小麦SSR标记的应用

SSR技术是建立在PCR技术上的新型分子标记,同其他分子标记相比,具有多态性高,重复性好、探作简单、结果稳定等特点.本文阐述了小麦SSR标记的技术路线,概括介绍了SSR标记在小麦中的应用.     

SSR标记技术在植物基因组研究上的应用

SSR也称作微卫星DNA,是一种广泛应用的分子标记技术。SSR具有丰富的多态性,基于这种多态性,可以对植物基因组进行分析筛选;SSR的检测方法快速、技术简便。目前,这项技术已用于多种植物的基因组研究,如基因定位及遗传图谱的建立、数量性状标记、杂种优势的利用等。在一些重要的农作物中,已定为了丰富的SSR位点。随着技术的发展,基于SSR技术的新的标记方法不断出现,如：ISSR、RAMP、REMAP。概述了SSR标记技术的原理和特点;介绍了与实验相关的技术和方法;着重整理了近年来在SSR技术上发展起来的新的标记方法;探讨了SSR在植物基因组研究中的应用。     

聚丙烯酰胺凝胶电泳检测水稻SSR标记

以水稻为试验材料,提取水稻基因组DNA,选择多态性SSR标记,并将标记产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,最后硝酸银染色,试图建立了一种行之有效、简便、快捷的应用于水稻SSR标记的PAGE银染检测方法。     

SSR分子标记的研究进展

介绍SSR分子标记的开发方法,综述了SSR标记在通用性、遗传多样性与种质鉴定、遗传连锁图谱构建、基因定位与克隆、数量性状基因位点(QTLs)分析、DNA指纹图谱构建等研究中的应用及最新进展,对提高SSR分子标记电泳检测效率提出一些建议.同时展望了SSR分子标记的应用前景.     

SSR标记技术及其在植物遗传学中的应用

SSR是建立在PCR技术上的新型分子标记 ,与RFLP、RAPD、AFLP相比 ,SSR具有多态性高 ,结果稳定可靠 ,重复性好 ,操作简便等特点 .阐述了SSR的原理和方法 ,概括介绍了其在遗传学和遗传育种研究领域中的应用     

SSR标记分离技术的研究概况

SSR标记是植物中目前运用的最广泛的分子标记之一，广泛地运用于植物种质鉴定、分子标记连锁图的构建和群体遗传学等诸多领域．由于SSR为共显性标记，可以区分纯合、杂合基因型，因而得到更广泛的应用．目前出现了有筛选文库、筛选富集文库、与其他现有技术结合、STMP技术等SSR标记方法．在这些技术中，目前运用最广泛而且比较成熟的方法是筛选富集文库的方法，STMP技术是目前效率最高的分离单个微卫星位点的方法，可以开发SSR标记．本文对这些技术的原理作了论述．     

甘蓝型油菜青杂7号实验室快速纯度鉴定技术体系的建立

为了建立准确高效的青杂7号杂交种种子纯度鉴定方法,并促进青杂7号的推广。本研究选用青杂7号的恢复系、不育系及F1杂交种,利用60对SSR引物对其进行分析并利用大田制种群体对标记进行验证。同时对碱裂解DNA快速提取方法进行了优化。结果表明:得到的1对SSR共显性标记P49,该标记的鉴定结果与大田鉴定结果基本一致,但SSR标记检测方法比大田检测更快更准确;优化的DNA快速提取方法提取的DNA可以稳定扩增出清晰可见的条带,可以应用于鉴定油菜杂交种纯度,进一步加快了油菜杂交种纯度鉴定的速度。     

SSR分子标记的开发策略概述

SSR分子标记是一种基于DNA重复序列长度多态性的分子标记技术,是进行群体遗传学结构分析、构建遗传连锁图谱非常有力的工具,应用该技术的前提条件是要有相应的SSR引物.综述了几种有代表性的SSR引物开发策略,旨在为各物种SSR标记的开发提供参考.     

一种快速有效检测SSR标记的非变性聚丙烯酰胺凝胶的银染方法

聚丙烯酰胺凝胶银染法是一种具有高分辨率检测SSR标记的有效方法,然而传统的银染方法存在操作步骤较多、所需时间较长及试剂种类与用量较多等不足.本研究利用菜心和烟草SSR标记为研究对象,建立一种能快速有效检测其PCR扩增产物的非变性聚丙烯酰胺凝胶的银染方法.该方法包括染色和显影2个主要操作步骤,整个银染流程耗时6~7 min,只需要AgNO_3、NaOH和甲醛3种试剂,所检测SSR标记的DNA条带清晰、易辨.与其他银染法相比,本研究建立的银染法具有易于操作、耗时少、所需试剂种类和用量少及检测效果好的优势.     

朱顶红转录组SSR标记的开发与遗传多样性研究

为开发朱顶红SSR标记并用于种质资源遗传特征分析,本研究从漳红2号朱顶红转录组共48 355条unigenes中搜索得到11 055个SSR位点,出现频率为25. 13%. SSR类型以一、二、三核苷酸重复为主,占总SSR比例的92. 80%,其中三核苷重复为主要基序类型,占总SSR的43. 73%.设计合成的50对SSR引物中有7对引物在51份朱顶红种质中得到有效性验证,表现扩增条带清晰、多态性好.基于SSR标记进行51份朱顶红种质的遗传多样性分析表明,在遗传相似系为0. 166时可将其分为6个类,来源于相同地域或亲缘种质大多成簇分布.研究结果表明,漳红2号朱顶红转录组测序产生的unigenes信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为朱顶红及其近缘种的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择.     

柳杉无性系指纹图谱的构建及遗传多样性分析

【目的】为了构建柳杉无性系的DNA指纹图谱,准确区分柳杉无性系。【方法】利用SSR标记分析了柳杉89个无性系的遗传多样性和指纹图谱。【结果】11对引物共检测出53个等位点,平均每个SSR位点有5个,变化范围为3～6个; 有效等位基因数(N_e)变化范围为1.887 0～4.295 6,平均为3.041 1; Shannon信息指数(I)变化范围为0.774 9～1.556 3,平均为1.208 1。表明SSR标记具有较高的多态性。根据SSR标记特点及引物的顺序,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了柳杉89个无性系的 DNA 分子指纹图谱,使每个无性系都获得了 1 个 22 位数的指纹图谱号码,同时基于个体间的遗传距离将柳杉89个无性系分为 5 类。【结论】SSR标记适用于柳杉无性系遗传多样性分析及鉴定,柳杉的遗传多态性处于中等偏高水平。     

Mining,characterization, and exploitation of EST-derived microsatellites in <Emphasis Type="Italic">Gossypium barbadense</Emphasis>

Simple sequence repeats (SSRs) have been widely applied as molecular markers in genetic studies. However, the number of ex-pressed sequence tags (ESTs) and SSR markers from Gossypium barbadense is fewer than those from other cotton species. In this study, EST-SSR distribution from G. barbadense was characterized and new G. barbadense-derived EST-SSR markers were de-termined on the basis of the ESTs obtained by randomly sequencing 2 cDNA libraries associated with fiber development in G. barbadense. By mining 9697 non-redundant ESTs, a total of 638 SSR loci derived from 595 ESTs were observed. In G. barba-dense, the frequency of ESTs containing SSRs was 6.13%, with an average of 1 SSR in every 10.4 kb of EST sequence. Further-more, trinucleotide was found to be the most abundant repeat type among 2–6-nucleotide repeat types. It accounted for 26.6% of the total, followed by the hexanucleotide (26.0%) and pentanucleotide repeats (25.9%). Among all the repeat motifs, (AAG)n accounted for the highest proportion. EST-SSR primer pairs were developed using the Primer3 program, and the redundant primers were removed using the virtual PCR approach. As a result, 380 non-redundant EST-SSR primer pairs were developed and used to detect polymorphisms between the mapping parents G. hirsutum ‘TM-1’ and G. barbadense ‘Hai7124’ for constructing linkage groups in cultivated allotetraploid cotton. Out of these, 98 (25.8%) primer pairs detected polymorphisms. Finally, 95 polymorphic loci from 82 primer pairs were integrated into the backbone genetic map; of these, 42 were mapped into the A subgenome and 53 into the D subgenome. The present work provided the foundation for constructing saturated genetic maps and conducting comparative genomic studies on different cotton species.     

Evaluation of the introgressed lines and screening for elite germplasm in Gossypium

THERE ARE 51 SPECIES IN THE GENUS OF GOSSYPIUM[1]. EXCEPT UPLAND COTTON CULTIVARS, WILD CULTIVARS, SPECIES AND RACE HAVE ABUNDANT GENETIC POLYMORPHISMS DUE TO THEIR VARIOUS ENVIRONMENTAL DISTRIBUTION AND LONG-TERM NATURAL SELECTION. THEREFORE, THEY POSSESS LOTS OF EXCEL- LENT GENES THAT CAN BE USED TO EXPLOIT POTENTIAL TRAITS, SUCH AS DROUGHT RESISTANCE, DISEASE AND INSECT …     

青藏高原栽培青稞SSR标记遗传多样性研究

利用SSR标记评估了64份青藏高原栽培青稞的遗传多样性。选择的30个SSR标记中,22个标记扩增良好且具有多态性,每位点检测出的等位基因数为2~15个,共检测出等位基因132个,平均6.0个;各多态位点检测出基因型为2~11种,多态信息指数为0.16~0.91,平均为0.65。这些表明青藏高原栽培青稞具有丰富的遗传多样性。同时发现,青藏高原栽培青稞在麦芽性状、淀粉性状、病虫及裸粒等重要农艺性状存在丰富的变异,是遗传育种的宝贵资源库。不同来源的群体材料的遗传多样性不同,具有区域特异稀有基因。聚类分析将材料分为四组,材料聚类与材料来源地和生长习性无相关性。聚类图显示了不同材料间的遗传距离或遗传相似程度,可为材料选择提供参考。     

观赏海棠SSR-PCR体系优化及引物筛选应用

【目的】为探究适用于观赏海棠SSR反应分子标记研究的最佳PCR反应条件,采用正交设计法对观赏海棠SSR-PCR体系进行优化,并利用优化体系筛选适于观赏海棠的多态性SSR引物。【方法】以6个二倍体观赏海棠DNA模板为材料,采用L₁₆(4⁵)正交试验对DNA模板浓度、Taq酶浓度、引物浓度、Mg²⁺浓度和dNTP浓度进行优化实验,确立了观赏海棠SSR-PCR最佳反应体系。【结果】得出15 μL优化体系各成分为:DNA模板5 mg/L、Taq酶1.25 U、引物0.3 μmol/L、Mg²⁺ 2 mmol/L、dNTP 0.25 mmol/L、1×Buffer1.5 μL。利用优化体系在73对苹果属SSR引物中筛选出15对条带清晰、多态性丰富、重复性好的SSR 引物并确定各引物的退火温度,其多态信息含量均大于0.25。【结论】正交试验结果达到优化目的,利用优化体系筛选的15对多态性引物可直接应用于观赏海棠SSR分子标记实验中,为观赏海棠品种鉴定、分类以及遗传育种等研究提供了有效工具。     

春小麦重组自交系及多种SSR标记构建遗传图谱

 以春小麦重组自交系(RIL)宁春4 号×宁春27 号为作图群体,利用SSR 标记构建小麦遗传连锁图谱。结果表明,用1001对SSR 引物选出亲本间表现多态性的引物307 对,多态性频率为30.7%。利用307 对多态性引物对RIL 群体进行分析,共检测到266 个多态性标记位点。通过χ²检测(P<0.05),有147 个SSR 标记表现为偏分离,偏分离率为55.3%,129 个偏向母本宁春4号,其偏分离位点主要分布在B 和D 基因组上。用Mapmaker 3.0 和Mapdraw 2.1 软件将266 个SSR 位点绘制在小麦遗传连锁图上,该图谱覆盖小麦基因组全长2187.79 cM,标记间的平均遗传距离为8.22 cM。     

无花果栽培品种遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建

【目的】近几年国内引进了很多的无花果新品种,但是仅依靠表型性状不能准确地区分相似品种,因此从DNA分子水平上进行无花果品种的分类和鉴定。【方法】利用SSR分子标记技术对30个无花果品种进行遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建。【结果】7对SSR引物在30个无花果品种中共扩增得到了24条清晰条带,平均观察等位基因数(N_a)为3.43、有效等位基因数(N_e)为3.025 6、Shannon信息指数(I)为1.126 6,多态性信息含量指数(PIC)变化从0.682 8到0.892 5,平均为0.816 4。遗传相似系数在0.291 7～1.000 0之间,平均相似系数为0.629 4,表明实验的品种间存在差异。在相似系数为0.59时将30个无花果品种分为4类。同时构建了30个无花果品种的SSR指纹图谱。【结论】基于SSR分子标记技术建立起来的无花果指纹图谱能够有效区分无花果相似品种,可以为无花果新品种的选育和品种鉴定提供科学依据。     

Fine mapping of a semidwarf gene sd-g in indica rice（Oryza sativa L.）

The semidwarf gene sd-g which has been usedin indiea rice breeding in southern China is a new one, non-allelic to sd-1. To map sd-g, an F2 population derived fromthe cross between Xinguiaishuangai and 02428 was con-structed. The sd-g was roughly mapped between two mi-crosatellite markers RM440 and RM163, with genetic dis-tances of 0.5 and 2.5 cM, respectively. Then nine new poly-morphic microsatellite markers were developed in this region.The sd-g was further mapped between two microsatellitemarkers SSR5-1 and SSR5-51, with genetic distances of 0.1and 0.3 cM, respectively, while cosegregated with SSR418. ABAC contig was found to span the sd-g locus, the region be-ing delimited to 85 kb. This result was very useful for cloningof the sd-g gene.     

水稻遗传多样性及其农艺性状与SSR标记的关联分析

分析水稻材料的遗传多样性,寻找与农艺性状相关联的分子标记,为水稻杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据.利用60对分布于水稻12条染色体组的SSR标记对190份水稻材料进行遗传多样性分析与群体遗传结构分析,并采用Tassel3.0的GLM和MLM进行标记与农艺性状的关联分析.结果显示,190份水稻材料的遗传相似系数(GS)变异范围为0.62～0.97,平均值为0.86.按群体遗传结构可将供试材料分为3个亚群.以GLM分析,发现8个与穗长、一次枝梗数、一次枝梗穗粒数、二次枝梗数、二次枝梗穗粒数、总穗粒数和饱满穗粒数相关联的标记,各标记对表型变异的解释率为0.0648;以MLM分析显示,8个标记对表型变异的解释率在0.0378～0.0648.本研究获得的这8个农艺性状相关的分子标记可以作为辅助育种培育高产水稻品种的分子标记.     

林木RAPD分析及实验条件的优化

随机扩增多态分子标记是目前林木遗传研究中使用最为广泛的一种分子标记,作者对影响ＲＡＰＤ实验的因素进行了分析和探讨,确定了一针对林木进行ＲＡＰＤ分析的实验程序。根据该程序,可以快速确定ＲＡＰＤ实验的理想条件,获得ＲＡＰＤ反应的良好重复性。