日本囊对虾群体遗传多样性的线粒体序列分析

对日本囊对虾的3个养殖群体即浙江舟山群体(ZJ)、福建群体(FJ)和台湾群体(TW)的线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅲ基因进行PCR扩增,得到577 bp的核苷酸分析序列,AT含量高于GC含量,发现51个变异位点,其中包括18个简约信息位点,共有31种单倍型。福建群体的核苷酸多样性最高。用MEGA软件中的NJ法构建日本囊对虾3群体与另外5种对虾的系统进化关系,日本囊对虾的3个群体首先聚在一起,再与亲缘关系较近的中国明对虾聚在一起。     

基于线粒体Cytb基因的黄海、东海小黄鱼（Larimichthys polyactis）群体遗传结构

采用线粒体DNA细胞色素b基因全序列分析技术研究了黄海、东海小黄鱼（Larimich—thyspolyactis）的群体遗传结构．在所分析的9个取样点177个个体中,共检测到137个单倍型．9个群体呈现出高的单倍型多样性（h=0．956—1．00）和低的核苷酸多样性（π=0．0037-0．0058）．单倍型邻接关系树的拓扑结构比较简单,没有明显的地理谱系结构．分子方差分析和FST显示小黄鱼的遗传变异均来自群体内个体间,而群体问无显著遗传分化．Exact检验表明单倍型在两两群体间分布频率的差异是不显著的．中性检验和核苷酸不配对分析均表明黄海、东海的小黄鱼经历了群体扩张,扩张时间约为78—138ka前．研究结果表明,黄海、东海小黄鱼群体间具有高度的基因交流,是一个随机交配的群体．较强的扩散能力,黄海、东海的海洋环流以及近期的群体扩张可能是造成黄海、东海小黄鱼群体间遗传同质性较高的原因．     

中国明对虾的种群遗传结构和地理变异

采用分子系统地理学的研究方法,以烟台群体(YT)、青岛群体(QD)、珠海群体(ZH)(为3个野生群体)以及阳江群体(YJ)(为养殖群体)等4个地理种群的51个中国明对虾个体为实验材料,探讨了中国明对虾地理分布格局的形成原因,并在51个样品中成功扩增出了525 bp的线粒体DNA细胞色素b(mtDNA cyt-b)片段,...     

日本囊对虾人工诱变子一代遗传变异的RAPD分析

以性腺成熟的日本囊对虾（Marsupenaeus japonicus）作为亲代，进行不同剂量的^60Co-γ射线照射．采用RAPD技术对诱变子一代的无节幼体基因组DNA多态性进行了检测．从20个随机寡核苷酸引物共检测177个位点，其中多态位点152个，占85．9％．单个引物获得的标记为6～12个，平均8．85个，分子量在150～2500bp之间．遗传相似系数用Nei的计算方法进行计算。遗传距离则用Lynch的计算方法进行计算．实验数据表明：诱变子代与正常对照组相比，遗传多样性水平较高，诱变产生了较为显著的变异．研究结果证实：在对虾大规模养殖，种质质量严重退化的情况下，人工诱变能够促进基因组更加广泛的变异，为新品种的选育打下坚实的基础；同时证明RAPD技术在检测遗传差异方面具有较高的灵敏度和分辨率．     

日本囊对虾线粒体DNA COⅠ基因片段序列分析

以相应引物对日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因(mtDNA COⅠ)进行PCR扩增,经过基因重组、转化、克隆、筛选、DNA测序,得到709 bp的碱基片断.碱基组成A、C、G、T含量分别为196bp(27.64%)、129 bp(18.19%)、134 bp(18.90%)、250 bp(35.26%).与GenBank中斑节对虾(Penaeus monodon)的mtDNA CO I全序列(AF217843)比对.经分析发现本实验获得的日本囊对虾mtCO Ⅰ基因片段序列和GenBank上的同种序列(AY264897)都只是该种COⅠ基因序列的一部分,二者之间有41bp的重叠并可拼接.拼接后的总长为1515 bp.     

日本囊对虾线粒体DNA CO I基因片段序列分析

以相应引物对日本囊对虾（Marsupenaeus ja ponicus）线粒体DNA细胞色素氧化酶I亚基基因（mtDNACO1）进行PCR扩增．经过基因重组、转化、克隆、筛选、DNA测序。得到709bp的碱基片断．碱基组成A、C、G、T含量分别为196bp（27．64％）、129bp（18．19％）、134bp（18．90％）、250bp（35．26％）．与GenBank中斑节对虾（Penaeusmonodon）的mtD—NACO I全序列（AF217843）比对。经分析发现：本实验获得的日本囊对虾mtCO I基因片段序列和GenBank上的同种序列（AY264897）都只是该种COI基因序列的一部分．二者之间有4lbp的重叠并可拼接．拼接后的总长为1515bp．     

日本囊对虾人工诱变子一代遗传变异的RAPD分析

以性腺成熟的日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)作为亲代,进行不同剂量的60Co-γ射线照射.采用RAPD技术对诱变子一代的无节幼体基因组DNA多态性进行了检测.从20个随机寡核苷酸引物共检测177个位点,其中多态位点152个,占85.9%.单个引物获得的标记为6～12个,平均8.85个,分子量在150～2 500 bp之间.遗传相似系数用Nei的计算方法进行计算,遗传距离则用Lynch的计算方法进行计算.实验数据表明:诱变子代与正常对照组相比,遗传多样性水平较高,诱变产生了较为显著的变异.研究结果证实:在对虾大规模养殖,种质质量严重退化的情况下,人工诱变能够促进基因组更加广泛的变异,为新品种的选育打下坚实的基础;同时证明RAPD技术在检测遗传差异方面具有较高的灵敏度和分辨率.     

基于线粒体Cytb基因序列的褐石斑鱼种群遗传多样性分析

为评估种质资源状况被世界自然保护联盟(International Union for Conservation of Nature, IUCN)评定为易危物种的褐石斑鱼(Epinephelus bruneus)野生种群的遗传多样性和遗传分化水平,采用PCR方法测定褐石斑鱼西太平洋海区的中国海南岛(HN)、福建厦门(XM)和韩国济州岛(HG)3个地理群体的线粒体细胞色素b(Cytb)基因的部分序列,并对其基因序列遗传变异、谱系结构和群体扩张历史特征进行分析。结果显示,褐石斑鱼3个地理种群(88个个体)共检测出18个多态位点,共有7种单倍型;各地理群体遗传多样性水平较低,而且单倍型在群体间分布不均,韩国群体遗传多样性最高,中国海南和厦门群体遗传多样性较低。地理距离最远的韩国群体和中国海南群体遗传分化最高(F_ST=0.177 5),地理距离最近的中国海南群体和厦门群体的遗传分化最低(F_ST=0.013 4)。Mantel检验结果显示,3个褐石斑鱼群体间遗传距离和地理距离间存在显著相关,距离隔离(Isolation by Distance, IBD)...     

东北粗皮蛙线粒体DNA遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性(H)为0.704,核苷酸多样性(π)为0.001,平均核苷酸差异数为1.438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析(AMOVA)结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98.13%,群体间没有遗传分化(FST=0.0187),因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

东北粗皮蛙线粒体 DNA 遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。 PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性（H）为0．704,核苷酸多样性（π）为0．001,平均核苷酸差异数为1．438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析（AMOVA）结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98．13％,群体间没有遗传分化（FST ＝0．0187）,因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

日本囊对虾野生群体杂合性的研究

运用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术研究了日本囊对虾9个野生群体10种等位酶的杂合子缺失及过量状况.在所研究的22个位点中有5个位点(Sod-1、Est-1、Est-2、Amy-3、Mdh-1)是多态位点.汕头群体的Est-2,北海群体的Mdh-1和Sod-1,湄洲群体的Mdh-1,连江群体的Sod-1和漳浦群体的Mdh-1位点符合H-W平衡标准(P＞0.05);其余的多态位点均显著或极其显著地偏离H-W平衡标准(0.01＜P＜0.05或P＜0.01).另外,日本囊对虾9个群体的Est-2位点均表现出杂合子缺失(F＞0);Amy-3和Est-1(除了泉州群体的Est-1)位点均表现出杂合子过量(F＜0).研究表明日本囊对虾野生资源杂合性状况较好.     

鲇细胞色素b基因序列分析

对4个种群的鲇（Silurus asotus）的线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）细胞色素b（cytochrome b,Cytb）基因片段的500bp序列进行测定,经Clustal X同源排序后得400bp序列．结果表明：鲇种群内碱基的变异较低,雅砻江和涣阳河种群均为0,岷江种群为0．25％,乌江种群为1．25％．雅砻江和澳阳河种群只有1种单倍型,岷江和乌江种群有2种单倍型但单倍型间变异位点很少．雅砻江和涣阳河种群内无变异位点,岷江种群仅有1个变异位点,乌江种群有5个变异位点．结论：细胞色素b基因在鲇种群内是比较保守的,种群间的变异较大．     

孔雀属孔雀线粒体细胞色素b基因全序列分析及其系统进化研究

测定了中国分布的野生绿孔雀和人工驯养的蓝孔雀、杂色孔雀、杂交孔雀以及白孔雀共5个种或亚种或变种的个体的线粒体细胞色素b基因的长为1 140bp的全序列.研究了其碱基组成及变异情况.结合GeneBank中真绿孔雀亚种、非洲孔雀、鸡以及鹑的线粒体细胞色素b(cytb)全序列,利用philip套件分别构建了系统进化树.结果显示:真绿孔雀和绿孔雀形成较接近的类群.蓝孔雀、杂色孔雀、杂交孔雀以及白孔雀形成较接近的类群.进化树结果显示白孔雀和杂色孔雀不能成为蓝孔雀的亚种.     

基于线粒体COI基因序列探讨长江华溪蟹的遗传分化

测定了长江华溪蟹3个亚种,包括指名亚种,桐柏亚种和陕县亚种共39个样本的线粒体细胞色素氧化酶亚基I（COI）基因部分的序列.重建的系统发生结果显示,长江华溪蟹分化成2个分支,一支代表雄性第1腹肢末节呈平直型的指名亚种支;另一支则代表雄性第1腹肢末节弯向背内方的内弯型支,包括稍向内弯的桐柏亚种和明显内弯的陕县亚种在内.在内弯型支内,桐柏亚种和陕县亚种之间的遗传距离为0.018,是两大分支间的1/10.提示长江华溪蟹COI基因的遗传分化与其雄性第1腹肢末节弯曲程度的形态分化基本一致.     

不同海域中国花鲈的细胞色素b序列的遗传分析

从辽宁大连、河北黄骅、山东青岛、江苏盐城、浙江宁波、广西北海等6个沿海地区分别采集野生中国花鲈共44尾,通过测定花鲈细胞色素b序列,获得876 bp长度的序列,检测到的变异位点26个,22个单倍型,A、C、G、T的碱基组成分别为22.6%,33.1%,16.4%,28.0%.各群体内的遗传差异从0.1%~1%,群体间的遗传差异从0.2%~1%.构建NJ树,分为两大群,取自北海的花鲈单独成群,其它地区的花鲈合为另一分支.     

几种鹤类线粒体DNA的差异和亲缘关系分析

采用聚合酶链式反应,从丹顶鹤(G.joponensis♂)、白枕鹤(G.vipio♀)、灰鹤(G.grus)及丹顶鹤♂和白枕鹤♀的4个杂交子代中分别扩增出线粒体DNA细胞色素b基因,并测定出细胞色素b碱基序列,它们之间的序列差异在0.1%～7.2%之间.序列分析表明几种鹤类细胞色素b基因序列的碱基变化主要是转换和颠换,转换的比率大于颠换;绘制几种鹤类细胞色素b之间的亲缘关系进化树表明丹顶鹤和灰鹤的进化距离更近,4个杂交子代与母本白枕鹤的亲缘关系更近.     

新疆锡伯族人群线粒体DNA的遗传学分析

分析48个锡伯人线粒体DNA高可变Ⅰ区的遗传多态性, 并与已发表的相关人群线粒体DNA数据进行比较. 结果表明, 在48个序列中共检测出43个突变位点, 界定了35种单倍型, 其线粒体DNA1序列多态性为0.982, 核苷酸多态性为0.018, 而其平均核苷酸差异为5.922. 人群比较分析表明, 锡伯人与古代拓跋鲜卑人有最近的亲缘关系, 同时也表现出与中国北方游牧民族有较近的亲缘关系, 推断锡伯人可能是拓跋鲜卑的后裔.