卷枝毛霉苹果酸转运蛋白生物信息学分析

借助生物信息学技术预测分析卷枝毛霉苹果酸转运(malate transporter,MT)蛋白的理化特性、空间结构及功能位点,通过Protpara、PredictProtein、TMHMM Server、NetPhos等在线分析工具对MT蛋白的基本性质和结构进行分析预测.结果表明,MT蛋白疏水性强且性质稳定,属于非分泌...     

播娘蒿叶绿体型△12脱饱和酶的功能研究

本文应用RT-PCR和RACE方法扩增出了的播娘蒿叶绿体型△12脱饱和酶（Ds-FAD2CHL）全长cDNA,其完整编码框为1344 bp,编码447个氨基酸;该基因ORF在酵母Saccharamyces cerevisiae中的表达阐明其功能为将18:1^△9脱饱和生成亚油酸(18:2^△9,12);进一步切除叶绿体信号肽后的脱饱和酶在酵母中把18:1^△9脱饱和生成18:2^△9,12的效率提高了3.72%;通过GC/MS分析转基因酵母的磷脂及酰基辅酶A库发现,该脱饱和酶的作用底物为磷脂,而不是以酰基辅酶A形式结合的脂肪酸.     

马铃薯卷叶病毒陕西分离物外壳蛋白(CP)的生物信息学分析

目的分析预测马铃薯卷叶病毒(PLRV)外壳蛋白的理化性质及结构。方法应用DNA-MAN软件、ExPASy中的ProtParam工具,SignalP,LipoP程序,TMHMM,PSIPRED和3D-PSSM等方法,分析PLRV.CP的核苷酸基本特征、蛋白质理化性质、亲疏水性、可溶性、信号肽、跨膜结构域、二级结构、保守区域、三级结构等。结果陕西PLRV.CP,与已报道的PLRV.CP高度同源。蛋白序列分析显示无跨膜螺旋结构,不属分泌蛋白,是可溶的亲水性蛋白。二级结构主要为折叠和无规则卷曲,不含转角。三级结构保守区预测表明,该蛋白属于黄化病毒属外壳蛋白成员。结论对马铃薯卷叶病毒外壳蛋白的生物信息学分析为进一步研究其功能、探索抗病途径奠定了基础。     

斑马鱼GnRH-Ⅱ基因的生物信息学分析

从斑马鱼脑组织提取总RNA,应用RT-PCR方法克隆GnRH-ⅡcDNA,其长度为589bp,编码的GnRH-Ⅱ前体为86个氨基酸残基。利用生物信息学方法对克隆得到的斑马鱼GnRH-Ⅱ基因序列、编码蛋白及其理化性质进行分析,并预测其编码蛋白的结构与功能,构建其同源基因的系统进化树。     

拟南芥AHA2基因的生物信息学分析

利用生物信息学方法对拟南芥AHA2(H+-ATPase 2)基因编码蛋白的理化性质、保守结构域、疏水性/亲水性、信号肽、跨膜结构域、磷酸化修饰、二级结构和系统进化等进行了预测和分析。结果表明:AHA2属于拟南芥H+-ATPase家族成员;拟南芥AHA2基因编码的蛋白与荠菜的亲缘关系最近,具有较高的相似性。本研究的结果将为进一步研究其生物学功能提供一定的参考依据。     

拟南芥谷胱甘肽过氧化物酶的生物信息学分析

谷胱甘肽过氧化物酶(Glutathione Peroxidase,GPX)是动物体内清除氧自由基的主要酶类.近几年研究表明,植物体内也存在类似于哺乳动物的GPX家族.本文采用生物信息学技术对拟南芥GPX(AtGPX)家族的8个基因编码的蛋白质结构和功能进行了分析,包含分子量、氨基酸的数量、等电点、跨膜结构域、信号肽、二级结构组成和表达特征等,旨在了解其结构特征,为植物抵御氧化胁迫研究提供理论依据.     

梅花鹿FGF10基因的生物信息学分析

应用生物信息学的方法对梅花鹿FGF10基因的核苷酸和氨基酸序列进行了初步的生物信息学分析,包括理化性质分析、信号肽和跨膜结构域分析、磷酸化位点和疏水性分析、蛋白质二级结构分析、功能结构域分析以及系统进化分析.结果表明:梅花鹿FGF10基因编码213个氨基酸,蛋白相对分子量为23.84kD,为碱性不稳定蛋白;存在信号肽和跨膜结构域;共有26个磷酸化位点;二级结构主要由α螺旋、β转角、延伸链和随机卷曲组成.具有FGF典型的FGF结构域.系统进化分析显示,梅花鹿FGF10与哺乳动物FGF10相似性较高,并且与牛、羊在亲缘关系上最相近.为梅花鹿FGF10基因的结构和功能的进一步研究打下了坚实的理论基础.     

甘蓝型油菜过氧化物酶的生物信息学分析

目的 分析甘蓝型油菜的过氧化物酶(Peroxiredoxin, PRDX)家族成员的生物学信息,以期为油菜及相近植物中PRDX的酶学特征及植物抗氧化的分子机制研究提供依据.方法 利用生物信息学方法,分析NCBI(National Center for biotechnology information)数据库中注册的7种油菜PRDX蛋白质的理化性质、信号肽、磷酸化位点、糖基化位点、蛋白质二级结构、三级结构及系统进化特点.结果 甘蓝型油菜PRDX蛋白质比较稳定;氨基酸序列中无信号肽,且不是分泌蛋白;该家族蛋白质中存在较多潜在糖基化位点和磷酸化位点;蛋白质二级结构、三级结构预测结果显示其结构具有极大相似性,且主要以α-螺旋和无规则卷曲为主;系统进化树将该家族成员分为了两个亚家族.结论 本研究为进一步探索植物PRDX家族的生物学功能提供了参考依据.     

甲胎蛋白分子演化的生物信息学分析

甲胎蛋白（AFP）是类白蛋白家族成员蛋白之一,在生物个体发育以及肝癌发生发展中起重要作用. 为了研究AFP的系统发生,并以此探讨系统发育与个体发育的关系,运用生物信息学手段,分析了不同物种中类白蛋白家族成员的进化关系,并对各分子的白蛋白结构域进行了进化归类.同时,对不同物种的白蛋白（ALB）和AFP之间包含启动子、抑制子和增强子在内的约14?kb的核苷酸序列进行了比较分析. 研究从系统发育的角度阐释了AFP分子及其基因调控机制的演化方式,为更好的认识AFP在机体生理和病理状态的作用建立了理论分析的基础.     

The genome sequence of the filamentous fungus Neurospora crassa

Neurospora crassa is a central organism in the history of twentieth-century genetics, biochemistry and molecular biology. Here, we report a high-quality draft sequence of the N. crassa genome. The approximately 40-megabase genome encodes about 10,000 protein-coding genes--more than twice as many as in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe and only about 25% fewer than in the fruitfly Drosophila melanogaster. Analysis of the gene set yields insights into unexpected aspects of Neurospora biology including the identification of genes potentially associated with red light photobiology, genes implicated in secondary metabolism, and important differences in Ca2+ signalling as compared with plants and animals. Neurospora possesses the widest array of genome defence mechanisms known for any eukaryotic organism, including a process unique to fungi called repeat-induced point mutation (RIP). Genome analysis suggests that RIP has had a profound impact on genome evolution, greatly slowing the creation of new genes through genomic duplication and resulting in a genome with an unusually low proportion of closely related genes.     

一株渤海丝状海洋真菌的分子生物学复核鉴定

采用真菌形态观察的标准培养条件,结合18S rDNA—ITS片段克隆测序和序列特征GeneBank比较分析,对本实验室分离保藏的海洋真菌Penicillium sp．BH06进行了培养特征和显微形态的复核鉴定研究,依据分子生物学和形态结构特征,认定该菌株应修订为桔青霉（Penicillium citrinum）．研究结果提示,基于传统形态学观察并结合ITS序列分析,可为丝状真菌的分类鉴定提供可靠的分子生物学依据．     

Genomic sequence of the pathogenic and allergenic filamentous fungus Aspergillus fumigatus

Aspergillus fumigatus is exceptional among microorganisms in being both a primary and opportunistic pathogen as well as a major allergen. Its conidia production is prolific, and so human respiratory tract exposure is almost constant. A. fumigatus is isolated from human habitats and vegetable compost heaps. In immunocompromised individuals, the incidence of invasive infection can be as high as 50% and the mortality rate is often about 50% (ref. 2). The interaction of A. fumigatus and other airborne fungi with the immune system is increasingly linked to severe asthma and sinusitis. Although the burden of invasive disease caused by A. fumigatus is substantial, the basic biology of the organism is mostly obscure. Here we show the complete 29.4-megabase genome sequence of the clinical isolate Af293, which consists of eight chromosomes containing 9,926 predicted genes. Microarray analysis revealed temperature-dependent expression of distinct sets of genes, as well as 700 A. fumigatus genes not present or significantly diverged in the closely related sexual species Neosartorya fischeri, many of which may have roles in the pathogenicity phenotype. The Af293 genome sequence provides an unparalleled resource for the future understanding of this remarkable fungus.     

植物病原丝状真菌分泌蛋白及CAZymes的研究进展

为了明确对植物病原丝状真菌分泌蛋白及CAZymes进一步研究的方向,笔者对丝状真菌分泌蛋白及CAZymes基本特征、分类情况以及预测方法、功能等方面进行综述。基于前人对于植物病原丝状真菌分泌蛋白以及CAZymes的报道,通过文献计量分析方法、SMART保守结构域和motif分析等方法,对丝状真菌分泌蛋白及CAZymes进行了综合分析,统计发现国内关于分泌蛋白的研究较多,对于CAZymes的研究报道较少,诸多分泌蛋白在病原菌侵染致病过程中发挥的功能如何尚未得到全面解析,有关CAZymes的研究也是如此,预测方法基本上是基于生物信息学分析,尚缺少有力的生物学试验验证证据。因此,今后研究需要进一步完善对于分泌蛋白及CAZymes预测的生物信息学分析工具或算法以及开展生物学试验验证; 通过比较植物病原菌与生防菌之间CAZymes数量及功能差异,明确不同菌之间的共性与特性; 此外,学术界应对丝状真菌中CAZymes的分类开展进一步细化研究,以及对比分析不同亚家族的分布情况,更好地解析CAZymes的功能。     

丝状真菌发酵产油脂培养基及发酵条件的优化研究

实验以丝状真菌为出发菌株,采用玉米水解液为培养基质进行深层发酵培养,探索了不同糖度、氮源、温度、pH值和发酵时间等参数对丝状真菌产油脂的影响。实验确定最佳工艺参数为：玉米水解液13°Bx,2．4％NaNO3为氮源,3％玉米浆,pH值为5．5,26℃下发酵培养61h,油脂得率13．69％,菌体生物量19．45g／L。微生物油脂中主要含有16碳和18碳系脂肪酸,利用气相色谱法分析微生物油脂的脂肪酸组成如下：棕榈酸（17．16％）,棕榈油酸（1．63％）,硬脂酸（1．87％）,油酸（58．37％）,γ-亚麻酸（12．44％）,α-亚麻酸（6．22％）。     

希金斯炭疽菌磷酸二酯酶生物信息学分析

磷酸二酯酶(Pde)在植物病原菌G蛋白信号传导途径上发挥着重要作用。Pde已在粟酒裂殖酵母菌、稻瘟病菌等中有相关报道,然而,对于侵染十字花科植物的希金斯炭疽菌中Pde研究尚不深入。基于酿酒酵母中已经报道的典型Pde序列,利用Blastp以及关键词对炭疽菌蛋白质数据库进行比对、搜索,并通过SMART保守结构域分析。同时,通过对该菌中典型Pde氨基酸序列进行理化性质、疏水性、细胞信号肽、跨膜区结构、亚细胞定位以及二级结构等生物信息学分析,此外,通过对希金斯炭疽菌中的典型Pde与其他物种中的同源序列进行遗传关系比较分析。通过上述生物信息学分析,以期为深入开展Pde定位、功能研究等方面研究,同时,为进一步实现以控制病原菌G蛋白信号途径功能新的药物靶标的开发提供有力的理论支撑。     

人丝氨酸蛋白酶抑制剂B3基因的生物信息学分析

人丝氨酸蛋白酶抑制剂B3 SERPINB3能抑制半胱氨酸蛋白酶,具有抗细胞调亡、促进细胞增殖和迁移作用,且与许多肿瘤的发生与发展密切相关.通过基因电子克隆(in silico cloning)获得SERPINB3基因全长cDNA序列(1779 bp),编码由390个氨基酸组成的蛋白质.核酸序列分析表明:SERPINB3...     

含血小板衍生生长因子结构域基因的生物信息学分析

包含血小板衍生生长因子结构域的蛋白主要是血小板衍生生长因子和血管内皮生长因及它们的相关因子.它们作为许多细胞的主要分裂原,在组织修复,细胞增殖和应激反应等生物学过程中发挥重要的作用.基于BLAST搜索,得到果蝇,线虫,蜜蜂等8种PDGF基因序列.采用CLUTALW和SMART软件分析这些序列.结果揭示了它们具有脊椎动物的PDGF/VEGF生长因子的主要特征,系统进化分析也显示了它们由无脊椎动物向脊椎动物进化而来.因此,可推测无脊椎动物含PDGF结构域蛋白可能具有高等动物PDGF,VEGF蛋白和PDGF/VEGF相关因子蛋白的类似功能.     

Bioinformatics analysis of two-component regulatory systems in Staphylococcus epidermidis

Sixteen pairs of two-component regulatory systems are identified in the genome of Staphylococcus epidermidis ATCC12228 strain, which is newly sequenced by our laboratory for Medical Molecular Virology and Chinese National Human Genome Center at Shanghai, by using bioinformatics analysis. Comparative analysis of the twocomponent regulatory systems in S. epidermidis and that of S.aureus and Bacillus sublilis shows that these systems may regulate some important biological functions, e.g. growth,biofilm formation, and expression of virulence factors in S.epidermidis. Two conserved domains, i.e. HATPase_c and REC domains, are found in all 16 pairs of two-component proteins.Homologous modelling analysis indicates that there are 4 similar HATPase_c domain structures of histidine kinases and 13 similar REC domain structures of response regulators,and there is one AMP-PNP binding pocket in the HATPase_c domain and three active aspartate residues in the REC domain. Preliminary experiment reveals that the bioinformatics analysis of the conserved domain structures in the two-component regulatory systems in S. epidermidis may provide useful information for discovery of potential drug target.