小拟南芥几丁质酶基因cDNA的克隆与序列分析

通过合成1对特异引物，应用RT-PCR技术从小拟南芥总RNA中经反转录克隆出几丁质酶基因，该cDNA基因全长985bp，含有1个963bp的开放阅读框(ORF)，编码321个氨基酸，推测分子量为35．53kD，序列同源性分析表明，该基因与拟南芥几丁质酶基因有93％的同源性。     

斜带石斑鱼肝脂酶和脂蛋白脂酶基因克隆与序列分析

为从分子水平研究海水鱼类肝脂酶(hepatic lipase,HL)和脂蛋白脂酶(liportein lipase,LPL)基因在脂质代谢过程中的作用及其分子系统进化地位,采用RT-PCR及RACE法从斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)肝脏克隆得到HL、LPL基因cDNA全序列.克隆获得斜带石斑鱼肝脏HL基因cDNA全长2 261 bp,其中5′非翻译区(5′-UTR)为186 bp,3′-UTR为590 bp,开放阅读框(ORF)为1 485 bp,编码494个氨基酸;LPL基因cDNA全长2 191 bp,其中5′-UTR为 144 bp,3′-UTR为 499 bp,ORF为1 548 bp,编码515个氨基酸.序列同源性分析表明,斜带石斑鱼HL、LPL基因与哺乳动物同源性均低于真骨鱼类罗非鱼、斑鳢和真鲷等,这与其亲缘远近关系相一致,表明HL、LPL在进化过程中都相对保守.构建系统发生树显示,斜带石斑鱼HL、LPL基因氨基酸序列与大口黑鲈、真鲷等共同占据进化树上独立的分枝,与较为原始的硬骨鱼类中华鲟在进化树上距离较远.本实验对斜带石斑鱼HL、LPL基因同源性、系统进化地位的研究,为进一步研究海水鱼类脂代谢调控机制,预防鱼类脂代谢疾病奠定了基础.     

野桑蚕漆酶基因克隆、序列分析及转录表达谱研究

利用RT-PCR方法,克隆了野桑蚕Bombyx mandarina漆酶基因,获得了其cDNA序列.该序列长2 317bp,含有一个2 295bp的完整开放阅读框,有8个外显子,7个内含子,编码一个由764个氨基酸残基组成的蛋白质,其蛋白质的分子量和等电点分别为84 340.91和6.61.推导的氨基酸序列与其它鳞翅目昆虫(Laccase)基因相应氨基酸序列有较高的同源性,该序列具有它们的漆酶基因所共有的典型特征.组织特异性表达分析表明了该基因仅在野桑蚕的表皮、头部、中肠和血液中有表达.这些结果为进一步研究野桑蚕漆酶基因的功能提供了分子基础.     

猕猴肉瘤病毒SV40 T-ag-C 基因克隆及序列分析

摘要: 目的对来源于一株自然感染猕猴肉瘤病毒SV40 的猴肾细胞培养物进行大T 抗原C-羧基端( T-ag-C) 基因 克隆及核苷酸序列分析。方法采用PCR 法分别从一株自然感染SV40 病毒的猴肾细胞培养物和SV40776 标准 株接种的vero 细胞培养物提取的总DNA 中扩增出441bp 的SV40 大T 抗原C-羧基端( T-ag-C) 基因片段,分别将其 克隆到PMD18-T 载体中,转化至JM109 感受态大肠杆菌细胞后,挑取阳性克隆进行测序鉴定,并对获得的目的基 因核苷酸序列进行序列分析及同源性分析。结果来源于猴肾细胞培养物的SV40 大T 抗原片段与本实验室来源 于云南野生猴群的猕猴外周血所得到的SV40 大T 抗原片段同源性为97. 31% ,与GenBank 中登录号为NC _ 001669. 1 序列进行比对,同源性为96. 33% ; 与SV40-776 标准株接种的vero 细胞培养物所扩增的大T 抗原片段同 源性为97. 55% 。结论对大T 抗原基因克隆和序列分析是了解和掌握SV40 病毒分子流行病学及其变异趋势的 重要手段。     

对硝基酚磷酸酶pNPPase的基因克隆和序列分析

对硝基酚磷酸酶（p-nitrophenylphosphatase pNPPase)是一种对硝基酚磷酸盐（p-intophenylphosphate)为底物的酶，被广泛地应用于核酸标记，通过菌落原位显色法成功地从脂肪芽孢杆菌（Bacillus stearothermophilus)中克隆到了编码耐热pNPPase的基因，序列分析表明它是一个编码255个氨基酸的酶。     

蜡质芽孢杆菌酰基高丝氨酸内酯酶基因的克隆及序列分析

利用pMD18-T克隆载体从蜡质芽孢杆菌菌株T—HW3中克隆了酰基高丝氨酸内酯酶基因（AHL—lactonase，aiiA）。测序结果表明，该基因（GenBank登录号为DQ000643）由753个碱基组成，编码含有250个氨基酸残基的蛋白质。该蛋白质的推测的分子量为28kDa，等电点为4．235左右。核苷酸序列的BLAST分析结果表明，与之同源性较高的基因均为蜡质芽孢杆菌组aiiA基因（86％-99％）。     

玫瑰微球菌海藻糖合成相关酶基因的克隆和序列分析

从玫瑰微球菌QS412中克隆出海藻糖生成相关酶――麦芽寡糖基海藻糖基水解酶的基因treZ ,测定了其核苷酸序列并进行了表达。treZ 编码的蛋白质有624个氨基酸、分子质量为68 kD. 它们与已报道的其他微生物的海藻糖生成相关酶的基因进行同源性比较，treZ 的同源性分别为33.0%(耐放射异常球菌)；10.1%(硫矿硫化叶菌KM1)；51.9%(节杆菌Q36)；52.8%(根瘤菌M11)；48.5% (短杆菌)。经过氨基酸序列比较分析还发现，所有的海藻糖生成相关酶都含有糖苷酶家族13个中几个高度保守的α-淀粉酶催化活性区，推测这些海藻糖生成相关酶都可能有着共同的进化来源。     

禽流感病毒番鸭分离株HA基因的克隆及序列分析

禽流感病毒番鸭分离株ZM（A／Muscovy/Zhejiang/1/2000)经12日龄鸡胚增殖后纯化,提取病毒的基因组RNA,采用RT－PCR方法一次性扩增出17kb的特异性条带,与预计大小相符,将扩增产物提纯后克隆pGEM-T载体,酶切分析筛选到含1．7kb基因片段的阳性质粒,进一步对该片段进行测定及分析,结果表明：所扩增的基因延期长度为1732bp,含HA基因完整的阅读框架,编码568个氨基酸,同源性分析表明：该毒株起源于欧亚种系,与GD／96的HA基因核苷酸同源率高达99％,表明这两个株HA基因亲缘关系极为密切。     

猪AIBP基因的克隆与组织表达谱研究

扩增了猪AIBP基因CDS和3′端,测序得到全长935bp的cDNA序列,NCBI登录号为DQ826508。猪AIBP基因编码288个氨基酸,与牛、人、鼠的AIBP氨基酸序列的相似性分别为94%、90%和87%,含有1个YjeF-N保守结构域,有信号肽序列。组织表达分析表明猪AIBP在背最长肌、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、卵巢、子宫、睾丸、胚胎和脂肪等组织均有表达。     

新疆绵羊种布鲁氏菌GroEL基因的克隆及序列分析

参考牛种布鲁氏菌的GroEL（热休克蛋白）基因设计引物,扩增出新疆绵羊种布鲁氏菌GroEL基因片段,将其片段克隆到T载体上测序。结果表明：新疆源布鲁氏菌GroEL基因片段长1641bp,编码546个氨基酸,与羊种（B．melitensis）、猪种（B．suis）以及牛种（B．abortus）GroEL基因的核苷酸序列同源性分别为99．88％、99．82％、99．88％,推导的氨基酸序列同源性在99％以上,显示了很强的保守性。     

痘病毒F10L基因的克隆及生物信息学分析

将古浪山羊痘病毒的基因组DNA提取出来,并设计引物进行PCR扩增,克隆F10L基因的DNA序列.为了分析山羊痘病毒F10蛋白的分子特征,将PCR产物连接到p GEM-T Easy载体后转化至大肠杆菌DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆进行序列测定,利用生物信息学软件对F10L基因序列进行预测分析.结果显示,F10L基因序列由1 335个核苷酸组成的开放阅读框,编码444个氨基酸残基组成的多肽,蛋白质分子质量的理论值53.01 ku,理论等电点为7.14.该蛋白的二级结构中,α螺旋占12.44%,β折叠占15.73%,其余71.83%为无规则卷曲.多序列比对分析显示,不同羊痘病毒分离株F10L序列高度保守,一致性在97%以上.此研究结果为进一步研究F10蛋白的生物学功能和羊痘病毒早期蛋白的分子相互作用奠定了基础.     

SpltNPVp49基因的克隆和序列分析

根据新发现的杆状病毒凋亡抑制基因ｐ４９基因的序列设计了一对引物,以ＳｐｌｔＮＰＶ基因组ＤＮＡ为模板,通过ＰＣＲ扩增获得了预期大小的约１．３ｋｂ的ＤＮＡ片段,将此片段克隆到ｐＧＥＭ－Ｔ载体上并直接测序。序列分析表明,该片段为ＳｐｌｔＮＰＶ完整的ｐ４９基因开放读码框。与已知的杆状病毒ｐ４９基因的序列同源性为８７％,与之对应的氨基酸序列的同源性高达９３％。它是首次从ＳｐｌｔＮＰＶ中克隆到的抑制细胞凋亡的     

极大节旋藻气囊蛋白基因gvpA克隆与序列分析

为了研究极大节旋藻气囊蛋白的分子生物学特性,并为gvpA基因的研究提供基础材料,在对极大节旋藻GSS序列分析的基础上,采用PCR技术克隆了gvpA基因的全长序列,并进行了相关分析。结果表明极大节旋藻gvpA基因编码区的GC含量为42.92%,核苷酸序列和蛋白序列与Planktothrix agardhii的gvpA基因相似性最高(79.4%,97.2%),其次是Pseudanabaena sp.PCC6901(75.3%,94.4%)。系统发生分析表明极大节旋藻gvpA基因与Planktothrix agardhii的gvpA基因同源性最高(89%ML,85%MP,89%NJ)。     

半夏属植物凝集素基因片段克隆与序列分析

半夏属植物凝集素同其他天南星科植物凝集素一样,有3个甘露糖专一结合位点,且具显著的抗虫性.本研究根据已知掌叶半夏凝集素基因表达序列的相关信息设计引物,采用RT-PCR方法,分别从滴水珠、石蜘蛛、盾叶半夏、掌叶半夏、三叶半夏中克隆出长约530bp的凝集素基因片段.使用Genescan软件、ORF finder软件、Ex2PASy Proteomics Server软件对5个凝集素基因片段进行分析,结果表明:克隆出的滴水珠、石蜘蛛、盾叶半夏、掌叶半夏、三叶半夏凝集素基因片段分别编码107、171、170、170、170个氨基酸,在它们所编码的肽链中,都具有酪蛋白激酶II磷酸化位点、蛋白激酶C磷酸化位点和N-糖基化位点三类不同的功能位点.但由于编码序列碱基的突变,引起肽链中的氨基酸发生变化,从而导致这五种植株的凝集素基因存在较高的多态性以及存在功能位点的差异.其凝集素基因多态性及功能位点的差异对凝集素功能的影响需进一步分析.本实验为克隆五种植物凝集素基因的表达序列与结构基因以及深入研究半夏属凝集素的功能提供了有意义的参考资料.     

滑膜肉瘤融合基因SYT-SSX cDNA的克隆与序列分析

利用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法获得SYT-SSX的cDNA，克隆入PUCm-T载体后，在美国ABI DNA自动测序仪上以反向引物测序法进行核苷酸序列的测定，扩增出98bp的特异性片段，并筛选出阳性重组克隆质粒PUCm-SYT-SSX。获得的滑膜肉瘤融合基因SYT-SSX的cDNA，为深入揭示滑膜肉瘤分子发生机理奠定基础，同时可进一步完成原核表达。     

溶藻弧菌HY9901鞭毛蛋白flaC基因的克隆和序列分析及真核表达质粒的构建

参照GenBank上登录的副溶血弧菌鞭毛蛋白flaC基因序列设计引物,PCR扩增溶藻弧菌HY9901株的flaC全长基因,序列分析结果显示该基因为1 155 bp,编码384个氨基酸.与GenBank中其他弧菌的同源基因序列比对显示,溶藻弧菌flaC基因与副溶血弧菌flaC基因的同源性最高(87%).将该基因定向克隆到真核表达质粒pcDNA3.1(+)中,获得带溶藻弧菌鞭毛蛋白flaC基因的真核表达重组质粒pcDNA-flaC,为其DNA疫苗的进一步研究奠定了基础.     

胎儿心肌钙蛋白T(cTnT)基因的克隆和序列分析

人心肌钙蛋白T(cardiac troponin T,cTnT)可调节肌丝蛋白的Ca2 浓度,从而调节心脏肌肉收缩的肌钙蛋白复合体组成成分之一.在心力衰竭末期,cTnT再度表达.cTnT的mR-NA水平和其蛋白水平升高与心力衰竭密切相关.从正常流产胎儿心脏提取RNA,通过反转录获得cDNA,再利用PCR方法得到目的基因.序列分析证实,得到的基因是正确而特异的cTnT基因,不同人种的cTnT序列同源性很高,达99%以上.全序列有3个碱基与国外报道序列有差别,所编码氨基酸有2个不同.推测其区别可能是人种的差异或胎儿与成人发育期不同造成的.     

中华补血草金属硫蛋白基因的克隆及高盐处理下的表达模式分析

以中华补血草叶片为材料,提取其总RNA并反转录cDNA,并以cDNA为模板,克隆得到包含该基因完整开放阅读框的cDNA序列,序列分析表明,该基因开放阅读框长249 bp,编码82个氨基酸;该蛋白含有14个半胱氨酸,主要分布在蛋白质的N端和C端,呈CC,CX,CXXC形式排列.预测该蛋白分子质量为8 133.1 D;等电...