Overlap digraph: An effective model for finding good spaced seeds for biological sequence local alignment

Spaced seeds technology, which was proposed by PatternHunter, has been proven to be more sensitive and faster than continuous seeds, and it is now widely used for bio-sequence local alignments. However, finding optimal spaced seeds is an NP-hard problem. A seed digraph model is proposed to find good spaced seeds, which are very close to optimal, in a very different but effective way. Using this different approach, some good long spaced seeds which cannot be calculated by normal optimal sensitivity formulas due to their exponential complexity can be found.     

乌桕种子采收及处理技术研究

乌桕种子采收时期、种子贮藏、预处理对比试验结果表明：果实采集时期应是果实呈暗褐色或黑褐色时，太早采收将影响种子品质；种子采收后可立即采用碱性物质脱蜡后层积催芽，或带皮脂与火烧土等混合层积催芽，也可带皮脂自然风干后装进麻布袋堆放干燥阴凉地方，不宜容器密封或脱皮脂后麻袋中长时间贮藏。乌桕播种前最好进行种子预处理，通过脱皮脂、热水浸泡、TK、GA，等处理，促使尽快发芽，提高发芽率，并使出苗整齐。     

苏丹草种子醇溶蛋白提取和电泳条件优化

以苏丹草(Sorghum sudanense)种子为材料,以蛋白质提取率和电泳图谱效果为标准,分析不同提取剂、种子粉末质量(g)与提取剂体积(mL)的比例、还原剂二硫苏糖醇(dithiothreito,DTT)的浓度对种子醇溶蛋白提取效果的影响,同时研究上样量、不同胶浓度对SDS-PAGE检测蛋白的影响.结果表明,苏丹草的最佳提取剂为含有0.2%DTT的70%正丙醇,种子粉末质量与提取剂体积的最佳比例为1∶8.在上样量适当的情况下,12%分离胶电泳可以得到清晰的电泳图谱.以苏丹草种子为材料所建立的醇溶蛋白提取和电泳条件,也可应用于其他几种常见的禾本科种子醇溶蛋白的分析,并可得到较好的分辨率.     

基于迭代加权?q范数最小化的稀疏阵列综合方法

摘 要：针对非均匀稀疏阵列综合问题,提出一种利用迭代加权?q(0相似文献   

具有随机回报的最优融资问题

讨论了在随机收益条件下,具有混合因素(未分配利润和扩股)的最优融资问题.给出了价值函数满足的自由边界,用求解变分方程的方法证明了最优控制的存在性,并找到了最优控制策略.最优控制策略可以用两个临界值来描述:当资产小于较小的临界值时,公司扩股融资,但不分红利;当资产大于较小的临界值时,公司收益全部分红,但不扩股融资;当公司资产介于这两者之间时,不分红,也不扩股.     

偏压错台小净距隧道力学性态相似模型试验

试验研究了浅埋、偏压、错台条件下的小净距隧道力学性态相似模型,模拟不同的施工顺序(先开挖左洞和先开挖右洞)对隧道围岩及中间岩柱应力和沉降的影响.试验结果表明,在浅埋、偏压尤其是错台条件下,左洞和右洞开挖对中间岩柱的应力和位移均产生较大的影响;右洞先开挖引起整个上覆岩体的地表和深层沉降量比左洞大3%～48%,引起的两线隧道围岩中的应力释放量比左洞大3%～46%.左洞先开挖对隧道安全有利,应先开挖左洞.因此,针对平行的偏压小净距隧道应先开挖浅埋侧隧道的经验方法,对于错台不完全适用.数值分析和现场监测数据有力地验证了模型试验结果的合理性.     

基于频率的Read Mapping种子选择算法

选择具有最低频率的最优种子是一个复杂的计算问题,往往需要很长时间.提出了一种read的基于频率的合并种子选择算法(FMSS),该算法能够高效地选择接近最优的种子集合,可用于改善现有映射工具的性能.实验对比了平均种子选择方法和当前最优的种子选择策略(OSS,optimal seed solver),结果显示FMSS算法能够用很少的时间代价给出接近OSS的最优种子集合,这表明FMSS算法可集成到现有映射工具中用于处理更大规模的read mapping问题.     

Protection performance evaluation of the respirators and personal exposure measurement in a Belgian viscose rayon factory

This paper presents the evaluation results of protective performance of the respirators (full face supplied-fresh air respirators and half-mask active charcoal filter) and personal exposure measurement (Infacepiece sampling) in a Belgian viscose rayon factory. With in-facepiece sampling technique and personal sampling method, we measured the CS₂ concentrations inside and outside of the different respirators. We found two kinds of the respirators have significant effect on decreasing the CS₂ exposure level for the subject, especially for the spinners. Full face supplied-fresh air respirator have good protective effect for the spinners and have limit protection for the high exposure job although the PF value is more than 10. It still need to improve more. In-facepiece sampling for all the subjects exposed to CS₂ in the factory found most subjects have exposed to low CS₂ concentration, most exposure levels were under the control range, but sulfuror are high exposure, the exposure level is higher than ACGIH TLV value. Supported by the Belgian Science Research Office, (DWTC, Belgium) under contact number ST/02/034 Tan Xiaodong: born in 1963, Associate professor, Medical doctor and Master of Public Health     

低温等离子体促进水稻种子生长效应及NIR光谱分析

使用亚大气压下介质阻挡放电低温等离子体,对水稻糙米种子进行处理,不同气体、功率、处理时间下观测低温等离子体对糙米生长活力的影响;采用近红外光谱技术对处理后的糙米进行初步的理化性质分析.结果显示:空气等离子体放电对糙米生长活力的促进要优于氮气等离子体放电,空气实验组的最佳处理条件为(360W,5min),而氮气实验组的最佳处理条件为(360W,10min).另外,近红外光谱的主成分分析结果显示空气实验组(360W,5min)和氮气实验组(360W,10min)的糙米光谱与对照组光谱均存在明显差异.低温等离子体对水稻糙米种子的生长活力具有促进作用,能利用近红外光谱技术对作用效果进行初步评估.     

湘杂油631油菜种子黄、黑粒的耐贮性差异

为探讨油菜种子颜色与耐贮性的关系,以高温(40℃)高湿(100%)人工老化湘杂油631黄、黑粒种子为材料,分析不同老化时间下的萌发特性和抗氧化生理生化变化.研究结果表明,在人工老化加深的条件下,湘杂油631黄、黑粒种子的萌发率均显著下降,且黄籽的生活力下降明显快于黑籽;人工老化3d的种子相对于未老化的,O-2产生速率和H2O2含量均有大幅度提升,脂质过氧化终产物MDA含量明显提升;抗氧化SOD和CAT活性均有显著提升,AsA含量明显下降;老化过程中,黄粒种子的O-2产生速率和H2O2含量均高于黑粒种子,SOD活性和AsA含量明显低于黑粒种子,湘杂油631黑粒种子比黄粒种子具有更好的耐贮性,其耐贮性主要依赖于黑粒种子含有活性更多的非酶抗氧化物质.     

Lorenz曲线及其在植物生态研究中的应用

由Lorenz曲线派生的基尼系数和洛伦茨不对称系数在植物生态研究中可用来描述植物大小或其它数量性状的不均匀性，以揭示不同环境条件下植物数量性状在群体中的分布特性和生态学意义。笔者介绍了这两个参数以及用Jackknife和Bootstrap两种重新取样法来估算该统计量的精度和误差的数学计算方法，并采用作者自行开发的统计软件，对盐胁迫条件下Iris hexagona天然群体生长和繁殖性状进行了不均匀性分析。结果表明，Iris hexagona植株的地上部分生物量、地下部分生物量和总生物量随盐浓度的增加均呈递减趋势，但不均匀性均呈递增趋势。盐胁迫对植株个体间花量的不均匀性影响不大，而植株在浓度为2和4μg／g的盐胁迫条件下，个体间种子数量的不均匀性下降。另外，Iris hexagona两个繁殖性状的不均匀性均远大于生长性状的不均匀性。基尼系数揭示了均值背后隐藏的生物学意义，它直接反映了植物数量性状在植株间的不均匀性的程度，但产生不均匀性的原因可能包括遗传、生理和(或)生态等因素。若要从遗传角度弄清其本质，需要进行分子生物学特别是有关植物数量性状基因位点及其与环境互作等方面的研究。     

Single-nucleotide mutation rate increases close to insertions/deletions in eukaryotes

Mutation hotspots are commonly observed in genomic sequences and certain human disease loci, but general mechanisms for their formation remain elusive. Here we investigate the distribution of single-nucleotide changes around insertions/deletions (indels) in six independent genome comparisons, including primates, rodents, fruitfly, rice and yeast. In each of these genomic comparisons, nucleotide divergence (D) is substantially elevated surrounding indels and decreases monotonically to near-background levels over several hundred bases. D is significantly correlated with both size and abundance of nearby indels. In comparisons of closely related species, derived nucleotide substitutions surrounding indels occur in significantly greater numbers in the lineage containing the indel than in the one containing the ancestral (non-indel) allele; the same holds within species for single-nucleotide mutations surrounding polymorphic indels. We propose that heterozygosity for an indel is mutagenic to surrounding sequences, and use yeast genome-wide polymorphism data to estimate the increase in mutation rate. The consistency of these patterns within and between species suggests that indel-associated substitution is a general mutational mechanism.     

山楂种子休眠与萌发生理研究 Ⅴ.山楂种子POD活性及其同工酶的变化与休眠的关系

对不同采收期及层积前后的山楂种子过氧化物酶（ＰＯＤ）活性及其同工酶的变化进行研究，结果表明：８月２５日以前采收的种子种仁中ＰＯＤ活性随成熟度的提高呈增加的趋势，之后趋平稳；而种皮中ＰＯＤ活性８月２５日前基本平稳，以后迅速下降。随成熟度的提高，种仁中ＰＯＤ同工酶条带数有所增加，而种皮中其条带数不变，只是随成熟度的提高酶带颜色变浅。层积后未裂壳的种子种仁和种皮中ＰＯＤ活性与干藏种子差异不显著，而层积后裂壳的种子种仁和种皮中ＰＯＤ活性均显著高于干藏及层积未裂壳的种子；层积后，在ＰＯＤ同工酶谱中，种仁缺少了原有的２条酶带，但增加了４条新的酶带；种皮保留了原有的酶带，并增加了７条新的酶带。     

山楂种子休眠、萌发与内源激素含量的变化

应用高效液相色谱法测定、研究了山楂种子各部位中ＧＡ３、ＩＡＡ、ＡＢＡ含量在不同采收期、室温干藏和层积过程中的变化。结果表明,提早于８月２５日采收的种子ＩＡＡ高于、ＡＢＡ低于９月１０日采收的种子。变温层积过程中,前期ＧＡ３、ＩＡＡ含量均呈上升趋势,３～４个月后有所下降,到１５４ｄ左右时,均以８月２５日采收种子较９月２５日采收种子含量高,ＡＢＡ含量总的趋势是层积前期上升,后期有所下降,比较种子萌发情况,可以认为ＧＡ３、ＩＡＡ对打破休眠、促进萌发有一定作用,而ＡＢＡ则是抑制萌发的重要因素。     

Effects of ultradry storage on fluidity of plasma membrane of seed

The effects of ultradry seed storage on the fluidity of plasma membrane have been investigated using the DPH fluorescent probe (1, 6-diphenyi-1, 3, 5,-hexatriene). The results demonstrated that the micro-viscosity of plasma membrane of ultradried seeds has no significant changes compared with the seeds which were stored under - 20℃ condition. However, there is a little adverse effect on the seeds with extreme dehydration. The results were consistent with higher vigor level of ultradried seed. It indicated that ultradry seed storage could maintain the physiological function of seed, protect the integrity of the membrane and improve the storability of seed. Furthermore, the results also revealed that sugar has the effect on protecting membrane structure and preserving the fluidity of the plasma membrane under seed dehydration. In the meantime, some mechanism about ultradry seed storage and the tolerance of dehydration of seed have been discussed.     

基于粒子群优化算法的的分数阶系统二次型最优控制算法

目前,利用分数阶变分法和分数阶非变分法,解决分数阶系统的二次型最优控制问题时,存在数值算法的收敛效果不够好,近似化的步骤过于繁琐,且计算耗时长,以及在使用传统的梯度迭代优化算法解决分数阶系统的二次型最优控制问题时,对于优化函数要求较高等问题。本文针对一类Caputo定义下的确定性线性分数阶系统,首先,设计一种状态反馈控制器,考虑从优化角度去解决分数阶系统的二次型最优控制问题,然后,利用PSO求二次型性能指标的最优值,即系统的最优控制增益,最终,得到系统的最优控制律。仿真结果表明,PSO比传统的梯度迭代优化算法收敛效果更佳,通用性更好,获得的性能指标更小,验证了该算法有效可行。     

芸苔属几种蔬菜种子的劣变及其荧光泄漏物质——Ⅰ.种子劣变程度与荧光泄漏物质

比较了芸苔属蔬菜芥蓝类、白菜类、菜心类和芥菜种子吸胀时荧光物质的泄漏与种子劣变.结果表明:不是所有丧失萌发力的种子均能泄漏荧光物质.泄漏荧光物质种子占不能萌发种子总数的百分比大小按下列顺序:芥蓝类>白菜类>菜心类>芥菜类变化,这种顺序与其劣变系数变化顺序相平行.劣变系数反映了该种子抗劣变能力,因此可利用荧光物质泄漏的种子占不萌发种子的百分比测定该种子的抗劣变能力或种子劣变程度.荧光物质主要分布在胚中.死种子吸水后荧光物质可泄漏于所在组织的外部,而活种子则否.     

带有负债和交易费用的股份有限公司最佳融资策略

考虑在随机环境下运作的带有负债和交易费用的股份有限公司的最佳融资问题,以最大化公司价值的方式找到随时间变化的保留盈余和增发普通股的最佳融资组合,以变分不等式的形式把此问题明确描述为扩散过程的奇异型随机控制问题,并给出其显式解.同时刻划了公司价值函数,并指出最佳控制策略可用两个阈参数来描述:当公司资产降至较低的阈值以下时,公司就保留所有盈余,并按需进行扩股融资;当公司资产超过较高的阈值时,公司就把所有盈余派发为股利,而且不进行扩股融资;当公司资产在此两阈值之间时,公司就保留所有盈余,而且不进行扩股融资.     

最小收益约束下的最优投资问题

在最优投资问题的约束条件为收益不低于市场组合收益(随机收益)与固定保本收益最大者的情况下,采用Black-Scholes期权定价框架,构造等价鞅测度求解得到该优化问题的最优投资策略,同时在HARA效用函数下分析该投资问题的性质,发现在不同条件下,该投资策略可以退化为无约束最优投资策略、基于欧式看跌期权及两资产交换期权的套期保值策略．     

IWOA和BP神经网络的压缩机故障检测算法

针对压缩机故障难以检测与分类的问题,传统的方法是采用BP神经网络的检测方法,利用从压缩机语音信号中提取的识别特征来预测压缩机故障类型,该方法具有良好的可行性,但是BP神经网络容易陷入局部最优值的情况,从而导致了预测精度较低和稳定性较差的问题。因此,本文提出了改进的鲸鱼优化算法(IWOA)和BP神经网络的模型,首先通过优化WOA中的搜索猎物被执行的概率和包围猎物向最优个体聚集的过程,从而提高了IWOA的全局搜索能力和收敛速度,其次将IWOA对BP神经网络的权值和阀值进行深度寻优,从而提高了BP神经网络的预测精度和稳定性,最后将该模型运用到压缩机故障检测实验中。实验结果表明,与其他模型相比,证明了IWOA和BP神经网络提高了预测精度,且具有良好的稳定性。