凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)Hsp70基因PCR扩增及序列分析

目的：为获得凡纳滨对虾的热休克蛋白70（Hsp70）基因并分析其基因序列．方法：根据GenBank中斑节对虾（Penaeus monodon）Hsp70基因的cDNA序列,设计引物,对经高盐法提取的凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）基因组DNA,采用优化的降落PCR（Touch Downeca）程序,扩增凡纳滨对虾Hsp70基因的全长序列．结果：PCR扩增得到一条长1983bp的目的DNA片段,回收纯化该片段并测定其核酸序列．用DNAman软件分析发现,该核酸序列中不含内含子,编码区全长为1959bp;经BLASTn和BLASTx软件分析发现,该编码区核苷酸序列与斑节对虾、罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）的Hsp70基因序列的相似性分别为97％和62．2％．根据核苷酸序列所推导出的Hsp70氨基酸序列,其与斑节对虾、罗氏沼虾的相似性分别为99．9％和92．6％．结论：成功地从凡纳滨对虾基因组DNA中直接扩增出Hsp70基因的全长编码区序列。     

有限域GF(P~m)(P≥3)上3p~1、p~(l+l)、p 3次方程的根

提出了GF（3m）上3次方程根的判别方法，讨论了有限域GF（pm）（p＞-3）上3p1次方程根的状况，给出了GF（pm）上p次和pl+1次方程根的判别方法．     

耐热碱性磷酸酯酶基因的DNA序列分析

从栖热菌中克隆到产耐热碱性磷酸酯酶（FD－TAP）基因并进行了DNA序列分析,结果表明此2．0kb的片段含有一个1056bp的开放阅读框,编码501个氨基酸的蛋白质,其N端有一26个氨基酸的信号肽．在起始密码子的上游5bp处有一个5＇－GGAGGT－3＇的SD序列．基因编码区的（G＋C）％为68．7％,第3位密码子（G＋C）％为92．7％．FD－TAP的氨基酸序列与大肠杆菌等生物的碱性磷酸酯酶氨基酸序列比较,相同性为27％,相似性为38％．中央β－折叠区及与活性中心相关的氨基酸残基高度保守．表明FD－TAP具有与大肠杆菌碱性磷酸酯酶相似的结构和作用机制．在相当于大肠杆菌碱性磷酸酯酶的His370至His412两个金属离子结合部位之间,FD－TAP有一72个氨基酸的插入片段,提示该插入片段与FD－TAP的高耐热性相关．     

黄角苔叶绿体rbcL基因编码区的序列分析

测定了黄角苔（Ｐｈａｅｏｃｅｒｏｓｌａｅｖｉｓ（Ｌ．）Ｐｒｏｓｋ）叶绿体ｒｂｃＬ基因编码区的１３９８个核苷酸序列,并且由此推导出对应的氨基酸序列．此基因中密码子的第２和第３位上Ａ／Ｔ所占的比例较高,分别为５３６％和７７５％．黄角苔ｒｂｃＬ基因的编码区与花旗松、菠菜、玉米和雷氏衣藻间在核苷酸序列上的同源性分别为８４０％,８１５％,７９３％和７６３％;在氨基酸序列上的同源性分别为９１．０％,８９．９％,８８．５％和８９．３％．为研究角苔植物的系统发育提供了核苷酸序列方面的资料．     

大花蕙兰MADS-box基因ChMADS1的克隆及表达分析

根据MADS～box基因保守区结构,设计简并性引物,从大花蕙兰（Cymbidium hybridium）子房中分离和克隆到一个MADS—box基因全序列cDNA（ChMADS1）,序列分析表明该基因长871bp,含一个编码228个氨基酸的完整开放读码框,具有典型的植物MADS—box蛋白结构,由MADS盒、I、K、C区四部分组成．该基因编码的蛋白质与另两种兰花的AP3类MADS盒基因蛋白质PeAP3（89％／94%）和DcOAP3A（89％／95％）同源性较高,属于B组AP3基因家族中的paleoAP3基因．RT—PCR和反Northern杂交分析进一步证实其在子房以及花的各个器官中表达,是B组AP3基因家族中具特殊表达功能的一个新成员．     

大口胭脂鱼线粒体DNA控制区序列的研究

采用PCR扩增、直接测序的方法得到了大口胭脂鱼线粒体DNA控制区的序列,经过对比分析,其序列全长为920bp,碱基含量分别为：胸腺嘧啶（T）29．8％,胞嘧啶（C）21．6％,腺嘌吟（A）32．4％,鸟嘌呤(G)16．2％,与其它鲤科鱼类相比,胸腺嘧啶含量略低,鸟嘌呤含量略高,其它则相似,成功地识别了终止序列区（nt,1-235处）、中央守区（nt236－566处）和保守序列区(nt．567－920）处,并找到了终止相关的序列ETAS以及保守D(CSB－D）和保守序列1、2、3（CSB1,CSB2,CSB3）,这以中以为将来进行大口胭脂鱼的种群分化研究和资源保护研究提供基础。     

苜蓿花叶病毒复制酶基因的克隆、序列分析及其植物表达载体的构建

以侵染苜蓿的苜蓿花叶病毒中国分离株(Alfalfa mosaic virus Chinese isolate，A1MV—Ch)RNA2为模板，利用人工合成的特异性引物，进行反转录及PCR扩增，分两段分别扩增了复制酶基因的5′端1．32kb和3′端及其非编码区的1．23kb cDNA序列．用限制性内切酶切割PCR产物后，与pUCl9重组，转化大肠杆菌DH5α，筛选重组质粒，用限制性内切酶分析及PCR鉴定，得到分别含有5′端序列和3′端序列的重组质粒。已由上述两种重组质粒构建了含有完整复制酶基因的重组质粒．进行了全序列测定，并与国外报道的A1MV-425株系的相应序列相比较，其复制酶基因编码区核苷酸序列同源性达97．8％，推测的氨基酸序列的同源性达97．6％，3′端非编码区核苷酸序列同源性为98．2％．并将全长复制酶基因与植物表达载体pROKⅡ重组，得植物转化载体pAlMV—FL．     

家猪基因组含有大量保守非编码区

用190万条家猪随机读序分别比对人和小鼠的基因组，除去已知基因的外显子和新预测的人的编码区，得到大量含有保守非编码区的家猪序列。11．05％的家猪读序含有“猪—人”保守的非编码区序列，3．13％的家猪读序含有“猪—鼠”保守的非编码区片段，1．86％的家猪读序包含“猪—人—鼠”三者保守的非编码区区域。三者保守的非编码区序列跟人的相似性明显高于跟小鼠的相似性。另外，很多人、小鼠的非编码RNA基因跟上述含有保守非编码片段的家猪序列至少比对上一次。     

穿山龙液泡H+-ATPase c亚基基因片段的克隆

利用抑制消减杂交（SSH）和SMART技术，构建了3年生和1年生穿山龙（Dioscorea nipponica）根组织mRNA群体间正向差减cDNA文库．从34个随机测序的cDNA克隆中，发现了1个编码液泡H^＋-ATPase（V-H^＋-ATPase）c亚基的克隆，并命名为DnvHAc1（Accession No：DN792564）．序列同源性分析表明，其cDNA序列长486bp，3’端具有PolyA结构，其编码的氨基酸序列（115个氨基酸残基）也与多种植物的液泡H^＋-ATPase c亚基（16kDa proteolipids）具有较高同源性，具有3个跨膜疏水结构域，结构域Ⅲ为功能保守的区域，有dicyclohexylcarbodimide（DCCD）结合位点，Glu-92在调节液泡H^＋-ATPase具有重要作用．该研究结果为克隆其全长基因和进一步研究其在薯蓣皂甙次生代谢生物合成中的功能提供了重要的实验基础．     

鳜鱼（S．Keneri）肌球蛋白重链基因cDNA的克隆及其特征分析

鳜鱼（S．Keneri）以优良肉质性状成为极具商品价值和大力推广人工养殖名贵鱼类之一．为掌握控制优良肉质性状的遗传基础,采用同源克隆RT-PCR方法,克隆出该鱼肌球蛋白重链（MYH）cDNA序列．该基因cDNA序列全长5938bp,编码区长度为5814bp,含有poly（A）信号,3’非翻译区长124bp,其开放阅读框共编码1938个氨基酸,推算蛋白质分子质量为221．6Ku．鳜MYH基因由3个结构域组成,即MYSc-type-Ⅱ,SMC-N和Myosintail1,其中MYSc-type-Ⅱ头部结构与鲤、斑马鱼同源性达90％,具高度保守性．通过DNAstar软件MegAlign构建进化树显示不同物种间该基因核苷酸编码序列同源性为77％86％,氨基酸编码序列同源性达80％-92％．采用RT-PCR方法研究MYH在不同发育阶段差异表达结果表明,MYH在肌肉效应期开始有低量表达,成鱼期和鱼苗期表达量高,而囊胚期与神经胚均未表达．由此推测MYH基因于肌肉效应期开始表达．研究结果揭示鳜鱼肌球蛋白重链基因在进化上保持与其他脊椎动物相似性和差异性,为决定名贵鱼类肉质结构基因的研究提供了分子生物学基础．     

东方田鼠抗日本血吸虫病机制研究

本文报道了在东方田鼠抗日本血吸虫机制研究方面的研究成果。经多次重复感染试验 ,证实来源于血吸虫疫区 (洞庭湖 )和非疫区 (宁夏青铜峡 )的东方田鼠均具有抗日本血吸虫病能力 ,这种能力是可遗传的 ,与获得性免疫关系不大 ;体内外的检测与杀伤试验显示东方田鼠体内存在的抗日本血吸虫童虫和成虫抗原的天然抗体IgG3和补体可能在其抗血吸虫病方面具有很重要的作用 ;东方田鼠和腹腔巨噬细胞 (Mф)、嗜酸细胞 (Eos)对血吸虫童虫具有天然的黏附能力 ;用东方田鼠血清筛选日本血吸虫成虫cDNA文库 ,获得了 5个阳性克隆 ,其中 4个克隆为新基因 ,…     

日本血吸虫卵壳蛋白编码基因的扩增及克隆

目的:扩增和克隆日本血吸虫卵壳蛋白编码基因(SjESG),以研究其作为候选疫苗分子和药物靶点的可能性.方法:合成引物,以日本血吸虫雌、雄虫cDNA第一链为模板,RT-PCR扩增日本血吸虫卵壳蛋白编码基因,与带有硫氧还蛋白(Trx)基因的高效原核表达质粒pET32a(+)定向重组,构建原核表达重组质粒,并经限制性核酸内切酶酶切分析和PCR鉴定.结果:从雌虫cDNA中扩增出624bp SjESG基因,原核表达重组质粒pET32a(+)-SiESG经限制性核酸内切酶酶切和PCR均获得624bp的DNA片段.结论:成功构建原核表达重组质#ipET32a(+)-SjESG.     

基因预测中的信噪比计算新模型

以快速傅立叶变换(FFT)求出DNA序列功率谱后,用重复计算实验的办法,对大量DNA序列中核苷酸的分布情况进行统计,得出综合考察变量,然后以核苷酸分布频数和DNA序列长度为自变量,建立Z-curve映射规则得到DNA序列信噪比的新模型,并进行实例分析。新模型不需要对序列进行离散Fourier变换(DFT),而且不要求DNA指示序列长度必须为3的倍数,应用范围更大。     

有限长卷积反演问题研究

该文讨论解有限长序列卷积反演的３种方法－一种为时域迭代算法,它根据待求序列长度决策迭代次数,且不存在迭代收敛问题,另一种方法适合于卷积长度,ＦＦＴ点数大约是原卷积序列长度的两倍这种情形,它比经典ＦＦＴ方法节约３３％的计算量,第３种方法与第２种类似,也可节约１５％计量量。与其它方法相比,该文的方法简单易行,运算量少。     

日本血吸虫童虫在东方田鼠和昆明小鼠中的蛋白差异初探

东方田鼠具有天然抗日本血吸虫活性,为了筛选抗日本血吸虫疫苗分子,通过日本血吸虫尾蚴感染东方田鼠和昆明小鼠,感染11天后收集东方田鼠和昆明小鼠肝童虫．肝童虫经组织匀浆收集蛋白质并进行蛋白质定量后SDS-PAGE分离,切取差异蛋白条带进行蛋白质鉴定．发现差异蛋白主要为日本血吸虫结构蛋白,能量代谢相关蛋白以及热休克蛋白等．为进一步研究抗日本血吸虫疫苗奠定了基础．     

基于胶体金标记银增强的日本血吸虫免疫传感器

 提出一种高灵敏的、基于银增强放大和免疫胶体金技术压电石英晶体免疫传感器。采用夹心法模式,在电极表面固定日本血吸虫抗原,用以捕获血清中的日本血吸虫兔抗血吸虫抗体,再与胶体金标记的羊抗兔IgG二抗形成免疫复合物,加入银增强溶液,通过胶体金催化银离子还原,使大量银沉积在纳米金周围,提高压电石英晶体免疫传感器的灵敏度。结果表明,基于胶体金标记银增强的日本血吸虫压电石英晶体免疫传感器,对兔抗血吸虫抗体具有较高的识别能力,其操作简单、灵敏度高、线性范围宽、检测下限低。将该方法应用于兔血清中日本血吸虫抗体的测定,取得了满意结果。     

日本血吸虫天然抗病分子疫苗的结构与功能分析 Ⅱ.SIEA 28kDa分子的高效液相色谱分离及薄层等电聚焦分析

采用高效液相离子交换法对电泳纯SIEA28kDa抗原组分进一步分离纯化。对获得的色谱纯SIEA28kDa抗原分子进行薄层等电聚焦分析,测定其等电点。结果证明电泳纯SIEA28kDa抗原分子经高效液相离子交换法纯化后,280nm,220nm波长色谱图均为一个两侧对称,光滑的高峰曲线,色谱洗脱液对其免疫活性光密度图也为一个两侧对称,光滑的高峰曲线,色谱纯化证明SIEA28kDa抗原组分可能为单一分子,其等电点范围在pi5-pI7之间。     

Vaccination against ovine cysticercosis using a defined recombinant antigen

Cysticercosis caused by larval tapeworms is a major public health problem and a cause of substantial economic losses in the farm-animal industries. Taenia ovis in sheep is a particularly important example. Immunity to reinfection with the larvae has a central role in regulating natural transmission of the parasites, and vaccination with antigens from the early larval oncosphere stage can induce complete protection against infection. As it is impractical to obtain enough oncospheres for a commercial vaccine against these tapeworms, an alternative approach is to use recombinant DNA methods to generate a cheap and plentiful supply of antigens. We report here the expression in Escherichia coli of complementary DNA encoding T. ovis antigens as fusion proteins with the Schistosoma japonicum glutathione S-transferase. Vaccination of sheep with these fusion proteins gave significant, although not complete, immunity against challenge infection with T. ovis eggs. Commercial development of a vaccine is being pursued.     

东方田鼠抗日本血吸虫病CD74基因的差异表达及生物信息学分析

利用日本血吸虫尾蚴感染东方田鼠,提取感染前和感染后10d和15d东方田鼠肝脏组织总RNA;利用大鼠CD74基因探针,经Rorthern杂交分析东方田鼠感染日本血吸虫前及感染血吸虫10 d、15 d后肝脏组织CD74的差异表达情况;同时,采用生物信息学分析大鼠CD74基因的cDNA序列及其编码的氨基酸序列以及CD74蛋白的结构域.结果显示:东方田鼠感染日本血吸虫感染血吸虫10 d、15 d后肝脏组织CD74的表达水平比感染前显著升高;大鼠CD74基因的cDNA序列全长1220bp,编码216个氨基酸残基;大鼠CD74蛋白含一个MHC2相互作用超家族结构域和一个MHCassoc_trimer超家族结构域.