海桐ISSR-PCR反应体系的建立与优化

利用ISSR技术对海桐的遗传多样性进行研究,对影响PCR扩增效果的一些因素诸如退火温度、Mg2 浓度、4×dNTP浓度、牛血清白蛋白浓度、模板DNA用量、引物用量以及Taq DNA聚合酶用量等指标进行优化,建立了可用于海桐ISSR分析最适宜的反应体系:10μL PCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(10mmol/L Tris.HCl,pH值9.0,50 mmol/L KCl,0.1%Triton X-100),2.5 mmol/L MgCl2,0.2 mmol/L 4×dNTP,2.0 mg/mL牛血清白蛋白,10 ng模板DNA,6 pmol引物,0.3 U Taq DNA聚合酶.引物UBC807的最适退火温度为50.7℃.     

均匀设计在樟树RAPD反应体系优化中的应用

以樟树[Cinnamomun camphora(L.)Presl]为材料,运用均匀试验设计,对影响RAPD标记的多个因素,包括Mg2 、dNTP、引物、模板DNA和Taq DNA聚合酶浓度等,优化得到适合于樟树RAPD标记的反应体系为:20μL反应体系中,含1. 5 mmol/L MgCl2,0.2 mmol/L dNTP,0.2 μmol/L 引物,8 ng/μL模板DNA,1 U Taq DNA聚合酶.研究结果表明:均匀试验设计可以应用于RAPD反应体系的优化.     

真藓(Bryum argenteum)ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选

为了确定真藓最佳ISSR-PCR反应体系,采用PCR正交实验设计方法,对影响ISSR-PCR试验的模板DNA、引物、d NTPs、Mg2+、和Taq DNA聚合酶5个因素在4个水平上进行优化,并对100条引物逐一进行温度梯度PCR,筛选合适的引物并确定每个引物的最佳退火温度.结果显示优化的20μL ISSR-PCR反应体系中包括20 ng/20μL DNA模板、0.45μmol/L引物、2.65 mmol/L Mg~(2+)、0.4 U/20μL Taq DNA聚合酶、0.45 mmol/Ld NTPs.利用该体系最终筛选出50条扩增条带清晰,重复性好,多态性高的引物并确定其退火温度.这一体系的建立、引物的筛选及退火温度的确立为进一步利用ISSR分子标记技术对苔藓遗传多样性的研究提供理论基础.     

两种荒漠小灌木RAPD反应条件优化与引物筛选

分析了模板DNA、引物、Taq酶、dNTP、Mg2+浓度对红砂和长叶红砂RAPD扩增的影响,筛选并建立了适合红砂和长叶红砂的RAPD扩增反应体系:反应体积25μL,内含20 ng模板DNA,0.16μmol/L引物,0.5 U Taq DNA聚合酶,2.5 mmol/L MgCl2,0.1 mmol/L dNTP,2μL10×buffer.用60个引物进行扩增,筛选出扩增效果好的18个引物,为进一步研究红砂和长叶红砂的遗传多样性奠定了基础.     

油茶SRAP-PCR反应体系的建立

以油茶品种大别山2号和赣兴46为试验材料,利用Me5Em8正反向引物组合进行了SRAP-PCR反应体系的L9(34)正交试验,采用正交设计直观分析及方差分析对影响SRAP反应的Taq聚合酶、Mg2+、dNTP和引物浓度进行分析,并对模板DNA浓度进行了单因素试验分析。结果表明,油茶SRAP-PCR 20 μL反应体系的最佳组合为: Taq聚合酶1.20 μmol/min、Mg2+浓度125 mmol/L、dNTP浓度0.15 mmol/L、Primer浓度0.60 μmol/L、模板DNA含量60 ng,并含有2 μL 10×buffer(Mg2+ free)。各因素对油茶SRAP-PCR反应的影响大小依次为:dNTP、 Mg2+ 、Taq聚合酶、Primer。     

地毯草ISSR反应体系的建立与优化

在利用ISSR技术对地毯Axonopus compessus(Sw.)Beauv.种质资源的遗传多样性进行研究的实验过程中,对影响PCR扩增效果的一些因素诸如DNA的提取、模板DNA质量浓度、Taq酶的选择及其用量、Mg2 浓度、dNTP的用量以及退火温度等指标进行筛选和优化,筛选优化出可用于地毯草ISSR-PCR分析最适宜的PCR反应条件:10μL PCR反应体积中,10×Taq酶配套缓冲液(10 mmol/L Tris-HCl,ph9.0,50mmol/L KCl,0.1%Triton X-100),0.75 U Taq DNA聚合酶(上海申能博彩),0.375 μmol/L引物,180μmol/L dNTP,1.5～2.0 mmol/LMgCl2,10ng模板DNA.     

三角梅SRAP-PCR反应体系的建立及引物筛选

利用L9(34)正交试验设计,对影响PCR反应的TaqDNA聚合酶量、dNTP浓度、Mg2+浓度和引物浓度4个因素以及模板DNA浓度进行了三角梅SRAP-PCR扩增反应条件优化研究,并对引物进行了全面筛选.三角梅SRAP-PCR优化反应体系结果为:2.5μL 10×PCR buffer、60ng模板DNA、TaqDNA聚合酶1.0U、dNTP 0.25mmol/L、Mg2+2.5mmol/L、引物0.3μmol/L,总体积25μL.运用该结果从208对引物组合中共筛选出扩增条带清晰,多态性丰富的SRAP引物27对.优化体系的建立及其引物的筛选为今后利用SRAP标记技术进行三角梅遗传分析、图谱构建、基因定位与种质资源鉴定奠定了技术基础.     

地石榴ISSR扩增体系优化及应用

以地石榴为材料,通过单因素试验,对ISSR-PCR反应体系中各种影响因子,如引物浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量、模板DNA浓度、退火温度等进行了优化和筛选,建立了适合地石榴的IS-SR-PCR反应体系:20μL体系中,10×buffer 2.0μL,引物0.50μmol.L-1,dNTPs 0.15 mmol.L-1,Mg2+1.2mmol.L-1,Taq DNA酶1.25 U,模板DNA 25 ng.确定了适宜的退火温度为52℃.利用该优化后的体系从60条ISSR引物中筛选出了12条,随机选取2条对10份分布于不同地区的地石榴标本基因组DNA进行扩增,证实了该体系稳定可靠,可用于进一步分析地石榴居群遗传多样性.     

索科线虫RAPD反应条件优化

以中华卵索线虫为材料,研究索科线虫DNA的提取以及对RAPD的影响因素,包括模板DNA、Mg2+、dNTP、引物和Taq聚合酶浓度等,探索最佳反应条件,构建了适于索科线虫RAPD分析的稳定的反应体系.25μL反应体系中,含模板DNA20~40 ng,10×PCR缓冲液2.5μL,MgCl22.0 mmol/L,dNTP 150μmol/L,引物0.3μmol/L,Taq聚合酶1U.实验证明,在对索科线虫进行RAPD分析时,采用优化的反应条件,规范实验操作,使用同厂家同批次的试剂,实验结果就会具有很好的重复性和稳定性.     

中国鲎微卫星引物扩增圆尾鲎DNA的PCR反应体系优化

采用正交设计法,从dNTPs浓度、引物浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量4个因素3个水平出发,优化设计圆尾鲎DNA的PCR反应体系(引物为中国鲎微卫星引物).并采用直观分析方法分析正交试验结果,最终建立了圆尾鲎SSR-PCR最佳反应体系:总体积20μL,Taq DNA聚合酶1.5 U、dNTPs 0.16 mmol/L、引物0.2μmol/L、Mg2+2.0 mmol/L;并通过PCR梯度实验进一步优化模板DNA质量浓度、退火温度及退火时间,获得最佳反应条件:模板DNA质量浓度为30 ng/μL,退火温度为48℃,退火时间为20～25 s.对最佳反应体系和反应条件进行了检验,结果显示该反应体系稳定性高、重复性好.