基于PC/Linux的分子生物信息数据库查询系统

随着人类基因组计划等大型国际项目的实施,分子生物信息的研究、开发和应用已经成为当前一个前沿领域和研究热点．ＤＮＡ序列测定技术的完善和应用,使核酸序列数据库迅速增长国际上著名的３大核酸序列数据库ＥＭＢＬ,ＧｅｎＢａｎｋ和ＤＤＢＪ的数据量以指数曲线增长．与此同时,国际上两大著名的蛋白质序列数据库ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ和ＰＩＲ的数据量也随之增长．Ｘ射线衍射和核磁共振结构测定技术的改进,使蛋白质空间结构测定的速度加快．ＰＤＢ数据库中以蛋白质为主的生物大分子结构数据已达１万多套．此外,Ｍｅｄｌｉｎｅ等文献摘要…     

蛋白质内含子的特征序列分析及模体修正

自从1990年在Saccharomydes cervisiae腺苷三磷酸核酸酶中发现第1个蛋白质内含子（Sce VMA)后,蛋白质内含子的数量在不断增多,分析这些新的蛋白质内含子序列,对正确认识它们的序列特征是非常必要的,通过系统搜索核酸以及蛋白质序列数据库,收集到蛋白质内含子101个,其中含LAGLI－DADG自导引核酸内切酶模体的蛋白质内含子序列69个,由于典型蛋白质内含子是包含自导引核酸内酶模体的,而且占蛋白质内含子的绝大多数,所以只分析这69个典型蛋白质的含子,发现这些蛋白质内含了的分布在物种以及蛋白质种类之间都有其特殊性,通过多序列联配还发现了蛋白质内含子在序列上的一些新特征,并对已有的蛋白质内含子的模体进行修正。     

电喷雾离子阱质谱法鉴定人肝癌细胞双向凝胶电泳胶内蛋白质

质谱法鉴定双向电泳胶内蛋白质是目前蛋白质组研究中最重要的分析方法．采用电喷雾离子阱质谱法对人肝癌细胞系ＢＥＬ－７４０４双向电泳后的胶内蛋白质进行分析鉴定．蛋白质经双向电泳分离,从凝胶上切割后,经过胰蛋白酶胶内酶解,通过液相色谱－电喷雾离子阱质谱分析肽谱和各肽段的氨基酸序外．根据肽谱和序列信息,经数据库检索,结合双向电泳分离获得的蛋白质分子量和等电点信息,对９种胶内蛋白质进行了鉴定．获得的氨基酸覆盖率为对２１％～７２．２％．其中两种蛋白质在ＳＷＩＳＳ－２ＤＰＡＧＥ的肝细胞蛋白质组数据库中尚未报道．在此基础上,进一步探讨了所鉴定的蛋白质与肝癌发生的关系．这一方法的应用,为与疾病相关的蛋白质组研究提供了有效和快速的分析鉴定方法．     

基于JDBG的数据库技术及应用

本文阐述了基于JDBC的三层结构分布式数据库系统原理,分析了J2EE平台与大型数据库的连接方法,并论述了各种不同实现方法的特点和适用的环境,给目前基于Internet/Intranet的企业ERP系统开发提供了一个更具竞争力的解决方案.     

蛋白质功能环区肽库的合理筛选

改变蛋白环区序列是功能蛋白质设计的重要方法,运用环区数据库的最新统计结果,凭借精确快速的环区构象计算程序,将分子对接算法与组合化学策略结合,提出了用计算机模拟筛选组合肽库以获得功能蛋白的合理方法。     

书讯

《蛋白质芯片》(影印版)著者:M.Schena出版:科学出版社2005年5月9日定价:65元生物芯片技术是一种高通量检测技术,它包括基因芯片、蛋白芯片及芯片实验室三大领域.蛋白质芯片以蛋白质代替DNA作为检测目的物,比基因芯片更接近生命活动的物质层面,能直接测定蛋白质的相对水平及与其他分子的交互作用情况,以定量化的方式反映基因的活动情况,因而蛋白质芯片有着比基因芯片更加直接的应用前景.本书对蛋白质芯片技术进行了全面细致的阐述,包括技术原理、生产方法、表面化学、检测策略、以及抗原、抗体数据分析,同时全书图文并茂,提供了许多生物学…     

蛋白质测序技术进展

蛋白质测序,即蛋白质一级结构的测定,是生命科学和医学领域重要的课题.蛋白质测序技术的发展,有助于更深刻地把握生命活动的规律以及实现疾病的早期诊断和精准治疗.以Edman降解法和质谱分析为代表的主流方法,可以有效地确定蛋白质的序列,应用广泛.然而,用这些传统方法测定极低浓度的蛋白质序列尚具挑战.另一方面,以平行荧光测序和纳米孔测序为代表的新方法,显示了单分子级别的测序灵敏度,有很大的发展前景.本文介绍了蛋白质测序的主要思路,着重阐述了高灵敏的测序新方法,并对该领域作出展望.     

一种基于结构域的蛋白质功能分类预测新方法

从已知的蛋白质序列数据出发，预测蛋白质的功能是生物信息学研究的一项重要任务。常见而有效的一种方法是将蛋白质按照其序列特征归并到不同的功能类中去。据此我们应用最大似然估计（MLE）算法，发展了一种以蛋白质结构域组成特征为基础的方法，对蛋白质进行功能分类。我们对酵母（Saccharomyces cerevisiae）基因组用MLE方法和文献中记载的另一种方法进行了预测，并对两种方法进行了比较。结果表明MLE方法预测明显优于文献中记载的另一种方法。MLE方法的特异性达到75.45%，敏感性达到40.26%。这个结果也说明结构域是蛋白质的一个重要特性，它与蛋白质的功能紧密相关。     

Internet与生命科学

Internet为生命科学研究提供了一条有效的信息交流途径,尤其在分子生物学研究中,Internet提供了大量的分子生物学数据库和应用软件.本文列举了一些在生命科学研究中常用的Internet服务器的服务内容和地址.     

基于相对熵的蛋白质设计方法的普遍近似

发展了最近提出的一种基于相对熵原理的蛋白质设计方法. 将该方法从必须满足特定的条件才能适用, 推广到普遍适用. 研究表明, 扩展前的方法可被看作扩展后方法的特例, 扩展后的采用普遍近似的蛋白质设计方法更利于蛋白质设计的研究, 使基于相对熵的蛋白质设计方法更具有普遍性, 同时还提高了对蛋白质序列的预测精度.     

SARS-CoV蛋白质组的生物信息学及其进化关系

一种新的冠状病毒 SARS-CoV是引起严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome, SARS)的病原体. 对由SARS病毒全基因组序列推导出的所有蛋白质逐一进行分子量、等电点、分子消光系数等物理化学性质计算, 以及跨膜区和亚细胞定位预测, 辅以保守序列家族数据库搜索, 预测SARS-CoV功能未知蛋白质的功能. 同时, 通过SARS-CoV与其他冠状病毒蛋白质同源序列比较和进化距离计算, 分析SARS病毒的分类地位以及与其他冠状病毒的进化关系. 结果表明, 尽管SARS病毒是不同于其他3组冠状病毒的一种全新冠状病毒, 但在进化关系上更靠近牛冠状病毒BoCoV和鼠肝炎病毒MHV. 为实验测定SARS病毒蛋白质组以及抗SARS疫苗研制提供了参考和帮助.     

基于B/S结构的流动地震前兆数据库查询系统的开发与实现

文章介绍了广泛应用于信息网络中B/S服务方式,应用于我中心的流动地震前兆数据库查询系统的开发过程,描述了该方式的应用过程。该系统借助Internet/Intranet网络,以Microsoft ASP为开发语言,用SQL-SERVER数据库建库,采用IIS6.0集成平台开发,使之具有系统加密、数据查询、数据备份、数据上传、数据格式转换和资料下载等功能。     

从基于结构定义的序列模体识别蛋白质的超家族

以进化上相距较远的蛋白质酪氨酸磷酸酶Ⅰ和Ⅱ为例, 通过结构比较和基于结构的序列比对及共同保守区域残基替换模式的分析, 定义了基于结构的序列模体. 利用这种新的模体对SWISS-PROT和TrEMBL蛋白质序列库进行搜索, 可特异性地同时识别磷酸酶Ⅰ和Ⅱ, 其识别正确率可达98.4%. 而在此之前, 尚未见可同时识别磷酸酶Ⅰ和Ⅱ序列模体的报道.     

与对称性相关的蛋白质序列-结构关系

蛋白质的氨基酸序列如何编码它的三级结构是一个极具挑战性的问题[1~3].虽然蛋白质的氨基酸序列看起来非常不规则,但它编码的三级结构表现出明显的规则性.例如,许多蛋白质具有对称的三级结构,但它们的氨基酸序列看起来象随机序列.因此人们对蛋白质序列关联性进行了大量的研究[4~8],希望确定蛋白质序列是否是随机的.然而,这些研究给出了相反的结果,一些研究表明蛋白质序列与随机序列不可分,而另外一些研究认为蛋白质序列不是随机的.本文将研究3种小的α类蛋白质结构域.这些是具有对称三级结构的最简单的蛋白质结构域.我们将说明这些结构域的…     

基于复合金字塔模型的蛋白质二级结构预测系统

利用预测系统方法, 对蛋白质二级结构预测提出了一种逐步求精、多层递阶的预测系统模型, 即复合金字塔模型. 这种模型由4个独立协同的层面组成, 通过智能接口有机融合了SAC, AAC, KDD*等源于KDTICM理论的模型和方法. 模型整体贯穿物化属性与结构序列, 采用因果细胞自动机选择有效物化属性, 构造纯度较高的结构数据库作为训练数据源, 利用领域知识与背景知识进行优化. 本模型在数据集RS126及CB513分别取得83.06%与80.49%的Q₃准确度, 在对偏α/β型蛋白质的预测实验中, 取得了93.12%的Q₃准确度, 并存在着进一步提高准确度的优化空间.     

生物信息学:生物实验数据和计算技术结合的新领域

大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的以重需要,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新的交叉性学科“生物信息学”、分别从基因序列或蛋白质结构等生物信息数据库、基因组分析或蛋白质结构分析等常规生物学计算软件、基因组数据库检索或蛋白质空间结构识别与预测等在线生物学计算服务器、人工生命等几个方面,概述了发展中的生物信息学的最近动态和有关信息,并同时提供了相关的热门生     

哺乳动物驱动蛋白的计算基因组学分析与鉴定

提供了一种新颖的、基于比较基因组学方法的全长驱动蛋白预测方法(full-length kinesin prediction program, FKPP), 用于哺乳动物中驱动蛋白质组的鉴定与研究. 之前的预测认为, 哺乳动物共含94个驱动蛋白, 而用FKPP从哺乳动物的基因组中总共鉴定出134个可能的驱动蛋白基因. 基于数据库中存在的片段序列, 用FKPP鉴定出25个可能的全长驱动蛋白. 此外, 用FKPP方法发现人的动点马达蛋白CENP-E应包含2701个氨基酸, 而不是当初根据克隆预测的2663个氨基酸. 通过对CENP-E的cDNA进行重测序, 并同时采用特异性识别FKPP预测的CENP-E多肽抗体予以实验评估, 结果表明, FKPP预测的CENP-E氨基酸序列是正确的. 为此, 本研究利用FKPP对哺乳动物的驱动蛋白进行了重新分类. 鉴于目前公共数据库含有较多非全长序列的蛋白片段, FKPP可提供一个具有显著效率且准确新颖的全长序列预测手段, 用于驱动蛋白以及其他蛋白家族的分子鉴定.     

HPLC在线二阶微分光谱法检测基因工程产品的C-端肽

遗传工程重组蛋白质N-端序列和C-端序列分析是鉴定其结构特征的2项重要的指标.N-端的序列分析即采用经典的Edman方法,在商品化的仪器上自动分析50个以内的N-端氨基酸残基,已经是一种常规方法,近年来技术发展可以通过SDS-PAGE电泳印迹到PVDF膜上,在膜上直接分析蛋白的N-端序列,不但可以用来测定产品的顺序,而且为检验基因工程培养物是否与预期表达产物相吻合提供了一个相当简便的方法.     

第二遗传密码

遗传信息的传递应该是从核酸序列到有完整结构的功能蛋白质的全过程。现有的遗传密码仅有从核酸序列到无结构的多肽链的信息传递,因此是不完整的。后一部分,即遗传信息传递密码的第二部分（简称第二遗传密码）,是遗传信息从蛋白质中氨基酸序列到其空间结构之间的传递。本文总结了当前已知的蛋白质中氨基酸序列和蛋白质总体空间结构的关系,对第二遗传密三应该具有的特征进行了讨论。认为第二遗传密码除和三联密码同样具有简并性（     

从基于结构定义的序列模体识别蛋白质的超家族

以进化上相距较远的蛋白质酪氨酸磷酸酶Ⅰ和Ⅱ为例，通过结构比较和基于结构的序列比对及共同保守区域残基替换模式的分析，定义了基于结构的序列模体。利用这种新的模体对SWISS－PROT和TrEMBL蛋白质序列进行搜索，可特异性地同时识别磷酸酶Ⅰ和Ⅱ，其识别正确率可达98．4％，而在此之前，尚未见可同时识别磷酸酶Ⅰ和Ⅱ序列模体的报道。