Origin of Gymnocypris przewalskii and phylogenetic history of Gymnocypris eckloni (Teleostei: Cyprinidae)

The origins and phylogenetic patterns were assessed for G. przewalskii and G. eckloni by analyzing the complete mtDNA cytochrome b gene sequence (1140bp). Phylogenetic analyses further supported that there were three mtDNA lineages (A-C) identified in G. przewalskii and G. eckloni, demonstrating that outer rakers of the first gill have little significance in the phylogeny of the Gymnocypris fishes. The network established showed that G . eckloni of the Yellow River specific haplotype Al was a founder and it radiated all haplotypes of G. przewalskii which suggested G . przewalskii might only originate from one of two maternals of G . eckloni from the Yellow River. Fs test and mismatch analysis showed at least two expansion events in the population of G. przewalskii about 0.2734 Ma and 0.0658 Ma, while G. eckloni from Qaidam Basin could have experienced severe bottleneck effect about 0.0693 Ma. The population expansion was detected in subclades Al and A21 with the most recent common ancestor (TMRCA) about 0. 2308±0.01 Ma and 0.1319±0. 015 Ma, respectively, which were within the geological age range of "Gonghe Movement" event that caused the separation of Lake Qinghai from the upper Yellow River. These results suggested the effect of the fish diversification by rapid uplift of the Qing-hai-Tibetan Plateau in the Late Pleistocene.     

Molecular phylogenetics of Gymnocypris （Teleostei：Cyprinidae） in Lake Qinghai and adjacent drainages

149 complete mitochondrial DNA (mtDNA) cytochrome b (Cyt b) genes (1140 bp) of Gymnocypris przewaiskii, Gymnocypris eckloni and Gymnocypris scolistomus from the Lake Qinghai, Yellow River and Qaidam Basin were sequenced and analyzed. Consistent dendrogram indicated that the samples collected from the same species do not constitute a separate monophyletic group and all the samples were grouped into three highly divergent lineages (A, B and C). Among them, Lineage A contained all samples of G.przewaiskii from the Lake Qinghai and partial samples of the G. eckloni from the Yellow River. Lineage B contained the remaining samples of G. eckloni from the Yellow River.Lineage C was composed of a monophyletic group by G. eckloni from the Qaidam Basin. Analysis of molecular variance (AMOVA) indicated that most of genetic variations were detected within these three mtDNA lineages (93.12%), suggesting that there are three different lineages of Gymnocypris in this region. Our Cyt b sequence data showed that G.przewaiskii was not a polytypic species, and G. scolistomus was neither an independent species nor a subspecies of G.eckloni. The divergent mtDNA lineages of G. eckloni from theYellow River suggested that gene flow between the different populations was restricted to a certain extent by several gorges on the upper reach of the Yellow River. Lineage B of G. eckloni might be the genetic effect from the ancestor which was incorporated with the endemic schizothoracinefishes when the headward erosion of the Yellow Riverreached to its current headwaters of late. The G. eckloni from Basin Qaldam was a monophyletic group (lineage C) and Fst values within G. eckloni from the Yellow River were higher than 0.98, suggesting that the gene flow has been interrupted for a long time and the G. eckloni from Basin Qaidam might have been evolved into different species by ecology segregation. The correlation between the rakers number of Gymnocypris and population genetic variation was not significant.All Gymnocypris populations exhibited a low nucleotide diversity (n=0.00096-0.00485). Therefore the Gymnocypris populations from Basin Qaidam could have experienced severe bottleneck effect in history. Our result suggested Gymnocypris populations of Basin Qaidam should give a high priority in conservation programs.     

青海湖裸鲤的起源和花斑裸鲤的种群演化

通过线粒体Cytb基因全序列分析,探讨了青海湖裸鲤和花斑裸鲤的起源关系及其进化模式.系统发育分析进一步支持了青海湖裸鲤和花斑裸鲤3个mtDNA谱系的划分.形态上具有高鳃耙变异的个体未形成特有的进化枝,证明了第一鳃弓外鳃耙变异并不具有系统发育意义.对青海湖裸鲤和花斑裸鲤进化枝扩散模式的网络分析表明,黄河独有的单倍型A1是一个创立者单倍型,全部青海湖裸鲤的样品来自于它的辐射,而青海湖裸鲤可能仅仅起源于黄河花斑裸鲤两个主要支系中的一个.Fs检验和核苷酸不配对分析暗示了青海湖裸鲤和柴达木盆地花斑裸鲤在历史上经历过种群扩张事件.青海湖裸鲤谱系多样化发生在大约0.2734Ma前,并且在约0.0658Ma前发生了一次局部的种群扩张,而柴达木盆地花斑裸鲤可能在约0.0693Ma经历了一次严重的“瓶颈效应”.我们还发现种群扩张存在于主要由青海湖裸鲤组成的亚枝A1和由黄河花斑裸鲤独有的亚枝A21中,估算的最近共同祖先年龄(TMRCA)分别为(0.2308±0.01)Ma和(0.1319±0.015)Ma,这一估算与青海湖和黄河分离的“共和运动”地质年代大致相符.这些结果说明了晚更新世末青藏高原的强烈隆升对青海湖、黄河和柴达木盆地鱼类多样性演化及其生物地理学格局产生过重大影响.     

主刺盖鱼不同背鳍表型成因初探

为了探讨2种不同表型主刺盖鱼及形态和地理分布差异,采用形态度量学和线粒体基因序列分析方法,从形态和分子水平研究主刺盖鱼不同背鳍表型个体的差异,为珊瑚礁鱼类研究提供了有价值的基础资料.主成分分析表明主刺盖鱼背鳍后缘形态分化与个体大小密切相关外,无其他形态性状分化.基于mtDNA Cyt b和D-loop基因片段的分子变异分析(AMOVA),背鳍圆弧形个体与延长形个体间的分化指数Fst分别为0.97%和1.75%,不同表型个体间的分子遗传差异不显著.综合外部形态特征和mtDNA Cyt b和D-loop基因片段分析结果,认为南海西沙水域不同表型主刺盖鱼背鳍后缘的形态变化是种内个体发育过程的变异,即随着个体的生长,主刺盖鱼背鳍后缘由圆弧形逐渐演变成延长形.     

基于Cyt b基因全序列分析河南7种菊头蝠系统发育关系

采用分子系统发育分析方法对菊头蝠科蝙蝠的系统发育关系和分类地位进行研究,以7种127个蝙蝠为研究对象,测定了mtDNA Cytb基因全序列(1140kb),用最大简约法(maximum parsimony,MP)和最大似然法(maximum likelihood,ML)建系统发育树,对菊头蝠种间亲缘关系及分类地位进行分析,角菊头蝠、菲菊头蝠和大耳菊头蝠属于较原始的种类,且彼此间有较近的亲缘关系;大菊头蝠、皮氏菊头蝠关系较近,为较原始的类群;马铁和中菊头蝠关系较近,为后分化的类群.     

基于Cyt b基因序列变异探讨鲱形目系统发育关系

鲱形目内科间分类关系一直以来存在较多争议,为探讨鲱形目系统发育关系,对黄鲫、凤鲚的线粒体Cyt b基因全序列进行扩增、克隆及测序,得到1 141 bp序列。结合Genbank中已发布的鲱形目鱼类Cyt b基因全长序列利用生物信息学软件进行比较分析后,共检测到553个变异位点,总变异为48.5%,其中含504个简约信息位点,未见序列插入或缺失。碱基的替换多在密码子第三位,序列中转换多于颠换,Ts/Tv为2.448,基因突变未达到饱和。基于K2P模型计算的遗传距离表明,宝刀鱼科同鲱科及鳀科的科间遗传距离(0.042~0.072)小于鲱科内属间遗传距离(0.065~0.106)。在以南美肺鱼为外群构建的NJ分子系统树中,齿头鲱科最先分化,是鲱形目中原始类群;鳓属、多齿鳓属独立聚为一支,且具较高的自举检验值,支持将其归入锯腹鳓科;宝刀鱼科并入到鲱科一支中去,与鲱科亲缘关系更近。     

关于Caragana przewalskii Pojark

本文认为(青海木本植物志)中被鉴定为Caragawa Przewalskii Pojark的植物是不妥当的,实则应是C. jkii Gorb.. C. przewalskii Pojark.是一个不合法的裸名,已被Yakovlev归并入C. roborokyi Kom., 并作为其异名处理。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的蜻亚科部分种类分子系统学研究(蜻蜓目:蜻科)

通过PCR及PCR产物的直接测序技术,测定了蜻蜓目蜻科蜻亚科的灰蜻属、宽腹蜻属和蜻属共7种蜻蜓的线粒体DNA细胞色素b基因的部分核苷酸序列（长度为576bp）,探讨了蜻亚科的分子系统学．在所有序列中A＋T平均含量较高,为70．2％,而氨基酸密码子第3位点的A＋T平均含量最高,为85．4％．多态住点数为180个,占总位点数的31．25％,显示出DNA序列变异丰富．基于邻接法、最大简约法和贝叶斯法的分子系统发生,分析结果支持灰蜻属是较进化的类群,宽腹蜻属次之,蜻属是相对分化较早、较古老的类群,这3个属的关系是蜻属→宽腹蜻属→灰蜻属。     

2种三疣梭子蟹居群线粒体Cyt b和S-rRNA基因片段序列变异研究

目的：通过对2种三疣梭子蟹居群样线粒体C弘b和S-rRNA基因片段的序列分析,探讨其遗传变异,为种质资源的管理、保存和利用提供依据．方法：采集山东潍坊和福建厦门两个不同居群的三疣梭子蟹样,提取其线粒体DNA．由Genebank获得三疣梭子蟹完整线粒体DNA序列（登陆号：NC_005037）,设计扩增Cyt b和S-rRNA基因片段引物,经PCR扩增获得预期产物,纯化后测序．结果：以提取的线粒体DNA为模板扩增出特异性强的Cyt b和S-rRNA基因片段,与预期条带长度429bp和465bp吻合;2个基因片段的AT含量均高于GC含量;Cyt b基因片段有3个位点发生了突变,S-rRNA只有1个位点发生了突变;在两种居群的4个突变位点中,2个位置突变为相同的碱基,且所有突变位点均呈转换方式．结论：Cyt b基因序列比S-rRNA基因序列具有相对高的突变率;研究的2个基因片段的突变位点的碱基置换主要呈转换方式;来自2个三疣梭子蟹居群样本的线粒体S-rRNA基因的突变发生在同一位点且突变为相同碱基,表明2个居群具有较近的亲缘关系．     

不同区域日本稻蝗Cyt b基因序列及相互关系

对中国 7个不同地理区域的日本稻蝗共 19个个体的线粒体 DNA细胞色素 b基因中间部分序列进行测定 ,比较其同源性 ,计算碱基组成 ,并用中华稻蝗和景泰突颜蝗为外群构建不同单倍型的 NJ分子系统树。在获得的432 bp的序列中 ,A T约占 70 .5 % ,其中 13个核苷酸位点存在变异 (约占 3.0 % ) ,4个位点引起了氨基酸的变异。就每个氨基酸密码子来看 ,第三位点的 A T含量较高 ,达 87.4%。由系统树显示 ,6个单倍型共形成 3个聚类簇 ,其分枝与地理分布没有直接的关系     

利用线粒体 DNA Cytb 基因 PCR-RFLP 分析方法鉴别青鱼和草鱼

建立了一种以线粒体细胞色素 b（Cyt b）基因为标靶,应用 PCR -RFLP 技术进行草鱼和青鱼种质鉴定的分析方法。设计一对引物 QYCYT -S 和 QYCTY -A 分别对青鱼和草鱼的 Cyt b 基因进行了 PCR 扩增,并选用 BglⅠ和 EcoRⅡ两种限制性内切酶对扩增产物进行酶切分析。结果表明,草鱼和青鱼都可以扩增出1111 bp 的条带,两种酶切检验发现,草鱼扩增产物能被 BglⅠ切成247 bp 和864 bp 两个片段,而青鱼的 PCR 产物能被 EcoRⅡ切成140 bp 和971 bp 两个片段,这表明,mtDNA Cyt b 基因 BglⅠ和EcoRⅡ的酶切位点都可作为鉴定青鱼和草鱼的有效分子标记。利用 PCR -RFLP 分析 mtDNA Cyt b 基因的方法操作简单,是一种快速鉴别草鱼和青鱼的可靠方法。     

麻黄属2种植物的核型研究

采用光学显微镜观察果麻横 （Ephedra przewalskii Stapf）、草麻黄（E.sinica Stapf）的染色体,按全国第一次植物染色体学术讨论会建议的标准进行核型分析,研究结果表明,膜果麻黄的体细胞染色体数目2n＝14,核型2n＝14＝6n 8sm,草麻黄的体染色体数目2n＝28,核型公式2n＝4x＝28＝26m＋2st。     

苜蓿盲蝽属(Adelphocoris)细胞色素B基因片段序列分析(半翅目:异翅亚目:盲蝽科)

用蛋白酶K消化法提取并正反链双向测序获得半翅目盲蝽科盲蝽亚科苜蓿盲蝽属（Adelphocoris）6个种以及苜蓿盲蝽Ad．lineaolatus的3个种群的线粒体DNA细胞色素b基因片段的序列,应用Mega计算该8个cytb432bp片段序列的碱基组成、核苷酸的种间变异率和所编码的144个氨基酸的变异率,序列的碱基组成中A＋T的平均含量较高且在第三位点最高。平均达到81．6％,表明该基因在密码子的使用上具有偏向性,变异位点和信号位点多发生在三联体密码子的第三位点,第二位点最为保守,不同异型序列间的转换＋颠换（ns＋nv）值最高的为100,最小的为0;转换／颠换（ns／nv）值最高为9．33,在Ad．fasciaticollis与Ad．sutualis之间,最低为0．88,在Ad．lineaolatus的宁夏和甘肃种群之间。几种颠换类型都能够在本属的异型序列之间看到,苜蓿盲蝽属的不同异型序列间的差别大小各异,差异最大的是苜蓿盲蝽Ad．lineaolatus的甘肃种群（Ad．lineaozatus2）与内蒙古种群（Ad．lineaolatus3）之间,具有100个碱基的差异,宁夏种群与甘肃种群之间的核苷酸变异率为7％,而二者与内蒙古种群的变异率分别为23％和28％,大于或等于与其他种类间的变异,所以该2个种群与内蒙古种群（典型的Ad．lineaolatus）已处在种化过程的末期,已经形成不同的新种,种间差异最小的是Ad．rufescens与Ad．luridus,变异率为0,应为同一个种,所以Ad．rufescens的分类地位有待于进一步研究证实。     

三点苜蓿盲蝽线粒体Cyt b基因扩增条件研究

以三点苜蓿盲蝽为材料,采用SDS-蛋白酶K消化法提取其基因组DNA,利用CB-1、CB-2昆虫通用特异性引物对线粒体Cyt b基因433 bp片段进行PCR扩增,获得三点苜蓿盲蝽线粒体Cyt b基因的最佳扩增条件.     

四川兽类新纪录——秦岭鼢鼠线粒体Cyt b基因的克隆及其比较研究

为揭示2003年在王朗采集的鼢鼠标本王03001号是否为秦岭鼢鼠四川兽类新纪录,以鼢鼠标本王0300号的肌肉组织为研究材料,运用PCR技术对其线粒体Cyt b基因进行克隆和测序．结果表明该基因的长度为1140bp,编码380个氨基酸的蛋白质,所编码的蛋白质含有2个N-糖基化位点,1个蛋白激酶C磷酸化位点,4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,6个N-豆蔻化位点．再以已研究的鼢鼠6个种18个体Cyt b基因序列及氨基酸序列为基础数据,把中华竹鼠（Rhizomys sinensis）作为外群,结合本研究的结果构建系统发育树,所得结果不支持王03001号标本为秦岭鼢鼠．     

似然比检验和贝叶斯推论在雉科分子系统学中的应用

应用似然比检验和贝叶斯推论进行雉科分子系统学研究．所用的56条纫胞色素b基因全序列代表了雉科24属50种以及作为外类群的6个相关属．等级制似然比检验表明该数据集的最佳进化模型为GTR I——G。建立在坚实的统计学基础上的贝叶斯系统树表明雉科可以分为3个分支．特别是包括角雉、松鸡、火鸡和gallopheasant等在内的第3分支的单系群性质得到了充分的支持．深层分支格局的高分辨率和高支持率说明将雉科划分为雉族和鹑族是人为的．结果表明，似然比检验和贝叶斯推论是分子系统学研究的强有力工具．     

普氏野马与亚洲野驴、斑马的头骨比较

根据国内唯一的一例普氏野马头骨与亚洲野驴、斑马进行了比较。     

三种沙蜥消化道的组织学研究

三种沙蜥消化道的组织学研究郭砺,包孟彩,栾雅文（内蒙古大学生物学系,０１００２１,呼和浩特）关键词草原沙蜥荒漠沙蜥变色沙蜥消化道组织学中图资料分类号Ｑ９５９．６２Ｑ９５４．５８１材料与方法材料于１９９７年５月采自内蒙古西部,均为体长大于５０ｍｍ的成...     

中国南方沿海13种石斑鱼类的分子系统进化关系分析

石斑鱼类(Groupers)是世界性海洋经济鱼类,也是中国南方沿海省份重要的海水增养殖对象,其种类繁多,由于缺乏明显的种间外部形态区别特征,石斑鱼的分类一直是鱼类系统分类学的一个难题,存在着较多的争议和混淆。为了从分子水平揭示石斑鱼类的系统进化关系,应用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)及两个核糖体RNA基因(16S和12S)序列联合构建系统进化树对中国近海石斑鱼亚科3属13种进行种类鉴定及亲缘关系分析,探讨了石斑鱼类的分子系统进化。结果表明:①线粒体基因序列在石斑鱼类种间存在较大的变异,种内变异极小,是进行石斑鱼类种类鉴定较为适宜的分子标记;②所研究的3属13种石斑鱼类中,石斑鱼属与九棘鲈属的亲缘关系较近,与鳃棘鲈属的较远;③赤点石斑鱼和青石斑鱼、蜂巢石斑鱼与鲑点石斑鱼、斜带石斑鱼与棕斑石斑鱼两两间具有较近的亲缘关系。