土壤微生物DNA提取方法的研究

目的 研究土壤微生物DNA的提取方法.方法 选用3种常见有效的土壤微生物DNA提取方法与本实验设计的土壤微生物DNA提取方法对麦田土壤微生物DNA进行提取比较.结果 4种方法均能从麦田土壤中提取到片段长度大于22kb的DNA片段,不同方法提取的DNA浓度有一定的差异.提取得到的总DNA不需要纯化就可以用于PCR扩增,使用细菌16S rDNA的通用引物可以扩增得到相应的片段.结论 该法操作简便、提取快速、DNA纯度和得率较高.     

老芒麦总DNA提取方法探讨

以披碱草属老芒麦(Elymus sibiricus)为材料,分别用简易提取法、十六烷基三乙基溴化铵(CTAB)法、十二烷基硫酸钠(SDS)法提取其基因组DNA,利用分光光度计测定其OD260与OD280的吸光值,计算比率估计核酸的纯度和浓度,并利用0.8%琼脂糖凝胶电泳观察DNA片段在凝胶中的位置.结果表明,3种方法都可以提取到基因组DNA,但SDS法所提取的DNA质量明显优于简易提取法和CTAB法,且分离的DNA产率高,纯度高,质量好,纯化后电泳检测带型清晰.因此,SDS法是实验室提取老芒麦基因组DNA的较有效而实用的方法.     

提取桑天牛成虫肠道微生物基因组DNA的2种方法比较

比较了改良CTAB法和改良SDS法两种提取桑天牛成虫肠道微生物基因组DNA的方法,结果表明:改良SDS法提取的DNA杂质较多,并且有部分降解;改良CTAB法提取的DNA纯度较高,适用于后续试验研究.     

3种提取淡水涡虫基因组DNA方法比较

分别用试剂盒法、改良的CTAB法、改良的酚-氯仿抽提法提取活体涡虫和95%酒精固定的涡虫标本的基因组DNA.结果显示:试剂盒法提取的基因组DNA质量最好,主要表现在分子完整,几乎无降解,并且该方法所得DNA的产率也比另外两种方法的产率要高,试剂盒法是最适合涡虫基因组DNA制备的方法.相同起始物质量条件下,3种方法从活体涡虫中提取的DNA量和纯度均高于95%酒精固定的涡虫标本,但试剂盒法提取95%酒精固定半年以上的涡虫标本,所得DNA产率较高、质量较好,可满足PCR扩增等分子生物学实验的要求.     

纸表微生物的简易模型与DNA提取方法评价

微生物是造成古籍善本和纸质档案损伤的主要原因之一,近年来不依赖于实验室培养的高通量测序成为研究纸表微生物的常用方法.但是纸表微生物的含量往往偏低,DNA提取常依赖于昂贵的进口试剂盒,成本过高.本文首先构建了一个标准的纸表微生物体系,用传统棉签擦拭法获取该纸表微生物样品,再利用改良的化学法、机械破壁法、酶消解法3种方式提取样品中微生物总DNA并比较其浓度与纯度,最后利用PCR扩增验证提取效果.结果表明,酶消解法提取所得浓度最高,化学法次之,机械法最低,但DNA纯度正好相反.经PCR验证,化学法的扩增效果较好.综合上述指标,改良的化学法更适宜提取纸表微生物样品中的总DNA.     

黄连木叶片基因组DNA提取方法

黄连木叶片中酚类化合物、色素、多糖和其它次生代谢物质含量较高,这给黄连木基因组DNA提取带来困难。为了从黄连木叶片中提取高质量基因组DNA,本文运用CTAB法和改良CTAB法提取黄连木基因组DNA,通过定性、定量及PCR分析检测所提取DNA的质量。结果表明:改良CTAB法提取的DNA电泳条带清晰无RNA等污染,OD260和OD280比值在1.8左右,RAPD扩增条带清晰、无弥散现象、亮度均一。说明改良CTAB法提取的DNA纯度较高,适用于PCR扩增反应。     

红壤中微生物总DNA的分离与纯化

采用2种不同的土壤DNA直接提取方法,提取了4种不同类型红壤的微生物总DNA,并对提取的DNA用Sephadex G-200离心层析法进行了纯化.结果表明:2种方法都可以从红壤中提取到分子量大于10kb的DNA的片段,不同提取方法获得的DNA的产量存在较大差异.方法二用冻融进行预处理再结合SDS和溶菌酶的化学裂解方法,是效果较好的DNA抽提方法.其提取DNA产量高,重复性好,适合于土壤少量样品的DNA提取.Sephadex G-200离心层析法能较好地去除土壤中的有机物杂质,DNA溶液由原来的黄褐色变得澄清透明,且不会使提取的DNA断裂或损失,是一种较好的土壤微生物总DNA纯化方法.     

红壤中微生物总DNA的分离与纯化

采用2种不同的土壤DNA直接提取方法,提取了4种不同类型红壤的微生物总DNA,并对提取的DNA用Sephadex G-200离心层析法进行了纯化。结果表明:2种方法都可以从红壤中提取到分子量大于10kb的DNA的片段,不同提取方法获得的DNA的产量存在较大差异。方法二用冻融进行预处理再结合SDS和溶菌酶的化学裂解方法,是效果较好的DNA抽提方法。其提取DNA产量高,重复性好,适合于土壤少量样品的DNA提取。Sephadex G-200离心层析法能较好地去除土壤中的有机物杂质,DNA溶液由原来的黄褐色变得澄清透明,且不会使提取的DNA断裂或损失,是一种较好的土壤微生物总DNA纯化方法。     

一种河口沉积物总DNA的高效提取方法

研究主要目的是从河口沉积物中提取高质量DNA,为后期应用分子生物学技术研究河口沉积物微生物功能基因及种群分析等奠定基础。用CTAB-SDS-冻融法,样品预处理-CTAB-SDS-冻融法,样品预处理-CTABSDS-冻融-DNA重沉淀法和土壤总DNA提取试剂盒法提取3种河口沉积物总DNA,通过DNA琼脂糖凝胶电泳、DNA纯度和浓度及16S rDNA的PCR扩增分别对这4种方法进行评价。结果显示,样品预处理-CTABSDS-冻融法-DNA重沉淀所提取的DNA质量最高,可以用于后续的分子生物学研究。     

麻疯树适生区域土壤DNA提取及多重PCR验证

比较了4种土壤总DNA提取方法应用于四川西昌去南元谋和海南海口三地麻疯树适生区土壤样品的DNA提取效果,发现改进后的方法1和方法4提取效果显著好于方法2和方法3.不仅如此,采用多重PCR扩增方法证明方法1和方法4扩增的真菌DNA产量所占比例增加,说明所得DNA更具有代表性.然而仅有方法4能成功提取海南及云南两地麻疯树适生地区的土壤总DNA,但提取的DNA纯度和产量过低,说明还需进一步进行优化.     

忍冬科部分植物DNA提取方法的研究

应用改进的高盐低pH法、改良高盐法、溴化十六烷基三甲基铵(CTAB)法和改良十二烷基硫酸钠(SDS)法,对七子花不同器官的总DNA进行了提取.结果显示,4种方法均有较好的提取效果,产率由大到小依次为改良SDS法、CTAB法、高盐低pH法、改良高盐法,纯度依次为改良高盐法、高盐低pH法、CTAB法、改良SDS法,其中高盐低pH法提取的综合效果最好.对七子花不同组织DNA的提取显示,产率由高到低依次是嫩叶、茎和老叶,质量以嫩叶和茎抽提的较高.以冰冻茎为材料应用筛选出的高盐低pH法对9种忍冬科植物的总DNA进行了提取,结果发现多糖、酚或胶类物质含量较高植物的DNA沉淀中有一定量的次生物质;对方法进行了少许改进,可以有效去除这些物质对DNA提取的干扰.     

稀有植物蒜头果基因组DNA提取方法的研究

 分别用改进的CTAB法、SDS法和高盐低pH法从蒜头果种仁中提取基因组DNA,通过琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度法检测所提取基因组DNA的纯度.结果表明:用改进的CTAB法、SDS法和高盐低pH法所提取的蒜头果基因组DNA的OD₂₆₀/OD₂₈₀值在1.8~2.0之间,带型清晰无拖尾,说明所提取的DNA保持完好.其中改进的CTAB法所提取的基因组DNA质量最好、纯度也最高,为蒜头果分子生物学研究及下游操作奠定了基础.     

油页岩微生物总DNA的提取方法

为建立油页岩微生物总DNA提取方法,以两矿区的6个样品为材料,采用SDS高盐、SDS液氮研磨、SDS反复冻融、SDS异硫氰酸胍和试剂盒提取法分别对总DNA进行提取.结果表明,各方法提取效果差异很大,改进的SDS高盐提取法效果最好,各样品均得到约23kb较完整片段,且产率显著高于其他方法,达9144~38685ng·g-1干样;以未纯化的DNA为模板,对16SrDNA进行PCR-DGGE,得到了相应的扩增产物及DGGE指纹图谱,说明该法适合油页岩样品.SDS液氮研磨和SDS反复冻融提取法仅能得到部分样品总DNA,且产率和纯度较低,而SDS异硫氰酸胍和试剂盒提取法无DNA提出,不适合此类样品.     

β-巯基乙醇与PVP在红干椒DNA提取中的比较研究

红干椒叶片中富含的酚类物质较多，为提取适于红干椒RAPD分析的高质量DNA，通过在CTAB提取缓冲液中分别添加β-巯基乙醇和PVP抗氧化剂，研究β-巯基乙醇和PVP对红干椒叶片DNA提取质量的影响．结果证明，在CTAB提取液中添加适量的β-巯基乙醇所获DNA纯度较高，A260／A280比值在1．800附近，电泳谱带清晰，无明显拖尾现象，辣椒叶片DNA平均产量为505．83ng·μl^-1，DNA的质量和纯度满足于RAPD技术的要求．     

岩陀DNA提取方法研究

以岩陀植物嫩叶为材料,用不同方法对岩陀叶片DNA进行提取,比较提取的质量差异,寻找适合岩陀叶片总DNA的提取方法,以满足多基原民族药岩陀DNA条形码识别系统构建的研究需要。采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、改良的CTAB法、十二烷基硫酸钠(SDS)法及碱裂解法提取岩陀叶片总DNA,利用琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法及PCR扩增效果检查DNA提取的质量。结果显示四种方法均能从岩陀植物叶片中提取到基因组DNA,改良CTAB法提取的DNA纯度和完整性明显好于其他方法,且采用此法进行PCR扩增获得的目标条带明亮单一,扩增效率达到100%。改良的CTAB法是岩陀叶片总DNA的提取中最为合适的提取方法,能够满足后续DNA条形码的研究需要。     

东南景天DNA提取方法的比较

以超积累生态型、非超积累生态型东南景天（SedumalfrediiHance）的嫩叶为材料，采用CTAB法、SDS法、尿素法、柠檬酸钠法提取DNA，比较不同方法提取DNA的效率．结果表明，采用4种方法提取超积累生态型东南景天和非超积累生态型东南景天的DNA，其OD260／OD280的比值在1．8～2．0之间；除柠檬酸钠法外，其余3种方法提取的DNAOD26。／OD230的比值均大于2．0；其DNA浓度和得率都是尿素法〉CTAB法〉SDS法〉柠檬酸钠法，从琼脂糖凝胶电泳图来看，也是尿素法效果最好．因此，认为尿素法适合于超积累生态型和非超积累生态型东南景天DNA的提取．     

从土壤中快速提取纯化DNA方法的建立

比较了从土壤中提取及纯化DNA的不同方法,确立了TENS-乙酸铵提取方法和PVPP柱层析的纯化方法.结果显示:TENS-乙酸铵提取方法对不同土壤均有较好的提取效果,DNA片段长度在23.1 kb以上,且无明显降解;PVPP柱层析的纯化方法比胶回收纯化方法的DNA回收效率高、质量好,可用于PCR扩增.     

三种血液基因组 DNA 提取方法的比较研究

摘要: 目的 比较采用 3 种不同 DNA 提取方法提取豚鼠血液基因组 DNA 之间的差异。方法 分别用新鲜抗凝血 NaI 手提法、血凝块手提法和试剂盒 DNA 提取法提取 20 只豚鼠血液基因组 DNA,用分光光度计测定、琼脂糖凝胶 电泳、PCR 扩增等方法对提取的 DNA 片段的完整性、浓度、纯度和用于 PCR 扩增的效果等方面进行比较研究。结 果 新鲜抗凝血 NaI 手提法提取的 DNA 完整性、浓度和纯度均为最高; 血凝块法提取的 DNA 浓度和抗凝血提取的 DNA 浓度接近但纯度最低,有一定程度的断裂和降解; 试剂盒法提取的 DNA 浓度最低,纯度和完整性处于中间,但 三种方法提取的 DNA 都可用于 PCR 扩增反应。结论 3 种方法都可以提取基因组 DNA 并且所提取的 DNA 均能 满足后续 PCR 扩增实验的要求,但每种方法各有利弊,可根据具体的条件选择适宜的方法。     

大草履虫总DNA的提取方法比较

快速而稳定地提取大草履虫的基因组DNA是进行后续分子生物学研究的前提.文章通过比较传统SDS法、CTABⅠ法和CTABⅡ法等提取大草履虫DNA的效果,进一步优化提取方法,获得快速稳定地提取大草履虫基因组DNA的方法.结果表明:用CTAB I法提取的DNA浓度低,杂质较多;CTABII提取的DNA电泳时检测不出条带;而SDS法提取的DNA在电泳时带型较整齐,无降解,且DNA的得率和纯度较高,但仍有蛋白质污染.针对蛋白质的去除,用SDS-蛋白酶K法和SDS-NaAc法来提取DNA,经过试验发现这2种方法都能够很好地去除蛋白质,所获DNA样品的纯度和得率都能用于进一步分子试验,而SDS-NaAc法更经济适用.