灯盏花matK基因序列分析及分子鉴定

药用植物灯盏花在使用中会与飞蓬属或紫菀属植物混淆,对灯盏花mat K基因生物信息学分析及灯盏花植物形态的研究,实现灯盏花与混淆植物的鉴定.采用PCR方法扩增并克隆了灯盏花mat K基因,对该基因进行生物信息学分析,结果显示,灯盏花mat K基因总长为1 317 bp,编码438个氨基酸,无信号肽,无跨膜结构,表现为亲水性,二级结构以α螺旋、β折叠为主,亚细胞定位预测mat K基因位于真核生物的叶绿体中,有8个蛋白结合区和3个多核苷酸结合区,用植物形态、氨基酸序列变异和系统进化树相结合,可以达到鉴别灯盏花与混淆物种作用.     

茶藨子属ITS2序列二级结构的预测和比较分析

目的:利用内转录间隔区2(ITS2)序列对茶藨子属30个物种进行分类鉴定.方法:利用Clustal W软件多序列比对分析从Genbank上下载的ITS2序列,通过MEGA7.0软件计算遗传距离(K2P),基于K2P模型构建邻接(NJ)聚类树,并用RNA Structure5.4软件分析各物种ITS2二级结构的差异.结果:从构建的聚类树可知,茶藨子属30个物种均聚为1大枝11个小分枝,说明茶藨子属是一个单系类群;根据ITS2的二级结构分析,该属所有物种都均具有相似的结构,说明了该属的特异性较强,同时也说明了ITS2序列分析适用于茶藨子属植物的分类鉴定,并在近缘物种间的系统学研究、物种的鉴定方面具有较大的应用潜力.     

乌头属植物ITS条形码的序列及结构特征研究

毛茛科乌头属(Aconitum L.)植物是一类药用植物,主要分布在青藏高原等地区,其分子系统的分类对该药材道地性研究十分必要,然而目前分子学的分类鉴定依然有限.通过对9种乌头属植物进行ITS序列分析及二级结构预测,并结合公共数据库的数据,建立了一种对乌头属植物种间鉴定的分子学方法,为后续青藏高原地区道地药材研究奠定基础.形态学鉴定显示,其中6种为高乌头,1种为赣皖乌头,1种为空茎乌头,1种为"遵义"乌头(后用ZY代替).ITS序列分析与聚类揭示这几种乌头属植物之间的亲缘关系:ZY与其他几种差异较大,ITS1遗传距离均大于0.1,ITS2遗传距离小于ITS1的遗传距离,GC含量高达60.9%.ITS一级结构聚类显示ZY为乌头亚属植物,其余8种皆为牛扁亚属,二级结构上XJ与QCHS的具有较大的主环,与其他种表现出明显的差异.ITS2上具有54.5%的CBCs位点,表明在这几种乌头属植物间存在着种间杂交.     

藏药金腰属ITS二级结构的特点及其系统发育研究

分析了21种金腰的ITS序列特征,并进行了ITS二级结构的预测和比对,利用真核生物共有的保守结构域和基序对序列对二级结构进行了验证,分析了ITS2补偿性碱基配对变化(compensatory base pair changes, CBCs).结果显示,除中华金腰(Chrysosplenium sinicum)和山溪金腰(Chrysosplenium nepalense)以外,两亚属内种间遗传距离比两亚属之间的遗传距离小,对叶亚属中的中华金腰和山溪金腰之间的遗传距离最小,为0.013,但它们与其它金腰的遗传距离都大于0.1;金腰属中ITS2序列的二级结构比ITS1序列更加保守,互叶亚属中的ITS序列二级结构比对叶亚属的更保守;C.sinicum和C.nepalense及其它对生叶亚属内都存在CBCs,而互生叶亚属内没有,C.sinicum和C.nepalense与互叶亚属杂交的可能性比和对叶亚属更大,推断C.sinicum和C.nepalense在进化上可能处于更靠近金腰属基部起源的位置,在它们之后才分化产生了互生亚属和对叶亚属;对叶亚属内种间杂交的可能性远比互叶亚属内少,对叶亚属更趋向于各自独立进化,而互叶亚属可能更容易发生种间杂交产生新的变种.研究表明,ITS序列特征能对金腰属物种的杂交起源和进化提供新的思路和证据,对该属植物的进化研究具有重要的意义.     

ITS2序列鉴定青葙子及其混伪品

为探讨基于ITS2序列鉴定青葙子及其混伪品的新方法,对青葙子及其混伪品共4个物种7份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时从GenBank下载青葙子及其常见混伪品共10个物种21个样本的序列信息.分析各物种间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列构建其系统发育树.结果表明青葙子及其混伪品的ITS2二级结...     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

质心法:受类别驱动的RNA二级结构预测方法

RNA二级结构预测问题是计算分子生物学中的一个重要问题.目前的RNA二级结构预测模型和算法都是把待测结构RNA的一级序列作为输入,仅根据输入的序列预测其二级结构.这样做丢失了待测RNA的类别信息,进而无法利用同类别RNA二级结构的保守性.在实际的生物学研究中,对于关心二级结构的RNA,其类别往往是已知的.本文提出一种新的RNA二级结构预测思路:结合类别信息、根据已知的近似形状细化RNA的二级结构.这种方法尤其适用于长度较短、保守性好的非编码RNA.该方法的一个关键问题是如何将一个序列按照近似的形状进行折叠.为此本文首次提出了茎区的"质心"和"质心距"的概念,并且给出了一个结合了Hopfield网络和类别信息的RNA二级结构预测算法.实验表明本文提出的方法在所测试ncRNA分子上效果好于目前的方法.     

四棱豆属7个栽培种ITS序列亲缘关系分析

对四棱豆属栽培品种nrDNA ITS序列进行克隆测序,并进行序列比较与品种间亲缘关系分析.结果表明:(1)供试品种间ITS序列的变异小,GC含量低,为51.4%～51.6%.(2)供试四棱豆品种间遗传变异范围在0.0000～0.0009,表明四棱属内nrDNA ITS区存在一定的遗传变异,但变异较低,表明供试材料间亲缘...     

西藏地区红景天属植物ITS,rbcL, trnS-G序列多态性分析群

以西藏红景天为研究材料,利用DNA条形码(核糖体内转录间隔区ITS以及两对叶绿体DNA序列rbcL和trnS-G),对所收集的44个样品进行克隆与测序,并结合NCBI中已报道的22种红景天ITS,rbcL,trnS-G序列进行分析.利用Mega5.0软件基于DNA条形码序列分析上述样本的遗传距离结果显示,ITS和trnS-G序列在红景天属植物种间的差异明显,rbcL序列的差异较小.所构建的N-J进化树结果显示ITS对红景天物种的识别能力优于rbcL和trnS-G,但任何单一的DNA条形码均无法成功辨识全部的红景天属植物.其中ITS序列可以清晰的分辨出大花红景天与圣地红景天,并且不同地理居群间的样本差异较小,rbcL+trnS-G组合DNA条形码可以清晰分辨出长鞭红景天.本研究对西藏红景天属植物进行了遗传多样性分析,为其开发与利用提供指导.     

西藏地区红景天属植物ITS,rbcL,trnS-G序列多态性分析

以西藏红景天为研究材料,利用DNA条形码(核糖体内转录间隔区ITS以及两对叶绿体DNA序列rbcL和trnS-G),对所收集的44个样品进行克隆与测序,并结合NCBI中已报道的22种红景天ITS,rbcL,trnS-G序列进行分析.利用Mega5.0软件基于DNA条形码序列分析上述样本的遗传距离结果显示,ITS和trnS-G序列在红景天属植物种间的差异明显,rbcL序列的差异较小.所构建的N-J进化树结果显示ITS对红景天物种的识别能力优于rbcL和trnS-G,但任何单一的DNA条形码均无法成功辨识全部的红景天属植物.其中ITS序列可以清晰的分辨出大花红景天与圣地红景天,并且不同地理居群间的样本差异较小,rbcL+trnS-G组合DNA条形码可以清晰分辨出长鞭红景天.本研究对西藏红景天属植物进行了遗传多样性分析,为其开发与利用提供指导.     

基于ITS2条形码对铁皮石斛及其混伪品分子鉴定的初步研究

通过分析铁皮石斛及其常见混伪品的ITS2序列差异，建立铁皮石斛药材真伪的快速鉴别方法．运用CodonCode Aligner V3．0软件对测序峰图进行校对拼接，基于隐马尔可夫模型的注释方法获得ITS2序列，采用MEGA5．0软件进行序列比对，种内种间距离计算及UPGMA聚类树构建，应用Koetschan等建立的ITS2数据库及网站预测ITS2二级结构．结果表明，铁皮石斛及其混淆品ITS2之间存在明显差异，所有铁皮石斛样品在UPGMA树上单独聚为一类．ITS2序列可以作为DNA条形码用于铁皮石斛与其混伪品的快速分子鉴别．     

基于ITS、atpB-rbcL序列的醉翁榆(Ulmus gaussenii)与相近榆属植物的亲缘关系

濒危植物保护生物学研究已成为生态学领域的研究热点之一.为了廓清我国特有濒危植物醉翁榆(Ulmus gaussenii)与相近榆属植物的系统地位,用分子标记ITS和atpB-rbcL手段分析醉翁榆与其他榆属相关种的亲缘关系,结果表明:24种榆属植物atpB-rbcL扩增片段长度为735～834 bp,G+C的含量在29.3%～31.6%之间,并没有发生很大的偏差;基于ITS(包括5.8 s)扩增片段,醉翁榆与黑榆系的毛果旱榆、栓枝春榆以及榆系中的大果榆、脱皮榆(U.lamellosa)相近;基于atpB-rbcL扩增片段,醉翁榆与榆系中的大果榆、脱皮榆以及明陵榆的关系比较近,两种标记都表现出醉翁榆与黑榆系中变种毛果旱榆、栓枝春榆的关系比较近;atpB-rbcL的NJ和Bayesian树完全支持榆属组下的分类以及榆属系统的演化关系.     

虫草属多元起源的分子生物学证据

测定了虫草属 (Cordyceps)代表种及其相关无性型菌 (anamorphicstate )核糖体rDNAITS区序列 ,并从国际分子生物学数据库中调取相关序列 ,以Phylip35分析软件构建序列距离矩阵和分子系统发育树图 ,结果表明 :虫草属各个种之间ITS区序列差别比较大 ,不能形成一个单系的类群 .冬虫夏草 ,古尼虫草 ,蛹虫草 ,大团囊虫草在系统发育上分别与丝孢纲(Hyphomycetes) ,束梗孢目 (Stilbelaes)的中国被毛孢 ,丝孢目 (Hyphomycetales)的黄绿绿僵菌 ,丝孢目 (Hyphomycetales)的球孢白僵菌 ,担子菌纲的Cyphomyrmexminutus非常接近 ,在树图上分别处于相对独立的分支 ;说明形态学上划分的虫草属并非一自然发生的类群 ,也说明了虫生真菌形态与基因水平进化的不一致性 .     

两株产人参皂苷糖苷酶酵母菌株的18S rDNA和ITS序列分析

对两株产人参皂苷糖苷酶的酵母菌株进行核糖体18S rDNA和ITS序列克隆测定,获得了长度分别为1 477和1 478 bp的18S rDNA序列和长度分别为791和727 bp的ITS序列,对获得的基因序列进行比对及同源性分析,结果显示,两株酵母菌的18S rDNA序列的相似性达100%,而ITS序列的相似性则为66%,均与NCBI数据库中登录的啤酒酵母的相应序列同源性最高.从GenBank中选取部分不同种属的酵母菌ITS序列,以ITS为对象构建系统发育树,从分子生物学角度确定了两株酵母菌为酵母菌属的不同种类.     

一株引起厦门地区不同作物感染的Poitrasia circinans分离与鉴定

对从厦门地区2种受感染作物上采集的病原菌株进行鉴定分析,为病害防治提供参考。从厦门市同安国家农业科技园区采集受感染的植物样本,平板分离纯化菌株,提取菌株的总DNA,然后用ITS1和ITS4引物PCR扩增,获得其ITS序列并测序。在Genbank进行比对,采用Paul~*4.0构建进化树。从花生和草莓的地上部分采集到相似菌株,PCR扩增得到的ITS序列相同,Genbank比对与进化分析结果均显示该株菌与已报道的Poitrasia circinans菌株在ITS序列上存在较高相似性。本研究得到的感染花生和草莓的菌株为同一株菌,属于Poitrasia circinans,命名为Poitrasia circinans hxfq.1,这也是福建省首次报道Poitrasia circinans感染作物。     

光柄筒冠花核糖体DNA ITS区序列

测定中国特有植物光西风筒化的ＩＴＳ区序列,分析了其结构特征,Ｇ＋Ｃ百分含质量及序列变异性,并比较了光西风筒冠花与其他被子植物的ＩＴＳ区序列特征。光柄筒冠花的ＩＴＳ区和５．８Ｓ ＤＮＡ的总长度为６０９个核苷酸。其中ＩＴＳ－１为２０７ｂｐ,ＩＴＳ－２为２３６ｂｐ,５．８ＳｒＤＮＡ为１６６ｂｐ;总的ω（Ｇ＋Ｃ）为５９．１１％,其中ＩＴＳ－１为６４．２５％,ＩＴＳ－２为５７．６３％和５．８ＳｒＤＮＡ为５３     

灯盏细辛内生真菌的研究 Ⅰ:菌种分离及其分类鉴定

从灯盏细辛(Erigeron breviscapus(Vant.)Hand.-Mazz.)的根、茎、叶、花中分离获得内生真菌共54株,经显微形态观察将其中46株分类鉴定为5个目、7个科、22个属.结果表明,灯盏细辛不同部位内生真菌的数量、分布和种群存有差异.       

金针菇rDNA-ITS序列分析

为研究金针菇rDNA-ITS序列特征,提取了不同来源金针菇子实体的基因组DNA,对其rDNA的内转录间隔区进行PCR扩增和序列测定,并提交NCBI获得登录号;将不同产地的金针菇ITS序列与本研究获得的金针菇ITS序列进行对比分析,利用ITS序列分析技术研究其遗传多样性,并构建了NJ系统发育树。结果表明,所有供试材料的ITS全长在710～719　bp范围内,G+C含量在49.3　%～49.9　%,所有序列共有34个变异位点,16个信息位点,ITS区遗传距离变化范围为0～0.016,即不同产地的金针菇ITS序列在进化过程中存在差异。此结果可为真菌分类鉴定等研究提供重要的资料和依据。