仙台病毒荧光定量 PCR 检测方法的建立及初步应用

目的 建立敏感特异的仙台病毒( SeV)荧光定量 PCR 检测方法,并初步应用。 方法 将不同株 SeV 病毒序 列进行比对,选择对保守区域设计合成引物。 人工合成 SeV 基因组 12 181 ~ 12 480 DNA 序列,转入质粒中,作为仙 台病毒质粒标准品,建立 SYBR 染料法荧光定量 PCR 方法,并对样本进行 SeV 测定。 结果 建立了特异性的检测 SeV 的 SYBR 荧光定量 PCR 方法,该方法对 SeV 最低检测限度为 10 copies / μL。 将所建立的实时荧光定量 PCR 方 法用于 40 只 SPF 小鼠和 58 只裸鼹鼠的肺组织样本的检测,检测结果为仙台病毒核酸阴性;检测 4 只成年屏障环 境饲养黄鼠肺组织和 5 只清洁级小鼠肺组织,检测结果为仙台病毒核酸阳性率 100% 。 结论 该研究建立的 SYBR Green 染料法荧光定量 PCR 方法能特异敏感地检测仙台病毒。     

小鼠巨细胞病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用

目的 建立小鼠巨细胞病毒(Mouse Cytomegalovirus,MCMV)荧光定量PCR方法并对其进行初步应用。方法 选取NCBI发表的MCMV Smith株DNA polymerase基因保守序列设计引物探针,建立MCMV的荧光定量PCR方法,对方法的特异性、敏感性、重复性及稳定性进行验证,并应用该方法检测掺入MCMV的小鼠血液样品及2018年度送检的409份小鼠血液样本。结果 建立的MCMV荧光定量PCR方法标准曲线Slope为-3. 418,R2值为0. 999,扩增效率为96. 137%,可定量检测到的MCMV最低含量为47 copies/μL。以大鼠巨细胞病毒,猴巨细胞病毒,人单纯疱疹病毒,伪狂犬病毒及猫疱疹病毒I型为模板均无扩增曲线,特异性良好。方法组内和组间变异系数分别为0. 39%～0. 68%和0. 48%～1. 01%,重复性和稳定性好。可检测到掺入小鼠血液样品中MCMV病毒的最大稀释度为1∶1000(100. 75 TCID50/0. 1 m L),409份小鼠血液样品经检测均为阴性。结论 建立的小鼠巨细胞病毒荧光定量PCR方法有很好的敏感性、特异性及稳定性,可有效地检测小鼠中MCMV,为实验小鼠MCMV的监测及相关标准的补充完善提供了技术参考。     

猫杯状病毒荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

根据GenBank中编码猫杯状病毒（FCV）衣壳蛋白ORF2的保守序列, 设计并合成了一对引物和相应的TaqMan探针, 建立了快速检测FCV的荧光定量PCR
方法. 通过对该方法的反应体系和反应条件进行优化, 建立了标准曲线, 给出了特异性、 敏感性和重复性实验, 并对临床24份疑似样品（其中阳性3份、 阴性21份）进行检测.  结果表明: 该方法检测cDNA的线性关系为0.992, 线性范围为2.26×10¹¹~2.26×10¹拷贝/μL; 可检测出样品中的FCV, 其他猫相关病毒检测为阴性; 批内重复性实验变异系数为2.158%, 与病毒分离结果相符.     

小鼠微小病毒( MVM) 荧光定量PCR 检测方法的建立及初步应用

摘要: 目的建立小鼠微小病毒( MVM) 荧光定量PCR 方法,并初步应用于实验小鼠中。方法根据NCBI 上发表的MVM( NC_001510) 基因组序列,设计引物和探针,建立MVM 荧光定量PCR 方法。考察引物探针的最佳线形范围,特异性及灵敏度,并使用该方法对178 份清洁级小鼠粪便DNA 样本进行检测。结果MVM 荧光定量PCR 方法最佳线性范围为109 ～ 104 拷贝/μL,标准曲线的线性关系良好,R2 值可达0. 99,灵敏度为101 拷贝/μL,特异性强,与大鼠细小病毒H-1 株和KRV 株、猪细小病毒均无交叉反应。应用荧光定量PCR 方法对178 份小鼠粪便DNA进行检测,结果均为阴性。结论建立的MVM 荧光定量PCR 方法具有特异、灵敏的特点,为MVM 的流行病学调查、检测提供了有效的技术支持。     

鸽圆环病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用

目的 建立鸽圆环病毒(PiCV)TaqMan探针荧光定量PCR方法并对其进行初步应用。方法 通过比对NCBI发表的PiCV各分离株序列,选取其polymerase基因保守序列设计引物探针,建立PiCV的荧光定量PCR方法,对方法的特异性及敏感性进行验证;取浓度为3.48×10⁵和3.48×10⁴copies/μL的质粒标准品,每个浓度做6个平行,重复检测3次,计算组内和组间变异系数,验证方法的重复性和稳定性;用该方法检测采自北京某养殖场的鸽肝、脾、肺、法式囊样本各40份及鸽盲肠样本36份,以验证此方法在实际应用中的检测能力。结果 建立的PiCV荧光定量PCR方法在3.48×10⁷～3.48×10¹ copies/μL范围Ct值与质粒浓度呈线性关系,标准曲线Slope为-3.381,R²值为1,扩增效率为97.61%。可检测到的PiCV最低浓度为34.8 copies/μL,与常规PCR法相比,检测灵敏度高2个数量级;以猪圆环病毒2型、禽腺病毒I型及III型、禽白血病病毒、禽网状...     

烟叶中曲霉菌含量的荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为快速准确地对仓储烟叶中的曲霉菌含量进行测定,通过对几种曲霉菌的ITS区基因序列比对找出曲霉菌属遗传保守序列,以此为靶序列设计特异性引物及Taqman探针,构建烟曲霉基因序列重组质粒为阳性标准品,并绘制标准曲线,建立了烟叶中曲霉菌含量荧光定量PCR检测方法并验证该方法具有较好的特异性、灵敏度及重复性.利用此方法对模拟霉变烟叶进行跟踪检测,结果表明：当烟叶中曲霉菌基因拷贝数在10⁹～10¹¹copies·g^-1之间时,烟叶处于临近霉变的状态;大于10¹¹copies·g^-1时烟叶为霉变状态;小于10⁹copies·g^-1时烟叶则为未霉变状态.该研究以期为仓储烟叶的霉变情况监控提供了一种更为高效灵敏的检测方法.     

啮齿类实验动物唐菖蒲伯克霍尔德菌荧光定量PCR方法的建立及应用

目的 建立用于检测实验动物小鼠中唐菖蒲伯克霍尔德菌的荧光定量PCR方法。方法 参考团标公布的序列合成唐菖蒲伯克霍尔德氏菌引物、探针和质粒,建立荧光PCR方法,并对方法的线性、灵敏度、重复性和特异性等性能进行验证。同时应用建立的荧光PCR方法和细菌培养法对110份小鼠送检样品进行比对检测。结果 建立的唐菖蒲伯克霍尔德菌荧光PCR方法,相关系数R²可达0.998,线性良好;方法最低可检测至1×10² copies/5μL,灵敏度高;方法检测培养的唐菖蒲伯克霍尔德菌为阳性,检测金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯杆菌、产酸克雷伯杆菌、绿脓杆菌和嗜肺巴斯德杆菌均为阴性,特异性良好。采集110只安乐死小鼠样品,分别进行细菌培养和荧光PCR检测,结果均为阴性,2种方法结果完全符合。结论 建立的荧光PCR方法性能良好,可用于实验动物小鼠唐菖蒲伯克霍尔德菌的检测。     

鸭GAPDH基因实时荧光定量PCR方法的建立

本研究旨在建立鸭GAPDH基因的real-time PCR技术,为鸭功能基因mRNA水平的定量分析提供有用的方法学基础.根据GenBank中鸭GAPDH基因的序列设计引物,建立了基于SYBR Green I染料技术的real-time PCR方法.结果表明,所建立的方法具有快速、高通量、线性范围广以及重复性强等特点.研究结果为鸭GAPDH作为内参基因用于鸭相关基因定量表达分析奠定了基础.     

荧光定量RT-PCR检测脑心肌炎病毒方法的建立及初步应用

根据GenBank中公布的脑心肌炎病毒(Encephalomyocarditis virus EMCV) 3D基因保守区段设计并合成1对引物, 以提取的EMCV核酸为模板, 分别进行荧光定量RT PCR扩增, 优化反应体系及条件, 建立脑心肌炎病毒荧光定量RT PCR检测方法, 并初步运用于静注人免疫球蛋白(IVIG)纳米膜过滤工艺去除EMCV效果的验证. 结果显示该方法实验内和实验间的精密度均小于5%, 最低检测限为102 copies/ μL; 纳米膜过滤工艺可使样品中的EMCV滴度下降4Logs.     

荧光实时定量PCR检测尼罗罗非鱼GH、GHR、IGF-I基因方法的建立及初步应用

 为了准确分析尼罗罗非鱼生长激素（growth hormone , GH）、生长激素受体（growth hormone receptors, GHRs）和胰岛素样生长因子I （Insulin like growth factor-I,IGF I）在早期发育阶段的作用,实验设计了尼罗罗非鱼GH、GHR、IGF I基因的特异性引物,提 取垂体或肝脏总RNA并扩增出目的片段,将PCR产物克隆到pGEM-T Easy载体,经质粒PCR扩增、酶切和测序鉴定重组质粒,构建 标准曲线等,成功建立了GH、GHR、IGF-I基因荧光实时定量PCR检测方法。运用建立的荧光实时定量 PCR检测了尼罗罗非鱼GH 、GHR和IGF I基因表达的发育性变化。结果表明在早期发育阶段,尼罗罗非鱼GH 与 IGF-I,GHR1与 GHR2的mRNA表达存在一 定的互补关系;GH的表达与GHR1的表达呈显著正相关,提示GH与IGF-I,GHR1与GHR2在尼罗罗非鱼早期发育的不同阶段起主导 作用,且GH可能主要通过与GHR1的结合起作用。     

实验动物常见支原体荧光定量PCR检测方法建立

目的 建立能对实验动物常见支原体进行检测的荧光定量PCR方法。方法 针对多种大、小鼠易感支原体的16 s rRNA基因中较保守的区域设计1对引物和探针,建立荧光定量PCR方法并检测其特异性、灵敏性及重复性。结果 该方法在模板浓度为5×100～5×106 copies/μL之间呈良好的线性关系(R2=0.9972)且扩增效率为98.11%;特异性强,能够区分检测金黄色葡萄球菌等常见的病原菌;灵敏性高,检测下限为5 copies/μL,比常规PCR的检测灵敏性高100倍;重复性好,对不同浓度模板进行组内和组间重复性试验的变异系数均低于2%。用荧光定量PCR和普通PCR方法对不同来源不同类型的120份临床样品进行检测,结果表明小鼠支原体检测阳性率分别为3.33%(2/60)、1.67%(1/60),细胞样品支原体检测阳性率均为5%(3/60)。结论 本研究建立的荧光定量PCR方法快速、特异强、灵敏性高、重复性好,可用于实验动物常见支原体的快速诊断。     

小麦条锈菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

为了研究青海省小麦条锈菌在小麦潜育期叶片菌源量,文中以小麦条锈菌延伸因子EF1为引物,利用实时荧光定量PCR技术建立了小麦条锈菌潜育期菌源量检测体系。结果表明:(1)小麦条锈菌延伸因子EF1引物能从小麦叶片gDNA中扩增出特异性目的片段243 bp。(2)实时荧光定量PCR检测体系的灵敏度是常规PCR灵敏度的100倍。(3)铭贤169叶片接种小麦条锈菌后第1天到第8天均检测到条锈菌,且菌源量随着天数的变化呈指数型增长趋势。本研究建立的检测体系可检测到小麦条锈菌在小麦潜育期叶片菌源量,为早期小麦条锈病的发生和防治提供理论依据。     

鸭β-actin基因实时荧光定量PCR方法的建立

根据GenBank中鸭β-actin基因的序列,在保守区域设计并合成一对引物,采用SYBR G reen I染料建立了荧光定量PCR法(real-tim e PCR).以PCR产物建立标准曲线,C t值线性范围为12.2~35.1,相关系数为0.996;熔解曲线分析显示产物为单特异峰,Tm为86.5±0℃.本实验建立的鸭β-actin基因实时荧光定量PCR法扩增效率高、线性范围广、检测周期短,为β-actin基因作为内参基因进行鸭功能基因与病原基因表达的定量分析奠定了基础.     

番鸭HSP70的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立及其初步应用

旨在建立一种高灵敏度的番鸭热休克蛋白70(Heat shock 70, HSP 70)基因的荧光定量PCR检测技术,并以此技术检测番鸭在热应激前后HSP70基因转录表达量的变化情况。由NCBI上HSP 70基因保守序列来设计特异性引物,将试验番鸭的mRNA反转为cDNA,检验其重复性、特异性和灵敏度,利用建立的方法对热应激条件下番鸭体内各组织基因的转录变化进行检测。结果表明：本研究构建的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法所用的引物特异性较好,与1.35×10²～1.35×10⁷ copies/μL的PCR产物之间存在着良好线性关系,方程为y=-1.96 x+18.2,相关系数为-0.983,扩增效率为226.55%;熔解温度T_m值为(84.0±1.0)℃,曲线呈特异性单一峰;该方法的灵敏度为1.35×10² copies/μL。与正常条件相比,热应激条件下番鸭血液、心脏、肝脏、脾脏、肾脏和肌肉的HSP 70基因表达水平显著升高(P<0.05)。该研究成功构建了番鸭HSP 70基...     

TMEM43基因SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

根据Genbank中登录的TMEM43基因序列设计并合成引物,建立了TMEM43SYBR Green Ⅰ real-time PCR方法.利用该方法构建标准曲线,并对灵敏性及重复性进行验证.最后对随机选取的几种人源细胞及不同物种细胞进行检测.结果显示,建立的TMEM43SYBR Green Ⅰ real-time PCR方法线性关系好,以标准品构建的标准曲线相关系数R2=1;灵敏性比普通PCR高10倍,能成功检出不同细胞中TMEM43表达量.表明建立的TMEM43SYBR Green Ⅰ real-time PCR检测方法可用于TMEM43基因表达的检测及定量分析,可为临床TMEM43相关疾病的检测及分析提供实验依据.     

实时荧光定量PCR的原理及应用研究进展

实时荧光定量PCR（real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,FQ-PCR）是在定性PCR技术基础上发展起来的核酸定量技术,已成为分子生物学和其它领域的重要技术工具。本文对实时荧光定量PCR技术的原理及其在食品、医学、环保领域的应用进行综述。     

人GABRA1实时荧光定量TaqMan PCR检测方法的建立

根据GenBank上人GABRA1基因的序列,设计并合成特异性的引物及探针,采用TaqMan探针法建立了荧光定量PCR法,以常规PCR产物为标准品,建立标准曲线．结果表明,标准曲线Ct值检测范围为12．07-32．72,相关系数为0．999,扩增效率为96．4%.建立的GABRA1TaqMan探针实时荧光定量方法具有线性范围广、扩增效率高、检测时间短、敏感性高等特点．     

检测鹅细小病毒的恒温隔绝式荧光PCR方法的建立及初步应用

鹅细小病毒(GPV)是一种主要侵害雏鹅和雏番鸭的病原,给养禽业带来了巨大的经济损失.利用GPV的VP3基因保守区域设计了一对引物和探针,经反应体系的优化,建立检测鹅细小病毒的恒温隔绝式荧光PCR方法(ii PCR方法),并与TaqMan荧光定量PCR方法比较.结果显示,该方法能特异性检出GPV,对其他常见无关病原不检出,特异性好;检测下限是38.1拷贝·μL^-1,灵敏度高;批内、批间变异系数均小于5%,重复性好;该方法对31份临床疑似样本的检出率为93.54%,高于TaqMan荧光定量PCR方法的检出率(83.87%).本研究为鹅细小病毒的现场快速检测提供了新的技术手段.     

牛疱疹病毒Ⅰ型(BHV-1)荧光定量PCR检测方法的建立及应用

目的 建立牛疱疹病毒Ⅰ型(BHV-1)实时荧光定量PCR检测方法,用于牛源性样本中BHV-1的快速检测。方法 根据已发表的BHV-1 gB基因设计特异引物和TaqMan探针,建立BHV-1实时荧光定量PCR方法。并对方法的特异性、敏感性、重复性稳定性等进行测定。用建立的方法对181份牛源性样本进行检测。结果 建立的BHV-1荧光定量PCR检测方法与牛副流感病毒Ⅲ型(BPIV3)、牛病毒性腹泻病毒1型(BVDV1)、猪伪狂犬病毒(PRV)、单纯疱疹病毒Ⅰ型(HSV-1)、猫疱疹病毒1型(FHV-1)均无交叉反应;检测灵敏度可达到1×101copies/μL;批内变异系数均小于5%。应用建立的方法检测181份牛源性样本,有6份样本BHV-1核酸为阳性。结论 建立的BHV-1荧光定量PCR检测方法具有快速、特异、敏感及稳定的特点,可用于牛源性样本中BHV-1污染的检测。     

非洲猪瘟病毒TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种快速、准确、特异的非洲猪瘟病毒（African Swine Fever Virus,ASFV）定量检测方法,根据TaqMan探针荧光定量分析原理,对ASFV核酸进行了实时荧光定量PCR分析．借助计算机软件辅助,对ASFV基因序列及检测引物和探针进行了优化筛选,利用pET-ASFVP72质粒作为参比模板对PCR反应的Mg^2-、引物、探针浓度等参数进行了优化,其最佳浓度分别为4．5mmol／L,400nmol／L和500nmol／L．同时,对灵敏度、特异性、定量线性关系、精确度等进行了评估,最低检出量为10^2个拷贝数的质粒,特异性为100％,CT（Cycle Threshold）值的变异系数CV小于5％．对送检的15份（是否感染ASFV不确定）猪肉样品进行检测,结果全为阴性．试验表明,所建立的实时荧光定量PCR检测方法能够快速、准确、特异、灵敏地对ASFV核酸进行定量分析,从而为非洲猪瘟的检测提供了一个新的、可靠的方法．