冠状病毒

冠状病毒在系统分类上属冠状病毒科(Coronaviridae)冠状病毒属(Coronavirus).新发现的SARS病毒属冠状病毒的一个新种.科学家对SARS病毒基因组进行了全面测序分析后发现,其基因组由29730个碱基组成,与已知的三类冠状病毒相差甚远,只有64%的序列相同.可以推测,SARS病毒不是已知病毒的近期变种,而是一种新的冠状病毒.     

SARS-CoV蛋白质组的生物信息学及其进化关系

一种新的冠状病毒 SARS-CoV是引起严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome, SARS)的病原体. 对由SARS病毒全基因组序列推导出的所有蛋白质逐一进行分子量、等电点、分子消光系数等物理化学性质计算, 以及跨膜区和亚细胞定位预测, 辅以保守序列家族数据库搜索, 预测SARS-CoV功能未知蛋白质的功能. 同时, 通过SARS-CoV与其他冠状病毒蛋白质同源序列比较和进化距离计算, 分析SARS病毒的分类地位以及与其他冠状病毒的进化关系. 结果表明, 尽管SARS病毒是不同于其他3组冠状病毒的一种全新冠状病毒, 但在进化关系上更靠近牛冠状病毒BoCoV和鼠肝炎病毒MHV. 为实验测定SARS病毒蛋白质组以及抗SARS疫苗研制提供了参考和帮助.     

呼肠病毒, 在SARS患者中分离与初步鉴定

严重急性呼吸综合征(SARS)疫情在北京造成了严重后果, 冠状病毒已被广泛认定为导致SARS的病原体. 但是临床和实验提示, SARS病因可能不是单一冠状病毒感染. 本文报道了我们从北京市第1例SARS患者和其母亲的咽拭子中分离出呼肠病毒. 在电子显微镜下, 可观察到典型的呼肠病毒. 血清学实验显示, 38例SARS患者中24例对呼肠病毒呈阳性反应. 针对呼肠病毒的基因保守序列(S2基因片段)设计引物, RT-PCR实验扩增出特异性DNA片段. 进一步DNA序列分析表明是一种独特的呼肠病毒(呼肠病毒科正呼肠病毒属). 初步动物实验显示, 该呼肠病毒可导致非典型样肺炎发生和小鼠死亡. 尽管如此, 呼肠病毒感染是否与SARS疫情有关, 还有待进一步研究才能阐明.     

基于全基因组比较的SARS冠状病毒种系进化分析

SARS(severe acute respiratory syndrome)冠状病毒已被世界卫生组织确认为SARS传染病的病原体, 它的全基因组测序工作分别由中国、加拿大、美国等国的研究小组完成. 然而它的起源仍是一个谜. 为了探寻SARS冠状病毒的来源, 基于FDOD(function of degree of disagreement)方法, 对12个SARS冠状病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒进行了全基因组比较, 构造出种系进化无根树. 结果表明, 这两类病毒(分别由12个SARS冠状病毒分离株和12种以往发现的冠状病毒构成)虽然都来自冠状病毒属, 但它们位于两个不同的进化分支上. 冠状病毒属中的3个组被准确地重构. 根据得到的结果, 推测SARS冠状病毒更类似于第一组中的冠状病毒. 根据种系进化树的拓扑结构和各SARS冠状病毒分离株与造成香港Metropole饭店疫情的SARS冠状病毒株之间的联系, 推测各SARS冠状病毒分离株分别位于进化树上两个大的分支, 这为SARS的流行病学研究提供了辅助信息.     

SARS相关病毒与鼠肝炎病毒S蛋白的同源暗示一个潜在受体结合区的存在

最近, 一种新的冠状病毒被确定为近期爆发的严重急性呼吸综合征(SARS)的病原体. 虽然人们对人冠状病毒229E已经有了较多的研究, 而且其受体结合位点也被确定在S蛋白第417~547个氨基酸残基之间. 但是, 这一区域与新分离的SARS相关病毒(香港株, CUHK-W1)没有任何同源性. 有意思的是, 已知的各种冠状病毒S蛋白S1亚基的序列比对和进化分析显示, 鼠肝炎病毒(MHV)与SARS相关病毒的同源性最高. 而且, MHV的S蛋白上负责受体结合的重要位点(第62~65和第214~216位氨基酸残基)与SARS相关病毒的相应区域(第51~54和第195~197位氨基酸残基)高度同源. 这些生物信息学的分析结果可能对研究SARS相关病毒的受体结合位点和病毒侵染靶细胞的机理有所帮助, 进而为设计抗病毒药物和疫苗提供新靶点.     

冠状病毒和人类SARS病毒的分子亲缘关系研究

组分矢量方法是一种从全基因组出发, 研究物种亲缘关系的新方法. 本文使用这一方法, 通过对外类群的适当选取, 研究包括SARS病毒的冠状病毒进化关系. SARS病毒作为一个单系, 由于彼此之间的序列相似程度非常高, 难以为其选取适当的外类群. 我们利用核苷酸的突变计数来构造距离矩阵, 并将其超度规化, 在此基础上揭示SARS病毒自身的演变关系. 本文采用了更多的序列和新的方法, 反映了更为详细的冠状病毒进化关系, 使得不同方法的比较成为可能, 为冠状病毒进化关系的研究提供了新的视角.     

SARS相关病毒(BJ01株)的全序列及其比较分析

严重急性呼吸综合征(SARS)是一种新发现的急性传染病. 对一株已确认为SARS病原体的冠状病毒(BJ01)进行了全基因组序列测定, 并与其他已知病毒进行了比较分析. 该病毒基因组全长为29.725 kb, 含11个可读框(ORFs), 由1个稳定区和1个可变区组成, 其中稳定区编码RNA依赖性RNA聚合酶, 包括两个ORFs；可变区含有4个蛋白质编码序列(CDSs), 分别编码病毒的4个结构蛋白(S, E, M, N蛋白). 此外, 可变区还包括5个非典型的预测蛋白(PUPs). 此病毒基因的排列顺序与其他已知的冠状病毒一致. 通过与已知RNA病毒的序列比对, 可以确认该病毒属于冠状病毒科(Coronaviridae). 与GenBank中已知的5个SARS相关病毒全基因组序列的比较分析显示, 已在30个核苷酸位置上检出序列差异, 总体突变率为0.1%, 其中15个变异位点在编码区, 可能会导致蛋白质的氨基酸改变(异义突变). S蛋白中已发现3处可能引起该蛋白质物化特征变化的变异, 而该蛋白质可能参与病毒与宿主间的免疫反应. 与病毒包膜形成相关的M蛋白中则已发现两处氨基酸变化. 进化分析表明, SARS病毒可能不是来源于人类, 但没有证据证明是人为制造的. 为了阐明SARS相关病毒的病因学以及排除其他可能的SARS病原体的存在, 仍需进行更深入的研究.     

SARS冠状病毒S基因的最近共同祖先序列重建及Spike蛋白的适应性进化检测

严重急性呼吸系统综合症(severe acute respiratory syndrome，SARS)病原体——SARS冠状病毒(SARS-CoV)的基因组结构和表达模式已被详细描述。Spike蛋白作为冠状病毒粒子表面的结构性糖蛋白，负责结合宿主细胞受体，诱导病毒包膜和细胞膜的融合，刺激机体产生中和抗体并与介导细胞     

用于SARS冠状病毒检测的60 mer寡核苷酸基因芯片的设计及应用

设计并应用60 mer寡核苷酸基因芯片实现对SARS冠状病毒的检测. 根据寡核苷酸基因芯片的原则设计出30条60 mer的寡核苷酸片段, 覆盖SARS冠状病毒(以最先提交全序列的TOR2株作为参考, GenBank登录号: AY274119)全基因组, 点样制备成12×12的寡核苷酸基因芯片, 从临床诊断SARS患者痰液标本抽提病毒RNA, 采用限制性显示技术进行标记, 将标记好的样品与芯片杂交, 洗脱, 扫描. 初步探索寡核苷酸芯片诊断SARS冠状病毒的可行性. 杂交结果表明, 来自SARS患者样品与芯片上的多个SARS探针杂交, 出现了明显的荧光信号; 阴性和空白对照探针上没有杂交信号, 而对照样品仅与3个SARS探针有杂交. 由此可知, 采用60 mer寡核苷酸基因芯片可以从基因水平实现对SARS冠状病毒多段序列的平行检测, 对于提高检出率有一定意义, 此外, 尚可用于监测在发病过程的各个阶段中病毒基因的活动状况.     

后基因组时代的病毒研究

从2003年1月31日在广州一家医院内首次爆发SARS^[1]到我国科学家在美国《科学》周刊上发表关于SARS的研究文章^[2]，时间正好过去了1年．也许是一个巧合，这篇研究论文的主题也正是围绕着时间展开的：“SARS冠状病毒在中国SARS流行过程中的分子进化”．作者通过流行病学的研究界定了SRAS     

长春研制出SARS病毒消杀仪可防病房空气感染

一种SARS病毒消杀仪在长春市制成。它与呼吸机连接使用,可将病人排放出的病毒传播源进行二级消杀处理,防止病房内空气再度感染。 SARS病毒的主要传播途径是病人的呼吸道飞沫及气体的传播,SARS病人主要死亡原因是呼吸衰     

新型冠状病毒 SARS-CoV-2电镜图像

正近期,美国国立卫生研究院国家过敏和传染病研究所(NIAID)公布了新型冠状病毒SARS-CoV-2的电子显微镜图像。冠状病毒在电镜下呈球状或椭圆形,病毒上有规则排列的突起,形似皇冠而得名冠状病毒。病毒名称Corona则出自拉丁语,意为"皇冠"。值得注意的是,得到的SARSCoV-2图像同MERS病毒和SARS病毒看起来没有太大的区别。     

2003年第48卷总目次

专题:SARS冠状病毒研究1237〔12)用于sARs冠状病毒检测的60 me:寡核昔酸基因芯片 的设计及应用 石嵘等l242(12)基于全基因组比较的sARS冠状病毒种系进化分析 齐震等l246(12)冠状病毒和人类sARs病毒的分子亲缘关系研究 高雷等专题:SARS相关研究1359(13) sARs一cov蛋白质组的生物信息学及其进化关系 柳树群等1369(13)呼肠病毒,在sARs患者中分离与初步鉴定 端青等1373(13) sARs传染扩散的动力学随机模型 石耀霖1 378(13) sARs危机中17城市民众的理性特征及心理行为 预测模型 时勘等专题:超分子化学1477(14)超分子科学:认识物质世界的…     

病毒“收藏家”艾伯特·奥斯特豪斯

在4月初之前,人人都怀疑一种新发现的冠状病毒是引起严重急性呼吸道综合症(SARS)的病因。为了加以证实,研究人员必须用这种病毒去感染动物,以此观察动物是否会得病,或得病后在体内是否会产生SARS病毒。换句话说,他们必须满足柯赫氏定律。 这一动物实验最终由荷兰鹿特丹伊斯默斯大学医学中心的病毒学家艾伯特·奥斯特豪斯(Albert Osterh-aus)等人完成。他们在严格的生物安全条件下用冠状病毒感染猴子,然后解剖猴子以便仔细研究它们的     

新型冠状病毒与蝙蝠

正目前主流观点认为蝙蝠是这次新型冠状病毒的源头。我是研究蝙蝠的,这里和大家聊聊——蝙蝠已经不止一次地被推上风口浪尖了。2003年的SARS病毒,2013年的MERS(中东呼吸综合征)病毒,在非洲不时暴发的埃博拉病毒,以及2018年的猪急性腹泻综合征冠状病毒等等都被证实起源于蝙蝠。不仅如此,根据可靠的统计,科学家们在蝙蝠体内分     

SARS-CoV-2将如何进化

正跨越不同物种传播,然后又高度适应新宿主——这一进化过程在像COVID-19这样的大流行中扮演了何种角色?严重急性呼吸综合征(SARS,由SARS-Co V病毒引起)疫情始于2002年的11月,持续了8个月,到次年7月基本结束。新型冠状病毒(SARS-Co V-2,简称新冠病毒)有着和SARS病毒高达80%相似度的基因序列,以及一个类似的故事开头,却走向迥然。后者在盛夏销声匿迹,而新型冠状病毒肺炎(COVID-19)     

疫病的全球化与人类文明进步

正1965年,英国医学研究委员会普通感冒中心负责人、病毒学家泰瑞尔(D. Tyrrell)的团队从一位患感冒的成年人的呼吸道中捕获了一种名为B814的可传播病毒,该论文发表在1966年1月的《柳叶刀》上,它被认为是第一篇冠状病毒的论文。60年代末期至70年代,泰瑞尔带领一群病毒学家一直在从事这项人类毒株和动物病毒的研究,1975年5月,泰瑞尔团队在《国际病毒学》上介绍了其研究的新进展,这种新病毒呈冠状外观,正式命名为冠状(corona)病毒。研究发现,在温带地区,呼吸道冠状病毒感染多发生在冬季和春季。2003年出现的SARS就属于冠状病毒,至2005年,病毒学家在全世界已经发现了5种新的人类冠状病毒。     

SARS致死性的原因是什么?

SARS病毒并非直接使患者致死——患者是死于免疫系统的工作过度。目前科学工作者正竞相寻找在一种致死性疾病出现以前抑制这种免疫反应的方法。     

SARS病毒入侵细胞门户——ACE2蛋白

一年前，一种神秘的病毒制造了一种可怕的新型急性传染病——SARS，它首先在中国肆虐并夺去了许多人的生命。该病毒在亚洲迅速传播，并且短短几个月内造成了全球范围内的恐慌。     

生活向导

晒太阳令人思维敏捷，敌对情绪容易引发心脏病、哮喘，“坐飞机打手机”有望明年实现，人体存在SARS病毒受体，肥胖将使百万儿童比父母早逝。[编者按]