新疆猪瘟病毒分子流行病的研究

采用RT-PCR方法从新疆临床发病猪场采集的病料中扩增了CSFV流行株E2基因的主要抗原位点编码区，测定了15株CSFV的核苷酸序列。应用DNAstar计算机软件对6个地区6个代表株CSFV的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行了比较分析，结果表明：新疆6株CSFV流行株与猪瘟兔化弱毒株(C株)核苷酸序列的同源性为80．9％～82．8％，氨基酸的同源性为86．2％～88．3％，说明新疆CSFV流行株E2基因发生了部分变异，与疫苗株相比抗原性产生一定的差异。     

黑曲霉(Aspergillus niger)三磷酸甘油醛脱氢酶基因(GPD)的序列测定与同源性分析

ｐＡＮＧＰＤ是用构巢曲霉ＧＰＤ基因片段为探针,从黑曲霉基因组文库中筛选到的一个三磷酸甘油醛脱氢酶基因（ＧＰＤ）阳性克隆．作者对该阳性克隆进行了亚克隆和序列测定,结果表明,基因片段总长２４４１个核苷酸（ｎ．ｔ）,其中５’－端非编码区长９８１ｎ．ｔ,编码区（从起始密码子ＡＴＧ到终止密码子ＴＡＧ）长１４４６ｎ．ｔ,３’－端非编码区长２４ｎ．ｔ,基因启动子区含有ｇｐｄ－盒和ＣＴ－盒序列,但无明显的ＣＡＡＴ盒和ＴＡＴＡ盒序列．ＧＰＤ基因由７个外显子和７个内含子构成,外显子全长１００８ｎ．ｔ,编码的蛋白质长３３６个氨基酸残基．通过序列比较分析,发现该基因与构巢曲霉的ＧＰＤ基因有许多相似之处;它们的基因启动子序列都含有ｇｐｄ－盒和ＣＴ－盒,其同源性分别为９６％和６５％;推测的两个ＧＰＤ蛋白的氨基酸同源性高达９０％;两个基因所含内含子数目及位置相同．     

新城疫病毒HB92株NP基因序列测定和分析

对NDV HB92株NP基因进行了序列测定和分析．结果显示，NDV HB92株NP基因全长1744个核苷酸，开放阅读框共1470个核苷酸，编码489个氨基酸；与其他10株NDV NP基因核苷酸同源性为88．3％～99．1％，氨基酸同源性为91．0％～98．9％；但HB92株与其亲本株QV4的核苷酸和氨基酸同源性只有90．3％和95．0％，不如与弱毒和中毒株的高；系统进化分析表明，HB92株与弱毒和中毒株的进化关系更近．以上结果表明，HB92株NP基因在序列上已远离无毒株而趋于向弱毒和中毒株进化．     

黄角苔叶绿体rbcL基因编码区的序列分析

测定了黄角苔（Ｐｈａｅｏｃｅｒｏｓｌａｅｖｉｓ（Ｌ．）Ｐｒｏｓｋ）叶绿体ｒｂｃＬ基因编码区的１３９８个核苷酸序列,并且由此推导出对应的氨基酸序列．此基因中密码子的第２和第３位上Ａ／Ｔ所占的比例较高,分别为５３６％和７７５％．黄角苔ｒｂｃＬ基因的编码区与花旗松、菠菜、玉米和雷氏衣藻间在核苷酸序列上的同源性分别为８４０％,８１５％,７９３％和７６３％;在氨基酸序列上的同源性分别为９１．０％,８９．９％,８８．５％和８９．３％．为研究角苔植物的系统发育提供了核苷酸序列方面的资料．     

一种非洲番茄黄化曲叶病毒DNA的克隆

用ＰＣＲ获得了非洲塞内加尔番茄黄化曲叶病毒（ＴＹＬＣＶ－ＳＥＮ）的全长ＤＮＡＡ，并进行了克隆和部分序列分析，ＤＮＡ序列分析的序列并１３５９ｂｐ，包括外壳蛋白基因，ＡＶ１基因，基因间区（ＩＲ）及部分复制酶基因，计算机分析显示：ＴＹＬＣＶ－ＳＥＮ与其他亚组ＩＩＩ及生理病毒相比，外壳蛋白氨基酸同源性为６７％～８３．４％，ＡＶ１基物氨基酸同源性为６１％～８４％，ＩＲ最大同源性为６０％～６８％，且与非洲和中     

SlNPV PK基因的部分序列分析

ＳｌＮＰＶ基因组ＤＮＡ的ＨｉｎｄⅢ－Ｘｂａ片段上含有部分的ＰＫ基因，ＳｌＮＰＶＰＫ的氨基酸序列与ＨａＮＰＶ，ＨｚＮＰＶＳｐｌｉＮＰＶ，ＡｆＮＰＶ，ＡｃＮＩＶ，ＬｄＮＰＶＰＫ氨基酸序列的同源性分别为４５％，４４％，８９％，３７％，３８％和３７％，其上含有蛋白激酶的特征序列ＩＶＨＡＮＤＶＫＬＥＮＶＬ。     

甜菊钙调蛋白基因的克隆及结构分析

钙调蛋白（Calmodulin）是生物细胞内一种重要的调控蛋白，通过其与靶酶的相互作用控制细胞正常的生长发育及细胞对外界环境变化的反应，我们从甜菊顶芽和花芽中提取总RNA，逆转录合成cDNA第一链，以此为模板，参考GenBank上已发表植物的钙调蛋白基因序列合成5′端和3′端引物，利用多聚酶链式反应（PCR）扩增并克隆得到了甜菊钙调蛋白基因的两个异型基因，序列分析表明，它们均由450个核苷酸组成，编码148个氨基酸，在核苷酸序列上与迄今已知的多种植物钙调蛋白均有很高的同源性，同源率在83％以上，编码的氨基酸序列同源性更同，同源率高达95％以上，这两个基因之间存在差异，其核苷酸序列同源率为85％，编码区的氨基酸序列的同源率为99％，仅在第122个氨基酸由ALA代替了VAL。     

马铃薯天冬氨酸蛋白酶抑制剂基因克隆和结构分析

以马铃薯基因组ＤＮＡ为模板并基于天冬氨酸蛋白酶抑制剂基因的ｃＤＮＡ序列所设计的两个引物，通过ＰＣＲ扩增得到６６６ｂｐ的天冬氨酸蛋白酶抑制剂基因编码区，并将此片段克隆到ｐＵＣ１８的ＳｍａＩ位点．序列分析结果表明该基因除去末端一终止密码子外其可译框架编码２２１个氨基酸残基，前导肽包括３２个氨基酸残基，故该抑制剂的成熟蛋白由１８９个氨基酸组成，第６７位的精氨酸为抑制胰蛋白酶的活性中心．与ｃＤＮＡ相比核苷酸的同源性为９４．３％，氨基酸的同源性为９０％．基因ＤＮＡ无内含子．     

甜瓜多聚半乳糖醛酸酶基因cDNA的克隆和序列分析

以甜瓜品种河套蜜瓜成熟果实mRNA为模板，经反转录合成和PCR扩增得到编码多聚半乳糖醛酸酶(Polygalacturonase，PG)基因全长cDNA，将其克隆于pUC19质粒中获得重组质粒pCMPG．此cDNA长1183bp，包括一个393个氨基酸残基组成的开放阅读框架，与已报道的甜瓜PG基因cDNA核苷酸序列比较同源性为99．3％，相应的氨基酸的同源性为98．5％．     

野蚕DHPBAN基因启动子的克隆及序列分析

为研究昆虫滞育激素性信息素合成激活肽基因在进化过程中的变化以及基因表达调控的异同,用ＰＣＲ方法克隆了野蚕的ＤＨＰＢＡＮ基因的启动子并测序,这是第二个被克隆的昆虫ＤＨＰＢＡＮ基因启动子．与家蚕相比,在核苷酸水平上同源性达９４％．野蚕ＤＨＰＢＡＮ基因启动子的ＴＡＴＡ框的保守序列为ＴＡＴＡＴＡＡＡ,位于－４７—－４０处;ＣＡＡＴ框是ＧＧＣＣＣＡＴＣＴ,位于－８３—－７５处;野蚕与家蚕一样具有ＴＡＡＴ保守序列,这段序列是一类调控蛋白的结合核心位点,家蚕的位于－１８５—－１７６,野蚕的位于－１７６—－１６７．在－６４—－５６部位,核苷酸序列表现出较大的不同．     

大熊猫IL-2基因的克隆与序列分析

本实验应用反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）技术，从ConA诱导培养的大熊猫外周血淋巴细胞总RNA中扩增得到大熊猫IL-2基因，并将其克隆到PGEM-T载体中．经菌落PER鉴定、序列测定及序列分析，结果表明，经克隆得到的IL-2基因开放阅读框由465个核苷酸组成，编码一个由155个氮基酸组成的多肽，包括编码20个氨基酸的信号肽和135个氨基酸的成熟肽，该基因（已在Genbank中登录，序列号为：DQ852339）与已知的其他哺乳动物如犬、猫、人、猪、牛、羊、马、兔、鼠等的IL-2核苷酸同源性在66.5％（鼠）～91．5％（犬）之间；IL-2编码氨基酸同源性在54．8％（鼠）-85．2％（犬）之间；进化树构建结果表明大熊猫与犬亲缘关系最近．     

蒙古鮊ob基因的克隆与组织表达特异性的初步研究

根据已知的人和鼠ob基因序列设计引物,通过运用RT-PCR技术首次从蒙古鮊脂肪组织的RNA中扩增获得ob基因片段,并经序列分析证实为ob基因编码区438 bp的序列.不同物种同源性比较表明ob基因序列具有很高的保守性:蒙古鮊与人、猪和鼠的ob基因核苷酸编码序列的同源性分别为82.9%、84.0%和99.1%;蒙古鮊ob基因编码的蛋白leptin氨基酸序列与人、猪和鼠氨基酸同源性分别为80.8%、78.8%和95.9%.用RT-PCR技术分析组织ob基因的表达特异性,结果表明:ob基因在脂肪和肝脏组织中的表达量最大,在心脏、脾脏、肌肉、脑、卵巢中的表达量次之,在肾脏中仅微量表达,而在精巢和肠道组织中则不表达.     

南阳黄牛CD14基因扩增及序列分析

根据GenBank发表的荷斯坦奶牛CD14基因的序列设计引物,通过PCR方法对南阳黄牛的CD14基因进行分段扩增并测序,拼接后得到包含CD14完整编码区以及5’端和3’端非编码区的2 969 bp的全序列。序列分析结果表明:南阳黄牛CD14基因开放阅读框全长966 bp,共编码321个氨基酸,碱基组成分别为A(18.4%)、T(18.4%)、C(32.9%)、G(30.2%),编码区与荷斯坦奶牛CD14基因相比发生了2个碱基突变,没有引起氨基酸的改变。在5’端和3’端存在较长的非编码区,与荷斯坦奶牛CD14基因相比发生了7个碱基突变。南阳黄牛的CD14基因与荷斯坦奶牛、水牛、绵羊、山羊、猪、猕猴、大猩猩、人、小鼠的同源性依次降低,分别为99.8%、98.2%、96.8%、92.8%、83.5%、79.8%、79.7%、79.5%、71.9%。进化树所得的聚类结果与传统的分类结果一致。通过蛋白质结构预测,发现南阳黄牛CD14没有跨膜结构域。     

人转铁蛋白基因的克隆及序列分析

目的:克隆人转铁蛋白基因并对其编码序列进行分析.方法:以人胎肝cDNA为模板,利用PCR方法克隆人转铁蛋白基因;通过与基因组序列对比分析基因组结构;通过TargetP 1.1和SignalP 3.0预测信号肽;通过Clustal X(1.81)进行蛋白序列联配.结果:PCR扩增了一个长2 160 bp的基因片断,序列分析表明其覆盖了完整编码框,编码由698个氨基酸组成的人转铁蛋白.进一步分析发现人转铁蛋白基因有19个外显子和18个内含子,编码人转铁蛋白N端具有19个氨基酸组成的信号肽序列.人转铁蛋白与猩猩、猴子、兔子和老鼠的转铁蛋白氨基酸相似率分别为94%、91%、78%、73%.生物信息分析表明,人转铁蛋白含有高度保守的参与蛋白二硫键形成的半胱氨酸以及铁离子结合位点,有两个序列较同源的结构域.结论:成功克隆人转铁蛋白基因,人转铁蛋白与其它物种转铁蛋白同源.     

牦牛INHBA基因的克隆及序列分析

根据GenBank检索到的普通牛的INHBA基因序列设计一对特异性引物,以牦牛卵巢组织总RNA为模板,通过RT-PCR技术对牦牛INHBA cDNA进行克隆测序和序列分析.结果表明:扩增片段1360bp,包含1277bp的编码区,编码426个氨基酸.与普通牛相比,牦牛INHBA基因编码区存在2处碱基转化.牦牛与普通牛、绵羊、人、鼠和猪的核苷酸序列同源性分别为99.84%、97.97%、91.41%、87.79%、91.94%,氨基酸序列同源性分别为99.53%、98.82%、95.77%、93.88%、93.88%.蛋白质结构分析显示,INHBA蛋白不易形成α螺旋和跨膜结构,是相对保守的疏水性蛋白.     

人SVOP基因的cDNA克隆及表达

SV2和SVOP都是大鼠中包含有12个跨膜结构域的突触小泡蛋白.笔者从人类大脑的cDNA文库中分离得到了一个类似于大鼠突触小泡蛋白SV2和SVOP的人类新基因的全长cDNA序列,它包含一个含有1 646个核苷酸的开放阅读框,编码一个含548个氨基酸的蛋白质.生物信息学分析表明:该基因定位在第12号染色体的12q24.12区域.Northern杂交结果表明:该基因只在人类大脑组织中表达,且与无脊椎动物线虫、疟蚊和果蝇的同源基因有50%的氨基酸同源性,与脊椎动物大鼠和小鼠的同源基因有90%以上的氨基酸同源性.     

Complete nucleotide sequences of the T24 human bladder carcinoma oncogene and its normal homologue

DNA sequence analysis of the activated oncogene from the T24 human bladder carcinoma line and two alleles of its normal cellular progenitor (c-Ha-ras-1) indicates that the genes encompass at least four exons, and that only a single point mutation residing within the first exon distinguishes the coding region of both alleles of the normal gene from their activated counterpart. Both versions of the gene encode a protein which is predicted to differ from the corresponding viral gene product at three amino acid residues, one of which was previously shown to represent the major site of phosphorylation of the viral polypeptide.