一株短小芽孢杆菌的16S rDNA基因序列分析

从黄颡鱼中分离得到一株优势菌BP-1,经过形态观察、生理生化试验和16S rDNA基因序列分析,表明该菌为发酵型,能运动,革兰氏阳性杆菌.获得的16S rDNA基因序列长度为1478 bp,Gen Bank数据库中登录号为KP299290.该序列与GenBank数据库中多条短小芽孢杆菌16S rDNA基因序列相似性高达99%,系统进化树上与短小芽孢杆菌亲缘关系最近,从而判定菌株BP-1为短小芽孢杆菌.这为短小芽孢杆菌的鉴定和分类提供科学依据.     

高良姜与混淆品rDNA ITS序列的分析与鉴别

用PCR直接测序法测定和分析不同产地野生和种植品种的高良姜(Alpinia officinarum Hance),以及山姜（A. japonica（Thunb.） Miq.）、华山姜（A. chinensis (Retz.) Rosc.）和大高良姜(A. galanga (L.) Willd )等三种混淆品的rDNA ITS区序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据。经测序、比对和排序得到812bp序列,包括18S3’端部分序列,ITS1、5.8S、ITS2全部序列和26S5’端部分序列。序列分析结果显示,高良姜种内序列高度一致,同源性达100%,测序结果中发现杂合位点,而广西样品杂合位点的两个碱基各占的比例与其它地方样品的不同,显示了高良姜种内rDNA ITS序列的细微差异。高良姜和混淆品的812bp序列中共有61个变异位点,60个是信息位点,同源性达96.32%,其中ITS1和ITS2中的11个位点在高良姜和混淆品中差别明显,可以鉴别高良姜和混淆品,因此rDNA ITS序列是高良姜真伪辨别的有效标记。基于DNA序列的高良姜和混淆品的系统分类结果与形态学的分类结果不完全一致,有待进一步的研究探讨。     

广西红菇子实体及分离株的rDNA ITS序列分析

为了研究广西食用红菇rDNA ITS片段遗传多样性,鉴别红菇组织分离株的真伪,用一对通用引物对采自广西浦北县、容县和上思县的18个红菇子实体样本及3个组织分离株的rDNA ITS片段进行PCR扩增,扩增产物纯化后测序,运用相关序列分析软件对ITS区全序列进行分析,并和GenBank／EMBL／DDBJ三大核酸序列数据库进行同源性检索。结果获得12个红菇子实体和3个分离株的ITS和5．8S rDNA区段的完整序列,3个分离株的ITs序列全长明显小于子实体样本的ITS序列全长;3个组织分离株与红菇属真菌的遗传距离大;除2个采自浦北龙门的子实体与其它子实体的同源性小于0．95外,来自不同区域的其余子实体样本间rDNA ITS序列同源性都达到0．98以上;12个子实体的ITS区段与GenBank中已知的红菇属真菌的相似率都不大于0．90。由此推断3个组织分离株均不是红菇的分离株而可能是子实体的寄生菌或污染菌;广西浦北县、容县和上思的食用红菇样本没有地理类群差异,但在浦北产区可能存在多种食用红菇共同生长。     

中华拟德氏吸虫分子系统发生初步研究

对中华拟德氏吸虫核糖体基因进行扩增、克隆和测定,研究其系统发生.测得ITS-2 rDNA和18SrDNA部分序列分别为537 bp和1 819 bp,GenBank上登录号分别为EU082007、EU081899.序列分析表明:中华拟德氏吸虫与寄生于琥珀鱼的5种拟德氏吸虫ITS-2 rDNA序列相似性很低,为49.0%~54.2%,可初步判断中华拟德氏吸虫是拟德氏属的一个独立种;基于18S rDNA序列分别与海水未定名血居吸虫(AY157184)、淡水血居吸虫Plethorchis acanthus(AY222096)的亲缘最近,同源性高达99.4%和95.1%;与旋睾科吸虫Unicaecum sp.(AY604719)及5种裂体吸虫的同源性则分别为92.7%和91.5%~92.5%.可见血居科与旋睾科和裂体科吸虫的亲缘关系密切.     

重庆荣昌犬钩虫ITS及5.8SrDNA的克隆及序列分析

利用聚合酶链式反应(PCR)扩增犬钩虫rDNA的ITS及5.8S序列,然后将PCR扩增产物回收纯化后连接 到pMDTM19-T载体上进行克隆.重组质粒通过菌落PCR鉴定,将阳性重组质粒进行序列测定并且进行序列分析. 结果显示,5株犬钩虫荣昌分离株ITS序列的总长为833bp~834bp.ITS-1序列总长无差异,但存在个别碱基的 差异;5.8S序列总长与序列均无差异;ITS-2序列总长存在差异(221bp~222bp).通过与GeneBank上报道的其 他钩虫的ITS序列进行相似性分析,发现犬钩虫荣昌分离株(RCF)与犬钩虫广州分离株相似性最高,为99.9%, 与美国北海狮弯口属钩口线虫ITS序列的相似性最低,为86.1%.表明ITS可作为分子标记用于犬钩虫种属以及 种间的鉴定.该研究结果旨在为今后犬钩虫的分类鉴定、种群遗传关系、分子流行病学调查以及对该病的防治等方 面的更深入研究奠定基础.     

利用ITS序列对两个盐藻株的分子鉴定

对实验室长期保存的两个盐藻株(Dunaliella salina)核糖体rDNA的ITS(internal transcribed space)序列(ITS1 5.8S rDNA ITS2)用PCR技术扩增并克隆,经序列测定后,与从GenBank中获得的相关序列一起构建系统发育树.结果显示:其中一个(Dunaliella salinaSHU 01)与Dunaliella viridisCONC 002的距离最近,另一个(Dunaliella salinaSHU02)与Dunaliella salinaUTEX 1644的距离最近.因此分别命名为Dunaliella viridisSHU与Dunaliella salinaSHU.     

三七内生真菌分离与分子鉴定（Ⅰ）

对三七（Panax notoginseng）内生真菌进行了分离并通过18S-ITS-28S rDNA序列分析进行鉴定。结果从根、茎、叶组织中分离得到158株形态各异的内生真菌。对其中92株的ITS序列分析显示,91株分属于19个已知属,另1株真菌的ITS序列与GenBank中已报道的序列最高相似性为82%,认为是一新种。结论：三七内生菌多样性丰富,同时不同部位内生菌的数量、种类及分布存在差异,且有其特有种。     

滇藏地区8种鹅膏菌的ITS序列分析

 对滇藏地区8种鹅膏菌的核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)进行PCR扩增和测序,用ClustalX(version 1.81)软件对所测的ITS序列进行比对分析.结果表明,除5.8S rDNA(其长度为160 bp)比较保守外,8个不同种的ITS序列在长度和碱基位点上都存在较大差异,其中ITS1区间的片段长度为206～297 bp,ITS2区间的片段长度为191～238 bp.这说明鹅膏属的种间具有较高的遗传多样性.利用MEGA(version 3.1)软件进行聚类,8个鹅膏菌在D=0.14处分成3组,与传统分类有出入.这为鹅膏菌的进一步分类及研究提供了分子依据.     

秦巴山区桑黄18SrDNA的序列与亲缘关系分析

目的以采自秦巴山区的3个不同桑黄菌株作为研究材料,进行18SrDNA区段克隆测序和序列特征比较,进行亲缘关系分析。方法对18SrDNA序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,将从GenBank检索获得的11个最相似物种的18SrDNA序列连同3个不同桑黄菌株的18SrDNA序列一起用于系统发育分析。结果 3个桑黄菌株的18SrDNA序列长度为桦桑1294bp,桑-s1337bp,桑转1289bp。结论其中2个桑黄菌株桑-s和桦桑与鲍氏针层孔菌(Inonotus baumii)聚在一起,相似性分别为99.8%和99.9%。     

蘑菇基肥中真菌多样性的研究

应用18S rDNA同源性分析和常规微生物培养方法,对蘑菇基肥中的真菌种群进行了研究.采用纯培养技术分离基肥中的真菌,机械破壁法提取分离真菌总DNA,真菌特异引物对EF4/EF3 扩增18S rDNA,并进行测序及序列相似性比较,结果表明:纯培养技术分离自基肥中的真菌种属较少,从11株分离菌中只鉴定获得2株不同真菌Chaetomium elatum和Penicillium expansum.18S rDNA部分片段2次聚合酶链反应(PCR)扩增及温度梯度凝胶电泳(TGGE)分析结果表明:不同时间取自同一地点的原始蘑菇基肥样本中的真菌种群结构要比纯培养技术的分析结果复杂得多.研究结果表明,TGGE分析与高效自动测序技术结合将为生物技术和应用微生物生态过程提供一分子研究方法.     

可降解淀粉酿酒酵母基因工程菌的构建及其生产应用

将酿酒酵母的rDNA片段,黑曲霉葡萄糖淀粉酶基因表达盒及G418抗性基因表达盒重组进经过改造的质粒pSP72,构建酿酒酵母整合型质粒YIp4RGAn及YIp19RGAn,转化酿酒酵母实验室菌株GRF18、生产菌株JL108、SD和JM,获得能高效表达葡萄糖淀粉酶和分解淀粉的酿酒酵母基因工菌。Southern印迹分析证明,葡萄糖淀粉酶基因已整合进工程菌染色体。这些工程菌在含有20%淀粉的培养基中培养,产酒率都在11%以上。     

甘肃张掖地区葡萄天然酵母菌的筛选及其系统发育分析

目的：通过对张掖地区酵母菌的筛选,了解张掖地区酵母菌的生物多样性。方法：采用YPD培养基分离纯化菌株,通过26SrDNA基因D1／D2区序列分析确定菌种的系统进化地位。结果：分离筛选出6个属天然酵母菌。分别为：假丝酵母属Candida、Meyerozyma属、红酵母属Rhodotorula、孢汉逊属Hanseniaspora、酿酒酵母Saccharomycescerevisiae和毕赤酵母属Pichia,共10个种,其中包括6个疑似种。     

Hierarchical recognition on the taxonomy of <Emphasis Type="Italic">Nitzschia closterium</Emphasis> f. minutissima

Nitzschia closterium f. minutissima, a marine eukaryotic unicellular diatom, originally classified as Bacillariophyta/Bacillariophyceae/Bacillariales/Bacillariaceae/Nitzschia, is one of the most important feed sources in mariculture. In this study, its morphological features were examined under DIC Microscopy （differential interference contrast microscope）; its pigments and fatty acids composition were analyzed by using High Performance Liquid Chromatography （HPLC） and gas chromatography （GC）; the complete Actin cDNA, part 18S rDNA, complete ITS1 and ITS2 sequences, part 28S rDNA sequences, and a putatively encoding A5 fatty acid desaturase gene were cloned respectively and further functioned in transgenic yeast. The sequence alignments were separately conducted using the related sequences from Nitzschia closterium f. minutissima, Cylindrotheca closterium （Bacillariophyta/Baci- Ilariales/Bacillariaceae/Cylindrotheca） and Phaeodactylum tricornutum （Naviculales） with ClustalX 1.83. No distinct difference was discovered between N. closterium f. minutissima and P. tricornutum in both biochemical and molecular level. Their identity was more than 99.6% among 18S rDNA, 5.8S rDNA and actin-gene sequences, and is up to 98.6% even among ITS1 and ITS2 sequences. Their △5 desaturase similarity was 99.4%. However, the lower similarity was disclosured between N. closterium f. minutissima and Cylindrotheca closterium, which shared less than 40% identity in the ITS1 and ITS2 sequences. So, N. closterium f. minutissima should not be placed in Bacillariales, Bacillariaceae, Nitzschia, but in Naviculales, Phaeodactylaceae, Phaeodactylum, and it was actually a strain of P. tricornutum.     

新疆羊肚菌rDNA的ITS序列分析

根据生境和形态学特征与大型真菌图鉴对照,从形体上挑选了4个羊肚菌子实体（其中3个来自哈密巴里坤,1个来自乌鲁木齐南山）,同时从四川绵阳某研究所购得一株高羊肚菌菌种做为实验阳性对照,为了确定收集的羊肚菌分类学地位,采用PCR技术,以rDNA—ITS为分子指标,对子实体和菌丝进行了ITS序列测定与分析,结合系统进化树确定品种归属。     

杏鲍菇菌株的rDNA ITS序列鉴定和同工酶分析

【目的】鉴于诱变处理后杏鲍菇菌株在栽培性状上的明显差异,对两株杏鲍菇菌株(杏A和杏B)进行分子水平上的鉴定,分析两者的差异性。【方法】对杏鲍菇菌丝体样本的rDNA基因内转录间ITS片段进行PCR扩增并测序验证;同时应用同工酶电泳对菌丝体的酯酶、过氧化物酶和超氧化物歧化酶进行分析。【结果】通过GenBank数据库搜索和序列比对分析,两株菌株ITS序列相似度达到99%;菌丝体的酯酶、过氧化物酶和超氧化物歧化酶同工酶电泳检测无差异。【结论】杏A和杏B菌株为同一菌株,在分子水平上差异不明显。     

Two closely linked rice U14 boxC/D snoRNAs

By analysis of the conserved elements in yeast U14 boxC/D snoRNA. the conserved elements in rice U14 boxC/D snoRNA have been speculated. Through computer search of the international rice genome database, two rice U14 snoRNA gene candidates are obtained. These two putative U14 snoRNA genes are closely linked on rice chromosome 2. The coding sequences of these two snoR-NAs exhibit the hallmark structure of boxC/D antisense snoRNA. They both have conserved boxC and boxD sequences and a 14nt-long complement to the sequence between 414nt and 427nt of rice 18S rRNA (according to GenBank accession no. X00755). The experimental evidence shows that these two snoRNAs are involved in the methylation of the complementary sequence of rice 18S rRNA. The existence and localization of these two snoRNAs are proved by RT-PCR and Northern blot. Further analysis shows that both of the newly found rice snoRNAs have high homology with maize U14 snoRNA. and they are named rice U14.1 snoRNA and U14.2 snoRNA respectively. The gene sequence encoding these two snoRNAs has been deposited in the GenBank database under accession number of AF332622.     

两株银杉根际土壤真菌的分离与分子鉴定

对银杉根际土壤中的真菌进行培养分离,得到了形态上很相似的两株真菌F-1和F-2.在基于形态特征鉴定困难的情况之下,对真菌F-1和F-2的rDNA ITS区进行PCR扩增和测序.真菌F-1和F-2的ITS序列与来自于10个属30个种的不同真菌的ITS序列进行序列比较和系统发育分析,结果表明:真菌F-1属于木霉属(Trichoderma),真菌F-2属于被孢霉属(Mortierella).结果表明,基于分子水平的鉴定方法具有快速、准确、简便、高效等特点,在真菌鉴定分类研究中起着重要作用.