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1.
通过TCMSP数据库检索麻黄、桂枝中的活性成分以及对应的靶点蛋白,在GeneCards数据库中以“rheumatoid arthritis”为关键词检索类风湿性关节炎(RA)的相关靶点,将收集的2类靶点相互映射取交集后通过STRING平台构建PPI网络,利用Cytoscape软件进行可视化分析;借助David 6.8数据库,对交集靶点进行GO与KEGG富集分析;最后利用Schrodinger软件对核心靶点与关键活性成分进行分子对接验证。2类靶点映射得到交集靶点共134个,PPI分析得到核心靶点为AKT1、IL6、TP53、RELA和CCND1。GO与KEGG富集分析得到关键信号通路为TNF信号通路、Toll样受体信号通路和PI3K-Akt信号通路。分子对接结果显示槲皮素、木犀草素、二氢槲皮素与AKT1、IL6、TP53有较好的结合效果。研究推测麻黄-桂枝药对中的活性成分可能通过抑制炎性介质表达、抑制关节滑膜中树突细胞以及巨噬细胞过量增殖等途径来阻止RA病理发展进程。  相似文献   

2.
目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨五味子治疗慢性咳嗽的关键成分和潜在作用机制.方法 通过TCMSP数据库筛选五味子的活性成分及相应靶点,运用TTD、DisGeNET和DrugBank数据库收集咳嗽靶点集,再通过Venny平台筛选五味子活性成分和咳嗽的相关交集靶点.利用String网络平台和Cytoscape 3.8.2软件构建相关网络图及直方图,并得到关键靶点,通过Webgestalt网站对关键靶点进行KEGG和GO的富集分析.利用AutoDock Tools和Autodock Vina软件将关键靶点和核心成分进行分子对接,再通过Pymol软件进行可视化分析.结果 共筛选出8种有效活性成分和877个与活性成分相关的作用靶点;与咳嗽交集的相关靶点有88个,其中Akt1和Tnf为关键靶点.KEGG通路富集分析筛选得到27条通路,包括FcεRI信号通路、脂肪细胞因子信号通路、Toll样受体信号通路等;GO功能富集分析得到205个GO条目,主要涉及阴离子跨膜转运的负调控、细胞表面蛋白质定位的正向调节等生物过程,还涉及吞噬杯、囊泡等细胞组成,一氧化氮合酶调节活性、GTP酶激活蛋白结合等分子功...  相似文献   

3.
通过中药系统药理学数据库与分析平台获取三七的主要活性成分及其相关靶点;通过GeneCards数据库预测类风湿关节炎相关靶点,并运用Uniprot数据库标准化蛋白名称,取三七-类风湿关节炎的交集靶点;通过STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用分析;采用Metascape平台进行GO(gene ontology)功能分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集分析;采用Cytoscape3.7.2构建活性成分-靶点-信号通路相互作用网络;利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键靶点和成分进行分子对接。结果表明:通过筛选获得三七核心活性成分7种,三七-类风湿关节炎共同作用靶点100个,其中核心靶点包括AKT1、IL6、VEGFA、TNF、TP53、JUN、CASP3、PTGS2等;GO分析获得1 064条信号通路,KEGG分析得到102条信号通路,其中与类风湿关节炎相关的信号通路包括AGE-RAGE、MAPK、TNF、IL-17以及HIF-1等;分子对接结果显示关键靶点与成分具有较好的结合活性。研究认为三七抗类风湿关节炎可能是通过对物质代谢、信号转导、炎症反应等多靶点及多通路的调节从而发挥作用。  相似文献   

4.
利用网络药理学方法联合GEO基因芯片及分子对接探索补骨脂乙素治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的潜在作用机制.通过PubChem等数据库预测补骨脂乙素靶点;在GeneCards、DisGeNET等数据库检索UC作用靶点合并GEO芯片提取的差异基因去重后得到UC靶点,对药物与疾病交集基因进行富集分析;构建交集基因蛋白互作网络筛选出核心靶点,分子对接初步验证药物与核心靶点的结合活性.结果:筛选出交集基因107个;富集分析显示基因功能多与炎症相关;筛选得到核心靶点AKT1、MMP9、EGFR、IGF1、SRC;分子对接模拟验证显示药物与核心靶点之间有较好的结合活性.提示补骨脂乙素可能通过作用于核心靶点调节炎症相关信号通路进而发挥抗UC的作用,可为后续深入研究提供数据支持.  相似文献   

5.
利用网络药理和分子对接技术,探讨复方紫银软膏治疗糖尿病足溃疡的活性成分和潜在分子机制.采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取方中七味药的化学成分及其相关靶点.在GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank数据库中搜集糖尿病足溃疡相关靶点,提炼出二者的交集靶点.运用Cytoscape 3.9.1软件和String数据库绘制“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络,并筛选出核心成分和关键靶点.借助Metascape数据库对靶点进行GO和KEGG分析,运用Autodock软件以及Pymol软件进行分子对接验证和展示.结果发现,复方紫银软膏治疗糖尿病足溃疡的关键活性成分为槲皮素、绿原酸、芹菜素、山柰酚、木犀草素.从靶蛋白的角度,排名前5位的是PTGS2、HSP90AB1、PTGS1、AR、DPP4;GO富集分析提示主要包括炎症反应、细胞因子和蛋白酶受体结合等生物过程. KEGG通路主要涉及AGE-RAGE、MAPK信号通路和PI3KAkt等信号通路.分子对接结果表明复方紫银软膏中主要活性成分与关键靶点PTGS2、HSP90AB1、PTGS1、AR和DPP4具有较稳定的结合活性...  相似文献   

6.
目的 基于网络药理学和分子对接技术,分析预测在肝脏代谢的五味子木脂素成分及治疗代谢相关脂肪性肝病的核心成分和潜在作用机制.方法 运用网络药理学筛选和分析木脂素治疗代谢相关脂肪性肝病的交集靶点,利用String网络平台和Cytoscape软件得到关键靶点,再通过Webgestalt网站对关键靶点进行KEGG和GO的富集分析;使用AutoDock Tools和Autodock Vina软件将关键靶点和核心成分进行分子对接,再通过Pymol软件进行可视化分析.结果 共筛选出1 361个与活性成分相关的作用靶点,与代谢相关脂肪性肝病相关的靶点有627个,交集靶点226个,其中Akt1和PPAR-γ为关键靶点.通过调控长寿调节途径、AMPK信号通路、破骨细胞分化、癌症通路等信号通路发挥治疗代谢相关脂肪性肝病作用,涉及99个GO条目,主要包括脂蛋白颗粒的反应、睫状基体、蛋白磷酸酶结合等.分子对接结果显示核心成分与关键靶点Akt1和PPAR-γ有较好的结合活性.结论 本研究初步揭示了五味子酯乙、五味子乙素、五味子甲素、五味子酚、五味子醇乙、戈米辛J和当归酰戈米辛H是五味子治疗代谢相关脂肪性肝病的核心...  相似文献   

7.
利用网络药理学和分子对接方法探究麻黄加术汤治疗类风湿关节炎的潜在作用机制。通过数据库检索、筛选得到麻黄加术汤主要活性成分及其作用靶点,通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选得到类风湿关节炎疾病靶点,使用STRING数据库和Cytoscape软件构建PPI(protein-protein interaction)网络;使用Metascape数据库对麻黄加术汤治疗类风湿关节炎的作用靶点进行GO(gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析;Cytoscape软件构建药物成分-靶点-通路网络;使用AutoDock软件对关键成分和靶点进行分子对接。结果筛选得到麻黄加术汤的潜在活性成分共131个,治疗类风湿关节炎的关键靶点133个,主要成分包括槲皮素、木犀草素、山奈酚等,关键靶点包括IL-6、TNF、TP53、STAT3等。GO和KEGG分析显示生物过程2 250条,细胞成分89条,分子功能152条,富集通路主要涉及AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路和TNF信号通路等。分子对接结果显示Phaseol和甘草酚与AKT1、PTGS2、MAPK1、MAPK8等关键靶点具有较好的结合活性。研究发现麻黄加术汤是通过多成分、多靶点、多通路的作用方式发挥治疗类风湿关节炎的作用,为类风湿关节炎的治疗提供了重要的科学信息。  相似文献   

8.
基于网络药理学研究金荞麦治疗糖尿病肺病的主要化学成分,作用靶点和相关信号通路.利用TCMSP数据库检索金荞麦主要的活性成分及作用靶点;基于OMIM和Gene Cards数据库找出与糖尿病肺病相关的作用靶点,求金荞麦主要成分的作用靶点与糖尿病肺病的相关靶点交集,将交集靶点导入STRING数据库构建PPI网络,对该网络进行拓扑分析找出关键靶点;把关键靶点导入DAVID 6.8.0数据库,找出金荞麦治疗糖尿病肺病关键靶点参与的生物学过程、分子功能、细胞组分和KEGG通路.结果显示,通过TCMSP数据库的口服利用度(OB)和类药性(DL)条件筛选出15个金荞麦主要化合物,相应作用靶点85个;与糖尿病肺病发病机制有关的作用靶点18个,经PPI网络分析得到9个关键靶点;GO分析富集得到生物过程72个,分子功能14个,细胞组分8个,65条KEGG信号通路.表明金荞麦治疗糖尿病肺病发挥药效的有效成分可能是没食子酸酯、(+)-儿茶素、β-谷甾醇、异鼠李素和原花青素B1等化合物,作用机制可能跟MAPK1、AKT1、EGFR、EGF、JUN等靶点,以及Erb B信号通路、Ras信号通路、癌症中的胆碱代谢、MAPK信号通路、局灶性粘连及TNF信号通路有关.  相似文献   

9.
为了研究黄芪中活性成分治疗阿尔兹海默病的作用机制,采用网络药理学与分子对接模拟方法,利用相关数据库确定疾病靶点,构建靶点相互作用和药物-成分-靶蛋白-疾病网络,在DAVID数据库进行基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书数据库通路富集分析,并对靶点进行分子对接模拟验证。结果表明:筛选到20种黄芪抗阿尔兹海默病的活性成分,其中槲皮素、山奈酚、异鼠李素、刺芒柄花素、 7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇为关键成分;筛选出118个交集靶点,含6个关键靶点,各靶点富集于炎症反应细胞凋亡等生物过程;分析得到180条信号通路,作用机制主要与TNF、 PI3K-Akt、 IL-17等通路相关。  相似文献   

10.
通过网络药理学方法筛选催乳丸调治缺乳的主要活性成分和潜在靶点蛋白,构建有效成分-蛋白相互作用网络,采用计算机模拟方法开展分子对接验证,探讨催乳丸调治缺乳的潜在分子机制。经筛选,催乳丸中主要包括槲皮素、木犀草素、山奈酚、香叶木素、叶酸、β-谷甾醇等12个活性成分;药物与疾病靶点的交集包括STAT3、MAPK1、JAK2、EGFR、ESR1、STAT5A等16个关键蛋白靶点;经过富集分析和筛选,发现与催乳丸活性成分作用的靶点蛋白富集在催乳素信号通路、雌激素信号通路、AMPK信号通路、cAMP信号通路等多种生物学过程。分子对接结果显示,槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素与关键靶点STAT3、MAPK1、ESR1、EGFR的结合能力较强,其通过调控转录因子、激酶、雌激素受体蛋白和表皮生长因子受体蛋白,影响乳腺上皮细胞生长,发挥调治缺乳作用。研究结果初步揭示了催乳丸治疗缺乳的多组分、多靶点、多途径机制,为缺乳症状的治疗研究提供了参考。  相似文献   

11.
运用网络药理学和分子对接方法探究威灵仙治疗类风湿性关节炎的作用机制。中药系统药理学数据库与分析平台、PubChem、SwissTargetPrediction数据库筛选威灵仙的活性成分及其作用靶点;OMIM、GeneCards数据库预测类风湿性关节炎的靶点;Venn图获取威灵仙-类风湿性关节炎的交集靶点;STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.1获取核心靶点;DAVID数据库进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析; AutoDock Vina1.5.6对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。威灵仙中的关键活性成分齐墩果酸、β-谷甾醇、豆甾醇、3-表齐墩果酸作用于MAPK3、PTGS2、CYP19A1等核心靶点,通过调控花生四烯酸代谢通路、卵巢类固醇生成等发挥治疗类风湿性关节炎的作用,分子对接结果显示关键活性成分与核心靶点具有较好的结合活性。该研究初步探讨了威灵仙治疗类风湿性关节炎的关键活性成分、核心作用靶点及其相关通路,为威灵仙的临床应用提供参考。  相似文献   

12.
基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎的作用机制。利用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction数据库挖掘黄芪六君子汤中的中药所含化学成分及作用靶点,并经Uniprot数据库标准化,通过GeneCards数据库获得新冠肺炎相关基因,将疾病与药物的靶点进行映射取交集,从STRING数据库下载蛋白-蛋白相互作用(PPI)数据,借助Cytoscape软件构建活性成分-靶点的可视化网络图、蛋白互作网络,筛选出核心靶点,利用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,并通过Cytoscape软件构建靶点-通路网络。结果表明,筛选得到145个化合物及相应靶点1618个,关键成分包括木犀草素、山柰酚、川皮苷、柚皮素、黄芩素、金合欢素等,关键靶点包括丝裂原活化蛋白激酶1/3/8/14、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3/8、白介素6/1β、白蛋白,细胞凋亡调节蛋白、人前列腺素内过氧化物合酶2、原癌基因、RELA原癌基因等。GO功能富集分析显示生物学过程1421条,分子功能63条,细胞组成36条;KEGG通路富集分析显示41条通路,主要涉及PI3K-Akt信号通路、细胞凋亡、内分泌阻力、MAPK 信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等。研究认为黄芪六君子汤可能通过抗病毒、抗炎、免疫调节等作用机制对新冠肺炎发挥治疗作用。  相似文献   

13.
基于网络药理学探讨黄芪六君子汤治疗新冠肺炎的作用机制。利用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction数据库挖掘黄芪六君子汤中的中药所含化学成分及作用靶点,并经Uniprot数据库标准化,通过GeneCards数据库获得新冠肺炎相关基因,将疾病与药物的靶点进行映射取交集,从STRING数据库下载蛋白-蛋白相互作用(PPI)数据,借助Cytoscape软件构建活性成分-靶点的可视化网络图、蛋白互作网络,筛选出核心靶点,利用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析,并通过Cytoscape软件构建靶点-通路网络。结果表明,筛选得到145个化合物及相应靶点1618个,关键成分包括木犀草素、山柰酚、川皮苷、柚皮素、黄芩素、金合欢素等,关键靶点包括丝裂原活化蛋白激酶1/3/8/14、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3/8、白介素6/1β、白蛋白,细胞凋亡调节蛋白、人前列腺素内过氧化物合酶2、原癌基因、RELA原癌基因等。GO功能富集分析显示生物学过程1421条,分子功能63条,细胞组成36条;KEGG通路富集分析显示41条通路,主要涉及PI3K-Akt信号通路、细胞凋亡、内分泌阻力、MAPK 信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等。研究认为黄芪六君子汤可能通过抗病毒、抗炎、免疫调节等作用机制对新冠肺炎发挥治疗作用。  相似文献   

14.
目的 通过网络药理学方法探究黄芩治疗主动脉夹层(AD)的作用机制及其调控的mRNA-miRNA-lncRNA网络构建.方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)挖掘黄芩活性成分及预测靶点,通过挖掘GEO数据库,使用GEO2R分析筛选AD差异表达的mRNAs,运用StarBase v2.0、miRTarBase、Mircode在线分析软件进行mRNA-miRNA-lncRNA调控网络整合分析.借助Cytoscape 3.8.0软件与STRING数据库构建活性成分-靶点网络、三元转录网络及蛋白互作网络,并行GO功能及KEGG通路富集分析,最后予以分子对接评估.结果 筛选出黄芩活性成分32个,其中23个靶点与AD相关.得到由11个关键mRNAs、27个关键miRNAs及340个关键lncRNAs构成的三元转录网络.富集分析结果显示,这些靶点主要通过IL-17、p53、TNF、FoxO和NOD样受体等信号通路发挥细胞增殖凋亡调控、转录调节、炎症反应和抗氧化活性作用.分子对接结果显示,汉黄芩素、β-谷甾醇、黄芩素和豆甾醇等主要活性成分均能与核心靶点IL6、MAPK14较好地结合.结论...  相似文献   

15.
采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索地榆-茜草药对的主要活性成分,并对筛选出成分的靶点进行预测,靶点不全者以Swiss Prediction数据库进行预测.在DrugBank、GeneCards等数据库检索异常子宫出血的疾病相关靶点.构建成分-靶点网络,并提取出关键靶点进行GO分析及KEEG分析.地榆-茜草药对共检出符合条件的候选化合物26个,289个作用靶点,并获得2 898个疾病靶点.药物相关靶点疾病相关靶点作交集获得194个潜在治疗靶点,最终筛选出30个靶点为核心靶点.GO富集分析,共得到290个相关条目.其中生物途径(BP)条目231个,细胞组分(CC)条目18个,分子功能(MF)条目41个(均P<0.05).KEEG通路富集分析,共得到86个信号通路.结果可见,地榆-茜草药对治疗异常子宫出血的潜在主要活性成分为:槲皮素、β谷甾醇、山奈酚、茜草素B及地榆皂苷Ⅰ.潜在关键靶点为ATK1、CASP3、STAT3、HIF1A、MMP9等.潜在关键的生物学进程及通路包括:癌症通路、TNF信号通路等.  相似文献   

16.
通过网络药理学和分子对接方法探讨桑白皮治疗2型糖尿病的作用机制。运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选桑白皮的活性成分及相应作用靶点,借助DrugBank、GeneCards和TTD数据库检索疾病靶点。活性成分靶点与疾病靶点取交集得到桑白皮作用于2型糖尿病的预测靶点,构建活性成分-潜在靶点网络图和关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)网络。将交集基因进行基因本体(gene ontology, GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析;最后应用AutoDock软件进行活性成分及关键靶点之间的分子对接验证。预测得到桑白皮活性成分25个,桑白皮与疾病的交集靶点126个。PPI网络发现AKT1、IL-6、TNF、VEGFA、TP53、CASP3等可能是桑白皮治疗2型糖尿病的关键靶点。GO富集分析涉及细胞因子信号转导通路、对脂质的反应和凋亡信号通路等生物过程。KEGG通路分析涉及糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、T...  相似文献   

17.
基于网络药理学探讨醒神解郁汤治疗卒中后抑郁的分子作用机制,并通过细胞实验进 行相关生物学事件验证。通过TCMSP、化源网、Chemistry Database等数据库及相关文献收集醒神 解郁汤中单味药的化学成分,结合口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18及Swiss数据库筛选出 活性成分并预测其靶点,构建中药-成分-靶点网络图。筛选活性成分与疾病交集核心靶点,构建 蛋白互作网络图并进行拓扑分析。通过Metascape数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析。基 于网络药理学分析获得通路及核心靶点,建立神经元细胞、星形胶质细胞糖氧剥夺模型,并检测细 胞存活率。筛选出醒神解郁汤共有成分有 128 个,共有靶点 460 个,交集核心靶点 57 个。其中 AKT1与32个靶点发生相互作用,PI3K-Akt信号通路可能是醒神解郁汤治疗卒中后抑郁的关键作 用信号通路。MTT实验结果显示醒神解郁汤能够有效提高神经元细胞、星形胶质细胞在缺血缺氧 条件下的存活率。醒神解郁汤能通过核心靶点治疗卒中后抑郁。  相似文献   

18.
目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨槐花止血的作用靶点及信号通路,明确其疗效机制。方法:从TCMSP中检索出槐花的有效活性成分,收集其靶点;通过GeneCards数据库收集止血相关的疾病靶点,取与药物靶点重复的靶点作为关键靶点,使用Cytoscape软件构建“药物-有效成分-靶点”网络,利用String数据库构建蛋白互作网络,应用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析,最后利用分子对接技术初步验证。结果:最终获得6个槐花活性成分,68个交集基因。蛋白互作分析发现JUN、TNF和MAPK1止血的作用,GO功能富集得到407个条目,KEGG通路富集分析得到151条信号通路,且发现槐花止血主要通过TNF signaling pathway、Hepatitis B等信号通路进行调控。分子对接显示isorhamnetin、beta-sitosterol等成分与MAPK1、TNF和JUN等靶点有较强亲和能力。结论:槐花可能通过isorhamnetin、quercetin-3’-methyl ether等化学成分调控TNF signaling pathway等信号通路上的MA...  相似文献   

19.
目的:通过网络药理学方法研究,预测高粱泡叶治疗Ⅱ型糖尿病的潜在分子作用机制。方法:通过Gene Cards数据库检索Ⅱ型糖尿病相关靶点;建立“高粱泡叶-化学成分-靶点”作用网络,通过Metascape数据库对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,运用AutoDock及Pymol对度值靠前的靶点与对应活性成分进行分子对接验证。结果:筛选出高粱泡叶12个成分和169个预测靶点,2026个疾病靶点;通过Venny2.1在线分析,得到73个共同靶点。GO富集分析得到蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性、成纤维细胞增殖的正调控、胰岛素结合、血管内皮生长因子激活受体活性等多种生物学过程和癌症的途径、PI3K-Akt信号通路、ErbB信号通路等21条信号通路。分子对接结果显示筛选的主要活性成分与其对应靶蛋白均具有较好的结合活性。结论:高粱泡叶通过众多靶点、多途径、多通路治疗Ⅱ糖尿病。该研究为高粱泡叶的后期开发利用奠定了相关理论基础。  相似文献   

20.
黄花柳(Salix caprea)具有较强的抗氧化作用,但目前关于黄花柳抗氧化作用机制的研究尚未详尽报道。文章通过网络药理学和分子对接技术筛选得到黄花柳活性成分21种,预测到靶点320个,抗氧化相关靶点1056个,取交集得到的黄花柳与抗氧化相关靶点118个,GO富集分析得到基因功能354条,KEGG通路富集分析得到通路146条。分子对接结果显示,核心成分柚皮素、二氢杨梅素、香叶木素等可与核心靶点AKT1、MAPK3、PIK3CA等均具有良好的结合活性。初步验证了黄花柳可通过多成分、多靶点、多途径发挥抗氧化作用,为下一步实验研究提供验证依据和方向。  相似文献   

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