怀玉山高山马铃薯及其平原种植退化块茎的转录组分析

为探究怀玉山高山马铃薯平原生境种植出现种性退化导致形态和品质变异的机制,本研究以怀玉山高山马铃薯(麻籽洋芋)正常种及其平原种植退化种的采后块茎为试验材料进行转录组分析.结果表明:怀玉山高山马铃薯正常种及其平原种植退化种块茎差异表达基因数目为3 604个,其中上调基因的数目为1 331个,下调基因的数目2 273个. GO富集分析显示,差异基因主要注释到镉离子响应、根毛伸长、对缺水的反应、病原菌防御反应、盐胁迫反应、脱落酸反应、细胞组分、质膜、细胞内包膜细胞器、叶绿体、高尔基体、光系统Ⅱ、光系统I、蛋白质结合、电子载体活性、血红素结合、叶绿素结合、谷胱甘肽结合等功能. KEGG富集分析显示,差异基因主要注释到苯丙氨酸代谢、植物-病原菌相互作用、苯丙素生物合成、谷胱甘肽代谢、半乳糖代谢、光合作用、氮代谢等生物功能. qRT-PCR检测了10个差异基因在怀玉山高山马铃薯正常种及其平原种植退化种块茎的表达量,其变化趋势均与RNA-seq一致.研究结果将为进行怀玉山高山马铃薯平原生境种植出现形态变大、品质下降等现象的基因表达分析提供参考.     

水分胁迫下马铃薯萌芽出苗期 根系转录组差异表达分析

以马铃薯‘克新1号’为材料,通过Illumina HiSeqTM 4000高通量测序技术,对不同水分胁迫后的马铃薯萌芽出苗期根系cDNA文库进行了RNA-Seq分析,拟探明马铃薯感应水分胁迫的分子机制,挖掘出与抗旱密切相关的功能基因.将比对到基因组上的基因利用RPKM衡量各样本间的基因表达丰度,以P0.05筛选出差异表达基因,通过GO (基因本体,gene ontology)数据库、KEGG代谢途径数据库,对不同水分胁迫样本差异表达基因的功能和参与的调控路径进行分析;选择6个差异表达基因,利用实时荧光定量PCR验证RNASeq结果的可靠性.结果表明:(1)DLWR(重度水分胁迫)样本中,比对到基因组的表达基因30 114 133个,差异表达基因5 241个;LWR(中度水分胁迫)样本中,比对到基因组的表达基因32 858 890个,差异表达基因1 488个.2个样本中同时存在的差异基因369个,其中上调表达基因78个,下调表达基因291个;显著差异表达基因主要与蛋白激酶、水解酶、氧化还原酶、水通道蛋白、转运蛋白、转录因子等相关.(2)在GO富集分析中,2个水分胁迫处理样本在生物学功能中富集的类别并不完全相同,但显著富集的主要是与氧化还原、转运、膜结合、转录调节子等相关的基因.(3)KEGG代谢分析显示,差异表达基因显著富集在谷胱甘肽代谢、植物激素信号转导等途径,与植物抗逆能力密切相关.(4)利用qRT-PCR验证的6个基因表达模式与RNA-Seq分析结果一致,证实了RNA-Seq结果的可靠性.通过研究得到了不同水分胁迫下马铃薯根系转录组信息,获得了差异基因及其功能信息,阐明了差异基因所参与的代谢通路及与植物水分胁迫的关系.     

冷驯化下的牛皮杜鹃转录组变化分析

冷胁迫是限制植物生长和分布,降低作物产量的重要环境因子.冷驯化是温带植物对抗冷胁迫的有效手段.本研究以具有耐寒能力的高山植物牛皮杜鹃(Rhododendron chrysanthum Pall.)作为研究对象,探究冷驯化前后牛皮杜鹃的基因表达和代谢通路的变化.基于转录组数据的测序结果:常温组和驯化组的总reads分别为...     

不同长度马铃薯GBSS基因启动子的块茎专一性表达的初报

将０．４,０．８,１．６,２．９ｋｂＧＢＳＳ基因的５’侧翼区与ＧＵＳ基因融合,构建了双元表达载体。０．８ｋｇＧＢＳＳ－ＧＵＳ通过基因枪转化法在块茎切片中获得了瞬间表达。     

转录组测序技术在绵山羊育种中的应用研究进展

转录组测序技术已广泛应用于生命科学的各个领域.羊作为被最早驯化的家养动物之一,在人类日常生活中有着不可取代的作用.文章主要从绵山羊肉品质、毛绒生长、泌乳等方面应用转录组测序进行了阐述,为今后绵山羊的分子育种工作提供参考.     

马铃薯PGBSS—GUS融合基因在块茎中专一性表达的初步研究

从ＧＢＳＳ基因克隆上，酶切得到５上游区１．２ｋｂ的序列，与ＧＵＳ报告基基因融合，构建了ＰＧＢＳＳ１．２表达载体，通过农杆菌介导的方式，将ＰＧＢＳＳ１．２转和马铃薯品种Ｄｅｓｉｒｅｅ，卡那霉素筛选获得抗性再生植和微薯，利用ＰＣＲ特异性扩增和Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｌｏｔｔｉｎｇ的方法证明了融合基因在马铃薯基因组中的整合，Ｘ－Ｇｌｕｅ活体染色表明，微薯切片具有高ＧＵＳ酶活性，而茎段中ＧＵＳ活性相对较低，初     

生长异质大西洋鲑转录组学分析

为探明大西洋鲑在养殖群体中存在生长异质的原因,本研究对大西洋鲑进行转录组学分析,包括生长慢速组(平均体重0.51 kg)和生长快速组(平均体重4.20 kg)各3尾鱼.结果显示,共有332003个基因得到了注释,并筛选出948个差异表达基因,包括363个上调基因和585个下调基因.随后对差异表达基因进行GO功能富集和K...     

马铃薯块茎抗晚疫病性与休眠状况关系

通常马铃薯块茎薯片在熟休眠关头吵感染晚疫病亲合性生理小种，或轻微感染晚疫病亲合性这与热休眠块茎中咖啡酸，植物保卫素和钩吻萤光素含量多有关系。     

化州柚与柚的转录组比较及黄酮生物合成差异表达基因分析

为获得化州柚和柚的转录组数据及黄酮类成分生物合成相关的差异表达基因,采集化州柚和柚的嫩叶样本作为受试材料,采用高通量二代测序技术进行转录组测序,并运用Nr、Swiss-Prot、KOG、KEGG等网络数据库进行转录组中表达基因功能的生物信息学分析,共组装得到116 202个单基因(Unigene),注释了68 923个单基因(59.31%),柚转录组中表达基因有94 798个,化州柚中表达基因107 196个,化州柚与柚的转录组差异表达基因共6 419个.结果表明:化州柚相对于柚上调基因有3 799个,占差异表达基因的59.18%,下调基因2 620个,占40.82%.通过与KEGG数据库进行比对,共获得771个基因功能注释,涉及125条代谢通路,找到9个与类黄酮、黄酮和黄酮醇生物合成相关基因,为化州柚和柚的化学成分差异分子基础研究奠定了基因数据基础.     

马铃薯块茎性状的配合力分析

对马铃薯8个亲本利用完全双列杂交设计组配的36个组合的11个块茎性状的群体遗传和配合力效应进行研究。结果表明：①青薯5号、青薯6号、陇薯3号、陇薯6号具有较好的一般配合力效应,是理想的亲本材料。②组合08-14、08-18、08-25和08-33的块茎产量、淀粉含量具有较高的特殊配合力,产生较强的杂种优势。③一般配合力和特殊配合力之间没有明显的对应关系,两个由一般配合力高的亲本所组配的组合,其特殊配合力不一定高,但特殊配合力好的组合,至少有一个亲本的一般配合力较好。因此,要选择一般配合力高的亲本,在此基础上再考虑特殊配合力的大小。     

基于转录组的福鼎大白茶叶片两种发育阶段的苯丙烷代谢合成途径分析比较

以福鼎大白茶一芽一叶时的第一片嫩叶组织与一芽四叶时的第四片成熟叶组织转录组测序数据为研究对象,利用转录组技术筛选两种发育阶段的差异表达基因.将原始reads与参考基因组进行序列比对,各样品平均比对率为86.16％.将比对到参考基因组上的reads数据标准化并得到样品的FPKM值.相对于成熟叶,嫩叶有1097个基因上调,...     

NaCl胁迫下红砂种子萌动期差异表达基因的转录组分析

【目的】筛选NaCl胁迫下红砂萌发期的差异表达基因,为耐盐碱树种选育提供基因资源。【方法】以前期拟合的萌发阈值浓度(273 mmol/L,记为M)、最适萌发浓度(43 mmol/L,记为L)、蒸馏水(记为C)处理红砂种子,每个处理3次重复,待胚根突破种皮,不超过2 mm时取出,进行转录组测序。【结果】分别在L与C对比组(记为LvsC)、M与C对比组(记为MvsC)、M与L对比组(记为MvsL)中筛选出210、2 273、2 888个差异表达基因,其中LvsC中116个上调表达,94个下调表达; MvsC中1 781个上调表达,492个下调表达; MvsL中2 165个上调表达,723个下调表达; 上调表达基因在KEGG富集中主要集中在核糖体、碳代谢、细胞色素P450代谢、谷胱甘肽代谢等途径,下调表达基因主要富集在蔗糖淀粉代谢、内质网蛋白质加工等过程。【结论】盐胁迫条件下,差异基因诱导相关反应协同发挥作用,最终使胚轴细胞伸长,突破种皮完成萌发。     

PSTV在马铃薯块茎中的分布

我们应用往返电泳和银染色测定了马铃薯纺锤块茎类病毒(PSTV)在马铃薯块茎中的分布。结果发现在休眠块茎的顶部、髓部和脐部均含有PSTV。试验表明同一植株的不同块茎以及同一块茎的不同部位中PSTV的浓度是不同的。打破休眠期后,PSTV浓度明显增加。试验证明通过往返电泳和银染色能够迅速和准确地测定块茎不同部位中存在的低浓度PSTV。我们认为这种方法可以作为诊断马铃薯块茎中的PSTV一种常规检验技术。     

马铃薯块茎蛾研究现状及进展

本文对云南省马铃薯块茎蛾的发生规律、生物学特性以及防治状况等进行了分析阐述．指出了马铃薯块茎蛾的研究现状和目前我省马铃薯块茎蛾防治中存在的问题,并提出了今后马铃薯块茎蛾防治中应采取的有效措施．     

马铃薯块茎重量与淀粉含量的相关性探讨

马铃薯淀粉含量指标是马铃薯重要的加工品质之一。本研究依马铃薯块茎重量、分段取样测量淀粉含量,采用相关回归分析法对马铃薯块茎重量与淀粉含量之间的关系作了初步的分析探讨。结果表明：①无论是早熟品种、中熟品种、还是晚熟品种,其块茎重量与淀粉含量协变关系的趋势极其相似;②依块茎重量与淀粉含量之间的协变关系,可将其分为协变趋势明显不同的两个区段;③当块茎重量在125g以下时,块茎重量与淀粉含量存在程度较高的正相关关系,即随着块茎的增大增重,淀粉含量亦随之增加,直线回归方程分别为Y=7.47＋0.0332X（早熟品种）,Y=12.5＋0.0244X（中熟品种）,Y=7.87＋0.056X（晚熟品种）;④当块茎大小在125g以上时,淀粉含量不随块茎重量而变化,仅由品种特征特性而决定,通常来说,马铃薯淀粉含量的高低决定于品种的特征特性。就同一品种来说,人们通常认为,块茎愈大愈重,淀粉含量愈高,然而,这种观念是否正确？马铃薯块茎重量与淀粉含量之间究竟是一种怎样的关系？我们对此进行了初步的研究探讨,供商榷。     

黑龙江省马铃薯纺锤块茎病的研究

利用在试管中保存的马铃薯纺锤块茎类病毒(pstvd)的纯毒源,在防虫的网棚(网绷纱要求100目)中,利用金钢砂、喷粉器、棉球、研钵,将毒源中加入0.1m磷酸缓冲液后将其研碎,接种在克新二号、克新三号、克新四号的植株上。该实验进行两次接种,第一次接种10天后,进行第二次接种,根据植株的外观表现——健康株、健康株生长势低于前者、轻束顶症株、重束顶症株。来判定接种纺锤块茎症毒后植株的发病情况,根据小区测产对比总结出马铃薯纺锤块茎类病毒对马铃薯产量影响的程度。使克新12号品种的减产率从27.20%~61.80%;使克新14号品种的减产率从17.40%~57.40%。     

短丝木犀转录组测序及类胡萝卜素生物合成相关基因表达分析

短丝木犀(Osmanthus serrulatus)是我国特有的木犀属香花树种,具有极高的开发应用前景。笔者以短丝木犀为研究材料,应用Illumina HISeq^TM2000高通量测序平台,对短丝木犀的花和叶芽进行转录组深度测序和拼接组装,构建和预测了短丝木犀不同组织间的基因表达谱及其代谢通路。转录组测序共获得16.94 G的有效数据,经Trinity从头组装得到 92 798条单基因簇(unigenes),其中35 851条unigenes与Nr、Nt、Pfam、KOG、Swiss-Prot、KEGG、PFAM等7大公共数据库比对获得了基因功能注释信息。由KEGG 代谢通路分析发现,共有8 779条unigenes参与到262个代谢通路中,其中参与到色素和香味代谢的基因分别有53条和335条。此外,针对6条在短丝木犀花和叶芽间显著差异表达的参与类胡萝卜素生物合成的相关基因,通过实时荧光定量PCR,验证了它们在不同组织间的表达模式。     

牙鲆感染迟钝爱德华氏菌的miRNA转录组分析

为了探究牙鲆感染迟钝爱德华氏菌过程中miRNA的分子调控机制,以牙鲆头肾组织为研究材料,分析其感染迟钝爱德华氏菌后miRNA的差异表达情况.利用高通量测序平台(Illumina HiSeq)分别对感染迟钝爱德华氏菌3 h、6 h以及未感染的牙鲆头肾组织的RNA进行转录组测序,并对数据进行生物信息学分析.将测序结果与斑马...     

甘蓝型油菜矮化突变体的茎秆发育转录组分析

甘蓝型油菜矮化突变体"NDF-1"是从高秆油菜"3529"理化诱变群体中分离的矮化突变体,它的株高只有高秆亲本的1/3,是一个优良的甘蓝型油菜矮化资源.本文应用RNA-Seq测序技术分析了"NDF-1"茎开始伸长的抽薹期和花期转录组,为深入了解油菜茎秆发育机理提供基因组层面的参考.抽薹期和花期的测序数据通过筛选得到了4.55亿条质量合格的clean reads.经过对高质量序列的组装注释,筛选得到"NDF-1"和"3529"间的2147条差异表达基因(DEGs).选择其中的20个差异表达基因进行了荧光定量PCR验证.通过GO和KEGG分析,发现"NDF-1"的矮化与赤霉素、生长素和油菜素内酯相关,细胞伸长异常和细胞壁的不正常形成也影响"NDF-1"的茎秆发育.从差异基因中筛选出与植物矮化性状相关的基因,为利用矮化基因改善性状和矮化机理的研究和提供了更多信息.