真核生物转录起始影响因子的研究进展

转录水平的调控是基因表达调控的主要方式。本文从染色质与转录激活、RNA聚合酶Ⅱ复合体以及转录起始因子等方面综述了目前关于转录起始影响因子的一些研究进展。     

植物抗胁迫类转录因子研究进展

转录因子在植物应答生物和非生物胁迫中起着重要作用．在胁迫环境下,植物中特定的转录因子与抗逆基因上游的顺式作用元件结合,从而特异性地调控该基因在植物体内的表达,提高植物对环境胁迫的适应能力．该文概述了植物抗胁迫相关的4类转录因子：MYB类转录因子、bZIP类转录因子、WRKY类转录因子和NAC类转录因子的结构特点、调控机制以及它们在植物耐逆基因工程中的研究进展．     

酵母起动子:正负调控因子

近年来,对 S.Cerevisiae 基因调控进行了大量的研究,特别是将其克隆后再移入酵母中作功能性分析,鉴定出了顺式作用因子,这些因子成百地分布于转录起始区后方,称为后方激活位点(UAS_s),它们还对特殊的生理信息进行激活性的转录。在酵母中,正向调控的基因目前已得以确定,并且可以编码与 UAS_s 互作的蛋白质。研究发现酵母起动子存在着正和负的调控。     

大豆降解组文库microRNAs的启动子分析

研究目的：创新要点：通过分析miRNA的核心启动子和顺式作用元件为进一步解析大豆（Glycinemax）miRNAs表达调控及其功能研究提供重要信息。利用生物信息学方法全面解析了大豆降解组文库miRNA的启动子特征,并依据顺式作用元件及靶基因构建了miRNA的表达与生长素响应因子、赤霉素响应因子之问存在潜在的负反馈调控网络。研究方法：本研究利用TSSP程序和PlantCARE数据库预测了来自大豆降解组文库的440个miRNA的核心启动子以及369个miRNAs的顺式作用元件,并依据顺式作用元件及靶基因构建miRNA调控网络。重要结论：83．86％的miRNA在其上游序列中含有启动子,8．64％的miRNA在其下游序列中含有启动子,21．59％的miRNA包含增强子。核心启动子的TATA盒与转录起始位点（TSSs）的分布相似（见图2）。此外,对转录起始位点5’端的顺式作用元件预测为miRNAs的可能功能和表达的时空性提供了线索。miRNAs的顺式作用元件和靶基因的分析显示,部分miRNA的表达与生长素响应因子、赤霉素响应因子之间存在潜在的负反馈调控（见图3）。     

拟南芥bHLH转录因子在根毛发育中的作用

根毛是研究植物单细胞发育机制及细胞极性的理想模型.拟南芥根毛细胞经命运决定、起始、伸长及成熟4个阶段发育成根毛.碱性-螺旋-环-螺旋(basic helix-loop-helix,bHL H)转录因子家族在前3个阶段中起重要作用:GL3/EGL3参与根毛的命运决定的调控,RHD6及RSL1参与根毛起始的调控,M YC1...     

鳗弧菌质粒编码的铁吸收系统的分子调控

鳗弧菌是鱼类弧菌病的主要病原菌,该菌中质粒编码的铁吸收系统是重要的毒力因子．在铁吸收系统中,铁转运体系以及弧菌素合成基因受到AngR、TAF、Fur、反义RNAs、铁离子以及弧菌素等调控因子的调节,这些调控因子分别在转录或后转录水平参与铁吸收系统的正负调控、     

MicroRNA与转录因子调控网络综述

MicroRNA是一类长度约为18-24nt的非编码小RNA,它在转录后水平通过调控靶基因来行使多种生物学功能,例如：细胞周期、分化、细胞增殖和凋亡等。在转录水平,转录因子作为一种重要的调控因子参与调控多种基因的表达。近些年研究表明转录因子可以直接调控miRNA的表达,并且参与了包括肿瘤疾病发生等多种生物学进程。转录因子与miRNA形成的调控网络已被广泛地研究,文中就目前已有的研究成果进行综述,以期为今后转录因子与miRNA调控通路的研究提供一定的理论基础。     

基于序列预测转录因子的相互作用

转录因子（TF）对真核生物的转录调控有着举足轻重的作用,而这些转录调控大多不是一个转录因子可以独立完成的,还需要其他转录因子的帮助来共同完成对基因的转录控制。我们提出了一种新的基于序列的方法来预测转录因子的相互作用,利用了转录因子结合位点（TFBS）的距离,方向和相位等信息,利用酵母菌的芯片数据来实现这一思想,获得了165对统计上有相互作用的转录因子,通过与SGD数据库中的蛋白质-蛋白质相互作用的数据进行比较,可以达到约95．5％的正确率。最后我们还利用预测的结果讨论了相互作用的转录因子对在基因组上存在的一些特征,例如,他们对距离,方向,相位的倾向性。希望我们的预测有助于更好的理解真核生物的转录控制网络。     

基于位置关联性打分方程的果蝇转录因子结合位点的预测

转录因子结合位点的识别是阐明基因转录调控机制的重要环节,准确的转录因子结合位点的预测算法将有助于人们识别转录因子的目标基因,进而研究转录因子结合位点在上游调控区中的位置对转录调控的影响.然而,目前存在的预测转录因子结合位点的算法所得结果的特异性普遍较低,因此有必要提出一种新的有效的预测转录因子结合位点的算法.本文利用JASPAR数据库上的数据,在深入分析转录因子结合位点生物学特征的基础上,构建了考虑位点保守性和伪计数的位置关联性打分方程,并对果蝇转录因子结合位点进行预测,预测结果的假阳率均低于0.02%.