胆汁酸分子内氢键稳定性的分子力学研究

胆汁酸是胆汁中的主要成分，不同种类胆汁酸在生理特性和光谱行为方面表现出很大差异，这可能与其形成分子内氢键能力不同有关。用ＭＭ３分子力学方法研究了几种胆汁酸形成分子内氢键的可能性，并设计预优化法以配合计算。实践表明，预优化法与分子力学相结合是成功的。结果表明，（１）１７Ｒ－７α－ＯＨ－胆汁酸的羟基难以与７α的羟基生成分子内氢键，而１７Ｓ－７α－ＯＨ－胆汁酸的羧基可与７α位的羟基生成两个分子内氢键。立     

加速电荷的电磁辐射场分布

运动的带电粒子会产生电磁场,其中加速运动的带电粒子,由于速度的改变将引起带电粒子电磁场的变化,粒子将会产生辐射场,从而产生电磁波辐射。文章主要从带电粒子的几种加速运动形式,来分析加速运动电荷在运动过程中的电磁场分布,包括辐射场分布。从运动图示上分析,可以更直观、更形象的理解加速电荷的电磁场分布。     

基于化学键偶极的精氨酸分子力场参数的建立

探讨了一种新的诱导化学键偶极计算方法并确定了相关参数,并将其应用于计算质子化精氨酸侧链或质子化精氨酸片段与水分子形成的团簇的二体和三体相互作用能.通过与已有的AMOEBAbio18方法进行比较,发现新方法在预测团簇相对稳定性方面表现出了良好的性能,且在计算效率上具有明显优势.此外,该方法在其他随机团簇的相互作用能计算中也展现了令人满意的准确度.总的来说,本研究为分子模拟和计算化学领域提供了一种可靠的计算方法,有望在药物设计和生物化学研究中具有广泛的应用前景.     

低温保护剂玻璃态性质的极化分子力场模拟研究

二甲基亚砜水溶液作为常用的低温组织保护剂,其玻璃化转变的微观机理和玻璃态性质备受关注,但缺乏微观分子层面的认识.利用极化分子力场和模拟淬火方法研究二甲基亚砜水溶液体系玻璃转化性质,模拟得到的玻璃转化温度与实验符合较好;同时,利用统计力学方法对体系的结构、热力学性质、动力学性质和单分子行为随温度演化规律进行了研究.结果表明,玻璃态下分子呈现多尺度平动和转动弛豫过程,相邻分子间的结构弛豫过程存在较强的耦合性.     

二十二酸和DPPC单分子膜循环π-A曲线研究

研究了不同表面压处二十二酸（简称BA）和DPPC单分子膜循环π-A曲线,随着循环曲线中选取表面压的升高,压缩曲线和扩张曲线的差别性越大;其热力学分析表明压缩和扩张曲线中聚集自由能（△G^0）有较大改变,结果显示。压缩和扩张曲线在液相区出现明显的不重合,不重合区域的大小反映分子膜聚集程度的大小．     

芘衍生物有机半导体分子的电荷传输性质

使用密度泛函理论在B3LYP/6-311++G**理论水平计算芘及其五个衍生物分子的电荷传输速率.结果显示:在芘分子中引入OH、CH_3O、F和C≡N、CH≡C不饱和键基团将影响电荷传输性能.引入具有不饱和键基团可以设计成有机半导体分子.五个衍生物分子中,引入C≡N的分子空穴传输速率最大,为4.511cm~2·V~(-1)·s~(-1).引入CH≡C的分子电子传输速率最大,为2.443cm~2·V~(-1)·s~(-1).     

液晶分子能级和电荷密度的计算

液晶的理论有两类:唯象理论和微观理论。但是还没有关于液晶分子能级和电荷密度的计算方法。本文用图论的方法,将液晶大分子的复杂结构图,逐步简化成简单的结构图,导出液晶分子的能级方程及电荷密度表达式,从而为液晶分子结构和性能的探讨提供了方便的工具.     

Gemini表面活性剂18-3-18与磷脂DPPC在气液界面的混合性质

Gemini表面活性剂作为基因转染的非病毒载体受到国内外学者的广泛关注,其传递过程与细胞膜密切相关。通过Langmuir膜天平测得Gemini表面活性剂18-3-18与磷脂类表面活性剂DPPC混合膜的表面压力与平均分子面积（π-A）等温线,定量分析了平均分子面积（A_m）、混合单分子膜的过剩面积(A_ex)、过剩吉布斯自由能(△G_ex)、混合表面自由能(△G_mix)及相互作用参数等,确定了单层膜的混合性质,并在此基础上研究了18-3-18与DPPC相互作用。还用AFM观察了相应LB膜的表面形貌。结果表明,18-3-18与DPPC的物质的量之比及膜压对单层膜的稳定性、热力学特性及它们之间的相互作用有显著影响。特别地,当X_DPPC为0.20和O.67时,18-3-18与DPPC混合膜的△G_ex和△G_mix出现了两个极值点,这表明在0.20～0.67之间混合膜会出现相分离,这与AFM结果是一致的。     

DNA分子电荷输运的大极化机制探讨

近年来研究发现,与生命体密切相关的DNA损伤与修复过程伴随着DNA链内电荷的转移.在DNA中,极化子是重要的元激发,是DNA中电荷传递可能的载流子.为了更好的理解DNA的电荷输运的极化子机制,给出了能够准确估计电声耦合常数α数值的理论方法.利用确定的电声耦合常数α,计算了极化子宽度和极化子束缚能.计算结果显示,DNA中的电荷输运是通过大极化子的相干运动来实现的.     

共轭帽分子分割法研究蛋白质的电荷密度

共轭帽分子分割（MFCC）法将蛋白质处理为一系列加了适当的共轭帽的单个的氨基酸片断,各片段的物理量可以用量化软件算出,整个蛋白质的物理量由各片段的物理量组合而得到．本文将加MFCC法应用于生物大分子的研究,得到了现在抗肿瘤研究中具有重要意义的p53蛋白的电荷密度和静电势．     

模型势函数的正则坐标展式确定多原子分子力场的研究

提出了直接在正则坐标下模拟多原子分子力场的方法，在正则坐标下，势能函数的展开式无交叉项，整个模拟过程是以大大简化，用此方法，我们在ａｂ ｉｎｉｔｉｏ水平上获得了多原子分子的力常数，将其用于分子振动分析计算，所得结果优于从头算梯度法等其它理论方法的结果。     

Gemini表面活性剂18—3—18与磷脂DPPC在气液界面的混合性质

Gemini表面活性剂作为基因转染的非病毒载体受到国内外学者的广泛关注,其传递过程与细胞膜密切相关。通过Langmuir膜天平测得Gemini表面活性剂18—3—18与磷脂类表面活性剂DPPC混合膜的表面压力与平均分子面积（π-A）等温线,定量分析了平均分子面积（Am）、混合单分子膜的过剩面积（Aex）、过剩吉布斯自由能（△Gex）、混合表面自由能（△Gmix）及相互作用参数等,确定了单层膜的混合性质,并在此基础上研究了18318与DPPC相互作用。用原子力显微镜（AFM）观察了相应LB膜的表面形貌。结果表明：18—3—18与DPPC的物质的量之比及膜压对单层膜的稳定性、热力学特性及它们之间的相互作用有显著影响。特别地,在XDPPC为0．20和0．67时,18—3—18与DPPC混合膜的△Gcx和△Gmix出现了两个极值点,这表明在xDPPC为0．20～0．67之间时,混合膜会出现相分离,与AFM结果一致。     

电荷之间的作用力与“场”的存在

本文讨论了电磁场中的作用力与反作用力存在于哪两者之间的问题,通过一个具体例子来说明电磁场中什么是作用力与反作用力,什么力是平衡力。     

电场作用下磷脂分子构象能的变化

讨论了外加电场对磷脂分子构象能的影响，认为外电场会使脂分子烃链极化，烃链上因极化而产生的偶极矩作用改变了脂分子的构象能，构象能的增减由外场方向决定。     

用比较分子力场和比较分子相似性指数分析方法对氮蒽类化合物抗癌活性的三维定量构效关系研究

用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)对一系列与DNA结合的氮蒽类化合物的潜在抗癌活性进行了3D定量构效关系的研究,对模型中的一些参数进行了优化以期得到最好的三维定量构效关系模型,优化结果显示用CoMSIA构建的模型优于用CoMFA构建的模型.通过CoMSIA分析,用训练集所建立的模型有较好的统计性(20个化合物,q2=0.666,r2=0.916),测试集化合物的预测活性与实验值有很好的一致性.本文还给出了主要分子力场的等势线图.     

第一周期双原子分子电荷密度心的计算

分子电荷密度分布对了解分子结构及性能的关系具有重要意义。实验及理论计算的各种电荷密度图广泛用于化学键的研究,其中密度差图有重要价值。本文中引进了电荷密度心概念,并计算了一些第一周期双原子分子的电荷密度心,旨在对电荷密度分布作一些简洁、定量的解析和应用。     

电势降落对DNA分子器件电荷输运的影响

基于晶格格林函数和Landauer-Büttiker公式,研究了脱氧核糖核酸分子器件在不同电势降落下的电荷输运性质。界面处的电势降落可以导致负微分电导现象的出现,而且随着电势降落在脱氧核糖核酸分子上的比例的提高,这个效应更加明显。电势降落导致的分子轨道的局域化是产生负微分电导现象的关键因素。     

固氮酶Fe—Mo辅因子空间构型模拟—分子力学在分子…

在分子模型设计中交替使用分子图形学软件和分子力学优化计算，用计算机模拟固氮酶Ｆｅ－Ｍｏ辅因子空间构型，从而为进一步的理论研究提供了一个非实验方法的有效手段。