中华绒螯蟹与日本绒螯蟹线粒体COI基因片段的序列比较研究

以相应引物PCR扩增了黄河口中华绒螯蟹线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因（COI）片段,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序,得到709bp的碱基序列,其A,T,G,C含量分别为34．41％,27．93％,20．03％和17．63％。并比较它与珠江流域中华绒螯蟹COI序列和日本绒螯蟹COI序列的差异,发现黄河口中华绒螯蟹与珠江 流域中华绒螯蟹COI序列完全相同,而与日本绒螯蟹差异非常明显,709或658（不计引物）位点中核苷酸差异数为32,核苷酸差异率为4．51％或4．86％（不计引物）,其中25个位点为转换,7个位点为颠换。作者倾向于支持存在中华绒螯蟹和日本绒螯蟹,或它们为同一种的两个地理亚种的观点。     

冬鲽鱼抗冻蛋白基因的人工合成

合成适合在棉花中表达的冬鲽鱼抗冻蛋白（Winter flounder antifreeze protein,Wf-AFP）基因.参照冬鲽鱼抗冻蛋白的氨基酸序列及棉花偏爱的密码子,重新设计适合在棉花中表达的Wf-AFP基因序列;根据此序列设计6条寡核苷酸引物,通过PCR方法将其拼接成完整的基因;克隆到pUCm-T载体上,转化大肠杆菌DH5α,抽提重组子进行酶切鉴定及序列分析.结果表明合成的Wf-AFP基因序列与设计方案完全相符,通过PCR介导的基因合成方法成功获得了适合在棉花中表达的冬鲽鱼抗冻蛋白基因.     

我国不同地域牦牛BLG基因部分核苷酸序列同源性分析

设计一对PCR引物，寡聚核苷酸序列的上游引物为5’-gCg，AAT，TCA，TCC，CAC，gTg，CCT，gC-3’，下游引物为5’-gAg，AAT，TCC，Tgg，ggA，ggg，ACC，TT-3’。经68℃退火及30轮循环的PCR程序后，分别克隆了来自我国甘肃、青海和云南地区牦牛β乳球蛋白基因的5’调控区1447bp的DNA片段。将该片段从琼脂糖凝胶中回收，克隆在pMD18-T Vector后进行序列测定。序列分析结果表明，甘肃牦牛与青海牦牛该序列的核苷酸同源性为98、13％，与云南牦牛该序列的核苷酸同源性为97．65％，青海牦牛与云南牦牛该基因片段的核苷酸序列同源性为99．45％。     

亚洲一型口蹄疫病毒YNAs1.1株结构蛋白VP1基因的核苷酸序列分析

提取BHK21细胞增殖的亚洲一型口蹄疫病毒（foot-and-mouth disease virus Serotype Asial)强毒株YNAs1.1的RNA,用一对引物P7,P13经反转录（RT）－PCR法扩增了约674bp的DNA片段。克隆目的基因后,采用双脱氧DNA链末端终止法测得了YNAs1.1的VP1基因36－633核苷酸序列。分析表明,病毒VP1基因的核苷酸序列与以色列以及印度已报道的Asia1型FMDV的同源性分别为82.11%与88.07%,对应的氨基酸序列同源性为87.94％与93.47％。该序列在GeneBank登陆号为AF241566。     

青海牦牛与云南牦牛乳球蛋白基因5''''调控区核苷酸序列同源性比较

利用一对PCR引物，寡聚核苷酸序列的上游引物为5’-gCg，AAT，TCA，TCC，CAC，gTg，CCT，gC-3’；下游引物为5’-gAg，AAT，TCC，Tgg，ggA，ggg，ACC，TT-3’。经68℃退火及30轮循环的PCR程序后，分别克隆来自我国青海和云南地区牦牛的乳球蛋白基因的5’调控区1447bp的DNA片段。将该片段从琼脂糖凝胶中回收，克隆在pMD1S-T Vector后进行序列测定。序列分析结果表明，青海牦牛该序列的核苷酸序列与文献报道的奶牛该基因的同源性为97．65％，云南牦牛该序列的核苷酸序列与奶牛该基因的同源性为96．8％，青海牦牛与云南牦牛该基因片段的核苷酸序列同源性为99．4％。     

星斑川鲽和大西洋牙鲆头颅骨骼的初步研究

通过对星斑川鲽和大西洋牙鲆的头颅骨骼特征分析发现,两者都具有鲽形目的共同特征:由于眼睛的偏移产生头颅骨骼的左右不对称性,尤其是筛骨区和眼区骨骼向有眼侧偏移;尾舌骨呈弓形.另外,还讨论了星斑川鲽和大西洋牙鲆所具有的各科的特征.     

褐牙鲆（Paralichthys olivacius）与狭鳞庸鲽（Hippoglossu …

文中对褐牙鲆和狭鳞庸鲽的头颅骨骼进行了比较研究。两者共同特征均有眼间隔发达、无眶蝶骨、翼蝶骨不发达,上枕骨与额骨连接,左右颅顶骨分离,但无基蝶骨,敢没有伪头中骨。褐牙鲆与狭鳞庸鲽在骨骼形状结构上的分异多停留于骨块的形状、大小差异及嵴的发达程度上,其主要区别体现的围眼眶骨、鼻区骨块和颌齿排列等。最后还讨论了褐牙鲆和狭鳞庸鲽的特化以及鲽形目的起源问题。从骨赂结构看,鲽形目应起源于鲈形目而不是鲱形目。     

新疆加工番茄条斑坏死病原黄瓜花叶病毒外壳蛋白基因的克隆和序列分析

从表现花叶、畸形以及坏死症状的加工番茄病株上获得黄瓜花叶病毒分离物，用1对CMV CP基因引物进行RT-PCR，扩增得到了776bp的特异性核苷酸片段。将PCR产物插入到克隆载体PUCm-T中转化大肠杆菌DHSa。经限制酶酶切鉴定，重组克隆中含有与PCR产物大小相同的776bp的插入片段。cDNA全序列分析表明，重组克隆含1个开放阅读框架（ORF），长度为657nt，编码218个氨基酸组成的蛋白。与国内外报道的CMV株系序列比较，所测得的CMV新疆分离物与CMV亚组Ⅰ的核苷酸同源性高达91．0％-98．9％．而与CMV亚组Ⅱ的核苷酸同源性仅在76．4％-78．2％，所测得的CMV新疆分离物与CMV亚组Ⅰ的氨基酸同源性高达94．2％-98．6％；而与CMV亚组Ⅱ的核苷酸同源性仅在79．9％～83．5％．CMV亚组Ⅰ的株系较CMV亚组Ⅱ株系同源关系更密切，所以CMV新疆分离物应该归属于CMV亚组Ⅰ。     

东北粗皮蛙线粒体 DNA 遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。 PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性（H）为0．704,核苷酸多样性（π）为0．001,平均核苷酸差异数为1．438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析（AMOVA）结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98．13％,群体间没有遗传分化（FST ＝0．0187）,因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

中国明对虾与5种虾类线粒体16S rRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究

采用PCR扩增和序列测定等技术,对中国明对虾（Fennerpenaeus chinem如）线粒体DNA16S rRNA和细胞色素氧化酶I（COI）基因片段进行了初步研究,分别得到16S rRNA和COI 2个基因片段的碱基序列,其中16S rRNA基因片段的大小为515bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为66．47％和33．53％;COI基因片段的大小为472bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为62．50％和37．29％．在2种基因片段中,AT的组成明显高于GC的组成,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COI基因片段的研究结果相似．通过对中国明对虾16S rRNA和COI 2个基因片段遗传特征的研究,16S rRNA只有8处核苷酸的碱基在4个群体间表现出差异,COI基因片段中共检测出24个多态性核苷酸位点,其种内变异较低。另外,将本研究所得序列与GenBank中对虾科5个种的16S rRNA基因片段序列进行比较后,发现其聚类关系与传统分类相一致．     

河套蜜瓜ACC氧化酶基因cDNA部分片段的克隆和序列分析

以河套蜜瓜(Cucumis melo L．ev Hetao)成熟果实为材料，用硫氰酸胍法提取总RNA，以oligo(dT)15为引物，反转录合成cDNA，利用一对甜瓜ACC氧化酶(1-aminocyclopropane-1-earboxylate oxidase，ACO)基因cDNA的特异性引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增。获得了预期大小的cDNA片段．将此片段克隆于pUCl9质粒中，进行DNA序列分析．序列分析结果表明该片段为545bp，编码甜瓜ACO的第126至第306个氨基酸．该河套蜜瓜ACO基因cDNA序列与Andes甜瓜、Cantaloup charentais甜瓜和哈密瓜的相应序列进行比较，其核苷酸序列与Andes甜瓜的同源性为99．4％；与Cantaloup charentais甜瓜和哈密瓜的同源性均为99．6％。与其对应的氨基酸序列的同源性均为99．4％．     

黑线仓鼠MHCⅡ类DQA基因外显子2的克隆与序列分析

为了探明黑线仓鼠MHC的结构与功能并寻找分子标记,对MHCⅡ类DQA基因的外显子2进行克隆和序列分析．提取黑线仓鼠3个群体（吴村、沂南和临朐）的基因组DNA构建基因池,利用PCR技术扩增得到249bp的片段,将该目的片段连接到pMD18-T载体中,重组质粒转入大肠杆菌DH5α后利用蓝白斑法筛选阳性克隆,测序后得到该目的片段的核苷酸序列（Genbank登录号：FJ209306）并推导出氨基酸序列．结果表明：黑线仓鼠、人类、大鼠、小鼠、猪、马、牛、兔之间DQA基因外显子2的核苷酸序列同源性为68．7％-85％,氨基酸序列同源性为56．8％-83．5％,黑线仓鼠与大鼠、小鼠亲缘关系更近．测序得到的OQA基因外显子2的序列在物种间具有丰富的多态性,可以作为物种遗传分析的分子标记．     

凡纳滨对虾线粒体DNA COI基因片段序列

以相应引物对凡纳滨对虾（Lito penaeus vannamei）线粒体DNA细胞色素氧化酶I亚基基因（mtDNA CO I）进行PCR扩增，经过基因重组、转化、克隆、筛选、DNA测序，得到709bp的碱基片段．碱基组成A、C、G、T含量分别为198bp（27．93％）、136bp（19．18％）、129bp（18．19％）、246bp（34．70％）．与果蝇（Drosophilayakuba）的mtDNA CO I全序列比对。经分析发现：本实验获得的凡纳滨对虾mt CO I基因片段序列和Gen Bank上的同种序列（AY264901）都只是基因序列的一部分，二者之间有41bp的重叠并可拼接，拼接后的总长为1515bp．证明本实验条件下获得的mtCO I基因片段确实来自凡纳滨对虾线粒体DNA，且本实验所用引物具有通用性．     

厦门海域真刺唇角水蚤mtCOI序列分析

采用PCR扩增、克隆和序列测定等技术对厦门海域真刺唇角水蚤(Labidocera euchaetaGiesbrecht)线粒体细胞色素氧化酶I亚基基因(mitochondrial COI,mtCOI)进行了初步研究,得到3个雌性个体的mtCOI基因片段序列,序列的长度为709 bp,其A,T,C,G平均含量分别为23%、37%、15%和25%.三条核苷酸序列经比较后,得到其遗传相似性(i-dentity)为99.29%,共有15个差异位点,核苷酸差异均为颠换(transversion)类型.比较了厦门海域真刺唇角水蚤与GenBank数据库中的角水蚤科(Pontellidae)6个种的mtDNA COI基因片段序列(索引号AY145428、AY145429、AB206443、AB206444、AB206445、AB206446),其同源性为87.34%.文中讨论了上述7种桡足类的系统发生关系.     

珍稀濒危鸟类褐马鸡mtDNA的分子克隆及序列分析

利用改进的SDS裂解、氯仿:异戊醇抽提的方法提 取了褐马鸡肌肉基因组DNA,通过PCR扩增的方法特异性扩增了褐马鸡线粒体(mtDNA)控制区(D-loop)全序列片段,PCR产物经凝胶回收纯化后与载体pGEM-T Easy相连,然后转化感受 态细胞DH-5α,在含X-gal、IPTG的氨苄LB平板上筛选阳性克隆,重组质粒经PCR和琼脂糖 凝胶电泳检测后,对目的片段进行测序.结果表明,经PCR特异性扩增出的褐马鸡线粒体控制区全序列碱基数为1 237 bp,用Blast程序进行检索比较表明此扩增序列与GeneBank中发表的褐马鸡线粒体控制区序列同源性高达99%,且具有鸟类线粒体的标志性序列.     

新疆绵羊种布鲁氏菌GroEL基因的克隆及序列分析

参考牛种布鲁氏菌的GroEL（热休克蛋白）基因设计引物,扩增出新疆绵羊种布鲁氏菌GroEL基因片段,将其片段克隆到T载体上测序。结果表明：新疆源布鲁氏菌GroEL基因片段长1641bp,编码546个氨基酸,与羊种（B．melitensis）、猪种（B．suis）以及牛种（B．abortus）GroEL基因的核苷酸序列同源性分别为99．88％、99．82％、99．88％,推导的氨基酸序列同源性在99％以上,显示了很强的保守性。     

PRV广东株gE基因去信号肽片段的克隆与序列测定

根据伪狂犬病病毒（PRV）Rice株gE基因的序列设计并合成了1对引物,以我国PRV地方毒株广东株的基因组DNA为模板,通过PCR方法获得了一大小约1.6kb的DNA片段,并将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,序列测定结果显示,该片段长1665bp,编码555个氨基酸,与PRV Rice株gE基因的核苷酸序列同源性为97.7%,氨基酸序列同源性为95.9%。     

枇杷番茄红素β环化酶基因片段的克隆和序列分析

根据蔷薇科植物番茄红素β环化酶（LYC）基因的保守区序列，设计1对PCR引物，以枇杷基因组DNA为模板，采用PCR方法扩增长约300bp的DNA片段，克隆人pMD-18T载体，测得该基因片段长312bp，编码102个氨基酸，属于开放阅读框的一部分，不含内含子。在GenBank中进行同源性检索表明该序列与苹果番茄红素β环化酶基因同源性为97％，由此推测这个基因属于枇杷番茄红素β环化酶基因。     

鸡新城疫病毒ND-xx08株F基因的克隆及分析

新城疫病毒（NDV）ND-xx08毒株经10 d龄SPF鸡胚增殖后,提取其基因组RNA并反转录成cDNA,用NDV F基因特异性引物,经PCR扩增后获得与F基因预期大小一致的DNA片段。将NDV F基因片段克隆到pMD18-T载体上,并进行EcoR I和Hind III双酶切鉴定和测序鉴定。结果显示,ND-xx08毒株F基因片段的长度为1 662 bp,共编码554个氨基酸,F蛋白的裂解位点为112R-R-Q-K-R-F117,是典型强毒株氨基酸序列结构。将NDV ND-xx08株F基因的47 bp到420 bp序列与新城疫病毒基因型I至基因型Ⅸ毒株的相同序列绘制病毒基因进化树,显示ND-xx08分离株属于基因Ⅶe型。将NDV ND-xx08株F全基因与国内外发表的23株NDV F基因核苷酸序列和氨基酸序列的同源性比较分析,结果表明,其核苷酸序列的同源性在82.7%~97.8%之间,氨基酸同源性在87.5%~97.7%之间。     

青海牦牛与云南牦牛乳球蛋白基因5′调控区核苷酸序列同源性比较

利用一对PCR引物,寡聚核苷酸序列的上游引物为5-′gCg,AAT,TCA,TCC,CAC,gTg,CCT,gC-3;′下游引物为5-′gAg,AAT,TCC,Tgg,ggA,ggg,ACC,TT-3′。经68℃退火及30轮循环的PCR程序后,分别克隆来自我国青海和云南地区牦牛的乳球蛋白基因的5′调控区1 447 bp的DNA片段。将该片段从琼脂糖凝胶中回收,克隆在pMD18-T Vector后进行序列测定。序列分析结果表明,青海牦牛该序列的核苷酸序列与文献报道的奶牛该基因的同源性为97.65%,云南牦牛该序列的核苷酸序列与奶牛该基因的同源性为96.8%,青海牦牛与云南牦牛该基因片段的核苷酸序列同源性为99.4%。