鹅源腺病毒全基因组DNA酶切片段的克隆

利用1株鹅源腺病Y81G4株,经鹅胚增殖后收获尿囊液,用差速离心法纯化病毒子并提取病毒基因组DNA,病毒DNA经Hind Ⅲ酶切后共产生10个片段,分别回收各酶切片段,与经Hind Ⅲ单酶切的pUC18连续,获得8个不同的重组质粒。对于未克隆到的两末端片段,经碱处理去除末端蛋白后,以平端和HindⅢ粘端与经SmaⅠ和 HindⅢ双酶切的pUC18连接,获得了重组质粒pGAHC和pGAHI。克隆的各酶切片段,通过酶切电泳和Southern blotting结果鉴定,证明已分别克隆到该病毒基因组DNA HindⅢ酶切片段,且各酶切片段大小之和约为32．9kb.     

五指山猪生长激素基因全序列克隆及序列分析

通过筛选一对引物，PCR扩增五指山小型猪GH基因全序列，并进行克隆测序分析、序列分析及氨基酸分析．结果表明，有98个位点不同，同源性为95．026％，外显子有2个碱基发生了突变，其中外显子2有1个位点的碱基突变导致了氨基酸异义取代。     

啤酒花潜隐病毒新疆分离物的全基因组序列分析

对新疆啤酒花上获得的HpLV分离物HpLV-XJ进行了全长克隆和基因组序列分析。结果显示:HpLV-XJ的全基因组序列为8612个核苷酸(nt)(不包括poly A),含有6个开放阅读框(ORF),分别编码224 kDa(ORF1)、25kDa(ORF2)、11 kDa(ORF3)、7 kDa(ORF4)、34 kDa(ORF5)、和12 kDa(ORF6)蛋白。序列相似性分析结果表明,HpLV-XJ与HpLV(GenBank:AB032469)序列相似性达98.5%,6个开放阅读框的核苷酸序列相似性分别为98.3%、99.0%、97.6%、96.7%、99.5%和98.4%;由此推导的氨基酸序列相似性分别为98.6%、98.7%、97.2%、95.0%、99.4%和98.1%,各个基因的核苷酸序列和蛋白的氨基酸之间存在着一定的差异。     

翘嘴鳜线粒体基因组全序列的克隆与特征分析

通过直接测序的方法获得翘嘴鳜线粒体DNA基因组全序列(GenBank:JF972568).翘嘴鳜线粒体基因组全长为16 496 bp,其包含13个编码蛋白基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个Control region区域.整个翘嘴鳜线粒体DNA利用率非常高,仅仅只有32 bp的基因间隔和35 bp的基因重...     

生物全基因组序列的下载及分析——以牛基因组序列为例

介绍了生物基因组研究的最新概况及生物全基因组下栽相关的核酸数据库,列举了日、欧、美等相关的数据库网址。尔后以牛基因组为例,介绍了基因组序列下载的步骤和方法以及各种方法的优劣特点。阐述了对下载的数据如何进行简要分析,并初步展示了牛基因组序列的相关数据。     

红腹锦鸡线粒体基因组全序列及其结构分析

采用PCR扩增方法测定红腹锦鸡Chrysolophus pictus线粒体基因组全序列:序列全长16 678 bp,共有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因和22个tRNA基因.基因组的组成、顺序、编码链的选择、tRNA的结构都与绝大多数鸟类相同或相近.红腹锦鸡线粒体基因组碱基组成分别为:A(30.4％)、T(24.8％)、C(31.2％)、G(13.6％).总的A+T含量为55.2％.除了COⅠ基因起始密码子是GTG,其余12个蛋白质编码基因的起始密码子都是ATG.tRNA基因核苷酸长度为65～76 nt,12S rRNA和16S rRNA基因分别为968和1 604 nt.     

广西巴马小型猪生长激素(pGH)基因全序列克隆及序列分析

目的克隆广西巴马小型猪生长激素(pGH)基因全序列,并与已发表的其它品种猪的生长激素(pGH)基因全序列进行比较,探讨该基因在广西巴马小型猪中可能存在的变异。方法以广西大学巴马小型猪基因组DNA为模板,扩增巴马小型猪生长激素基因的全序列,将该扩增片段亚克隆到pMD18-T载体后测序。再将测序结果在NCBI进行BLAST。结果测序结果证明克隆得到了巴马小型猪GH基因,全长为2 007 bp。同源性比较发现,巴马小型猪GH基因全序列与GenBank中发表的五指山猪、太湖猪及普通猪的GH基因全序列的同源性分别为99.4%、98.3%、93.9%。     

SARS-CoV-2病毒全基因组序列比对及进化分析

SARS-CoV-2病毒株是β属冠状病毒,它包括S、N、E、M4个主要编码蛋白,是造成中国湖北省武汉市爆发重大公共卫生事件的罪魁祸首,目前对该病毒的系统性研究分析并不是很多.运用计算机辅助软件工具来对筛选自NCBI基因文库中的36条来自不同国家地区的SARS-CoV-2病毒株序列进行全序列比对分析,从而找出SARS-C...     

大熊猫IL-2基因的克隆与序列分析

本实验应用反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）技术，从ConA诱导培养的大熊猫外周血淋巴细胞总RNA中扩增得到大熊猫IL-2基因，并将其克隆到PGEM-T载体中．经菌落PER鉴定、序列测定及序列分析，结果表明，经克隆得到的IL-2基因开放阅读框由465个核苷酸组成，编码一个由155个氮基酸组成的多肽，包括编码20个氨基酸的信号肽和135个氨基酸的成熟肽，该基因（已在Genbank中登录，序列号为：DQ852339）与已知的其他哺乳动物如犬、猫、人、猪、牛、羊、马、兔、鼠等的IL-2核苷酸同源性在66.5％（鼠）～91．5％（犬）之间；IL-2编码氨基酸同源性在54．8％（鼠）-85．2％（犬）之间；进化树构建结果表明大熊猫与犬亲缘关系最近．     

一株Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒强毒株的分离鉴定及全基因组序列分析

目的 对一例典型草鱼出血病的病原进行分离、鉴定和全基因组序列分析.方法 采用细胞培养分离病毒、PCR检测和测序分析、电镜观察、间接免疫荧光(IFA)分析、全基因组序列测定及回归感染鉴定对采集的草鱼出血病样品进行病原分析.结果 接种病毒的细胞没有产生CPE,但电镜观察可见大量呈典型呼肠孤病毒特点的病毒粒子,PCR检测并测...     

II型猪圆环病毒ORF2基因的原核表达与初步应用

II型猪圆环病毒(PCV2)是引起断奶仔猪多系统衰竭综合症(PMWS)的重要病原.本研究用PCR以构建的PCV2 ORF2重组质粒pBS-T-ORF2为模板,扩增截短的ORF2(tORF2)基因亚克隆至表达载体pGEX-4T-3,构建重组表达质粒pGEX-tORF2并转化大肠杆菌BL21(DE3).经SDS-PAGE及Western blot鉴定,成功表达了谷胱甘肽S转移酶(GST)融合的tORF2,重组蛋白分子量约为45ku,表达量约为菌体总蛋白的20%,重组蛋白具有良好的免疫学活性.用tORF2重组蛋白对20份临床猪繁殖与呼吸障碍综合征(PRRS)阳性猪血清进行Western blot检测,有4份(20%)血清显示PCV2抗体阳性,说明PCV2与PRRSV存在共同感染现象.本研究初步证明表达的tORF2重组融合蛋白可以应用于临床检测.     

猪圆环病毒2型ORF2基因及片段的原核表达

目的表达猪圆环病毒2型ORF2抗原,为研制猪圆环病毒2型血清学诊断方法以及生物制品生物安全性检验,提供技术支持。方法根据猪圆环病毒2型(PCV2)LC株序列,设计合成5对引物,采用PCR方法从全序列重组质粒PCV2-LC中扩增出了ORF2基因和4个不同ORF2基因片段,分别将其克隆到原核表达载体PET-32a上,再分别将各个重组表达质粒转化到大肠杆菌BL21中,用终浓度1 mmol/LIPTG诱导。结果表达产物以包涵体的形式存在,经Western-blot检测表明,表达的重组蛋白ORF2b、ORF2c、ORF2d能够被PCV2阳性血清所识别,具有良好的抗原性。表达的重组蛋白为ELISA诊断试剂盒的研制奠定了基础。     

猪hnRNPK基因启动子的克隆及序列分析

首次克隆了猪hnRNPK基因启动子序列,并进一步对该序列进行了分析.结果显示:该基因启动子约1 kb,与已报道的人的相应序列相似度为78.9%,具有相同的TCTCGCGAGA核心启动子序列和转录起始位点.利用在线软件分析发现,猪hnRNPK基因启动子不含TATA盒,而含有CAAT盒的GC富集区,存在两处CpG岛,具有SP1、UCE.2、GCF、EARLY-SEQ1、TTR_inverted_repeat、NGFI-C、EARLY-SEQ1等多种转录因子潜在结合位点,并且具有8种基序结构.     

猪繁殖和呼吸综合征病毒福建毒株ORF5的序列分析及原核表达

根据猪繁殖和呼吸综合征病毒(PRRSV)已发表的核苷酸序列,设计了一对特异性引物(p1/p2),用RT-PCR扩增PRRSV福建毒株FJ-1的全长糖基化囊膜蛋白基因(ORF5),将扩增产物连接到pUCm-T载体并转化大肠杆菌DH10B,筛选阳性重组质粒进行序列测定与分析.再设计另一条引物(p3)与p2从重组载体pUCm-T-ORF5中扩增出缺失了N端30个氨基酸残基的tGP5的编码序列tORF5,克隆入表达载体pGEX-4T-3后在大肠杆菌中表达.结果表明,FJ-1毒株ORF5基因为603 bp,编码200个氨基酸,与北美型参考毒株VR-2332、CH-1a及欧洲型参考毒株LV的氨基酸同源性分别为87%、89%和53%,推定福建毒株FJ-1属于北美型毒株.原核表达产物经过SDS-PAGE及Western Blot分析,证实为GP5与谷胱甘肽转移酶(GST)的融合蛋白.分子量为41 kDa.表达量约占菌体蛋白的15%,主要以包涵体形式存在.     

暗纹东方鲀线粒体若干tRNA基因的克隆及序列分析

利用分离纯化的暗纹东方鲀肝脏mtDNA为模板，按照红鳍东方纯（Takifugu rubripes）mtDNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增，首次克隆并测定了暗纹东方纯mtDNA的Cytb、COⅠ、COⅡ、COⅢ、D-loop等5个重要基因及其侧翼的8个tRNA基因。上述基因均已在GenBank登录。8个tRNA基因含有69-72个碱基。推定了各个tRNA的二级结构并进行了初步的序列分析。结果表明：8个tRNA基因具有较为典型的三叶草型结构，各臂的碱基配对率大多数较高，稳定性较好.     

一种新HDM2剪接变异体的cDNA克隆与序列分析

利用逆转录多聚酶链式反应(RT-PCR)分析癌基因HDM2在人宫颈癌Hela细胞中的表达.对克隆到的HDM2基因片段进行测序分析,从中筛选到一种新的HDM2剪接变异体.该剪接变异体阅读框由1 401 bp组成,预测编码466个氨基酸.与野生型HDM2相比,该变异体氨基酸序列的29-53位缺失,395住丝氨酸突变为苯丙氨酸,407位丝氨酸突变为半胱氨酸,其中缺失段29-53位于HDM2与p53相结合区域的上游部分.这可能影响HDM2与p53的相互作用,与p53的失活及癌细胞的转移相关.     

癌基因erbB－2CR_2片段的扩增与克隆

癌基因ｅｒｂＢ－２ＣＲ＿２片段的扩增与克隆周红，孙亚萍，郑耘，林炳珍，杨善民，汪德耀（抗癌研究中心）癌基因ｅｒｂＢ－２在细胞内编码与人表皮生长因子受体ＥＧＦｒ结构相似的转膜蛋白Ｐ￣１８５，该Ｐ￣１８５蛋白的过量表达具有强的转化作用，参与乳腺癌、胃癌及...     

人类RING型锌指蛋白DTX2的全长cDNA克隆与序列分析

鉴定了一个人类WWE与RING型锌指基因DTX2,位于人染色体7q11.23. 通过RACE获得的全长cDNA显示,DTX2编码包含两个WWE区域与一个RING锌指区域的蛋白.     

暗纹东方鲀线粒体12S rRNA基因的克隆及序列分析

利用提取纯化的暗纹东方纯肝脏的mtDNA为模板,按照红鳍东方纯mtDNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,首次克隆并测定了暗纹东方纯mtDNA的12S rRNA基因.同时运用DNA分析软件,对暗纹东方纯与GenBank中选取的几种同目鱼类的相应序列进行比较分析,显示暗纹东方纯与这些鱼类的12S rRNA基因具有较高的同源性.利用分子生物学相关软件,对暗纹东方纯及与其同目的5种鱼的12S rRNA基因序列建立NJ和MP分子进化树,并与传统的分类地位进行比较,结果表明与传统的分类地位基本吻合.