.给出与著名的分子对接程序DOCK6.1的对接结果比较,数值实验表明,该算法在不降低计算效率的前提下,提高了对接的精度.     

诺氟沙星与氧氟沙星同时与牛血清白蛋白分子作用的荧光光谱

氧氟沙星(OFX)、诺氟沙星(NOR)皆能使牛血清白蛋白(BSA)的荧光猝灭.当2种药物共存时可进一步使BSA荧光猝灭,借此利用荧光光谱法研究了诺氟沙星、氧氟沙星药物间的相互作用.研究结果表明2种药物间存在相互作用,使药物与蛋白的结合稳定性减小;BSA的荧光猝灭属于静态猝灭,药物与BSA结合位点数n近似为1.依据F(o...     

磁场中的强耦合表面极化子

应用变分法系统研究了电子和表面光学声子间的强相互作用，同时考虑了电子和体纵光学声子间的弱相互作用，给出了电子、声子间的基态和激发态的相互作用能．数值计算表明，电子和晶体表面的距离增大，体相互作用诱导势增大，而表面相互作用势减少；同时外磁场的作用可增大这两种相互作用的强度．     

循环蠕变加载下疲劳裂纹扩展速率的探讨

根据循环蠕变加载下应力-应变迟滞徊线的周期性,提出了在一个循环周期内以应变能密度为损伤参量,并把材料的机械疲劳损伤和蠕变损伤统一处理的方法,以解决这两种损伤之间的交互作用问题;指出了在循环蠕变的加速现象中包含了这两种损伤之间的交互作用的效果;借助于等效杨氏模量概念,对静蠕变公式进行修正后用于循环蠕变的应变计算,进而对能量密度进行计算。然后参照单轴疲劳的研究过程,导出了循环蠕变加载下基于能量密度的疲劳裂纹扩展速率公式。     

EMND与人血清白蛋白的分子作用机制

微波条件下,运用一锅法合成了二氢嘧啶-2-酮的衍生物—5-乙酯基-6-甲基-4-(4-硝基苯基)-3,4-二氢嘧啶-2-酮(EMND).运用同步荧光光谱、位点竞争结合实验、荧光共振能量转移(FRET)理论以及分子模拟技术研究了EMND与人血清白蛋白(HSA)的分子作用机制.实验结果表明:EMND与HSA的结合位点位于色氨酸(Trp214)附近,EMND的结合位点位于HSA的IIA亚域.通过FRET理论计算得出EMND与色氨酸残基的结合距离r=4.25nm,说明EMND与HSA之间能够发生非辐射能量转移.分子模拟表明EMND结合到HSA IIA亚域的疏水空腔,它们之间存在氢键作用,进一步印证了同步荧光及位点竞争结合实验结果.本研究对于在分子水平上理解小分子与生物大分子的相互作用本质以及设计基于二氢嘧啶-2-酮的药物等都有一定的参考作用.     

用最小二乘法拟合结合能公式的参数

本文提出了一个原子核结合能公式的新形式,並借助于Apple—Ⅱ和H_(89)微机,用最小二乘法将新公式同Wapstra和Bos.的核素质量表中经过实验严格测定的1271个核素质量拟合,定出了新公式的11个参数,从而得到这个新公式的具体形式。     

指数型粘度修正模型的提出

根据吸附理论和分子间能量的变化规律来确定表面相互作用程度，以此可定义吸附层，得出吸附层厚度的分析计算式．根据分子相互作用的基本理论及流体力学的基本定义得出指数型粘度修正的表达式，用于确定微小间隙内流体粘度的变化规律，为薄膜润滑理论分析提供了粘度模型。     

原子核结合能的协方差分析

以Weizs?cker公式为基础,使用协方差分析的研究方法,重新计算了原子核结合能中的体积项、表面项等5个系数,使原子核的结合能平均误差降至最低。在此基础上,利用Fattoyev给出的协方差方法,给出了各项系数的误差范围、各项系数与原子核结合能之间的关联系数、各项系数之间的关联系数。研究表明,原子核的结合能与对称能、表面能、库仑能有很大关系,而且对称能系数的误差很大,这里隐含着3个重要的物理规律:原子核可能存在四极形变;库仑能的大小可能因为四极形变而改变;可能存在中子皮、质子皮等影响对称能的大小。可以通过该项研究,对比系数间的关联性,合并减少系数的个数;得到结合能与体积项、表面项、对称能之间的密切程度等信息,为得出更为精确的原子核质量提供理论依据。