Ag(Ⅰ)-溶菌酶相互作用的光谱学研究

利用紫外可见光谱和红外光谱研究了Ag(Ⅰ)与溶菌酶之间的相互作用和酶微观结构的变化.紫外可见光谱测试表明Ag+与溶菌酶肽链上的C=O存在相互作用,红外光谱测试表明Ag+与溶菌酶结合位点可能为—OH和—NH基团,利用二阶导、自退卷积和谱线拟合技术对溶菌酶红外谱图的酰胺Ⅰ带进行处理并推测其二级结构变化,结果表明:α-螺旋二级结构含量降低,β-折叠二级结构含量增加,与Ag+作用后,溶菌酶的活性没有明显改变.     

大米蛋白质酰胺Ⅲ带三级红外光谱研究

针对大米蛋白质结构及热稳定性的重要理论研究价值及潜在的应用研究价值,开展了蛋白质酰胺Ⅲ带三级红外(IR)光谱研究。首先采用红外(IR)光谱研究了大米的结构。实验发现:大米主要红外吸收官能团包括ν_(asCH2-rice)、ν_(sCH2-rice)、ν_(C=O-rice)、ν_(amide-Ⅰ-rice)、ν_(amide-Ⅱ-rice)和ν_(amide-Ⅲ-rice)。采用变温红外(TD-IR)光谱,进一步开展了大米蛋白质酰胺Ⅲ带ν_(amide-Ⅲ-rice)的研究。实验发现:随着测定温度的升高,大米ν_(amide-Ⅲ-rice)对应的吸收频率出现了红移,而相应的吸收强度进一步降低。最后开展了大米蛋白质酰胺Ⅲ带ν_(amide-Ⅲ)二维红外(2D-IR)光谱研究。实验发现:大米酰胺Ⅲ带ν_(amide-Ⅲ-rice)对应的吸收频率分别为1 214 cm~(-1)(β-折叠结构)、1 270 cm~(-1)(无规卷曲结构)、1 289cm~(-1)(β-转角结构)和1 306 cm~(-1)(α-螺旋结构)。随着测定温度的升高,大米蛋白质二级结构特征吸收峰变化快慢顺序依次为1 306 cm~(-1)(α-螺旋结构)1 270 cm~(-1)(无规卷曲结构) 1 289 cm~(-1)(β-转角结构) 1 214 cm~(-1)(β-折叠结构)。研究结果表明:大米蛋白质的二级结构中α-螺旋结构(1 306 cm~(-1))对于温度比较敏感,而β-折叠结构(1214 cm~(-1))相对较为稳定。本文拓展了三级IR光谱技术在重要的主食(大米)蛋白质二级结构及热稳定性的研究范围。     

冻藏对面筋蛋白二级结构的影响

采用圆二色谱法表征了不同冻藏模式和冻藏时间对小麦面筋蛋白二级结构的影响.结果表明:在SDS溶液中,未经冻藏的面筋蛋白二级结构主要由β折叠和无规则卷曲组成;当冻藏时间小于60天时,两种冻藏模式对小麦面筋蛋白的二级结构影响不大;恒温冻藏模式中面筋蛋白二级结构在冻藏90天时变化最显著,易溶部分中α螺旋转化为β折叠和β转角,难溶部分中β折叠和β转角转化为α螺旋和无规则卷曲;冻融冻藏模式中面筋蛋白二级结构在冻藏60天时变化最显著,易溶部分中α螺旋转化为β折叠和无规则卷曲,难溶部分中β折叠和β转角转化为α螺旋和无规则卷曲.这说明,在恒温冻藏模式下,只有当冻藏时间达到或超过90天的时候,才对面筋蛋白的二级结构产生影响,而在冻融模式下,冻藏时间仅为60天时便可对面筋蛋白的二级结构产生影响.     

朊蛋白构象变化机制的初步探讨

PrP^c的二级结构发生变化导致部分α－螺旋转变为β－折叠而产生PrP^sc，是导致神经退行性疾病的主要原因。蛋白质多肽链被氧化损伤为自由基，其二级结构发生变化，我们通过量子化学方法b3lyp/6-3lg^**计算出抽氢反应的焓变，以此确定氧化损伤的位点和构象的变化。计算发现，Cα-H键的断裂焓（BDE）较小，易抽氢，且形成的Cα－H自由基导致二面角Φ和Ψ发生明显的变化。这对于解释朊病毒的致病机理和错误折叠很有意义。     

振动探针用于丙氨酸二肽在氯仿溶剂中的结构研究

利用从头算方法探索蛋白质模型分子——丙氨酸二肽在氯仿溶剂环境下的二级结构布居特征.借助对分子结构敏感的振动探针(酰胺振动吸收带)的光谱表象,寻求振动光谱参数与分子结构之间的联系.研究结果表明,丙氨酸二肽分子倾向于形成β折叠、PPⅡ、C7eq和C5等构型.简正模式分析结果表明分子内酰胺振动带对分子骨架变化十分敏感,因此可以将酰胺振动吸收带作为结构探针研究蛋白质分子的二级结构信息.     

hNDR2、mNDR2基因及其蛋白质结构分析研究

基于Internet服务器上的工具软件包对hNDR2和mNDR2两个基因结构进行了分析 ,并对其蛋白质结构进行了预测。结果表明 :hNDR2和mNDR2氨基酸序列具有 91.9%的相似性 ,hNDR2蛋白质二级结构有 9个α螺旋和 11个 β叠片 ,属于α/β折叠类蛋白 ;mNDR2蛋白质二级结构有 9个α螺旋和 12个 β叠片 ,属于α/β折叠类蛋白 ;两者都有一个跨膜螺旋结构     

低能N^＋离子注入对超氧化物歧化酶分子二级结构及其活性的影响

超氧化物歧化酶经低能N 离子注入,应用圆二色光谱分析不同剂量低能N 离子注入对超氧化物歧化酶二级结构的影响,并分析了酶蛋白的二级结构变化对酶活性的影响.结果表明,在1×1015～10×1015ions/cm2范围,N 离子注入对超氧化物歧化酶二级结构产生影响,且不同剂量N 离子注入对超氧化物歧化酶的α-螺旋、β-折叠、β-转角及无规卷曲二级结构单元相对含量的影响程度不同.低能N 离子注入使超氧化物歧化酶的活性增加,酶活性增加与其α-螺旋结构的变化具有较好的关联性.     

pH值对鲑鱼降钙素溶液构象的影响

采用傅里叶变换红外光谱和圆二色谱,测定鲑鱼降钙素在不同pH值水溶液中的构象,并对各种二级结构的含量进行计算.结果表明pH值对鲑鱼降钙素溶液构象有较大影响,pH值从2.0升高到8.0时鲑鱼降钙素溶液中存在β-折叠、β-转角和无序结构,无α-螺旋结构,且各种二级结构的含量随pH值增加而发生变化.当pH值增加到9.0时鲑鱼降钙素溶液中出现α-螺旋结构,且β-折叠和无序结构含量降低到最小值,β-转角含量增加到最大值.以上研究结果提示较低的pH值有助于鲑鱼降钙素的稳定,为进一步阐明pH值对鲑鱼降钙素稳定性的影响提供了依据.     

人类朊蛋白稳定性的流体分子动力学研究（英文）

朊蛋白病,被称为传染性海绵状脑病(TSE),或者致死性神经退行传染病,在人和动物中发病,与α-螺旋构型部分向β-折叠构型转变有关.本文使用分子动力学模拟和流体分子动力学模拟相结合的方法对野生型人类朊蛋白和R200K突变型人类朊蛋白的结构稳定性进行了研究.研究发现,α-螺旋柱交叉形成的防护墙是维持朊蛋白结构稳定的关键因素,而β-折叠活性较高.流体动力干扰在一定程度上可以不改变折叠路径并能够有效加速蛋白质的解折叠过程.     

不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析

在传统的Chou-Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息,计算了200个蛋白(49种全α结构蛋白,69种全β结构蛋白,38种仅α β结构蛋白,44种α/β结构蛋白)中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构(α：螺旋,β：折叠,C：卷曲)的偏向性参数．通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析,得到了氨基酸二级结构偏向性分析中所忽略的同义密码子的蛋白结构信息．这些新的信息量对于指导蛋白质设计以及提高蛋白质二级结构预测的准确率有着一定的作用．