一个烟草PR-1a启动子的克隆及序列分析

通过PCR扩增，从烟草Nicotiana tabacum cv Samsun中克隆了水杨酸诱导表达的病程相关蛋白PR-la基因的启动子TP12，以期用于构建诱导表达基因敲除系统，并用于无性繁殖植物的无标记基因转化。启动子的克隆产物经正反两向测序后，拼接分析结果表明，扩增得到的PR-1α基因启动子长1313个碱基，序列富含AT，其中A T占71．67％，与已报道的序列比较，核苷酸的相似性为98．6％。     

盐藻启动子活性片段的克隆及序列分析

报道了以启动子探测质粒pECE7为载体克隆盐藻（Dunaliella salina)中具有启动子活性DNA片段的研究。经限制性内切酶EcoR I分别消化盐藻基因组DNA和质粒pECE7,并进行体外重组及转化筛选，得到一具有启动子活性的DNA片段Ped。经进一步氯霉素抗性筛选，证明此启动子具有较高的活性。测序结果显示Ped长243bp。对其序列分析表明它具有启动子初级结构的基本特征。Southern杂交显示此启动子片段确实来自于盐藻基因组，且其广泛存在于整个基因组中启动盐藻基因的表达。经推测，Ped中含有多种转录因子结合位点的同源序列，因此Ped可能参与了多基因表达的调控。     

水稻花粉Profilin基因启动子的克隆及序列分析

作者使用两次染色体步移（Genome walking)法，从灿稻（Oryza sativa subsp.indica)IR36中克隆到长度为569bp的花粉proiflin基因的启动子片段，并进行了全序列测定和分析。结果表明：在该段序列中含有3个TATA box，3个CAAT box和2个G－box。通过EPD（The Eukaryotic Promoter Database)的比较发现，序列的＋2－-71区域与番茄（Lycopersicon esculentum)花粉特异基因LAT52，向日葵（Helianthus annuus)花药特异基因SF2启动子关键序列的同源性为50％左右。     

杂色鲍肌动蛋白启动子的克隆与序列分析

杂色鲍(H.diversicolor diuersicolor)是我国华南地区重要的海水养殖对象,作为利用转基因技术改良杂色鲍品质研究工作的首要部分,作者利用PCR和染色体步移(Genome Walking)方法克隆了杂色鲍肌动蛋白基因编码区部分序列和启动子序列(GenBank登陆号:EU622901).所分离的肌动蛋白基因DNA序列片段全长为1 990 bp,与GenBank中彩虹鲍(Haliotis iris)肌动蛋白A1基因序列和肌动蛋白A1a基因序列有非常高的相似性(99%和96%).在基因编码区中间发现了一个内含子区,在编码区之前发现一个类启动子区,经过Promoter Prediction在线软件分析,发现了该启动子序列和转录起始位点,同时也发现了该启动子特有的启动元件两个标准的CAAT BOX和一个TATA BOX.这些实验结果表明所克隆的杂色鲍肌动蛋白和启动子序列符合实验的目的.并且这一实验的成功也为下一步利用所分离的启动子做杂色鲍转基因工作打下基础.     

甘蓝型油菜Toc33基因启动子的克隆及序列分析

叶绿体是植物细胞中重要的细胞器,大部分叶绿体蛋白质都是由核基因组编码,在细胞质中合成分子量较大的前体蛋白,转运至叶绿体实施其功能．TOC33／TOC34是叶绿体上发现的一个外膜蛋白转运器构件蛋白,它与TOC159、TOC75和TOC64相互作用,构成了叶绿体外被膜上的一个蛋白转运器．目前已从豌豆（Pisumsa tizrurn）、拟南芥（Arabidopsis thaliana）、玉米（Zea mays）、小立碗藓（Physcomitrella patens）、诸葛菜（Orychophragmus violaceus）和油菜（Brassica napus）克隆到TOC33或TOC34的cDNA或DNA的编码区．与其功能研究相比,Toc33基因的表达调控研究较少,该基因5’端调控区域的克隆及序列分析均未见报道．为此,在本实验室已经克隆到甘蓝型油菜Toc33基因编码区的基础上,采用单引物PCR方法进行染色体步移,克隆出Toc33基因的启动子,为进一步研究Toc33基因的转录调控机制奠定基础．     

枯草杆菌强基因启动子DNA片段的序列分析

对利用基因启动子探针型载体ｐＳＵＰＶ２,从枯草杆菌ＡＳ１．３９８中克隆３个稳定的具有强启动功能的ＤＮＡ片段,进行限制酶切分析发现,ｐＢＳＵ２２和ｐＢＳＵ４３中的插入片段小于０．２ｋｂ,ｐＢＳＵ４４中的插入片段为３ｋｂ。测定结果表明,３个插入片段中都有较为典型的原核生物基因启动子序列,其中ｐＢＳＵ２２和ｐＢＳＵ４３的插入序列几乎完全相同。２     

野蚕DHPBAN基因启动子的克隆及序列分析

为研究昆虫滞育激素性信息素合成激活肽基因在进化过程中的变化以及基因表达调控的异同,用ＰＣＲ方法克隆了野蚕的ＤＨＰＢＡＮ基因的启动子并测序,这是第二个被克隆的昆虫ＤＨＰＢＡＮ基因启动子．与家蚕相比,在核苷酸水平上同源性达９４％．野蚕ＤＨＰＢＡＮ基因启动子的ＴＡＴＡ框的保守序列为ＴＡＴＡＴＡＡＡ,位于－４７—－４０处;ＣＡＡＴ框是ＧＧＣＣＣＡＴＣＴ,位于－８３—－７５处;野蚕与家蚕一样具有ＴＡＡＴ保守序列,这段序列是一类调控蛋白的结合核心位点,家蚕的位于－１８５—－１７６,野蚕的位于－１７６—－１６７．在－６４—－５６部位,核苷酸序列表现出较大的不同．     

猪hnRNPK基因启动子的克隆及序列分析

首次克隆了猪hnRNPK基因启动子序列,并进一步对该序列进行了分析.结果显示:该基因启动子约1 kb,与已报道的人的相应序列相似度为78.9%,具有相同的TCTCGCGAGA核心启动子序列和转录起始位点.利用在线软件分析发现,猪hnRNPK基因启动子不含TATA盒,而含有CAAT盒的GC富集区,存在两处CpG岛,具有SP1、UCE.2、GCF、EARLY-SEQ1、TTR_inverted_repeat、NGFI-C、EARLY-SEQ1等多种转录因子潜在结合位点,并且具有8种基序结构.     

猪hnRNPK基因启动子的克隆及序列分析

首次克隆了猪hnRNPK基因启动子序列,并进一步对该序列进行了分析.结果显示:该基因启动子约1 kb,与已报道的人的相应序列相似度为78.9%,具有相同的TCTCGCGAGA核心启动子序列和转录起始位点.利用在线软件分析发现,猪hnRNPK基因启动子不含TATA盒,而含有CAAT盒的GC富集区,存在两处CpG岛,具有SP1、UCE.2、GCF、EARLY-SEQ1、TTR_inverted_repeat、NGFI-C、EARLY-SEQ1等多种转录因子潜在结合位点,并且具有8种基序结构.     

水稻花药特异表达基因启动子的扩增及克隆

采用ＤＮＡ聚合酶链式反应扩增技术，以水稻黄化苗总ＤＮＡ为模板成功地扩增到水稻花约特异表达基因扇动２子Ｏｓｇ６Ｂ的７７０ｂｐ和９６０ｂｐ两个片段Ｏｓｇ６Ｂａ和Ｏｓｇ６Ｂｂ。并将其克隆到ｐＵＣ１８上形成完整的Ｏｓｇ６Ｂ，这为通过基因工程方法进行水稻杂种优势利用奠定了基础。     

水稻花粉特异性启动子的克隆与表达

利用PCR技术,从水稻幼苗总DNA中扩增并克隆了一段DNA片段。将该片段与报告基因GUS基因融合,构成植物表达载体。经农杆菌转化烟草萌发花粉,共培养约24h后,作瞬时表达检测。结果表明,该克隆片段具有启动子功能。DNA序列分析表明,该克隆片段长度为526bp,含有TATA盒及CAAT盒。与原基因（PSI）启动子序列比较,同源性为52％。部分顺式调控元件相同。     

基于遗传算法的启动子序列多粒度结构分析

采用遗传算法对启动子序列数据集抽取不同长度的最优模糊子序列模式,以此分析启动子的结构。实验发现：适当调整子序列模式与样本序列的匹配程度阈值,可以发现局部频繁模式,除较长的TATA盒外还发现了其他一些模式,而在阈值较低时算法得到CpG岛。     

AcMNPV polh启动子上游增强序列的部分缺失分析

本实验构建了2个用于杆状病毒AcMNPV(苜蓿丫纹夜蛾核多角体病毒)启动子及其调控序列研究的质粒载体:pF SBCAT和pF SBCATPpolh.以此为基础,结合目前对BmNPV(家蚕核多角体病毒)polh(多角体)基因和AcMNPVpolh基因上游增强序列的研究结果,构建了AcMNPVpolh基因上游增强序列部分缺失的瞬时表达载体;以cat为报告基因,利用瞬时转染和CATELISA的方法检测报告基因的表达活性,初步研究了对于polh启动子具有增强作用的AcMNPVpolh基因上游序列的结构.结果显示,与BmNPVpolh上游293bp序列同源性极高的AcMNPVpolh上游293bp片段对于polh启动子没有增强活性;CMVm启动子的AcMNPVpolh上游增强序列部分缺失之后不能够增强AcMNPVpolh启动子.因此,这一序列可能不再被缩短,也不大可能存在独立地起作用和更短的正、负调控元件.     

甘蔗UGPase cDNA的克隆及序列分析

以甘蔗(FN95-1702)为材料,通过RT-PCR,首次克隆得到了甘蔗UGPase cDNA片段.该片段长1 495 bp,其中包含完整的ORF为1 431 bp,共编码476个氨基酸,并含有5个重要的Lys残基位点,分别为Lys257、Lys321、 Lys367、 Lys408、 Lys409,它们对维持UGPase活性及与底物结合方面发挥着重要作用.     

猪生长激素基因启动子区的序列变异研究

采用聚合酶链式反应(PCR)及PCR产物直接序列分析方法，对猪生长激素基因(pGH)5’-侧翼区(启动子区)序列的遗传变异进行研究，共分析了6头临高猪、3头玉山黑猪和5头蓝塘猪．结果表明：在猪生长激素基因启动区，共有10处碱基替换，它们分别位于：72位C→T，238位G→T，343位A→G，274位A→G，721位G→C。722位T→C，723位G→C，728位C→T，784位G→C，787位G→T．2处碱基插入，依次是180位插入碱基G。416位插入碱基C．新发现了3处碱基置换，分别是721位G→C，722位T→C，723位G→C和1处碱基插入，416位插入碱基C．     

猪生长激素受体(GHR)基因启动子的 克隆及功能分析

本研究以猪作为研究模型, 对GHR基因启动子区开展了克隆 、转录因子结合位点分析和启动子活性鉴定.结果表明: 家猪GHR基因或由两个启动子(GHR P1和GHR P2)控制.GHR P1的部分核苷酸序列与牛、羊对应核苷酸序列具有较高的同源性, 但功能分析显示其启动子活性较低.针对GHR P2的实验结果表明其具有典型的GHR组成型启动子特征, 荧光素酶报告实验表明其具有启动子活性, 因此我们推测本次克隆获得的GHR P2是猪GHR的组成型启动子.     

水稻花期干旱胁迫应答基因Os07g0422100启动子的克隆及鉴定

水稻作为需水量最大的作物之一,对于水分的胁迫异常敏感.对处于花期的水稻进行干旱胁迫处理,利用基因芯片技术筛选出在水稻花穗中特异性表达的应答干旱胁迫的基因Os07g0422100.在对该基因的研究中发现,该基因的表达图谱有较高的专一性,且该基因的启动子属于诱导型启动子,仅在受到干旱胁迫的水稻花穗中表达.利用Os07g04...     

赤狐ESR1基因启动子的克隆及生物信息学分析

对赤狐ESR1基因启动子区转录因子结合位点进行了预测,为今后研究其转录调控机制提供参考依据.以赤狐基因组DNA为模板,通过PCR技术扩增克隆ESR1基因启动子序列,并构建至双荧光素酶报告基因载体;利用生物信息学方法对ESR1基因核心启动子区的关键转录因子结合位点进行预测.成功克隆出赤狐ESR1基因5'上游1880 bp...     

总蛋白含量不同的水稻品种谷蛋白含量分析及Gt1启动子序列比较

选取3种总蛋白含量差异较大的水稻为材料,在分析其谷蛋白含量的基础上,克隆它们的Gt1启动子,并采用vector NTI软件对这3个Gt1启动子序列进行比较．结果显示,在不同总蛋白和谷蛋白含量的水稻品种中,Gt1谷蛋白基因启动子是有差异的．     

中度嗜盐菌GbsB基因的克隆、序列分析及生物信息学分析

为构建耐盐的转基因植物提供材料,根据地衣芽孢杆菌Bacillus licheniformisATCC 14580的GbsB基因的核甘酸序列设计1对特异性引物,通过PCR的方法扩增由分离的中度嗜盐菌Bacillus sp.XJ1-05的GbsB基因,经T/A克隆,插入到pBS-T载体上进行序列测序,采用NCBI-BlastX软件在Genbank数据库中进行同源性检索,结果表明:得到的GbsB基因的开放阅读框(ORF)全长为1209bp,编码1个由402个氨基酸残基组成的蛋白质;其与Bacillus licheni-formisATCC 14580的GbsB基因的氨基酸序列同源性高达96%。生物信息学分析表明:该GbsB基因编码蛋白无信号肽,无跨膜区域,高亲水性,有2个乙醇脱氢酶作用位点。