基于28S rDNA部分序列的金沙江德泽段鲶寄生撒氏虫属(Thaparocleidus)单殖吸虫的系统发育

基于28S rDNA部分序列,对采自金沙江水系牛栏江支流德泽段鲶(Silurus asotus)鳃上寄生的9种撒氏虫属单殖吸虫:牛栏江撒氏虫(Thaparocleidus niulanjiangensis sp.nov.)、撒氏虫属未定种(Thaparocleidus sp.isolate G1-6)、撒氏虫属未定种(Thaparocleidus sp.isolate I3-1)、凶恶撒氏虫(T.asoti)、奇异撒氏虫(T.varicus)、大茎撒氏虫(T.magnicirrus)、变形撒氏虫(T.obscura)、多形撒氏虫(T.mutabilis)、撒氏虫属未定种(Thaparocleidus sp.isolate MG-2018)进行分子系统发育关系重建.研究结果表明:28S rDNA可作为撒氏虫属及属内种分类阶元的分子鉴定靶基因.撒氏虫属为非单系群;奇异撒氏虫(T.varicus)与撒氏虫属未定种(Thaparocleidus sp.isolate G1-6)组成的进化支位于系统树的基部,推测奇异撒氏虫为研究中引入的撒氏虫最原始的物种.     

新本尼登虫Neobenedenia sp. 的扫描电镜观察

报告作者在扫描间下详细观察新本尼登虫Ｎｅｏｂｅｎｅｄｅｎｉａ ｓｐ．和本尼登虫Ｂｅｎｅｄｅｎｉａ ｓｐ．之超微结构,并比较两者之间的差异。     

中华拟德氏吸虫分子系统发生初步研究

对中华拟德氏吸虫核糖体基因进行扩增、克隆和测定,研究其系统发生.测得ITS-2 rDNA和18SrDNA部分序列分别为537 bp和1 819 bp,GenBank上登录号分别为EU082007、EU081899.序列分析表明:中华拟德氏吸虫与寄生于琥珀鱼的5种拟德氏吸虫ITS-2 rDNA序列相似性很低,为49.0%~54.2%,可初步判断中华拟德氏吸虫是拟德氏属的一个独立种;基于18S rDNA序列分别与海水未定名血居吸虫(AY157184)、淡水血居吸虫Plethorchis acanthus(AY222096)的亲缘最近,同源性高达99.4%和95.1%;与旋睾科吸虫Unicaecum sp.(AY604719)及5种裂体吸虫的同源性则分别为92.7%和91.5%~92.5%.可见血居科与旋睾科和裂体科吸虫的亲缘关系密切.     

基于线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因的两种枝吻纽虫系统发育关系分析

为了探讨纽虫之间的遗传差异及亲缘关系,对取自北海和湛江的中华枝吻纽虫(Dendrorhynchus sinensis)26个样本和湛江枝吻纽虫(Dendrorhynchus zhanjiangensis)3个样本的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因部分片段进行序列测定,并结合从GenBank下载的其它纽虫序列,分析它们之间的系统发育关系。结果显示,中华枝吻纽虫26个个体共检测17个单倍型,湛江枝吻纽虫3个个体共检测到2个单倍型,其长度均为615bp;枝吻纽虫个体核苷酸序列A、T、G、C的含量相近,碱基组成均表现出A+T含量偏倚,即A+T含量明显高于G+C含量。中华枝吻纽虫的17个单倍型以及湛江枝吻纽虫的2个单倍型之间的遗传距离分别为0.002~0.013和0.008;而两种枝吻纽虫COI基因序列的遗传差异很大,彼此之间的遗传距离都在0.194以上,加之分子系统树(NJ)的拓扑结构也显示,作为同属的两种枝吻纽虫没有聚成1支,而是各自成支,这些表像都支持两种枝吻纽虫分别为独立有效物种的观点。中华枝吻纽虫的17个单倍型聚为1支后,与Cerebratulus marginatus,C.lacteus聚为1大支,而湛江枝吻纽虫的2个单倍型聚为1支后,与Lineus ruber和L.longissimus聚为1大支,表明枝吻纽虫属(Dendrorhynchus)并非单系。     

苜蓿花叶病毒复制酶基因的克隆、序列分析及其植物表达载体的构建

以侵染苜蓿的苜蓿花叶病毒中国分离株(Alfalfa mosaic virus Chinese isolate，A1MV—Ch)RNA2为模板，利用人工合成的特异性引物，进行反转录及PCR扩增，分两段分别扩增了复制酶基因的5′端1．32kb和3′端及其非编码区的1．23kb cDNA序列．用限制性内切酶切割PCR产物后，与pUCl9重组，转化大肠杆菌DH5α，筛选重组质粒，用限制性内切酶分析及PCR鉴定，得到分别含有5′端序列和3′端序列的重组质粒。已由上述两种重组质粒构建了含有完整复制酶基因的重组质粒．进行了全序列测定，并与国外报道的A1MV-425株系的相应序列相比较，其复制酶基因编码区核苷酸序列同源性达97．8％，推测的氨基酸序列的同源性达97．6％，3′端非编码区核苷酸序列同源性为98．2％．并将全长复制酶基因与植物表达载体pROKⅡ重组，得植物转化载体pAlMV—FL．     

大口胭脂鱼线粒体DNA控制区序列的研究

采用PCR扩增、直接测序的方法得到了大口胭脂鱼线粒体DNA控制区的序列,经过对比分析,其序列全长为920bp,碱基含量分别为：胸腺嘧啶（T）29．8％,胞嘧啶（C）21．6％,腺嘌吟（A）32．4％,鸟嘌呤(G)16．2％,与其它鲤科鱼类相比,胸腺嘧啶含量略低,鸟嘌呤含量略高,其它则相似,成功地识别了终止序列区（nt,1-235处）、中央守区（nt236－566处）和保守序列区(nt．567－920）处,并找到了终止相关的序列ETAS以及保守D(CSB－D）和保守序列1、2、3（CSB1,CSB2,CSB3）,这以中以为将来进行大口胭脂鱼的种群分化研究和资源保护研究提供基础。     

白头叶猴线粒体ND4基因和D-环区的序列及其分类地位初探

用ＰＣＲ（多聚酶链式反应）扩增方法测定白头叶猴、黑叶猴和菲氏叶猴各１只的线粒体ＤＮＡＮＤ４整个基因（１３７７ｂｐ）和Ｄ－环５００多ｂｐ序列。黑叶猴与菲氏叶猴的ＮＤ４基因序列碱基差异数高达１２３，基于ＮＤ４基因的遗传距离值为８．９％；白头叶猴与黑叶猴ＮＤ４基因序列间碱基差异数为２５，遗传距离值为１．８％。在Ｄ－环区域，白头叶猴与黑叶猴间的遗传距离为４．３％，而白头叶猴、黑叶猴两者与菲氏叶猴间的遗传距离则分别高达２６．４％和２６．０％。分析结果表明，白头叶猴恐怕还只是黑叶猴的一个亚种。从保护遗传学角度看，白头叶猴应被看作一个进化显著性单元（ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｕｎｉｔｓ，ＥＳＵ），在动物的保护行动中应得到充分的重视     

福氏志贺菌ipaC基因的克隆及序列分析

为了克隆福氏志贺氏菌的ipaC基因，以志贺氏菌福氏2a菌株为摸板进行PCR，并将PCR产物插入列pMD-T载体中，得到阳性重组子，并命名为pMD-ipaC．测序结果显示，其核苷酸序列与文献报道的序列有差异，但编码的氨基酸序列相同，表明志贺氏菌的ipaC基因已被成功克隆．     

青海湖裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

对青海湖裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、克隆及其序列测定，其全序列长度为1140bp，其中T、C、A、G含量分别为355(31．1％)、296(26％)、305(26．8％)、184(16．1％)。GC含量为42．1％；分子量为349693u。     

预测线虫和酵母基因组中内含子、外显子及基因间序列的离散增量方法

把基因组中的内含子、外显子和基因间序列分为三类序列，从这些序列中取64种三核苷的重复出现次数作为离散源的状态参数，计算三类序列的标准离散量，比较待测序列的离散量与三个标准离散量之间的离散增量值，由离散增量的最小值决定待测序列属于哪一类．本文用离散增量方法对线虫和酵母序列进行预测，结果表明，对酵母内含子预测的敏感性为81．5％，对外显子预测的敏感性为88．5％、特异性为99．6％，对基因间序列预测的敏感性为65．4％、特异性为87．5％；若以在相同长度区间的序列为标准离散源，预测相应长度区间的序列，对线虫内含子的预测的敏感性为82．2％、特异性为94．2％，对外显子预测的敏感性为91．1％、特异性为97．5％，对基因间序列预测的敏感性为78．8％。     

滇藏地区8种鹅膏菌的ITS序列分析

 对滇藏地区8种鹅膏菌的核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)进行PCR扩增和测序,用ClustalX(version 1.81)软件对所测的ITS序列进行比对分析.结果表明,除5.8S rDNA(其长度为160 bp)比较保守外,8个不同种的ITS序列在长度和碱基位点上都存在较大差异,其中ITS1区间的片段长度为206～297 bp,ITS2区间的片段长度为191～238 bp.这说明鹅膏属的种间具有较高的遗传多样性.利用MEGA(version 3.1)软件进行聚类,8个鹅膏菌在D=0.14处分成3组,与传统分类有出入.这为鹅膏菌的进一步分类及研究提供了分子依据.     

Genetic diversity of Tricholoma matsutake in Yunnan Province

To investigate the genetic diversity of Tricholoma matsutake,we studied ITS and IGS1 sequences and PCR polymorphism of a retrotransposon in 56 fruit bodies collected from 13 counties of 9 regions in Yunnan Province. We found one and three haplotypes based on ITS and IGS1 sequences,respectively. Moreover,there was no significant difference in PCR polymorphism of the retrotransposon among different populations. Compared with Jilin Province(China) and Japanese populations,although Yun-nan was highly homogenous to Japanese populations,low genetic diversity of T. matsutake in Yunnan did not support the view that this species originated from Yunnan.     

内蒙古蒿属沙生地理替代种的ITS序列的比较分析

对内蒙古蒿属6个沙生地理替代种以及同属龙蒿组的龙蒿(A．dracunculus)和猪毛蒿(A．scoparia)的ITS序列进行分析，以大籽蒿(A．sieversiana)作为外类群．结果表明，这6个替代种以及猪毛蒿的ITS序列有着高度的一致性：ITSI序列为251bp，GC含量为53．78％或54．18％，只有2个变异位点．ITS2序列为218～221bp，GC含量为56．42％～58．26％，有16个变异位点．种间同源性高达98．5％～99．7％，与龙蒿的同源性为91．3％～92．1％，与外类群为88．5％～89．4％．反映出ITS序列在替代种间高度保守．     

“活化石”植物银杏形态与分子进化（Ⅰ）

测定了银杏雌株核糖体ｒＲＮＡ基因转录间隔区ｒＤＮＡＩＴＳ区全序列共１１７２碱基对,其中ＩＴＳ１长７８８碱基对,ＩＴＳ２２２６碱基对,５８ＳｒＲＮＡ基因１５８碱基对．采用计算机分析软件对所获得序列进行比较分析．结果表明：形态上仅有很少变化的银杏,其个体之间有明显的分子差异,不同产地栽培株ｒＤＮＡＩＴＳ区序列的核苷酸差异值高达２５％,这一差异远远大于一般意义上种间的距离,表明了该类植物形态上的变化与分子进化的不一致．造成形态与分子进化不一致的原因有待进一步探讨．     

高良姜与混淆品rDNA ITS序列的分析与鉴别

用PCR直接测序法测定和分析不同产地野生和种植品种的高良姜(Alpinia officinarum Hance),以及山姜（A. japonica（Thunb.） Miq.）、华山姜（A. chinensis (Retz.) Rosc.）和大高良姜(A. galanga (L.) Willd )等三种混淆品的rDNA ITS区序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据。经测序、比对和排序得到812bp序列,包括18S3’端部分序列,ITS1、5.8S、ITS2全部序列和26S5’端部分序列。序列分析结果显示,高良姜种内序列高度一致,同源性达100%,测序结果中发现杂合位点,而广西样品杂合位点的两个碱基各占的比例与其它地方样品的不同,显示了高良姜种内rDNA ITS序列的细微差异。高良姜和混淆品的812bp序列中共有61个变异位点,60个是信息位点,同源性达96.32%,其中ITS1和ITS2中的11个位点在高良姜和混淆品中差别明显,可以鉴别高良姜和混淆品,因此rDNA ITS序列是高良姜真伪辨别的有效标记。基于DNA序列的高良姜和混淆品的系统分类结果与形态学的分类结果不完全一致,有待进一步的研究探讨。     

中国美叶藻属（红藻门,楷模藻科）新种——扇形美叶藻（Callophyllis flabelliforma H.W.Wang sp. nov.）

对采自于辽宁省东港市大鹿岛的美叶藻属海藻的外部形态、内部结构进行了详细观察,并对rbcL基因序列进行了分析.结果表明：（1）藻体直立、膜质、叉状或掌状分枝,边缘全缘偶有微波状,基部生有圆柱状的直立短柄;（2）果胞枝由2～5个细胞组成,无分枝,受精后产孢丝形成卵形囊果,果孢子囊团被不育丝分隔,产孢丝单侧突出;（3）rbcL基因序列分析表明样本LNU20091105、LNU20091106与美叶藻属内其他种间的碱基差异为5.1%～7.6%（27～66bp）,为属内种间差异.在系统树中这2个样本也聚集为美叶藻属内一个单独的进化枝.据此我们认为该海藻是美叶藻属一个新种,命名为扇形美叶藻（Callophyllis flabelliforma H.W.Wang sp.nov.）.     

吴茱萸超微饮片ITS序列指纹图谱的研究

为探求吴茱萸超微饮片的品种鉴别方法,以来自不同产地的5个吴茱萸样品、7个疏毛吴茱萸和3个石虎样品制成的超微饮片为实验材料,用分子克隆方法获得并测定其ITS序列。标记它们的ITS1,5.8s,ITS2的全长序列,构建了吴茱萸的ITS序列指纹图谱,得出吴茱萸超微饮片3个不同植物来源种内相似度在98%以上;吴茱萸和其变种疏毛吴茱萸及石虎之间的ITS序列有显著的差异,可达27%,而疏毛吴茱萸和石虎的序列差异较小,但是在两组序列的对比中,发现有8个特异位点,显示了这两个亲缘关系比较相近的药材的区别。以ITS序列测定与分析可作为吴茱萸超微饮片的品种鉴定和质量控制的方法。     

两株产人参皂苷糖苷酶酵母菌株的18S rDNA和ITS序列分析

对两株产人参皂苷糖苷酶的酵母菌株进行核糖体18S rDNA和ITS序列克隆测定,获得了长度分别为1 477和1 478 bp的18S rDNA序列和长度分别为791和727 bp的ITS序列,对获得的基因序列进行比对及同源性分析,结果显示,两株酵母菌的18S rDNA序列的相似性达100%,而ITS序列的相似性则为66%,均与NCBI数据库中登录的啤酒酵母的相应序列同源性最高.从GenBank中选取部分不同种属的酵母菌ITS序列,以ITS为对象构建系统发育树,从分子生物学角度确定了两株酵母菌为酵母菌属的不同种类.     

Extreme reversed sexual size dimorphism in the extinct New Zealand moa Dinornis

The ratite moa (Aves; Dinornithiformes) were massive graviportal browsers weighing up to 250 kg (ref. 1) that dominated the New Zealand biota until their extinction approximately 500 yr ago. Despite an extensive Quaternary fossil record, moa taxonomy remains problematic and currently 11 species are recognized. Three Dinornis species were found throughout New Zealand and differed markedly in size (1-2 m height at back) and mass (from approximately 34 to 242 kg). Surprisingly, ancient mitochondrial DNA sequences show that the three species were genetically indistinguishable within each island, but formed separate North and South Island clades. Here we show, using the first sex-linked nuclear sequences from an extinct species, that on each island the three morphological forms actually represent just one species, whose size varied markedly according to sex and habitat. The largest females in this example of extreme reversed sexual size dimorphism were about 280% the weight and 150% the height of the largest males, which is unprecedented among birds and terrestrial mammals. The combination of molecular and palaeontological data highlights the difficulties of analysing extinct groups, even those with detailed fossil records.