HLA-A*0201限制性CTL表位肽的分子力场分析

运用比较分子力场(CoMFA)和比较相似性指数分析(CoMSIA)方法研究了50个HLA-A* 0201限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的关系,另外15个表位九肽作为预测集用于检验模型的预测能力。结果表明,采用CoMSIA得到的构效关系模型(q2 =0.608,r2 =0.987,F=440.4,SD=0. 111)要明显优于采用CoMFA得到的构效关系模型。在CoMSIA计算中,当引入疏水场时,三维构效关系模型得到明显改善,通过该三维构效关系模型,可较精确地估算预测集中15个CTL表位肽与HLA-A* 0201间的亲和力(r2pred=0. 703,SD=0. 368)。通过分析分子场等势面图在空间的分布,可以观察到表位肽分子周围的立体及疏水特征对表位肽与HLA-A* 0201间结合亲和力的影响,从而为进一步对CTL表位肽进行结构改造并基于此进行治疗性疫苗分子设计提供理论基础。     

用比较分子力场和比较分子相似性指数分析方法对氮蒽类化合物抗癌活性的三维定量构效关系研究

用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)对一系列与DNA结合的氮蒽类化合物的潜在抗癌活性进行了3D定量构效关系的研究,对模型中的一些参数进行了优化以期得到最好的三维定量构效关系模型,优化结果显示用CoMSIA构建的模型优于用CoMFA构建的模型.通过CoMSIA分析,用训练集所建立的模型有较好的统计性(20个化合物,q2=0.666,r2=0.916),测试集化合物的预测活性与实验值有很好的一致性.本文还给出了主要分子力场的等势线图.     

Three-Dimensional Quantitative Structure-Activity Relationships of flavonoids and estrogen receptors based on docking

Flavonoids are endocrine disrupting compounds that occur ubiquitously in foods of plant origin.The Three-Dimensional Quantitative Structure-Activity Relationships (3D-QSAR) model based on ligand-receptor docking is established between 20 flavonoids and estrogen receptor alpha (ERα),which may provide further theoretical basis for research on the relationship between flavones and estrogen.Comparative molecular field analysis (CoMFA) was employed and the best results of cross-validation and non cross validatio...     

2-苯基4-吡喃酮类COX-2抑制剂的三维构效关系研究

 环氧化酶（cyclooxygenase,COX）家族是非甾体类抗炎药物的作用靶酶,其中COX-2是 NSAIDs药物发挥作用与治疗炎症有关的靶点。使用三维定量构效关系研究方法研究2-苯基4-吡喃酮类COX-2抑制剂的分子结构与生物活性之间的定量关系,并构建三维定量构效关系模型。CoMSIA模型证实该类化合物的结构参数和其抑制活性存在明显的相关性（R²为0.929）,且有较好预测能力（q²为0.746）;同时使用“留五法”证实模型的稳定和可靠。三维构效关系模型系数等势图显示Subset A和B的R取代基4位上官能团变化对活性影响最大,在结构修饰时需要优先考虑;Subset A的R取代基2位上官能团的影响次之。     

一类鬼臼毒素衍生物抗癌(KB细胞)活性的三维定量构效关系

采用比较分子场分析(CoMFA)和比较分子相似因子分析(CoMSIA)方法,对99个鬼臼毒素衍生物的抗癌活性系统地作了三维定量构效关系研究,均得到了较为理想的模型.coMFA所得模型的交叉验证系数q2=0.644,非交叉验证相关系数r2=0.930,标准偏差S=0.134,F=161.325,立体场与静电场贡献分别为64.6%和35.4%.CoMSIA所得模型的q2=0.764,r2=0.964,S=0.096,F=324.112,立体场、静电场、疏水场、氢键给体场、氖键受体场贡献分别为9.5%,22.0%,21.9%,23.9%和22.7%.两模型的等值面图为改造此类化合物的结构、提高药物活性提供了理论依据和研究方向.     

5-HT 6受体拮抗剂三维定量构效关系研究

为指导合成高效的5-HT6受体拮抗剂,采用比较分子场分析(CoMFA)和比较相似性指数分析(CoMSIA)对143个5-HT6受体拮抗剂数据进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,分别得到了具有良好可靠性和预测能力的CoMFA(Q2=0.513,R2ncv=0.864,R2pre=0.731)和CoMSIA模型(Q2=0.515,R2ncv=0.844,R2pre=0.777).由模型的等势线图分析,可得如下结论:大体积及/或电负性较大的R2取代基、疏水性R3和疏水性苯环R1位取代基、可作氢键受体的R2取代基、可作氢键供体的R3取代基有助于增大活性.这些结论能够更好地帮助理解5-HT6受体拮抗剂的抑制机理,并为今后的药物设计与合成提供新思路.     

3D-quantitative structure-activity relationship study of organophosphate compounds

The biological effects of most organophosphate compounds (OP) are arising by inhibition of the enzyme acetylcholinesterase (ACHE). The 3D-quantitative structure-activity relationship (3D-QSAR) on the acute toxicity to housefly (Musca nobulo L.) of 35 dialkyl phenyl phosphate compounds are studied by using comparative molecular field analysis (CoMFA) and comparative molecular similarity index analysis (CoMSIA) methods, and the reaction mechanism between the OP and the AChE are discussed. In contrast to classical QSAR methods, CoMFA and CoMSIA, especially the combination of both approaches, can give more comprehensive and accurate perspectives on the mechanism of the reaction between OP and ACHE. The results show that the length of alkyl, and the electronegative of substituent on phenyl of OP have significant effects on the AChE activity,whereas, the hydrophobicity of OP has little influence. The steric and electronic properties of OP have a dominant influence on the reaction between OP and ACHE.     

抗癌性AHMA衍生物三维定量构效关系研究

应用比较分子场分析法(CoMFA)对一系列抗癌性AHMA类衍生物进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,建立了交叉验证的CoMFA模型。所建最佳模型的交叉验证相关系数q2为0.702,非交叉验证相关系数r2为0.993,估算的标准误差S=0.085,统计方差比F(4,25)=448.5,用该模型对测试集化合物进行了预测,预测结果与实验值非常接近,表明模型具有很好的预测能力。论文对该系列抗癌化合物的三维定量构效关系进行了深入讨论,结果进一步表明,在R取代基第一个原子上引入拉电子基团或原子,同时选择给电子的R1基团及较大体积的取代基R2,能有效地改善这类化合物的抗癌活性。     

黄酮类神经氨酸酶抑制剂的QSAR研究

HQSAR、CoMFA和CoMSIA用于研究38个黄酮类神经氨酸酶抑制剂（NIs）的定量-结构活性关系（QSAR）,控制其抑制神经氨酸酶（NA）的生物活性,为新药设计提供理论依据和参考信息．HQSAR建模获得R^2、Q^2、Rtest^2和Qext^2分别为0.881、0．834、0．918和0．831．基于药效团叠合,进行CoMFA和CoMSIA建模分析,得到模型的R^2、Q^2、Rtext^2和Qext^2分别为0．988和0．978,0．741和0．802,0．697和0．643,0．604和0．580．而且,氢键对活性的贡献最大,其次是疏水、静电和立体因素．HQSAR结果与CoMFA和CoMSIA结果一致．     

6-(1-萘甲基)取代S-DABO类逆转录酶抑制剂的3D-QSAR研究

以活性化合物15为例,采用分子对接的方法模拟了化合物与HIV-1逆转录酶的作用,从而探讨了系列6-萘甲基取代S-DABO类化合物的作用机制.并基于分子对接后的活性构象,应用比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似因子分析(CoMSIA)法对该类化合物的三维定量构效关系进行了研究,建立了有较好预测能力3D-QSAR模型,为该类化合物进一步的结构优化提供理论指导.     

(E)-4-取代酰氧基-3-甲氧基苯乙烯侧链类衍生物的比较分子力场(CoMFA)研究

 利用比较分子力场方法,建立5-脂氧合酶/环氧合酶抑制剂的三维定量构效关系,为设计新的更有效的酶抑制剂提供理论依据.在CoMFA分析中,交叉验证回归系数R²_CV、非交叉验证回归系数r²和标准偏差(SEE)分别为0.639,0.744,0.148.说明系列化合物分子周围立体场和静电场的分布与抗炎活性间有良好的相关性.利用该模型对自行合成的24个化合物进行活性预测,结果与实测值相符.所得模型支持了假设的抑制剂作用机理和作用模型.所得CoMFA模型具有一定的预测能力,可用来指导设计新的5-脂氧合酶/环氧合酶抑制剂.     

含硫芳香族化合物发光菌毒性的3D—QSAR研究

利用比较分子力场分析法（CoMFA)与比较分子相似指数分析法（COMSIA）研究了29种含硫芳香族化合物对发光菌的急性毒性与其结构间的三维构效关系（3D－QSAR）,得到了具有较强预测能力的3D－QSAR模型,并在此基础上剖析了这批含硫芳香族化合物结构与活性之间的内在关系,深入探讨化合物的毒性作用机理。     

三环类环氧合酶抑制剂的三维定量构效关系研究

对30个三环类选择性环氧合酶(COX-2)抑制剂的结构,先后用MMFF94分子力学方法进行结构初步优化以及用PM5半经验量子化学方法作全优化,荷载MOPAC电荷,并以该类化合物共同的三环结构为中心进行分子叠合。利用比较分子力场分析方法(CoMFA)和自组织分子力场分析方法(SOMFA)分别建立了该类化合物的三维定量构效关系。结果表明这2种分子力场分析方法建立的模型都可以解释已有的构效关系,并对同类化合物的预测能力较好,特别是比较分子力场分析方法(CoMFA)。     

一类细胞凋亡诱导剂的结构特征研究

许多抗癌药物通过引起癌细胞的凋亡来达到治疗目的,因此开发能诱导癌细胞凋亡的药物一直是癌症研究的热点.以153个结构各异的具有caspase-3激活作用的细胞凋亡诱导剂为研究对象,通过三维定量构效关系(3D-QSAR)分析,得到了一个基于位阻场、静电场、疏水场、氢键供体场和受体场参数的最优比较分子相似性指数法(CoMSIA)模型.该模型(Q2=0.51、R2ncv=0.89和R2pred=0.82)具有良好的内部一致性和预测能力,通过对模型的等值线图分析发现:(1)R2取代基提高诱导剂活性的因素包括位阻大、负电性大、有亲水性和具有氢键供体作用;(2)位阻适中和/或具有氢键供体作用的R4取代基,以及位阻小和/或亲水的R1取代基对提高分子的活性是有利的;(3)N-甲基-N-苯基-1-萘胺类细胞凋亡诱导剂具有正电性的A环3号位或C环7号位取代基,以及具有负电性的B环1号位取代基有利于提高诱导剂的生物活性.对该模型的分析更有利于认识细胞凋亡诱导剂的分子特征,并为设计和开发新型细胞凋亡诱导剂提供理论指导.     

α,β-不饱和酰胺TRPV1抑制剂的Topomer CoMFA模型

利用SYBYL软件中的Topomer CoMFA方法分析了α,β-不饱和酰胺类TRPV1抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型.分子被分开为羰基和氨基两个基团,在Topomer CoMFA模型考察了立体场和静电场对抑制活性的影响.结果显示:去一交叉验证的相关系数q2为0.702,模型的预测相关系数r2为0.881.说明所建立的模型在统计上有较好的稳定性和预测能力,有助于TRPV1抑制剂的研发.     

蝶啶类PI3Kγ抑制剂的3D-QSAR研究

研究蝶啶类化合物对PI3Kγ抑制作用的三维定量构效关系。采用CoMFA(比较分子场)方法进行研究,建立CoMFA模型。交叉验证系数q2=0.727,相关系数r2=0.986,F=89.685,标准偏差SD=0.22。结论:蝶啶类PI3Kγ抑制剂CoMFA模型具有较好的预测能力;本实验研究的三维定量构效关系,对此类抑制剂的研制和开发起到重要作用。     

硝基芳烃对呆鲦鱼急性毒性的CoMFA研究

用比较分子力场分析（CoMFA）方法研究硝基苯类化合物结构与呆鲦鱼的急性毒性的关系,考察了网格结构和探针原子对构效关系的影响。建立了它们的三维定量构效关系模型（用带一个单位正电荷的K原子为探针,并固定步长为0．2nm）,发现影响生物毒性的立体场、静电场的贡献分别为0．480、0．520,该模型交叉验证的相关系数平方q^2为0．452,非交叉验证的相关系数平方R^2为0．951。在CoMFA基础上引入疏水参数lgKow,以带一个单位负电荷的Cl原子为探针,其立体场、静电场、疏水场的贡献分别为0．317,0．307,0．376。所得模型的q^2=0．866,R^2=0．994,并用该模型预测了标题化合物的急性毒性。     

硝基呋喃铵类化合物抗肺结核活性的CoMFA研究

 应用比较分子力场法(CoFMA)研究一系列硝基呋喃铵类化合物对活性的三维定量构效关系,为进一步药物设计提供理论依据.在研究的24个化合物中,用比较分子力场法得到一个CoFMA模型,交叉验证系数q²为0.655,具有较高的预测能力及合理性,非交叉验证模型相关系数r²分别为0.915,标准偏差SE为0.472,F为57.183;此模型对设计和预测高活性的硝基呋喃铵类化合物有一定可靠性.     

1,5-二芳基吡唑类环氧合酶-1选择性抑制剂的CoMFA研究

 目的:应用比较分子力场法(CoMFA)研究一系列1,5-二芳基吡唑类对环氧合酶-1选择性抑制剂三维定量构效关系,为进一步药物设计提供理论依据.方法和结果:在研究的14个化合物中,用比较分子力场法得到1个CoMFA模型,交叉验证系数q²为0.818,具有较高的预测能力及合理性,非交叉验证模型相关系数r²为0.958,标准偏差为0.077,F为79.834;并依据模型设计,预测了几个具有较高活性的化合物.结论:此模型对设计和预测高活性的1,5-二芳基吡唑类环氧合酶-1选择性抑制剂有一定可靠性.     

VEGFR-2酪氨酸激酶抑制剂的三维定量构效关系研究

 运用比较分子力场分析对28个氨基吡唑并吡啶二芳基脲类VEGFR-2酪氨酸激酶抑制剂进行了三维定量构效关系研究。所得CoMFA模型交叉验证系数q2=0.681,回归系数r2=0.958,统计方差比F=64.964,影响药效的立体场和静电场的贡献分别为65.7％和34.3％。CoMFA模型的三维等值图为化合物的结构改造提供了参考。