ITAM两步磷酸化基础上的TCR识别模型

将T细胞受体(TCR)的活性与免疫酪氨酸受体激活基序(ITAM)活性联系起来，深入考虑了TCR与其配体的亲和力和离解率．结果表明抗原多肽上信号氨基酸部分的细小差别，将有效地引起截然不同的T细胞应答反应．发生在T细胞应答早期信号事件中的TCR与其配体的亲和力和离解率参与决定了最终的T细胞应答结果．     

三角域和矩形域上Bezier曲面之间的几何连续条件

Kahman给出了相邻的矩形域上的Bezier曲面及相邻的三角域上Bezier曲面之间GC^2连续条件,利用相邻矩形域上的Bezier曲面之间的GC^2连续条件及Bezier曲面的高阶编导数,得到了相邻的三角域的矩形域上Bezier曲面GC^2连续的一个充分条件,该条件计算方法简便,几何意义明确,便于在计算机辅助几何设计中应用。     

磷酸化处理对蚕蛹多肽结合钙能力的影响

为探索磷酸化处理对多肽结合钙能力的促进作用,以蚕蛹多肽为研究对象,采用不同种类和添加量的磷酸化试剂对其进行磷酸化改性,再与CaCl₂反应制备蚕蛹多肽结合钙复合物,并对样品进行钙和磷含量测定、磷酸化位点检测、红外光谱分析和扫描电镜分析。研究结果表明:Na₃PO₄、NaH₂PO4、(NaPO₃)₆ 3种试剂可与蚕蛹多肽发生磷酸化反应,改性后蚕蛹多肽结合钙含量可从145.12mg/g提高至202.32mg/g ;不同种类磷酸化试剂处理对多肽的结合钙能力无显著性差异,但磷酸化程度对肽结合钙能力有较大影响;多肽结合钙复合物中钙含量随磷酸化试剂的增加先升高后下降,当采用质量分数为0.50%的NaH₂PO₄时,改性后蚕蛹多肽结合钙含量达到最大值。红外光谱和磷酸化位点检测表明:NaH₂PO₄处理可使蚕蛹酶解产物中的17种肽段被磷酸化,增加磷酸化位点22个;肽段主要通过与丝氨酸和苏氨酸上的—OH反应接入磷酸基团。研究表明,磷酸化改性方法可显著提高多肽结合钙能力,希望为高效的补钙制品开发提供新的思路和方法。     

双线性离散域模型转化为连续域模型方法的研究

建立了双线性系统不同域内模型的转化原则－Ｖｏｌｔｅｒｒａ（伏尔泰拉）核等价准则。推导出双线性系统从离散域转化为连续域的方法。最后给出一个具体算例，表明本方法的适用性。     

三角域和矩形域上Bezier曲面之间的几何连续条件

Kahman给出了相邻的矩形域上的 Bezier曲面及相邻的三角域上 Bezier曲面之间 GC2连续条件 .利用相邻矩形域上的 Bezier曲面之间的 GC2 连续条件及 Bezier曲面的高阶编导数 ,得到了相邻的三角域和矩形域上 Bezier曲面 GC2 连续的一个充分条件 ,该条件计算方法简便 ,几何意义明确 ,便于在计算机辅助几何设计中应用     

外电场作用下SH2分子特性研究

在不同理论水平优化得到SH2分子的基态稳定构型,通过基态能量比较,选取密度泛函B3P86方法和6-311++g(3df,3pd)基组对SH2在不同外电场下分子基态的稳定电子结构进行计算,研究了外电场对SH2分子基态总能量、键长、键角、偶极矩、能级分布、能隙、电荷分布的影响.结果表明,随着Z方向外电场的增加,键角、偶极矩和H原子电荷递增,总能量、能隙和S原子电荷递减.分子键长随着Z方向外电场绝对值的增加而增加.     

溶剂—油,溶剂—蜡汽液平衡的连续热力学研究

应用连续热力学方法，对实验测定的甲乙酮、苯－醋、甲苯－蜡、丙酮－调合油，甲乙酮－调合油，苯－调合油，甲苯－调合油７个系统在常压下的汽液平衡数据进行了关联。     

函数极限研究及点和域连续的“相对论”

本文构造了一种逐点跳跃的特殊函数,并根据点极限的基本定义,证明了该函数极限的存在。进而,从函数点连续的基本定义,讨论了点连续和域连续的关系。本文这两方面的研究,有助于拓宽和深化对函数点极限和连续以及域连续的理解和认识。     

弹性直角域中半圆形凹陷的SH波散射的稳态解

按照波函数展开法和镜像方法,分析了直角域中半圆形凹陷对平面SH波的弹性动力学反平面稳态响应,得到了弹性波的位移场和应力场的具体形式.根据Hankel函数在宗量零点的渐近性讨论了波函数级数的收敛性;根据Hankel函数在宗量无穷远点的渐近性和Graf加法公式构造了圆柱散射波的远场位移模式.数值算例分别计算了代表计算误差的凹陷边沿的径向动应力集中因子、周向动应力集中因子和平面波应力场的动应力集中因子以及凹陷散射波的远场位移模式.结果表明,直角域中凹陷与竖直边界的距离很大程度地影响着SH波散射的稳态解.     

基于交叉变异操作的连续域蚁群算法研究

研究一种基于交叉变异操作的连续域蚁群算法,该算法对解的每一分量的可能取值组成一个动态的候选组,并记录候选组中的每一个可能取值的信息量.在蚁群算法的每一次迭代中,首先根据信息量选择解分量的初值,然后使用交叉、变异操作来确定全局最优解的值,通过相应算法设计,对于来自相对适应度较大的解的分量值, 其变异的区域较小,成为局部搜索,反之,变异的区域较大,则构成全局搜索.同时,随着迭代次数的增多,分量值的变异幅度逐渐变小,这样可使收敛过程在迭代次数较多时得到适当的控制,以加速收敛.最后通过仿真实验,把交叉变异操作的连续域蚁群算法与遗传算法性能进行比较,证明了交叉变异操作的连续域蚁群算法具有较高的搜索较优解的能力,大大节约了计算时间.     

3BP2中SH2结构域的晶体结构及其与来源于FRS2α的肽的复合物

提出了一个3BP2的Src同源区2结构域(SH2)不同于其他SH2结构域的全新肽链结合模式,它与FRS2来源的多肽结合于不同的氨基酸残基. 实际上,该SH2结构域与该短肽的三个重要残基相结合形成完美的几何互补,通过BioCore实验验证,这三个氨基酸最好是Y-E-N.     

Single-sphere model for solvent reorganization energy and its application to electron transfer

Electron transfer (ET) is an elementary process in redox reactions, and it has been intensively studied for decades. The ET complexes in which the 7,7,8,8-tetra- cyanoquinodimethane (TCNQ) acts as the electron acceptor, whereas Cu, Ag, etc. as the electro…     

SH2D7基因及其编码蛋白的生物信息学分析

 为了对SH2D7 基因序列及其编码蛋白进行生物信息学分析,应用NCBI 数据库和ExPASy 等程序,对SH2D7 基因核苷酸序列进行了分析,并预测了其编码蛋白的理化性质及二级结构等。结果表明,SH2D7 基因定位于人类染色体15q25.1,包含了6 个外显子和5 个内含子。SH2D7 基因编码蛋白的功能主要涉及基因表达调控、信号传导等;分子量约为49.8 kD,等电点为5.99,是一种亲水蛋白,主要位于细胞核中,有35 个磷酸化位点及22 个抗原位点。     

定位于鸡选择性清扫区域的SH3RF2基因生物信息学分析

为了解鸡SH3RF2基因的结构与功能,由NCBI数据库获得鸡SH3RF2基因的mRNA和氨基酸序列数据信息,利用NCBI/Blast软件进行序列分析、同源性比对确定鸡SH3RF2基因的3’UTR区序列。在此基础上,利用公共数据库和相关软件对SH3RF2基因的CDS(coding sequence)区和其3’UTR(untranslated region)区进行了MicroRNA靶标的预测分析,进一步利用生物信息学相关数据库对其蛋白理化性质和一级结构进行分析,模拟了其二级结构和空间结构并构建了SH3RF2蛋白的系统进化树。     

Cloning and identification of a novel binding protein of CD2 cytoplasmic domain

In order to understand why CD2 has a dual action of transduction of activation or apoptosis signals in T cells under different experimental conditions, we employed a yeast two-hybrid system to look for a binding protein of the cytoplasmic domain of CD2 which may be involved in this issue. A human T cell cDNA library was screened by a cDNA encoding the cytoplasmic domain of CD2 (Thr211-Gln336). The specificity of protein-protein interaction was verified by co-immunoprecipitation. The binding protein obtained, designated CD2cBP, was found to be homologous tov-fos transformation effector protein (Fte-1). As Fte-1 plays a role in cell transformation, growth, protein synthesis and protein-import into mitochondria, this result suggests that CD2cBP may be putatively involved in CD2-mediated signaling.     

多肽序列优化降低c-Src蛋白靶向药物的毒性风险

避免c-Src蛋白的多肽类拮抗剂与多个蛋白发生混杂性结合,对于降低抗癌药物的毒性风险具有重要作用。本研究运用生物信息学方法对氨基酸序列进行优化设计,旨在减少混杂性结合的发生。本研究综合利用各种多肽数据库和生物信息学工具,首先总结了多肽分子与多个蛋白SH3结构域之间潜在的混杂性结合,并发现了其中的内在规律。随后,根据所发现的规律,对多肽的氨基酸序列进行针对性的优化设计。结果表明,大多数多肽在经过优化后,所结合的c-Src以外的蛋白数量都有所下降,从而显著提高了多肽与c-Src蛋白之间结合的特异性(P0.05),并降低了其潜在的毒性风险。本研究所取得的结果将为设计具有高度特异性和低毒性的靶向性多肽药物提供参考。     

Explicit solvent model for spectral shift of acrolein and simulation with molecular dynamics

By introducing the concept of spring energy of permanent dipole and taking the conforma-tions of solvent molecules into account,the formulas of electrostatic solvation energy in equilibrium and nonequilibrium are derived from the explicit solvent scheme,with the spatial distribution of the discrete permanent charges and induced dipoles of the sol-vent molecules involved. The energy change of sol-ute due to the variation of wave function from the case of vacuum to that in solution is estimated by treating the solvent effect as external field in the it-eration cycles of the self-consistent field. The ex-pression for spectral shift is deduced and applied to the processes of light absorption and emission in solution. According to the new formulations,the av-eraged solvent electrostatic potential/molecular dy-namics program is modified and adopted to investi-gate the equilibrium solvation energy of water mole-cule and spectral shift of acrolein.     

岩质边坡渗流场中等效连续介质模型的应用

在运用等效连续介质模型分析了裂隙岩体诊流场时，综合考虑并比较了单孔压水试验和节理裂隙统计取得的渗透系数，获得了能较好反映原位地质环境的修正渗透张量．将这种确定渗透张量的方法应用于某铁矿边坡工程渗流场分析中，取得了较好的结果．     

电场对FOTS自组装分子膜/SiO_2界面作用特性的影响

为研究电场对自组装分子膜摩擦学特性的影响,采用分子动力学模拟软件Materials Studio5.0计算不同电场强度和作用方向下FOTS自组装分子膜与SiO2基底的界面结合能.结果表明:当电场强度小于3.0×108V/m时,施加正负方向电场,界面结合能均增大,而施加正电场的界面结合能增大较多,但在正负方向电场作用下界面结合能随着场强的增加变化幅度较小.对FOTS与SiO2基底相互作用能的分析得知,影响体系结合能的主要因素是两者之间的范德华力,其中色散力起主要作用.     

SH自由基分子基态的分子结构与势能函数

使用二次组态相互作用方法(包括单、双取代并加入三重激发贡献)QC ISD(T)结合6-311++G(3df,3pd)基组对SH(SD)自由基分子基态进行了几何结构全优化,计算了其振动频率和离解能。在同等水平进行了单点能扫描计算。并运用群论和原子分子静力学方法,推导了SH(SD)自由基分子基态的合理离解极限。对标准的Murrell-Sorb ie函数进行修正,用最小二乘法分别拟合Murrell-Sorb ie函数和修正后的Murrell-Sorb ie函数,得到了SH(SD)自由基分子基态的势能函数和对应的光谱常数。结果表明,修正后的Murrell-Sorb ie势能函数计算所得光谱常数与实验结果符合很好。表明修正后的Murrell-Sorb ie函数能更加准确地描述SH(SD)自由基分子基态的势能函数。