一种河口沉积物总DNA的高效提取方法

研究主要目的是从河口沉积物中提取高质量DNA,为后期应用分子生物学技术研究河口沉积物微生物功能基因及种群分析等奠定基础。用CTAB-SDS-冻融法,样品预处理-CTAB-SDS-冻融法,样品预处理-CTABSDS-冻融-DNA重沉淀法和土壤总DNA提取试剂盒法提取3种河口沉积物总DNA,通过DNA琼脂糖凝胶电泳、DNA纯度和浓度及16S rDNA的PCR扩增分别对这4种方法进行评价。结果显示,样品预处理-CTABSDS-冻融法-DNA重沉淀所提取的DNA质量最高,可以用于后续的分子生物学研究。     

PMA与PCR结合的细菌活细胞检测方法

基于PCR的分子生物技术在检测过程中不能有效区分样品中细菌的死活状态,这会导致对细菌数量的错误估计.文中用叠氮溴化丙锭(PMA)对样品基因组提取进行前处理,使PMA与样品中死细胞的DNA分子共价交联,并抑制该DNA分子的PCR扩增.结果表明:当样品中PMA质量浓度大于3μg/mL、曝光时间大于3 min时,PMA可抑制细胞膜破裂的E.coli死细胞DNA的PCR扩增;PMA质量浓度高于50μg/mL时对活细胞DNA的PCR扩增有一定影响;当浊度小于10NTU时,PMA能有效地抑制死细胞DNA的PCR扩增,而当浊度大于100NTU时,PMA失去效果.     

植物高度同源重复基因的PCR检测

以油菜中三个同源性高达90%以上的AP3基因为研究对象,采用三种不同的DNA聚合酶进行常规PCR扩增和纳米PCR扩增.结果显示：纳米PCR比普通Taq DNA聚合酶和低保真Plus DNA聚合酶具有更高的扩增特异性,即在相同的退火温度下,只有纳米粒子PCR扩增出特异性的目的产物而无非特异性产物; 虽然高保真Pfu DNA聚合酶PCR显示出了同纳米PCR一样的扩增特异性,但纳米PCR不仅能表现出较高的扩增特异性,而且还显示出了更好的扩增效率.并且,纳米PCR即使是在30 ℃的低退火温度下依旧能扩增出特异性     

蛋白质-核酸复合物中氢键和范德华力作用位点偏好性分析

对蛋白质-核酸复合物结构中氢键/范德华力作用位点氨基酸与核苷酸的偏好性(即相对使用频率)进行了统计分析.发现:(1)在蛋白质-DNA复合物结构中,范德华力作用对与氢键数量相当;而在蛋白质-RNA复合物结构中,范德华力作用对数量要远多于氢键;(2)复合物结构中氢键和范德华力作用位点上对氨基酸的偏好性差异显著;(3)氨基酸...     

一种新细胞因子基因真核表达载体的构建和鉴定

采用PCR方法,以人胎盘cDNA文库为模板,扩增出人B淋巴细胞刺激因子（hBLys）,经克隆测序及纯化后,再以此PCR产物为模板,用Nest-PCR方法进一步扩增得到B淋巴细胞刺激因子的胞膜外功能区域（hsBLyS）的DNA片段,纯化、克隆测定鉴定后,扩增并纯化粒,经酶切、纯化后克隆到真核表达质粒pcDNA3.1（＋）中,构成真核表达载体pcDNA3．1（＋）／hsBLyS。结果表明：用此方法制备得到的hsBLyS的DNA片段经测序鉴定与文献报道相符,构建的真核表达载体经鉴定也达到了预计的结果。     

用Chelex-100法大规模快速提取牦牛肌肉中基因组DNA

旨在建立快速、大规模提取牦牛(Bos grunniens)肌肉中基因组DNA的方法.试验样品为冰冻保存的九龙牦牛背最长肌(n=10).采用两种取样方法(镊子取样和枪头取样)采集冰冻的肌肉样品,用Chelex-100方法提取其中的基因组DNA,并进行PCR扩增.结果显示,镊子取样和枪头取样提取的基因组DNA,均可用于两个核基因和一个线粒体基因的PCR扩增,但枪头取样简便易行,提取的DNA用PCR扩增细胞色素b,扩增35个循环数的PCR产物可直接测序.表明Chelex-100法可用于快速提取牦牛肌肉中基因组DNA,操作简单,成本低廉,适用于大规模提取组织中的DNA.     

基于小波变换的蛋白质与DNA相互作用的计算机预测

蛋白质与DNA的相互作用在细胞的转录调控和DNA修饰等活动中至关重要.将改进的共鸣识别模型应用于预测酵母蛋白质与DNA的相互作用,运用小波变换找出阳性数据和随机数据的信噪比分布的差异,并通过阈值的选取达到了较好的预测结果.同时,将阳性数据与相应复合物的序列进行序列联配,找到了保守位点,进而从结合位点的角度验证了本方法的正确性.     

一种快速的重组农杆菌PCR鉴定方法

建立一种快速的重组农杆菌PCR扩增鉴定方法,采用煮沸法处理重组农杆菌,使农杆菌高温裂解,释放质粒DNA,直接进行PCR扩增反应,检测目的基因片段.结果表明,重组质粒PCR扩增效果较好,目标条带较为明显.通过煮沸重组农杆菌,进行PCR扩增反应鉴定质粒DNA,不仅实验操作简单安全,缩短实验时间,并且避免了酚、氯仿试剂在提取质粒DNA过程中的残留对后续分子鉴定质量的影响.     

羧甲基壳聚糖磁性纳米复合物高效分离基因组DNA

分别以常量的大肠杆菌和微量的嗜酸氧化亚铁硫杆菌(Acidithiobacillus ferrooxidans)为实验对象,研究羧甲基壳聚糖磁性纳米复合物载体对基因组DNA的分离纯化,对分离的大肠杆菌基因组DNA直接采用琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计分析,分离的A.ferrooxidans基因组DNA则直接作为硫化物质体醌氧化还原酶基因片断的PCR扩增模板.研究结果表明:采用磁性纳米复合物法,其制备DNA的时间是传统方法的1/3,具有快速、简单的优点,在微量样品DNA提取中,由于其富集提取DNA,并提高了PCR的灵敏性功能,比传统方法优越,可用于食品卫生致病微生物的检测、法医鉴定以及极难培养的微生物的菌种鉴定.     

基于rDNA ITS序列的何首乌PCR-RFLP分子鉴别

为建立何首乌(Fallopia multiflora)DNA分子鉴别技术,对何首乌及其常见混淆品的rDNA ITS（核糖体DNA内转录间隔区）序列进行了扩增和测序,运用CLUSTAL X、MEGA软件对该区进行序列分析.结果表明：何首乌与毛脉蓼（F. multiflora var.cilliinervis）、翼蓼（Pteroxygonum giraldii）及耳叶牛皮消（Cynanchum auriculatum）在ITS1区的差异率分别为6.9%、18.1%、42.0%,在ITS2 区的差异率分别为10.0%、19.4%、43.9%,而何首乌种内各居群间ITS1 和ITS2 区的差异分别为0%～2.13% 和0%～1.03%．进一步利用premer premier 5 找出了一个位于ITS2间区的何首乌特征性NsbI酶切位点,将何首乌rDNA ITS 序列PCR扩增产物用NsbI酶切后可得到得一个含约531 bp和109bp的二片段PCR－RFLP图谱, 而其混淆品rDNA ITS 序列PCR扩增产物不能被NsbI酶切,图谱呈单一条带.建立的PCR－RFLP方法简单易行,可用于何首乌原植物的鉴别．     

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)Hsp70基因PCR扩增及序列分析

目的：为获得凡纳滨对虾的热休克蛋白70（Hsp70）基因并分析其基因序列．方法：根据GenBank中斑节对虾（Penaeus monodon）Hsp70基因的cDNA序列,设计引物,对经高盐法提取的凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）基因组DNA,采用优化的降落PCR（Touch Downeca）程序,扩增凡纳滨对虾Hsp70基因的全长序列．结果：PCR扩增得到一条长1983bp的目的DNA片段,回收纯化该片段并测定其核酸序列．用DNAman软件分析发现,该核酸序列中不含内含子,编码区全长为1959bp;经BLASTn和BLASTx软件分析发现,该编码区核苷酸序列与斑节对虾、罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）的Hsp70基因序列的相似性分别为97％和62．2％．根据核苷酸序列所推导出的Hsp70氨基酸序列,其与斑节对虾、罗氏沼虾的相似性分别为99．9％和92．6％．结论：成功地从凡纳滨对虾基因组DNA中直接扩增出Hsp70基因的全长编码区序列。     

三种血液基因组 DNA 提取方法的比较研究

摘要: 目的 比较采用 3 种不同 DNA 提取方法提取豚鼠血液基因组 DNA 之间的差异。方法 分别用新鲜抗凝血 NaI 手提法、血凝块手提法和试剂盒 DNA 提取法提取 20 只豚鼠血液基因组 DNA,用分光光度计测定、琼脂糖凝胶 电泳、PCR 扩增等方法对提取的 DNA 片段的完整性、浓度、纯度和用于 PCR 扩增的效果等方面进行比较研究。结 果 新鲜抗凝血 NaI 手提法提取的 DNA 完整性、浓度和纯度均为最高; 血凝块法提取的 DNA 浓度和抗凝血提取的 DNA 浓度接近但纯度最低,有一定程度的断裂和降解; 试剂盒法提取的 DNA 浓度最低,纯度和完整性处于中间,但 三种方法提取的 DNA 都可用于 PCR 扩增反应。结论 3 种方法都可以提取基因组 DNA 并且所提取的 DNA 均能 满足后续 PCR 扩增实验的要求,但每种方法各有利弊,可根据具体的条件选择适宜的方法。     

应用二温式多重PCR技术鉴别鸡传染性支气管炎病毒和鸡传染性喉气管炎病毒

为了简化聚链反应（PCR）程序和加快检测速度,将二温式PCR与多重PCR结合起来,建立一种同是检测鸡传染性支气管炎病毒（IBV）和鸡传染性喉气炎病毒（ILTV）的二温式重PCR技术,试验根据IBV和ILTV的基因文库,设计2对分别与IBV和ILTV某段基因序列互补的引物。用这2对引物同一样品中的IBV、ILTV核酸模板进行二温式多重PCR扩增,结果均同时得到2条特异性大小与实验设计相符的1720bp(IBV)和647bp(ILTV）的扩增带,而对其他6种禽病病原的扩增结果均为阴性,敏感性测定结果表明明,该二温式多重PCR技术检出10pg的IBV RNA模板和10pg的ILTV DNA模板。     

衡阳地区EBV感染与乳腺癌相关性研究

目的探讨衡阳地区EBV感染与乳腺癌的相关性。方法收集不同发展阶段的乳腺病变组织100例,分别PCR法,LCMPCR法、ISH法及免疫组化法分别从DNA、RNA、蛋白质三个层面检测标本中EBV的表达情况,分析EBV与乳腺癌发生、发展的关系。结果 DNA层面:PCR法仅在22例乳腺癌标本中为阳性。采用ISH法在100标本中复检EBV DNA时,表达均为阴性。采用LCM PCR检测22例PCR扩增阳性标本的上皮细胞和间质淋巴细胞,仅在间质细胞中扩增出EBV DNA,癌组织无EBV DNA表达。RNA及蛋白质层面:EBVRNA探针的ISH法检测及免疫组化法检测所有标本,结果为阴性。结论在该次试验中选取的衡阳地区的标本中,乳腺癌发生、发展与EBV感染无关。     

利用降落PCR扩增KMT-1基因

用试剂盒提取一株牦牛源多杀性巴氏杆菌(C47-8)基因组DNA,同时应用降落PCR和普通PCR扩增KMT-1基因片段。结果表明:降落PCR法扩增出KMT-1基因片段的特异性条带与目的片段长度一致,普通PCR法没有结果。相同的反应体系,降落PCR程序能明显提高PCR的特异性,可用于扩增普通PCR难以扩增的基因片段。     

非特异性PCR产物的分离和扩增

在PCR（polymerase chain reaction)扩增产物的非特异性电泳带位置上及弥散状背景的一定间隔位置上，分别以切胶分离相应分子量的DNA分子作为模板，用产生这些非特异性DNA分子的一种引物在通用PCR条件下进行PCR扩增，仅在切胶的相应位置出现DNA分子量同样大小的电泳条带。阐述了这种模板DNA分子形成和出现非特异性电泳带与弥散状背景之间的关系。     

甲基百里酚蓝-钕(Ⅲ)配合物与DNA作用研究

应用UV-Vis光谱法研究了pH=8.25的缓冲溶液中甲基百里酚蓝(MTB)-Nd(Ⅲ)配合物与鲱鱼精DNA的相互作用.发现MTB-Nd(Ⅲ)-DNA的最大吸收波长为610 nm,比MTB和MTB-DNA红移5 nm.DNA对MTB-Nd(Ⅲ)有增色效应.通过双波长物质的量比法、平衡透析物质的量比法研究,测得MTB-Nd(Ⅲ)-DNA三元复合物的结合比为n(MTB)∶n(Nd(Ⅲ))∶n(DNA)=10∶40∶1,MTB-Nd(Ⅲ)配合物与DNA作用的表观结合常数K=5.38×106.     

酿酒酵母金属硫蛋白的表达、纯化及活性检测

通过PCR从酿酒酵母基因组DNA上扩增得到酿酒酵母基因CUP1编码的金属硫蛋白序列.将其编码序列克隆到质粒pTWIN1构建重组表达质粒pTWIN1-MT,转化大肠杆菌感受态细胞ER2566.重组融合蛋白CBD-intein1-MT在IPTG的诱导下得到表达,经SDS-PAGE和蛋白质印迹鉴定.用重组菌分别进行铜离子耐受...     

野葛特异性PCR检测方法的建立与应用研究

一个物种特有的DNA序列可以开发成能够识别该物种及其加工产品的标记.为寻找野葛(Pueraria lobata)特有的DNA序列,建立野葛特异性PCR检测方法,通过对Gen Bank中野葛基因信息的检索分析,筛选出了同源序列少特异性强的野葛查耳酮合成酶基因作为研究对象.对该基因的特定区域设计引物,建立了野葛特异性定性PCR检测方法.利用该方法对野葛14个不同居群的DNA进行PCR扩增,均能扩增出226 bp的片段.而用相同引物分别对20种其他植物的DNA进行扩增均未出现特异性扩增产物. PCR灵敏度实验结果表明该方法的检测灵敏度达到0.02 ng基因组DNA,对市场上的葛根产品进行检测结果表明该方法可以有效鉴定葛根产品中是否含有野葛成分.该野葛特异性PCR检测方法特异性强、灵敏度高,可用于野葛成分的检测与鉴定.     

黑麂粪便DNA的简易提取方法

收集九龙山自然保护区野外自然条件下的黑麂粪便样品,用无水乙醇保存于-70℃冰箱,经十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）裂解液温浴粪便、酚／氯仿抽提及聚合酶链反应（PCR）纯化试剂盒纯化等步骤提取黑麂粪便DNA,并扩增线粒体DNA细胞色素b基因和2个微卫星位点进行检测;同时提取黑麂肌肉和皮毛样品的DNA作为对照．结果显示,该方法可以从粪便中提取到高质量的黑麂DNA,并可进行有效扩增,为黑麂及其他濒危鹿科动物的非损伤取样提供了一种简易方法．