筛选差异表达基因的方法进展

植入前胚胎差异表达基因的筛选是分离、鉴定发育相关基因的关键 ,是克隆动物发育分子机理研究的基础 .哺乳动物植入前胚胎和克隆胚胎材料的获得十分不易 ,使得筛选差异表达基因的方法在该领域的应用均受到较大的限制 .以DDRT -PCR为基础的单胚mRNA差异表达技术的建立 ,为克隆植入前胚胎发育相关基因及哺乳动物克隆胚胎发育分子机理研究提供有力的工具 ,本文将在多年研究基础上对该技术及目前筛选差异表达基因的方法进行综述 .     

mRNA差异显示技术研究低温条件下深黄被孢霉基因的表达差异

mRNA差异显示技术已经广泛应用于研究植物、动物和微生物在各种环境条件下基因的差异表达研究.研究以15℃和30℃培养的深黄被孢霉M6-22菌体为材料,利用mRNA差异显示技术研究两种培养条件下基因的表达差异.经实时荧光定量PCR验证,共获得7条差异片段,相似性搜索结果表明它们是6-磷酸葡萄糖异构酶、单糖核苷酸转运蛋白、Ras1鸟苷酸转移因子、依赖于NAD的苹果酸脱氢酶、Δ12-脂肪酸脱氢酶、CLK4关联的丝氨酸/精氨酸丰富蛋白和假定蛋白,涉及糖酵解、蛋白质修饰、信号传导、脂肪酸合成和mRNA加工等生命过程,表明深黄被孢霉M6-22低温适应性是多种途径协同调控的结果.     

白粉菌诱导的小麦品种Brock的差异表达基因解析

为了解抗病小麦品种Brock对白粉菌的抗性机制,采用m RNA差异显示技术(DDRT-PCR)和反向Northern杂交技术分析小麦Brock在白粉菌诱导下的差异表达基因.对照组共获得5 072个片段,诱导组获得5 366个片段,反向Northern杂交筛选后,获得94个差异表达片段.基因测序和Blast比对后,共有71个片段得到功能注释,涉及抗病防御相关基因、能量代谢相关基因、转录因子、次级代谢相关基因以及信号转导基因等.选取与RPP13同源的片段7和与MYB44同源的片段10进行半定量表达模式分析,发现白粉菌诱导后这2个基因的表达明显上调,在染菌8 h后达到峰值,表明二者可能参与Brock白粉菌侵染的早期应答反应.     

用差异显示反转录PCR银染技术研究小鼠前胃癌相关基因

目的:以N-亚硝基-肌氨酸乙酯(NSEE)作为诱变剂建立NIH小鼠前胃癌动物模型,研究小鼠前胃癌差异表达基因,探索细胞癌变的分子机理.方法:采用mRNA差异显示(DDRT-PCR)、反向Northern点杂交、克隆、测序和生物信息学分析等方法,对其癌变组织中差异表达的基因进行系统的研究分析.结果:得到5条在小鼠前胃正常对照组织、癌变组织之间差异表达的cDNA片段.筛选后,对其中3个差异条带进行DNA序列测定,有1个与已知基因Tpt1高度同源,2个与同1基因片段AK085193.1高度同源.提示这2个基因与小鼠前胃癌的形成有关.     

以mRNA差异显示法分离牙鲆白化相关基因的初步研究

以正常和白化牙鲆表皮组织总RNA为模板,用Oligo d(T)13M(M分别为A、C、G)3种锚定引物和26种差异显示随机引物组合进行差异显示,PAGE凝胶电泳后,用新型高灵敏度核酸荧光染料SYBR GREEN I显示差异DNA条带,得到区分度较好的差异表达图谱,共分离49条牙鲆白化相关DNA片段,片段长度260～800bp左右,经克隆测序后将可作为新的ESTs进行同源序列比较.     

利用PLS-VIP方法筛选差异表达基因

提出一种基于变量权重寻找差异表达基因的新方法。该方法的最终目的是从微阵列数据中抽取出核心变量（基因）。将该种方法抽取出的差异表达基因判别样本的能力和普通的PLS方法以及判别最小二乘方法进行比较,结果表明该方法的错误率明显低于其他两种传统方法。因此,PLS-VIP方法是一种较为合适的抽取差异表达基因并判别样本的方法。     

用差异显示技术分离空心莲子草抗旱相关基因

采用mRNA差异显示技术,分离空心莲子草在干旱胁迫1 d后差异表达的基因,获得139个基因片段.经过Reverse Northern检测,初步证实有两个片段受干旱诱导表达上调.对其中一个片断克隆测序并进行核甘酸序列比对,显示与其他基因同源性都很低,表明可能是新的基因.半定量PCR技术证实该基因受干旱诱导表达上调.     

头颈部鳞状细胞癌差异表达基因分析

头颈部鳞状细胞癌是最常见的恶性肿瘤之一,病死率很高。本文从美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载头颈鳞癌的基因表达数据和临床数据,筛选HPV阳性和HPV阴性的头颈鳞癌组织之间与患者生存相关的差异表达基因,然后参考COSMIC和TSGene2.0数据库中的原癌基因和抑癌基因信息,挑选出可能使HPV阳性头颈鳞癌患者的预后优于HPV阴性头颈鳞癌患者的预后的基因。根据生存分析找到MAP4K1、IKZF3、MZB1、TSPAN32、CCND1、CDK6和WT1与HPV相关的头颈鳞癌的预后相关,为头颈鳞癌的临床诊断和治疗提供潜在的靶点。     

乳腺癌脑转移差异表达基因的生物学功能分析

乳腺癌脑转移(breast cancer brain metastasis,BCBM)的发病机制尚未明确。为了探究BCBM的发病机制,对BCBM差异表达基因的生物学功能进行研究并筛选关键调控基因。从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)下载4个BCBM基因表达谱数据(GSE12237、GSE100534、GSE125989以及GSE43837),采用R语言筛选差异表达基因,采用富集分析包括基因本体分析(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书分析(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)进行生物学功能分析,采用STRING和Cytoscape分析蛋白质相互作用网络,采用Kaplan-Meier进行生存分析。结果表明,同时存在于2个及以上基因表达谱数据中的差异表达基因261个,GO分析主要涉及细胞外基质组织、细胞外结构组织等生物过程,细胞外基质结构组成、胶原结合等分子功能,含有胶原的细胞外基质、胶原蛋白三聚物等细胞组分;KEGG分析主要涉及蛋白质消化和吸收、局部黏附等通路。蛋白质相互作用网络分析得到9个关键调控基因,其中,DCN、COL6A1与BCBM的生存率显著相关,可作为潜在的BCBM关键调控基因,并为BCBM分子机制的研究提供思路。     

济宁铁矿矿床成因探讨

济宁铁矿属于鲁西地区前寒武纪条带状含铁建造（BIF）,呈条带状赋存于济宁岩群中。它与赋存于泰山岩群中的前寒武纪条带状含铁建造相比既有相同点又有其独特之处。从矿床特征、地球化学特征、成矿物质来源、铁的迁移与富集等方面对济宁铁矿矿床成因进行了探讨,指出济宁铁矿是山东境内的新类型铁矿,它的成矿物质主要来源于侵蚀状态下的太古宙克拉通绿岩带。     

成都麻羊的保种与利用

成都麻羊是优良地方山羊品种,对我国山羊品种的改良和新品种培育起了重要作用,尚需对其进行保种和利用研究．根据当代动物保种模式（活体保种、冻精冻胚保存、体细胞保存和分子标记辅助保存）,结合成都麻羊的现状,以活体保种和利用为宜．在成都麻羊主产区,对丘陵型和山地型成都麻羊开展本品种选育,建立三级繁育体系,加强饲养管理,不断提高品种的生产性能,向市场推广优秀种羊,在成都麻羊非主产区,引入波尔山羊作控制性试验,引入波尔山羊产肉性能高的基因,既能保留成都麻羊肉质细嫩、味鲜可口、膻味轻、板皮品质好和适应当地生态条件等优良基因,又能克服波尔山羊肌纤维较粗的缺点,以不断提高成都麻羊产肉力,达到保种、提高和利用的目的．     

济宁市羽毛球运动发展现状分析与对策

羽毛球在济宁市一些地区开展的较为普遍。本文从羽毛球发展现状入手,分析在济宁市存在的问题,探讨如何促进羽毛球运动在济宁市更好地推广,从促进羽毛球运动的进一步开展。     

改进的灰色聚类方法及应用

基于灰色聚类分析理论，采用区间化算予对聚类对象的特性指标规范化，改进了白化权函数的选取方法．通过选择规范的白化权函数，使得每一个评判子类对所有的指标只需设定一种白化权函数．新方法不仅解决了传统的灰色聚类方法计算复杂的缺点，而且有效地克服了当聚类指标的意义、量纲不同，且在数量上悬殊较大时，采用传统的灰色聚类方法可能导致的某些特性指标参与聚类的作用十分微弱的局限性．通过具体的应用实例验证了该方法的有效性．     

基于核和灰度的区间灰数行列式的若干性质

为了简化区间灰数行列式的运算,完善区间灰数的运算和灰数代数系统的理论基础,利用区间灰数的简化形式探讨区间灰数行列式的性质,得到了基于核和灰度的区间灰数行列式的若干性质,简化了区间灰数行列式的运算,为进一步探讨区间灰数矩阵及区间灰数线性方程组奠定了基础.     

水资源灰色供需协调分析方法浅说

对水资源供需分析方法进行了简要地总结与回顾,在此基础上重点剖析了一种基于灰色系统理论的灰色供需协调分析方法的基本思路、特点和简单算法,并且结合西安市的实际给出了该方法的一个简单算例,以说明该方法的实用价值。     

基于GS理论的高校信息化综合评价模型研究

根据高校信息化的特点并借鉴相关研究成果,构建了适合中国高校信息化评价的指标体系.在此基础上,建立了基于灰色理论的评价模型,运用该模型对高校信息化水平进行了算例分析,为高校信息化评价探索了新的方法.     

基于灰色理论的储粮害虫图像边缘检测方法

首先确定参考序列和比较序列,然后计算以各像素为中心的比较序列与参考序列的灰色关联度,将其与选定阈值作比较,最终判断该点是否为边缘点。与传统边缘检测算法相比,该方法对256灰度级粮虫图像能检测到连续、有效的边缘信息,且能较好保留图像细节信息,对二值含噪图像具有较强抗噪性。     

基于灰色系统理论的区域科技竞争力比较

提出区域科技竞争力的内涵,构造科技竞争力评价指标体系,基于灰色系统理论的关联度分析方法,对我国长江三角洲、珠江三角洲和环渤海经济圈三大经济区域的科技竞争力进行了比较分析,提出了相应的对策建议。     

基于灰色关联度的多目标决策模型与应用

基于灰色关联度理论,运用因素的灰色关联度确定指标权重,以方案的加权灰色关联度作为评判准则建立了一种多目标决策模型,并通过实例说明了该模型的实用性和有效性。