国际科研团队绘制完成了普通小麦的基因组草图

在水稻和玉米基因组被破解多年后,三大粮食作物中最复杂、最困难的小麦基因组绘制工作也有了突破性进展。一个国际科研团队17日宣布,他们绘制完成了普通小麦的基因组草图,距破译小麦全基因组序列这一曾被视为“不可能完成的任务”仅剩一步之遥。     

科学家绘出黑猩猩的基因组草图

美国马里兰州基因组研究所和基因组等促进中心研究人员绘出的序列基因约覆盖狗基因组的80 % ,初步分析显示,人类与狗基因组之间约有6 .5亿个碱基对部分相同,在已识别出的2 .4万多个人类基因中,约有75 %在狗基因组中处在对应物。狗是继人和鼠之后的第三种被绘制基因组草图的哺乳动物。根据估计,狗身上有36 0多种遗传疾病与人类疾病相似。因此,测定狗基因组图谱,并将与人类基因组图谱进行比较分析,对寻找人和动物的致病基因都将有帮助。美国科学家绘出狗基因组序列蓝图@张树庸     

动物线粒体基因组全序列测定的研究策略

动物线粒体基因组全序列测定是近年来生物学研究中的一个热点。科学技术的发展,对动物线粒体基因组全序列测定的研究策略也产生了深远的影响。在此对几种在动物线粒体基因组全序列测定中常用的几种策略进行了综述,并对其优缺点进行了比较分析。     

水稻的起源与驯化——来自基因组学的证据

 水稻是世界上最重要的粮食作物, 约1 万年前开始被驯化。由于水稻与其祖先野生种存在一定的遗传分化, 水稻的起源和驯化问题长期存在争议。本文综述了水稻起源和驯化方面的研究成果, 特别是近年来基因组学方面的证据, 认为水稻2 个亚种独立起源于野生祖先种内很早就分化的不同类群, 但一些驯化基因--控制重要农艺性状的基因, 可能首先在一个亚种中被驯化, 然后通过基因渐渗, 扩散到另一个亚种中。因此, 水稻驯化的关键是研究驯化基因的起源和扩散方式。随着大规模基因组测序技术的发展和相应数据分析方法的建立, 在全基因组水平对水稻及其祖先进行大规模分析, 已成为揭示水稻起源与驯化之谜的必由之路。     

生物技术

生物技术在人类的可持续发展中无疑占有核心地位,饮食和健康将是生物技术永恒的主题。4月,美国《科学》杂志发表了水稻基因组工作框架图的历史性论文。其中中国科学家采用全基因组鸟枪测序法,以中国和亚太地区主要水稻栽培亚种籼稻为对象,完成了对水稻基因组序列草图的测定和初步分析。瑞士先正达公司的科学家则测出了另一栽培稻亚种粳稻的基因组草图。水稻是全球半数以上人口的主食,它作为第—个农作物完成基因组测序对解决全球粮食问题具有重要意义。《科学》杂志总编肯尼迪指出,从近期应用和改进人类福利方面来说,水稻基因组草图也许会被     

蚜虫次级内共生菌的多样性和功能

内共生菌与其寄主之间的关系一直都是生物学研究的热点。蚜虫类昆虫的内共生菌分为初级内共生菌(Buchnera)和一些次级内共生菌。Buchnera与蚜虫寄主之间有密切的营养共生关系,对蚜虫寄主的生长发育至关重要。虽然次级内共生菌在蚜虫体内含量相对较少,但是随着研究的不断深入,次级内共生菌无论对蚜虫寄主的生态行为(抵御寄生蜂、耐高温特性、体色形成等)还是物种形成和进化的影响都不容忽视。此外,次级内共生菌基因组序列的测定,也促进了功能基因学的发展。在系统梳理已发表文献的基础上,本文主要综述了蚜虫次级内共生菌的基本特征、多样性、及其对蚜虫寄主的生态影响,进而对未来值得关注的问题进行了展望。     

水稻nmads 1基因的序列测定与结构分析

用PCR对6个水稻基因组BAC克隆进行了筛选，得到了水稻nmads1基因2933bp的序列，通过与mmads1基因的cDNA序列比较，发现nmads1基因含6个内含子和6个外显子，5′非编码区有2个TATA盒及1个Car G类似序列。     

人类基因组计划及研究

近年来,采用ＤＮＡ序列测定、基因克隆、基因组文库的构建等方法对人类基因组进行了研究,完成了大部分人类基因组的物理图谱、转录图谱及单核苷酸多态性图谱的分析。进而发现、克隆和研究了许多新基因,如青光眼基因、肿瘤抑制基因等,这些结果使人类第一次在分子水平上认识自我,并有助于从人灰基因组中去除有害基因。最后本文探讨了人类基因组研究可能带来的问题。     

移位变换下一类进化树的重构问题

讨论多重基因组在移位变换下的一类进化树的重构问题：给定一个由若干基因组组成的集族∏与另一个基因组A，其中所有基因组由同样的一些有向的基因组成，且每个基因组由相同数目的染色体组成，每一个基因在每个基因组中恰好出现一次，所有基因组有相同的尾基因集合，要求构造一个由A到∏的进化树，使得沿此树所发生的移位变换数目最少．给出由一个基因组生成一些给定基因组的近似算法；在一个特殊情况下给出其多项式时间算法．     

了解细菌和古菌基因组的计算方法

目前已有500多个原核基因组被测序，在接下来几年时间也有数以千计的基因组将被测序。这些基因组序列数据为生物学家提供了空前的机遇来研究原核生物的世界，也提出极富挑战性的问题，     

金小蜂产卵器的扫描电镜观察

根据文献报导,寄生蜂寻找和选择寄主是依靠嗅觉、视觉和触觉,在与寄主接近时根据一些短距离信号而找到寄主,有物理因素也有化学因素。至于辨别寄主已经被寄生或是否适宜于寄生,一般认为主要依赖产卵器剌探。Salt(1937)曾报道广亦眼蜂能通过产卵管上的感受     

芬兰克隆出人类关键基因组群

尽管人类基因组序列已经测序完成,但是,由于大多数基因没被分离出来,人类对基因作用机理的研究仍然受到阻碍。芬兰研究人员从人类基因组中分离克隆出了一类重要基因——蛋白激酶基因,该类基因通过磷酸化和调控其他蛋白,与众多细胞信号传导过程密切相关。据估计,约1／4的激酶在人类癌症患病过程中发生作用。该研究成果刊在《细胞》杂志上。     

公共核酸数据库乙肝病毒全基因组序列概况和中国HBV参照序列的建立

截至2007年1月,世界三大核酸数据库（GenBank,EMBL,DDBJ）库中已经登录来自46个国家和地区的HBV全基因组的8种基因型近900条序列．文中对公共核酸数据库中现有的HBV全部基因组序列进行了统计分析并从基因型的地理分布及其临床特征等方面进行了评述,为进一步研究病毒与宿主的关系,以及HBV的人群分布和进化历史提供帮助．同时,通过系统进化分析对所有登录的229条中国地区HBV全基因组序列及其课题组新近完成的59条全基因组序列进行了基因分型,并根据这些序列建立了中国地区B基因型和C基因型的参照序列,为中国地区HBV的突变研究提供了DNA序列参照体系．此外,对于目前不同数据库信息内容和登录情况进行了分析,提出全面结合宿主临床信息和HBV基因组信息研究的建议。     

生物领域是数理和计算科学的广阔用武之地

生物是物,生物有形、生物有数、生物有理.DNA双螺旋结构和遗传密码的发现,开启了分子生物学时代.生物学已经积累了大量事实和数据,而且每日每时产生着海量新数据.2003年完成的人类基因组计划,花费了约30亿美元测定一个人基因组的30亿个字母.人们正在向用1000美元测定一个人基因组的目标前进.截至2010年4月底,全世界已经完成和正在进行的基因组测序计划超过了7200个,这个数字还在以每天数个的速度增长.归根到底,人口、粮食、健康、医药、环境、能源这些全人类面临的重大挑战,都与生物有关,而基本的生物学规律必须从分子水平认识和解决.     

着丝粒串联重复序列RCS2对亚洲栽培稻和非洲栽培稻的比较分析

为了揭示中高度重复序列在同为AA基因组的亚洲栽培稻和非洲栽培稻基因组中的差异以及重复序列在.栽培稻种的分化过程中可能起到的作用,利用水稻着丝粒串联重复序列RCS2作为探针分别对籼稻广陆矮4号、粳稻日本晴和非洲栽培稻的体细胞染色体进行荧光原位杂交(FISH)实验,并对其核型进行同源性聚类和比较分析,杂交结果显示:RCS2序列位于在3种栽培稻染色体组中,RCS2序列位于每条染色体的着丝粒位置,但有不同的分布特点,表明该3种栽培稻基因组的RCS2序列有不同的进化方向.探讨了RCS2序列结合Cot-1 DNA FISH方法对水稻染色体组进行核型分析的可行性和优势.     

稻纵卷叶螟幼虫寄生性天敌的种群特征与多样性分析(英文)

水稻卷叶螟的田间种群包括三个种,即稻纵卷叶螟(Cnaphalocrocis medinalis),和 MarasmiaPatnalis,M.exigua。1989年雨季在菲律宾吕宋岛上两个点进行的试验共分别记录了15(内湖省)和12(中吕宋)个种的幼虫寄生性天敌,它们分别攻击寄主卵～幼虫、幼虫和幼虫～蛹期,这些寄生性天敌分属于外寄生或内寄生,单寄生或多寄生,这种生物学特征上的差异为寄生性天敌提供了降低寄主种群的广大的机会。进一步的调查显示,那些攻击低龄寄主的种类具有高繁殖力的小个体的特征,而攻击高龄寄主的种类具有较宽的寄主范围且常常发育历期较短。多数天敌寄生于2或3龄幼虫,将寄主杀死于5龄之前,优势种及寄生率随寄主密度和水稻的生长期不同而变化。 根据Hill(1972)的多样性序列指数分析指出,当以N_2为标准时,在内湖省的整个水稻生育期内始终仅有2—3个种为极优势种,其数据适于用几何或对数序列进行描述。两个点的寄生性天敌种群多样性(N_2)接近于常数3—4,均匀度(E_5)与寄主幼虫密度呈负相关。因此,幼虫的寄生作用可被认为是一个抑制并稳定水稻卷叶螟田间种群的关键因子。     

水稻硝酸还原酶基因5′上游序列的克隆与序列分析

以日本晴水稻幼苗叶的基因组总DNA为模板,采用PCR方法扩增获得约1 300 bp大小的DNA片段,回收该片段并与pMD18-T载体连接,转化大肠杆菌感受态,并提取质粒DNA.用凝胶电泳检测和酶切鉴定,选取阳性克隆进行测序分析.测序结果显示,该片段含1 376个核苷酸对;应用NCBI网站的BLAST软件对本试验中克隆的序列与GenBank(NC_008401)公布的水稻硝酸还原酶基因启动子序列进行比对,有3个核苷酸差异,同源性为99%,证实本试验中克隆的DNA序列为水稻硝酸诱导基因启动子.该序列含有多个与转录调控有关的保守序列(如TATA-box、CAAT-box和GAGA-box).此序列的成功克隆,为今后开展水稻等重要农作物转基因研究奠定基础.     

美国科学家开发全基因组测序水稻变体

<正>水稻不仅是全球一半人口的主食,也为研究能源作物提供了模型。为优化生物燃料作物,科学家正寻找决定水稻产量、抗病性和灌溉效率等性状的基因。最近在《植物细胞》杂志刊登的一篇论文中,美国加州大学戴维斯分校的研究团队与来自能源部联合基因组研究所的合作者,宣布开发出粳稻Kitaake的第一个全基因组测序快中子诱导突变体种群,一     

ERIC序列在不同细菌基因组中分布的分析

重复 DNA序列是细菌基因组中的一个重要组成部分 ,而 ERIC(IRU )序列是在肠道细菌基因组中发现的一类基因间重复序列。本研究使用 HMMER软件建立 ERIC序列族的模型 ,并用该模型对 4 6个已测序的菌株进行全基因组序列搜索 ,并对搜索结果进行比较分析 ,找出 ERIC(IRU )序列在不同细菌基因组中的分布规律 ,即 ERIC序列主要存在于肠道细菌中 ,并不是在细菌基因组中普遍存在的