刺参CT/AG微卫星标记的筛选

利用5’锚定引物PCT筛选刺参的CT/AG微卫星分子标记,测序的43个克隆子中,42条序列含有微卫星DNA序列,阳性克隆比率达到97.7%。去除重复序列后,共检测到56个微卫星位点,分布于26条序列中,其中25条序列检测到2个或2个以上微卫星位点。对所有筛选到的微卫星位点进行分类统计后表明,核心序列为(CT/AG)的有51个(91.1%),5个位点为其他类型的重复。结果表明:刺参CT/AG微卫星标记在刺参基因组中含量较丰富,5’锚定引物法在筛选特定标记的同时,还筛选了其他类型的微卫星标记,具有较强的筛选效率。     

鳜鱼基因组(AC)n微卫星富集文库的构建与鉴定

鳜鱼基因组DNA经MseI酶切后,与MseI接头连接,用链霉素和素磁珠亲和捕捉与生物素标记的微卫星寡核苷酸探针(CA)8杂交,杂交复合物通过变性洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEM-T 载体上,转化至大肠杆菌DH5α中,首次成功构建鳜鱼(Siniperca chuatsi)基因组(AC)n重复类型的微卫星富集文库.测序结果表明,阳性克隆率为60%,说明构建的鳜鱼基因组微卫星富集文库是一个高质量的文库.鳜鱼富集微卫星文库的建立将为下一步进行鳜鱼微卫星标记的筛选提供了有效的工具.     

SSR标记分离技术的研究概况

SSR标记是植物中目前运用的最广泛的分子标记之一，广泛地运用于植物种质鉴定、分子标记连锁图的构建和群体遗传学等诸多领域．由于SSR为共显性标记，可以区分纯合、杂合基因型，因而得到更广泛的应用．目前出现了有筛选文库、筛选富集文库、与其他现有技术结合、STMP技术等SSR标记方法．在这些技术中，目前运用最广泛而且比较成熟的方法是筛选富集文库的方法，STMP技术是目前效率最高的分离单个微卫星位点的方法，可以开发SSR标记．本文对这些技术的原理作了论述．     

中药植物玉竹微卫星标记的筛选及遗传多样性分析

利用磁珠富集法构建玉竹的微卫星文库,用筛选出的微卫星引物对玉竹样品进行遗传多样性分析。根据链亲和素磁珠和生物素特异结合的特性,用3’端生物素标记的探针与两端连接已知序列人工接头的玉竹基因组DNA酶切片段杂交,杂交复合物结合到包被有链亲和素的磁珠上,洗脱并收集吸附在磁珠上的含有微卫星的片段。经过克隆和测序,再根据微卫星两侧的保守序列设计引物,最后利用从中筛选出的微卫星引物对玉竹种群进行遗传学分析。从基因组微卫星富集文库中分离出9个多态微卫星位点,来自3个玉竹种群的40个个体的多态性显示,每个位点的等位基因数从3到6个不等,观察杂合度范围为0000～0.875,预期杂合度范围为0.520～0.760,多态信息含量范围为0.066～0.687。9个多态位点经哈温平衡检测结果显示有5个位点符合哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)平衡,其余4个位点显著偏离哈温平衡(P0.05)。这可能是存在无效等位基因和或近亲繁殖效应的结果,鉴定出的微卫星遗传标记可以在玉竹的遗传多样性和种群遗传结构的评价中具有潜在的应用价值。     

藏羚羊(AAC)_n微卫星富集文库构建与引物筛选

基于磁珠富集法,利用生物素标记的寡核苷酸探针(AAC)8从藏羚羊(Tibetan antelope)基因组酶切的300~1000bp片段中筛选微卫星位点,纯化的富集片段连接到pCR@2.1载体和转化到Trans5α感受态细胞.随机挑取180个白斑克隆,PCR检测到条带数大于或等于2的阳性克隆为56个,阳性率为31.1%.对阳性克隆测序,获得43条含微卫星座位的序列,微卫星重复次数在5~20次之间.舍弃不适宜设计引物的微卫星座位,试验设计并合成了20对微卫星引物;以3个样点(青海、新疆、西藏)的24个藏羚羊基因组为模板进行PCR扩增,获得8对可得到稳定扩增产物的微卫星引物,其中4对引物的扩增产物具有多态性,座位分别为AAC050、AAC056、AAC165和AAC477.上述引物可用于藏羚羊及近缘物种的遗传多样性、种群遗传结构等研究.     

微卫星与生化位点法对BALB/c小鼠遗传检测比较分析

目的 应用微卫星DNA标记检测BALB/c小鼠的遗传质量,并与现行国家标准生化标记法进行比较,探讨其在近交系小鼠遗传监测中的应用,为建立微卫星DNA检测方法奠定基础。方法 采用20个微卫星基因位点和毛细管电泳技术对BALB/c小鼠进行遗传质量检测,同时采用现行国家标准生化标记法进行检测比较分析。结果 各样品20个微卫星基因位点DNA片段大小相同,没有新的等位基因出现;生化标记检测结果亦显示Akp1等14个生化标记基因均为纯合,个体间生化标记表型均一致,根据国家标准符合品系特征。微卫星DNA标记检测结果与生化标记检测结果一致。结论 微卫星DNA标记可准确可靠、方便快捷地检测近交系小鼠遗传质量,本研究所选的20个微卫星基因位点可用于BALB/c小鼠遗传质量监测。     

雌核发育棕点石斑鱼EST-SSR的开发验证

通过人工雌核发育棕点石斑鱼(Epinephelus fuscogutatus)的转录组序列,共获得了24 359个微卫星位点,棕点石斑鱼转录组的微卫星重复基序具有不同的分布特征,其中以单碱基(34.05%)、二碱基(37.58%)和三碱基(22.75%)为主要的EST-SSR基序重复类型.根据微卫星引物设计原则,随机筛选了93个EST-SSR位点来进行引物合成和多态性检测,最终开发了48个具有多态性的微卫星标记,并在不同棕点石斑鱼群体中进行了初步的验证.结果显示:每个位点等位基因数(Na)为2～22,平均等位基因数为9;观测杂合度(H_0)为0.111～1.000,期望杂合度(He)为0.636～0.940;多态信息含量(PIC)为0.538～0.922个,表明48个EST-SSR位点均表现出高多态性(PIC 0.5).结果表明:基于雌核发育棕点石斑鱼转录组数据,开发微卫星标记是可行的.本研究所开发的具有多态性的微卫星标记可应用于棕点石斑鱼及其近缘种的遗传多样性分析和分子标记辅助育种研究.     

SSR标记技术在植物基因组研究上的应用

SSR也称作微卫星DNA,是一种广泛应用的分子标记技术。SSR具有丰富的多态性,基于这种多态性,可以对植物基因组进行分析筛选;SSR的检测方法快速、技术简便。目前,这项技术已用于多种植物的基因组研究,如基因定位及遗传图谱的建立、数量性状标记、杂种优势的利用等。在一些重要的农作物中,已定为了丰富的SSR位点。随着技术的发展,基于SSR技术的新的标记方法不断出现,如：ISSR、RAMP、REMAP。概述了SSR标记技术的原理和特点;介绍了与实验相关的技术和方法;着重整理了近年来在SSR技术上发展起来的新的标记方法;探讨了SSR在植物基因组研究中的应用。     

微卫星标记引物的开发及其在棉花中的应用

本文综述了微卫星标记引物开发的三类主要方法:构建基因组文库筛选的方法、直接PCR扩增为基础的方法、数据库筛选为基础的方法。概述了每种方法的实验步骤,总结了其优缺点,提出了新的发展思路,并简述了微卫星标记在棉花中的最新应用情况。     

封闭群长爪沙鼠遗传标准的建立

目的 建立封闭群长爪沙鼠遗传质量标准和遗传质量检测方法。方法根据群体遗传学理论,参照实验动物哺乳类实验动物的遗传质量控制（GBl4923—2001）,在查阅大量文献资料的基础上,建立封闭群长爪沙鼠遗传标准。检测方法采用微卫星标记分析技术。从GeneBank中挑选出的536个小鼠微卫星位点对长爪沙鼠基因组DNA进行PCR扩增得到135个长爪沙鼠微卫星,并优化PCR扩增条件,通过琼脂糖电泳和STR扫描二级筛选,根据位点在染色体分布情况、等位基因数目和多态性等优化出适于封闭群长爪沙鼠遗传检测的微卫星位点组合,建立检测方法。结果初步建立了封闭群长爪沙鼠遗传质量标准和检测方法。     

封闭群实验用小型猪遗传标准的建立

目的建立封闭群实验用小型猪遗传质量标准和遗传质量检测方法。方法根据群体遗传学理论。参照实 验动物哺乳类实验动物的遗传质量控制(GB 14923-2001),在查阅大量文献资料的基础上,建立封闭群实验用小型 猪遗传标准。检测方法采用微卫星标记分析技术。从GeneBank中挑选出的100个猪微卫星位点进行PCR扩增和 条件优化,通过琼脂糖电泳、聚丙烯酰胺电泳和STR扫描三级筛选．根据位点在染色体分布情况和等位基因数目、 多态性等优化出适于封闭群实验用小型猪遗传检测的微卫星位点组合,建立检测方法。结果初步建立了封闭群 实验用小型猪遗传质量标准和检测方法。     

跨物种筛选黄毛鼠的微卫星分子标记

利用微卫星引物侧翼序列具有保守性的特点进行了跨物种筛选黄毛鼠微卫星引物的研究.选取60对大鼠、小鼠已知的微卫星位点引物,对黄毛鼠的基因组DNA进行了PCR扩增,通过琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰氨凝胶电泳及基因扫描技术筛选了适合黄毛鼠的多态性位点引物.研究结果显示,60对微卫星位点引物中,17对引物能够稳定扩增,其中8对引物的多态信息含量(PIC)均大于0.5,为高度多态性引物.研究筛选到的微卫星位点可为后期黄毛鼠的种群遗传学研究提供参考.     

黄缘闭壳龟微卫星分子标记的开发及遗传多样性分析

采用FIASCO法构建了黄缘闭壳龟基因组微卫星富集文库,开发了18个具有多态性的微卫星分子标记. 18个位点的等位基因数目为2~14个不等,每个位点平均等位基因数为6.3个;观测杂合度在0.032和0.936之间变化(平均值为0.329),期望杂合度在0.148和0.903之间变化(平均值为0.635).黄缘闭壳龟微卫星分子标记的开发,将为其遗传学和种群结构分析研究提供有力的分子工具,并为制定新的保护策略提供理论依据.     

曼氏无针乌贼微卫星DNA富集文库构建与鉴定

曼氏无针乌贼是我国四大海产之一,开发其微卫星标记具有重要的科研与应用价值。本研究采用FIASCO法(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)构建了曼氏无针乌贼的(CA)n微卫星富集文库,通过PCR检测出640个阳性克隆,占所有克隆的87%,从阳性克隆中随机选取118个进行测序,序列分析发现,103个克隆含有7次以上的重复序列,其中完全的为67(65%)个,不完全的23个(22.3%),复合的为13(12.7%)个,重复次数范围为7~59次,平均为38次。在103个序列中共42条可以设计引物,所筛选出的引物可以用于评估曼氏无针乌贼种质资源遗传多样性、遗传结构、亲子鉴定以及放流效果评估等。     

应用T载体连接PCR技术分离黄嘴白鹭微卫星位点

传统的微卫星分离策略对于低丰度的物种如鸟类而言,通常是低效的.探讨了一种改良的T载体PCR序列获取法用于黄嘴白鹭(Egretta eulophotes)微卫星DNA的分离,称为T载体连接PCR(T-vector-ligation PCR,TVL-PCR).在获取第一侧微卫星序列的71个阳性克隆中,59个克隆含有重复序列,设计了48对位点特异巢式引物.经过两轮TVL-PCR后,31个位点的扩增产物为预期大小,经测序后获得21个完整的微卫星位点.除去侧翼序列过短和小卫星位点外,设计16个微卫星位点进行多态信息检测,其中7个位点显示出多态性,平均等位基因数为2～20,观察杂合度(HO)和期望杂合度(HE)分别为0.375～0.958和0.477～0.956,所有位点都符合哈迪-温伯格平衡(HWE)和连锁平衡.说明TVL-PCR技术对低丰度微卫星物种的位点分离具有一定的应用价值.     

封闭群比格犬微卫星的筛选及初步应用

摘要:目的 筛选可用于比格犬遗传检测的微卫星位点,并对小型比格犬群体进行了遗传结构分析。 方法 选取来自文献的微卫星位点 120 个,包括比格犬位点 23 个和其他犬类遗传检测的位点 97 个。 用 DNA 池对这些位点进行 PCR 条件优化后,挑选扩增效果优良的位点对常用比格犬群体进行荧光标记 STR 扫描和群体遗传结构分析,依据期望杂合度( He)和香农指数挑选符合要求微卫星位点计算群体遗传参数。 结果 在候选的 120 个位点中共有73 个位点扩增效果优良,STR 扫描后选用 49 个位点进行遗传分析,结果显示该群体有效等位基因数、期望杂合度、平均杂合度、香农指数、多态性信息含量分别为 4. 9230、0. 7574、0. 7375、1. 6625、0. 7038,证明该群体遗传多态信息丰富,群体遗传多样性高。 结论 所选 49 个微卫星位点可用于比格犬遗传检测,这些位点还需用更多群体进行验证和优化。     

基于高通量测序的鹿角杯形珊瑚微卫星标记的开发

为了更深入开展珊瑚遗传结构及其多样性研究,本研究采用高通量测序对鹿角杯形珊瑚进行微卫星标记的开发。首先用人工白化的方法获得污染较低的鹿角杯形珊瑚,然后使用该样品DNA,基于高通量测序平台对鹿角杯形珊瑚简化基因组进行了测序,最终设计得到鹿角杯形珊瑚微卫星引物2 786对。利用海南三亚鹿角杯形珊瑚对其中6对多态性较高的微卫星标记进行了评价。每个微卫星位点的有效等位基因数(Ne)为2.198～5.000;观测杂合度(Ho)为0.531～0.875;期望杂合度(He)为0.512～0.816;Shannon多样性指数为0.856～1.829;多态信息含量(PIC)为0.441～0.777,其中有4对微卫星标记呈现为高度多态性(PIC 0.5),2对微卫星标记为中度多态性。经过Bonferroni校正后,只有微卫星标记LB11偏离哈迪—温伯格平衡;连锁不平衡检验结果表明,位点之间不存在连锁不平衡现象。     

利用多重PCR进行鸡全基因组扫描

应用多重PCR结合半自动化荧光标记DNA分析技术从328个微卫星标记中筛选出分布于23条常染色体及1条性染色体(Z染色体)、覆盖3080cM、包含在30个引物组合中的170个多态微卫星标记,平均标记密度为18cM,并优化了这些引物组合的反应条件.筛选出的这些多态微卫星标记在本实验群体中符合Mendel遗传定律,可应用于鸡的连锁图谱分析及重要经济数量性状的定位研究,     

基于高通量测序的沼泽山雀简化基因组微卫星位点的开发

沼泽山雀是一种广域分布物种,目前关于该物种的微卫星位点信息较少.高通量测序技术因其获得微卫星序列更加低廉、高效而逐渐被用于微卫星筛选当中.实验选取Illumina Mi Seq高通量测序平台对沼泽山雀简化基因组进行了测序,共得到2.84M读长,共开发113 519个SLAF标签;利用MISA对所得的112 558条有效序列进行微卫星片段搜索,最终成功搜索出2 471个微卫星位点,总分布密度为870.07个/M.大量的微卫星位点为微卫星的进一步筛选提供了丰富的材料,有利于沼泽山雀后续遗传学水平方面的研究.     

利用优选的微卫星标记建立常用大小鼠品系的遗传监测体系

摘要 目的 利用微卫星位点在不同近交系小鼠、大鼠中可能具有的多态性,分别筛选出可以一次性区别5种常用近交系小鼠和3种常用近交系大鼠的微卫星引物组合,为近交系小鼠和大鼠的遗传监测分析提供高效的微卫星位点与简易可靠的鉴定条件。 方法 通过查询相关数据库以及文献报道,按照已有明确的微卫星实验数据记录为原则,进行比对和筛选,组成了小鼠37 个和大鼠24个微卫星位点库。 通过PCR扩增和5%琼脂糖电泳鉴定,优化筛选出可以区分单一品系和所有品系的微卫星位点组合。 结果 小鼠优选出11个位点可用于5种常用近交系的鉴定,并建立了1个包含6个微卫星位点的库可用于5种小鼠品系的遗传监测;大鼠优选出6个微卫星位点,可用于3种常用近交系的监测。 结论 成功建立了一套可以区分常用5种小鼠和3种大鼠品系的微卫星监测方法。