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杨贯虹 《沈阳师范学院学报》2001,19(2):34-38
以密度泛函理论(DFT)和电负性均衡原理为基础,明确处理了双键的结构,发展建立原子一键电负性均衡方法中的σπ模型(ABEEMσπ),本模型将双键划分为一个σ键区域和四个π键区域(每个双键原子各有2个π键区域),其中,σ电荷中心位于两成键原子之间共价半径之比处;π电荷中心垂直于双键所在平面,置于双键原子上下两侧。本文给出分子中各部分有效电负性的精密公式,以及参数确定方法,并应用该方法简捷快速地计算了C18N3O3H27C15NO2H21,以促甲状腺激素放激素TRH等有机和生物大分子体系的电荷分布,得到的结束可以和相应的从头算项媲美。 相似文献
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以密度泛函和电负性均衡原理为基础发展的原子-键电负性均衡方法的σπ模型(ABEECσπ).并结合自编程序,计算了鸟嘌呤五种异构体的电荷分布和偶极矩,计算结果表明,所计算出的电荷分布可以和从头算结果很好地关联.所计算的偶极矩与其它从头计算方法和力场方法相比总体趋势相同,进一步说明了ABEEMσπ模型的合理性. 相似文献
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在密度泛函理论和电负性均衡原理的理论框架下 ,发展了直接用于计算原子及键电荷分布的原子 键电负性均衡方法的σπ模型 ,本文应用此模型计算了氨基酸和一些较大多肽分子的电荷分布 . 相似文献
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以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础,应用修正的电负性均衡方法,并自编程序,用最小二乘法,拟合确定了氢、碳、氧、氟、氯以及磷等各种类型原子的价态电负性、价态硬度和能量的相关参数;从电负性均衡原理的观点,利用这些参数确定了一些含磷元素的基团电负性、电荷分布和总能量,并进行了讨论. 相似文献
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在以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础的原子-键电负性均衡方法的σ-π模型(ABEEMσ-π)中,利用最小二乘法并结合自编程序,通过大量的量子化学计算拟合确定了氢、氮、氧、硫、氯以及镉(Ⅱ)等各种类型的原子及相关化学键区域的ABEEMσ-π参数.将这些参数应用到研究镉(Ⅱ)配合物的电荷分布,结果显示由ABEEMσ-π模型计算的电荷分布与量子化学计算结果有很好的一致性,线性相关系数在0.93~0.99之间.进一步验证了ABEEMσ-π模型的合理性和可靠性,发展了该模型在第五周期过渡金属中的应用. 相似文献
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应用原子-键电负性均衡方法计算镉(Ⅱ)配合物的电荷分布 总被引:1,自引:1,他引:0
在以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础的原子-键电负性均衡方法的σ-π模型(ABEEM σ-π )中,利用最小二乘法并结合自编程序,通过大量的量子化学计算拟合确定了氢﹑氮﹑氧﹑硫﹑氯以及镉(Ⅱ)等各种类型的原子及相关化学键区域的ABEEM σ-π参数.将这些参数应用到研究镉(Ⅱ)配合物的电荷分布,结果显示由ABEEM σ-π模型计算的电荷分布与量子化学计算结果有[JP2]很好的一致性,线性相关系数在0.93~0.99之间.进一步验证了 ABEEM σ-π [JP]模型的合理性和可靠性,发展了该模型在第五周期过渡金属中的应用. 相似文献
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应用在密度泛函理论和电负性均衡原理基础上发展的原子-键电负性均衡方法的σπ模型(即ABEEM σπ模型),并结合自编程序,对5种典型的含氮杂环化合物的电荷分布进行了计算. 计算结果表明,所得的电荷分布可以和从头计算结果有非常好的一致性,进一步验证了ABEEM σπ模型的合理性和可靠性 相似文献
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采用B3LYP/6-311++G(d,p)方法,优化了4个锌指蛋白分子和31个模型分子的几何构型,使用HF/STO-3G计算了优化后体系的Mulliken电荷分布.使用线性回归和最小二乘法,拟合确定了ABEEMσπ参数(包括参考电荷,价态电负性和价态硬度).使用ABEEMσπ参数,计算获得了4个锌指蛋白和11个配体的电荷分布.ABEEMσπ方法所计算的电荷分布与从头计算方法的线性相关方程斜率k接近1.000,截距b接近于0.000,线性相关系数R在0.943 4以上.由此可见,ABEEMσπ方法与从头计算方法相比有很好的一致性.验证了笔者所拟合的ABEEMσπ参数是合理的和可转移的,可应用于类似体系的电荷分布的计算. 相似文献
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并行程序实现ABEEM σπ模型电荷分布计算 总被引:3,自引:2,他引:1
对以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础发展的原子-键电负性均衡方法中的σπ模型(ABEEM σπ模型)进行分析得出,利用该模型计算分子体系的电荷分布时,最耗费时间的部分是求解线性方程组.根据解线性方程组的串行程序,我们提出在并行环境下不带平方根的Cholesky分解方法.结果表明,利用改编后的并行程序能快速而准确地计算分子的电荷分布,算法随着矩阵规模的增大,并行效率也随之增高,即分子体系越大结果越理想.因此本算法适用于大规模问题的计算. 相似文献
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以密度泛函理论和电负性均衡原理为基础,在原子-键电负性均衡方法的σπ模型中,利用最小二乘法,并结合自编程序,拟合确定了碳、氮、氧、氢以及磷等各种类型原子及相关化学键区域的参数;利用上述参数计算了一些含磷有机分子的电荷分布,并进行了讨论。 相似文献
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许锁坤 《河北师范大学学报(自然科学版)》1993,(4)
对于任意分子A-B(A、B表示原子或基团),建立了一个由Pauling电负性估算原子部分电荷的新经验公式: ?? 式中X_A和X_B表示原子或基团的电负性. 计算了40多种化合物中原子的部分电荷,结果与文献值一致. 相似文献
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杨贯虹 《沈阳师范大学学报(自然科学版)》2001,19(2):34-38
以密度泛函理论(DFT)和电负性均衡原理为基础,明确处理了双键的结构,发展建立原子一键电负性均衡方法中的σπ模型(ABEFMσπ).本模型将双键划分为一个σ键区域和四个π键区域(每个双键原子各有2个π键区域),其中,σ电荷中心位于两成键原子之间共价半径之比处;π电荷中心垂直于双键所在平面,置于双键原子上下两侧.本文给出分子中各部分有效电负性的精密公式,以及参数确定方法.并应用该方法简捷快速地计算了C 相似文献
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应用原子-键电负性均衡方法中的浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),我们构建了1个新的甘氨酸(Glycine)-水势能函数,并将其应用到甘氨酸与水组成的二聚体的研究中.首先研究了甘氨酸单体的几何构型,构型结果与可获得的实验数据显示了很好的一致性;根据对甘氨酸中氮原子和氧原子的孤对电子电荷分布的ABEEM/MM方法分析,可以解释水与作用点形成氢键的强弱;进而研究了甘氨酸与1个水作用的结合能,ABEEM/MM模型与从头计算方法得到的结果显示了很好的一致性.表明我们势能函数的合理性以及参数的正确性. 相似文献
15.
生物分子和药物分子中基团电负性的研究 总被引:1,自引:0,他引:1
吴汉卿 《中国科学技术大学学报》1990,(4)
根据鲍林原子电负性标度和超原子近似,本文给出了另一计算基团电负性的方法,计算了一些生物分子和药物分子的基团电负性,同时与一些性质参数进行了相关性的研究。 相似文献
16.
应用原子-键电负性均衡方法,计算了含镍超氧化物歧化酶活性中心原子的电荷分布和Fukui函数.结果表明,超氧化物歧化酶活性中心与超氧阴离予自由基作用时,金属离子电荷转移约为0.15e,而配体原子的电荷转移却很小;同时金属离子的Fukui函数大于配位原子的Fukui函数.电荷转移和Fukui函数计算结果表明,金属离子是含镍超氧化物歧化酶活性中心,该预测与量子化学理论计算一致. 相似文献
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Molecular dynamics simulation on BPTI (biovine pancreatic trypsin inhibitor) aqueous solution has been performed for the first time in terms of the atom-bond electronegativity equalization method fused with molecular mechanics (ABEEM/MM). The simulated parameters including ABEEM parameters and force field parameters have been tested. Some structural properties including root-mean-square deviations of atomic coordinates and radial distribution functions were studied by ABEEM/MM fluctuating charge method. The results demonstrate that this model can obtain reasonable structural properties compared with experimental crystal data. The radial distribution functions indicate that ABEEM/MM method can well embody the electrostatic polarizations between protein molecule and its surrounding solvent waters. 相似文献
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分子电距矢量对醇类气相色谱保留指数的预测 总被引:1,自引:0,他引:1
用MEDV描述子对55个醇的分子结构进行表征,对MEDV矢量和其气相色谱保留指数之间建立了定量结构-色谱保留值关系.借助多元线性回归、逐步回归和交互检验建立了分子电距矢量和55个化合物的气相色谱保留值之间的定量结构-色谱保留值相关模型(QSRR),线性回归十参数模型的复相关系数达到了0.995 0,逐步回归七参数模型复相关系数为0.989 6,交互检验的RCV值为0.970 0,表明模型对样本具有一定的稳定性和预测能力. 相似文献
19.
本文探讨了用群论和Huckel分子轨道法半定量处理无机三原子分子(或离子)的离域π健,求出它们的π分子轨道能级,并讨论它们的稳定结构及对分子磁性的解释。 相似文献