用有限元法计算酶-底物反应体系中的结合反应速率

对于酶-底物反应体系中的结合反应速率的计算,我们将介绍一种方法——有限元法。本文将给出算得反应速率的误差估计(见定理2)。 在文献[1]中曾考虑过边界近似,但都假定解的导数有界,也未给出有第三类边界条件时解的误差估计。这里,在内边界上(即酶分子表面)给定的是第二、三类边界条件,还有奇点存     

对于“酶动力学的图形理论”的一点补充——计算1-因子的分析方法

在文献[1]中,周国城等对复杂的酶反应体系中某个含酶物浓度的相对比数N_m的计算作了很大的改进.在应用该文的法则2和法则3时都需要画出与系统相应的有向变换图的全部1-因子的具体图形(以下简称为1-因子子图).仅管这些1-因子的总数可以根据这些法则     

以甘油三酯水解产物为底物的振荡反应

生物体系三大代谢之一的脂代谢中的脂(甘油三酯)由于自身氧化还原性较差,且多数难溶于水,故直接以其为底物,设计氧化还原反应类型的振荡反应(如B-Z反应)比较困难.但脂水解产物(包括甘油及一酯、二酯)却有较强的氧化还原性,有可能做振荡反应的底物.已有文献[1]报道了以     

应用广义活性指标预测酶催化反应的分子间活性

为了进一步验证广义活性指标的合理性与准确性,本文将其应用到了大分子生物体系中,结合局域硬软酸碱(HSAB)原理,研究酶催化反应的活性序列,即砷酸盐还原酶ArsC(1LJU10～17)和低分子量的磷酸盐还原酶LWMPTPase(1PNT12～18)分别亲核进攻砷酸盐和磷酸盐的所有形式(H3YO4/H2YO4-/HYO42-/YO43-,Y=As/P)的反应活性序列,其中,广义局域软度由有限差分近似下的从头计算B3LYP/6-311+G(d,p)方法和直接的ABEEMσπ方法获得.随着底物的负电荷不断增大,体系的整体软度和中心原子的局域软度均变得更软,砷酸盐及其还原酶也比磷酸盐及其还原酶要软.利用广义局域软度结合软度的匹配规则,可知随着底物负电荷的逐渐增加,原子个数较大的酶与底物之间的反应活性不断升高,并且-2价的阴离子(HAsO42-和HPO42-)能够在溶液中稳定存在.所预测的活性序列与实验所测得的结果是相一致的,可见,广义局域软度在预测分子间活性方面能够给出合理的预测.然而,原局域软度结合软度的匹配原则在预测接近真实体系的分子间活性的时候,却得到与实验相反的结果.     

超分子体系中的分子识别研究——Ⅶ.竞争包结法研究α-环糊精对氨基酸生物分子的手性识别

环糊精(CD)对于客体分子的包结作为一种酶-底物相互作用的模型而受到广泛的研究,但研究的对象大多为烃、脂肪醇、脂肪二醇、苯酚、环己烷衍生物、萘衍生物以及其他芳香化合物,而对于氨基酸分子的识别研究较少.我们曾报道环糊精双核铜配合物对于几种芳香氨基酸生物分子的识别能力,从主体环糊精与双核铜形成配合物的构型变化、多点识别和诱导楔合作用讨论了对于形成超分子体系的贡献.近来我们报道了单-[6-(1-吡啶)-6-脱氧]-α和γ-环糊精对非芳香氨基酸分子识别的热力学性质,给出了有意义的结果.然而由于环糊     

超分子体系中的分子识别研究——Ⅶ.竞争包结法研究α-环糊精对氨基酸生物分子的手性识别

<正>环糊精(CD)对于客体分子的包结作为一种酶-底物相互作用的模型而受到广泛的研究,但研究的对象大多为烃、脂肪醇、脂肪二醇、苯酚、环己烷衍生物、萘衍生物以及其他芳香化合物,而对于氨基酸分子的识别研究较少.我们曾报道环糊精双核铜配合物对于几种芳香氨基酸生物分子的识别能力,从主体环糊精与双核铜形成配合物的构型变化、多点识别和诱导楔合作用讨论了对于形成超分子体系的贡献.近来我们报道了单-[6-(1-吡啶)-6-脱氧]-α和γ-环糊精对非芳香氨基酸分子识别的热力学性质,给出了有意义的结果.     

电负性-图论-锁钥理论

早在1890年费希尔(Fischer)为了解释酶与底物反应的特殊专一性提出了一个锁钥理论。这个理论在说明酶与底物反应专一性方面取得了效果,现在在解释某些酶与底物反应现象时仍有作用。不过迄今为止尚未对上述理论作出过本质的说明。近年来尽管量子化学的计算有很大的发展,但是对酶分子这样大的原子集体进行计算是不可能的。电负性概念尽管是一个相当近似的概念,但是事实上证明:它在阐明很多化学性质上是很有用的。当然电负性概念亦不能直接应用到酶分子中去,这就要靠图论的概念来帮助,要     

底物对醛缩酶被胰蛋白酶消化时的保护作用

曾经有人观察到醛缩酶的底物果糖-1,6-二磷酸(FDP)能保护酶活力不受胰蛋白酶消化的影响,其他若干同系物也有类似的保护作用,但关于保护的条件和机制,至今末见报导。我们对用胰蛋白酶消化醛缩酶时的底物保护作用以及醛缩酶结构和活力的关系,特别是对在底物保护下经胰蛋白酶处理过的醛缩酶和天然醛缩酶在结构上的异同,     

催化抗体为蛋白质工程研究开辟了新方法

多年来科学家们已经认识到抗体和酶之间的基本的类似性;抗体和酶二者都是和其他分子结合的特化蛋白质。然而,抗体结合抗原,这种结合能把抗原除去。另一方面,酶是生物催化剂,它降低受其作用的底物的反应活化能。酶与底物分子结合,从而使反应速率增加。据斯克里普斯(Scripps)医疗研究所和贝克莱加     

多原子分子碰撞的核运动的完全Hamiltonian

Curtiss和Broeks等人对两个分子碰撞的Hamiltonian作过一些讨论,但他们都未给出碰撞单体的动能算符的具体形式,而我们在文献[3]中提出过“内坐标形式的多原子分子振转耦合方程,”本文利用更简单的方法推导了两个碰撞分子相对运动的动能算符,并且在考虑了两个单体分子的相对定向后,利用文献[3]的结果,给出了多原子分子碰撞的核运动的完全Hamiltonian的具体     

关于平面上宽过去马氏性的注记

一、引言和定义 关于两参数过程的马氏性,有各种不同的定义。这主要是因为所考虑的过去不同。即使只考虑宽过去,仍然有几种马氏性的定义。例如文献[1]中的*-马氏性;文献[2]中的宽过去马氏性;文献[3]中给出、文献[4]中略加改变的另一种宽过去马氏性(我们将称为弱的宽过去马氏性)。还有文献[5]中给出、文献[1]中略加改变的L-马氏性。在研究两参数随机微     

逆性环境中的酶

在极端环境中的某些酶的催化反应能改进酶分子的一种特性，或改进包括酶分子结构稳定性、底物特异性在内的多种特性，甚至还能改变酶的反应产物。     

Coates图的两个消去定理

本文旨在证明Coates图的两个消去定理,正如文献[1]中所表明的那样,把图论技术用到计算方法上是卓有成效的。 本文采用文献[2]中的一切符号与术语,只是各有向边的重量不必一定是数,可以是任意环(如多项式)之元,我们的讨论从推广文献[2]中定义3.2关于1-因子的概念开始。考察1-     

酶四级结构进化和反应速度常数之间的关系

随着分子进化研究的进展,近来发现有些酶能演变成寡聚体,而另一些仍处于单体状态。自然选择在这里遵循何种规律起作用呢?本文尝试从酶催化功能角度,作些初步分析。 酶扩散控制反应理论认为,酶-底物缔合反应速度除活化能外,尚受空间及力场因子影响,这二因子和酶四级结构有关。下面着重分析酶四级结构进化与二级反应速度常数的关     

一类高次缺插值样条函数

在文献[1]中,Meir和Sharma提出了一种五次缺插值样条函数,文献[2,3]改进了文献[1]中的结果。最近,沙震用类似方法讨论了七次、十一次样条。本文目的是给出一种一般的处理方法,不仅大大改进了已有结果,而且可用来讨论一般的插值偶次导数的样条。在§1中,通过Hermite插值样条讨论一种H-B插值样条给出收敛速度估计和渐近展开。     

胺基修饰的β环糊精衍生物与1及2-萘酚的结合性能

研究分子间的特异作用(即分子识别)是当前仿生化学的重要内容之一.β环糊精(β-CD)是7个葡萄糖通过1,4-糖苷键构成的环状寡聚糖,可以作为受体通过其憎水穴腔与许多有机物(作为底物)形成包结复合物,这种结合是以对底物分子的形状、体积及极性大小的选择性实现的,因而它在模拟酶的研究中占有很重要的地位.在生物体系中,分子间的专     

半导体催化动力学的激发复合机理——定态时的某些结果

文献[1]提出了半导体催化动力学的激发复合机理,对双分子复合过程,给出了一组动力学方程式:     

改进电子气法校正电子相关能中的梯度修正和自旋平行相关问题

文献[1]中,在局域密度泛函近似(LDA)的基础上,通过自相关校正(SIC)和自旋平行相关扣除(SPCC),我们提出了估算多电子体系电子相关能的改进电子气方案(MEGA),对大多数中性原子、分子体系给出了相当准确的电子相关能,相对误差分别在5%,10%以内.但尚有一些不足之处.由于视Hartree-Fock(HF)极限能量包含全部自旋平行电子间的相关能,MEGA过多地进行了自旋平行相关扣除;同时因没有考虑实际体系电子密度的“非均匀性”造成的梯度效应,LDA(即零级梯度近似)又高估了相关能.对大多数中性原子和分子,正负     

实二次数域类数h(K)=1问题

利用文献[1]等关于丢番图方程的结果和连分数等理论,本文对实二次域K,特别是其中的ERD型域,将给出一系列关于理想类数h(K)=1和h(K)>1的判定定理。实二次域类数问题自从Gauss提出猜想以后,文献很多。例如陆洪文在文献[2—4]中有关于类数为1问题的很深刻的结果。我们在文献[5]中决定了类群的子群特别是类数的因子。对ERD型二次域,最近有许多结果(可见文献[6]及所引结果),但问题也远未解决。     

相对论磁化等离子体的关联性质

文献[1]给出计算相对论等离子体关联函数的方法.本文给出磁化等离子体的相对论裸粒子格林函数.如图1所示,均匀外磁场B_0沿Z轴.动量分布函数的一般形式为