内蒙古棘豆属植物分支分类的初步探讨

本文以内蒙古棘豆属植物为对象，应用分支分类的方法，对豆科棘豆属的植物系统演化关系做了初步的探讨．根据文献和标本按外类群比较，和谐性分析等原则确定了性状极性，利用最大同步法对棘豆属植物进行了分支分析，得出了分支分类支序图，并编写了检索表．     

关于KEXUE分支分类方法(Cladistics)的若干讨论

本文讨论分支分类方法的若干基本原则,包括最检原则、和谐性准则、稳定性原则和一致性原则,据此对ＫＥＸＵＥ分支分类方法进行了分析和评述,并提出一种构造最俭分支图改进方法一摄动法。     

支序生物地理学方法的发展和应用：Ⅰ：方法的发展

论述支序生物地理学方法发展的过程，从最简单的累进原则开始，经过隔离分化生理地理学，删减区域支序图法，祖先种的地图法，发展出了比较成熟并且有相应软件支持的组成成分分析、Ｂｒｏｏｋｓ简约分析和特有性的简约性分析方法。有一些方法虽然已经形成（如：数量化的组成成分分析），但还需要不断充实和完善，通过分析几种方法的应用情况评价了支序生物地理学方法和方向。     

剑齿象系统发育的探讨

本文以分支系统学为理论依据,分析了剑齿象演化中的近裔性状及其演化极向。以简约性原则建立了反映剑齿象属(Stegodon)各种间系统发育关系的分支图解。与传统的系统学不同,分支图解中不仅表明了某些种之间的租裔序列,而且主要反映了相应的“姐妹群”。同时,进一步运用国外较新的方法,对所建立的分支图解作了检验,并结合地质时代的分布将分支图解转化为系统树。     

中国连珠藻属Sirodotia(红藻门)的分支分类研究

以连珠藻属Sirodotia Keylin的7个分类单位加上外类群作为研究对象,选取10个性状作为数量指标,得到10×7的数值矩阵,以分支分类学的方法对连珠藻属的系统发育过程进行分析.采用最大同步法、综合分析法、演化极端结合法及最小平行进化法进行分支分析,其中,最大同步法、综合分析法和演化极端结合法三种方法的运算结果完全一致,分支图最大步长为36,最小步长为11,实际步长为14,简约系数为0.12.在连珠藻属中,以黄山连珠藻S.huangshanensis最为原始,瑞典连珠藻S.suecica和细连珠藻S.tenuissima则较为进化.     

一类具有时滞的广义造血模型的Hopf分支

研究了一类具有离散时滞和干扰项的广义造血模型的稳定性及Hopf分支.首先利用函数的单调性,证明了模型正平衡态的存在唯一性;然后利用分支理论及周期函数正交性等方法给出了模型Hopf分支存在的充分条件,并得到了分支周期解的近似解析表达式和判断周期稳定性的计算公式;最后通过实例验证了理论分析和数值计算的一致性,并运用Matlab绘制了造血模型数值解的拟合图.     

具有时滞和干扰的广义Logistic模型的Hopf分支周期解

讨论了具有时滞与干扰的广义Logistic模型分支周期解的存在性、稳定性及其近似分支周期解.首先根据特征值理论得到该模型产生Hopf分支的条件;然后用周期函数正交性方法得到其近似分支周期解的表达式;最后举例验证了定理的可实现性,利用Matlab得到了其参数取不同数值时的曲线拟合图,并讨论了参数对周期解的周期和振幅的影响.     

幅值调节力驱动的Josephson系统的异宿分支与混沌

 对幅值调节力驱动的Josephson系统的异宿分支和混沌进行了研究。 利用Melnikov理论方法, 得到Josephson系统存在混沌的分支条件, 同时利用数值模拟, 显示分支参数对系统动力学行为的影响。 数值模拟包括不动点的分支图、相图、系统分支图。 通过数值模拟, 不仅可以验证理论方法的结果, 并且可以得到很多新的动力学行为。 理论分析和数值模拟结果表明：幅值调节力中的振幅f和频率Ω对系统动力学行为有重要的影响。     

中国姬鼠属(Apodemus)种系发生及地理分布的探讨

对产于中国的６种姬鼠属种类进行了严格的支序系统分析．通过对这６个种的形态特征分析、对比，找出了１７项具有种系发生意义的性状，用Ｎｅｌｓｏｎ等的最小方式组分分析法建立了支序图，重建了它们的种间分支亲缘关系．根据支序图及国内已有的化石和地史资料，对该属的演化作了初步探讨．运用特有性简约分析（ＰＡＥ）方法对东亚地区姬鼠属地理分布格局及其成因也作了初步分析．     

一类干扰血液模型的Hopf分支

研究了一类具有离散时滞和干扰的血液模型的Hopy分支周期解。利用函数的单调性,分支理论及周期函数正交性等方法得到了该模型正平衡态存在唯一的充要条件,分支周期解存在条件和近似表达式,举出实例且运用Matlab绘出了血液模型数值解的拟合图,并分析了参数对周期解的周期,振幅及正平衡态的影响。     

支序生物地理学方法的发展和应用I:方法的发展

论述支序生物地理学方法发展的过程 ,从最简单的累进原则开始 ,经过隔离分化生物地理学、删减区域支序图法、祖先种的地图法 ,发展出了比较成熟并且有相应软件支持的组成成分分析、Brooks简约分析和特有性的简约性分析方法 .有一些方法虽然已经形成 (如 :数量化的组成成分分析 ) ,但还需要不断充实和完善 .通过分析几种方法的应用情况评价了支序生物地理学方法意义和方向 .     

菊科紫菀族的系统发育与分类研究

本文对紫菀族（菊科，Ａｓｔｅｒｅａｅ）的系统发育与分类进行了分支系统学研究。结果表明，Ｇｒａｎｇｅｉｎａｅ亚族是该族原始类群；其余属群可以分为两大亚族，即：一支黄花亚族（Ｓｏｌｉｄａｇｉｎａｅ）和紫菀亚族（Ａｓｔｅｒｉｎａｅ）。分支图还清楚地揭示出分布在世界各大洲的紫菀族植物在系统发育上的密切联系，据此可以摒弃先前的研究者Ｇｒａｎ（格劳）仅按照地理分布这个单一的性状对紫菀族所作出的不正确的分类。     

长蝽类高级阶元系统发育初探(半翅目)

本文运用支序分析的原理和方法,采用Hennig86程序研究长蝽类（lygaeoidcomplex）亚科以上阶元间的系统发育关系．研究用分类单元代表共计21种,选用性状共48个,内群共包括19个OTUs,并采用“理想祖先”作为单一外群．计算得到的首选最简约树步长＝165,CI＝0．32,RI＝0．51．相应支序图所提示的系统发育再建景象主要包括：（1）原有意义上的长蝽科为一并系群或复系群．（2）Rhyparochrominae与红蝽类互成姐妹群．（3）Artheneinae似为一较原始而孤立的支系．（4）支持Cyminae与Berytidae接近的意见．（5）支持“malcidline”意见．     

Performance of maximum parsimony and likelihood phylogenetics when evolution is heterogeneous

All inferences in comparative biology depend on accurate estimates of evolutionary relationships. Recent phylogenetic analyses have turned away from maximum parsimony towards the probabilistic techniques of maximum likelihood and bayesian Markov chain Monte Carlo (BMCMC). These probabilistic techniques represent a parametric approach to statistical phylogenetics, because their criterion for evaluating a topology--the probability of the data, given the tree--is calculated with reference to an explicit evolutionary model from which the data are assumed to be identically distributed. Maximum parsimony can be considered nonparametric, because trees are evaluated on the basis of a general metric--the minimum number of character state changes required to generate the data on a given tree--without assuming a specific distribution. The shift to parametric methods was spurred, in large part, by studies showing that although both approaches perform well most of the time, maximum parsimony is strongly biased towards recovering an incorrect tree under certain combinations of branch lengths, whereas maximum likelihood is not. All these evaluations simulated sequences by a largely homogeneous evolutionary process in which data are identically distributed. There is ample evidence, however, that real-world gene sequences evolve heterogeneously and are not identically distributed. Here we show that maximum likelihood and BMCMC can become strongly biased and statistically inconsistent when the rates at which sequence sites evolve change non-identically over time. Maximum parsimony performs substantially better than current parametric methods over a wide range of conditions tested, including moderate heterogeneity and phylogenetic problems not normally considered difficult.     

Phylogenetic analysis based on rRNA sequences supports the archaebacterial rather than the eocyte tree

How many primary lineages of life exist and what are their evolutionary relationships? These are fundamental but highly controversial issues. Woese and co-workers propose that archaebacteria, eubacteria and eukaryotes are the three primary lines of descent and their relationships can be represented by Fig. 1a (the 'archaebacterial tree') if one neglects the root of the tree. In contrast, Lake claims that archaebacteria are paraphyletic, and he groups eocytes (extremely thermophilic, sulphur-dependent bacteria) with eukaryotes, and halobacteria with eubacteria (the 'eocyte tree', Fig. 1b). Lake's view has gained considerable support as a result of an analysis of small subunit ribosomal RNA sequence data by a new approach, the evolutionary parsimony method. Here we report that analysis of small subunit data by the neighbour-joining and maximum parasimony methods favours the archaebacterial tree and that computer simulations using either the archaebacterial or the eocyte tree as a model tree show that the probability of recovering the model tree is very high (greater than 90 per cent) for both the neighbour-joining and maximum parsimony methods but is relatively low for the evolutionary parsimony method. Moreover, analysis of large subunit rRNA sequences by all three methods strongly favours the archaebacterial tree.     

葱属隶属地位的探讨

探讨了葱属的隶属地位，从形态特征，花粉特点和化学成分等方面对葱属及其相近属（石蒜属Lycoris,知母属Anemarrhena,百合属Lilium)分别进行了分析，最后选取23个性状，应用分支类中的最大同步法对其进行处理，结果表明，葱属和其它各属区别较大，不适于划归同一科，应别立葱科，将葱属隶属于其下。     

鼢鼠属Eospalax亚属的系统发育关系及其物种形成和起源中心的研究

本文依据性状分析,提出了鼢鼠属Eospalax亚属鼢鼠的系统发育关系。发现生活环境的改变、竞争有利的生活环境是促使物种分化的原因。推测此亚属的起源中心在秦巴山区。     

中国齿甲属Uloma系统发育关系

为了对中国齿甲类群进行更深入的研究,运用支序分析方法和Hennig86程序研究了齿甲属(鞘翅目:拟步甲科)全部中国已知种类的系统发育关系,根据支序所得最简约树(步长L=149,CI值为25,RI值为46)制作的支序图首次提出该属中国种类系统发育关系假设,并由此推断出中国齿甲属物种分化强烈,来源和演化路线复杂.