肌营养不良蛋白dys参与调控Hippo信号通路

Hippo信号通路最早在黑腹果蝇中发现,现已被证明在哺乳动物中也是保守的.Hippo通路在器官发 育和组织稳态中起着重要作用,Hippo信号通路异常与许多癌症的发生相关.Hippo信号通路依赖于核心激酶级 联反应,磷酸化转录共激活因子Yorkie(Yki)进而调控下游靶基因的转录.尽管Wts是Hippo通路的关键激酶组 分,但其蛋白质活性调节机制仍有待深入研究.通过质谱分析,发现并验证了Hippo信号通路核心激酶Wts与杜 氏肌营养不良症相关蛋白dys之间存在相互作用,并发现dys能够通过促进Wts的细胞膜定位激活Wts进而调控 果蝇器官大小.     

胃癌芯片数据中异常转录因子推断与信号通路分析

用一种新的转录因子介导的信号通路分析方法分析肿瘤芯片数据,从中推断异常的转录因子和信号通路.先通过统计目标基因的表达推断转录因子的活性,然后将那些活性异常的转录因子映射到KEGG信号通路上.此方法整合了基因表达调控的实验数据和信号通路信息.利用此方法,对斯坦福芯片数据库中的162个人类胃癌数据进行分析,结果发现,大部分芯片中的TGF-beta,JAK-STAT,NF-kappaB和Notch信号通路被异常激活.进一步对这些通路进行研究,将有助于探究胃癌的发生、发展机理和进行合理的药物设计.     

系统药理学研究重楼皂苷Ⅰ对黑色素瘤增殖凋亡的作用及潜在机制

重楼皂苷Ⅰ治疗黑色素瘤的作用机制尚未完全阐明,仍需进一步研究.采用网络药理学联合细胞实验系统揭示重楼皂苷Ⅰ对黑色素瘤的作用及机制.结果显示重楼皂苷Ⅰ有104个治疗黑色素瘤的潜在作用靶点.PPI网络分析发现,TP53,AKT1,STAT3,MAPK8,MAPK14,JUN,MAPK3,MAPK1,CTNNB1,MYC,RELA,PIK3CA,NFKB1,CCND1,EGFR,VEGFA,TNF,FOS,RB1,IL6为重楼皂苷Ⅰ治疗黑色素瘤的重要靶点.重楼皂苷Ⅰ的潜在作用靶点富集到生物过程251条,涉及负调控细胞凋亡、正调控基因表达、药物反应、正调控基因转录、细胞对缺氧的反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、应激反应、肽丝氨酸磷酸化、细胞增殖调控、激活MAPK等;富集到细胞组成27条,涉及核质、胞质溶胶、线粒体、细胞质、细胞核、蛋白质复合体、核染色质、细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、线粒体外膜、细胞表面等;富集到分子功能40条,涉及蛋白结合、MAP激酶活性、蛋白激酶活性、转录因子结合、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性、酶结合、激酶活性、染色质结合等;富集到KEGG通路106条,如癌症通路、FOXO信号通路、TOLL样受体信号通路、TNF信号通路、NOD样受体信号通路、T细胞受体信号通路等.进一步的KEGG通路网络发现,MAPK信号通路,PⅠ3K-Akt通路,凋亡,细胞周期,p53信号通路,Jak-STAT信号通路,TOLL样受体信号通路,mTOR信号通路,NF-kappa B信号通路,癌症通路连接度较高.细胞实验证实重楼皂苷Ⅰ能抑制A375细胞增殖,并且能促进细胞凋亡.文献证实重楼皂苷Ⅰ治疗黑色素瘤的分子机制与PⅠ3K-Akt信号通路有关.研究发现重楼皂苷Ⅰ通过多靶点、多通路调控细胞的增殖、凋亡、细胞周期,从而发挥治疗黑色素瘤的作用.     

PI3K等5条信号通路对NIH3T3细胞周期进程的调节作用研究

为从基因转录水平解析信号通路对NIH3T3细胞周期进程的调控作用,用小鼠基因表达谱芯片Mouse Genome 4 302.0检测信号通路相关基因表达丰度发现,PI3K,STAT3,钙蛋白酶,Rho家族鸟苷酸激酶和VEGF等5条信号通路的105个基因在该细胞的细胞周期中发生有意义的表达变化.分析基因表达变化预示的信号通路作用表明,上述5条信号通路依次促进G1期、G1/S转换期、S期、G2/M转换期和M期进程.结论:上述5条信号通路促进NIH3T3细胞的细胞周期进程.     

黄曲霉毒素生物合成调控机制的研究进展

黄曲霉毒素生物合成调控机制的研究,对于理解真菌次级代谢物生物合成的调控机制及发展真菌毒素控制将起到重要的作用。真菌基因组学及其他组学技术的快速发展为我们挖掘基因组信息、获取基因表达谱继而为黄曲霉毒素生物合成调控网络及其他真菌次级代谢机制的研究提供基础。真菌次级代谢基因的表达需要不同类型的转录因子进行调控,包括通路特异性转录因子、全局性转录因子及应答各种环境信号的广泛转录因子等,对这些转录因子功能的研究加快了我们对黄曲霉毒素生物合成代谢调控机制的认识。本文主要综述了利用基因组信息对黄曲霉毒素生物合成代谢调控机制中的各类转录调控因子研究现状,并对本实验室多年来在黄曲霉毒素生物合成调控机制方面的研究进行了介绍。     

ICAM-1在NF-κB通路中表达的研究进展

细胞间黏附分子(intercellular adhesion molecule-1,ICAM-1),属于免疫球蛋白超家族中的一员,其主要功能是参与白细胞的迁移,来作为T淋巴细胞活化信号和调节炎性因子的表达.因此,ICAM-1表达量的变化与机体多种疾病相关.ICAM-1启动子区域含有大量能与转录因子及协同刺激物结合的基因位点,因而多种信号通路及转录因子参与调节ICAM-1的转录表达.NF-κB通路作为重要的炎症信号通路,同样也是调控ICAM-1表达的一条关键性转录通路.在炎症、病毒及肿瘤等疾病条件下,多种细胞因子能够通过激活NF-κB通路,从而改变ICAM-1的基因及蛋白表达水平.同时,ICAM-1作为疾病治疗中重要的靶点,为疾病的治疗开辟了新的道路.     

PDK1结构与功能研究进展

PDK1是AGC蛋白激酶家族里面的一个丝氨酸/苏氨酸激酶。PDK1与PIP3的结合对于有效激活Akt等激酶,从而控制细胞生长、分化、生存、蛋白质翻译和葡萄糖代谢具有重要意义。本综述对PDK1的结构和功能进行了介绍,对于了解PDK1以及其调控的相关信号通路分子具有重要意义。     

多泛素链延伸酶E4B对TLR信号通路的调节作用

研究多泛素链延伸酶E4B对TLR信号通路的影响.在HEK293T细胞中,通过双荧光报告系统检测E4B对TLR信号通路的影响,并且用免疫共沉淀的方法鉴定E4B的相互作用蛋白质.发现多泛素链延伸酶E4B能够抑制TLR通路的下游转录因子NF-κB和IRFs的转录活性,并且能与TRAF6发生相互作用.提示多泛素链延伸酶E4B可能参与TLR信号通路的调控,为TLR信号通路的研究提供新的线索.     

MdmX在Axin-p53信号通路中的调控机制

鼠双微体基因X(MdmX)是肿瘤抑制因子p53信号通路中重要的负调控蛋白,它能与p53直接结合,抑制p53的转录活性.体轴发育抑制因子Axin作为构架蛋白与p53及同源结构域互作蛋白激酶2(HIPK2)等相互作用形成复合物,诱导p53的转录活化,共同促进细胞的凋亡.本研究将MdmX引入Axin-p53信号通路的调控中,发现MdmX通过竞争Axin与p53的结合,抑制Axin诱导p53的转录激活.p53结合区域缺失的MdmX突变体MdmXΔp53则不能抑制Axin对p53的激活.这些实验结果为进一步深入研究Axin-p53信号通路在细胞凋亡及肿瘤发生发展中的作用提供了重要的理论依据.     

蛋白激酶B结构与功能研究进展

蛋白激酶B（protein kinase B,PKB）是细胞生长信号通路中的传感器,在生长因子或胰岛素介导的信号转导中扮演重要角色.在营养代谢、细胞生长、转录调控和细胞存活中也具有重要作用.本综述对PKB的结构和功能研究进展进行了介绍,这对于了解PKB及其调控的相关信号通路具有重要意义.     

采用比较蛋白质组学方法研究p38β激酶对293T细胞蛋白质表达的影响

采用比较蛋白质组学方法研究了过表达p38信号通路激酶p38β对人类肿瘤细胞293T细胞蛋白质表达的影响,利用双向电泳和质谱技术分离鉴定了13个差异表达蛋白质.这些差异蛋白的分布从细胞质膜到核,其功能涉及核酸、蛋白质、糖脂类分子的转录、合成和成熟,细胞物质跨膜运输,细胞周期调控以及细胞防御等.文献分析并没有发现上述鉴定的差异表达蛋白是p38β激酶现有直接底物的证据,提示其可能为新的p38β激酶相关蛋白.这些结果表明,比较蛋白质组学方法是寻找激酶新靶标的一种有效工具.     

骨桥蛋白的表达调控

骨桥蛋白（OPN）是一种多功能的分泌性磷酸化糖蛋白，参与机体多种生理病理学过程．多项研究表明，OPN在特定的细胞类型中的表达调控受多种因子和不同信号通路的影响．多数研究表明其调控主要表现在转录水平．笔者主要介绍了OPN的表达调控机制．     

MicroRNA与转录因子调控网络综述

MicroRNA是一类长度约为18-24nt的非编码小RNA,它在转录后水平通过调控靶基因来行使多种生物学功能,例如：细胞周期、分化、细胞增殖和凋亡等。在转录水平,转录因子作为一种重要的调控因子参与调控多种基因的表达。近些年研究表明转录因子可以直接调控miRNA的表达,并且参与了包括肿瘤疾病发生等多种生物学进程。转录因子与miRNA形成的调控网络已被广泛地研究,文中就目前已有的研究成果进行综述,以期为今后转录因子与miRNA调控通路的研究提供一定的理论基础。     

拟南芥谷氨酰tRNA合成酶（AtGluRS）与受ABA调控基因的表达分析

通过对AtGluRS转基因植株的生理观察以及对ABA相关基因在转录水平的检测，发现ABA相关基因HB6，NCED3，LTI65的表达量受到GluRS的影响，揭示出GluRS对ABA信号通路的调控作用，并推测AtGluRS通过对ABA合成途径的调节，从而实现对信号通路的调控.     

干扰素调节因子的研究进展

指出了干扰素调节因子(IRFs)是一类在干扰素(IFN)信号通路中起重要调控作用的多功能转录因子,目前已经发现10个IRFs成员,它们在IFN的诱导、病毒防御、免疫调节、细胞分化、细胞生长与凋亡和许多疾病的调节中具有重要作用.对IRFs的结构、IRFs在免疫系统、细胞分化、细胞凋亡和相关疾病如肿瘤、系统性红斑狼疮中的功能作了综述.     

采用比较蛋白质组学方法研究p38β激酶对293T细胞蛋白质表达的影响

采用比较蛋白质组学方法研究了过表达p38信号通路激酶p38β对人类肿瘤细胞293T细胞蛋白质表达的影响．利用双向电泳和质谱技术分离鉴定了13个差异表达蛋白质．这些差异蛋白的分布从细胞质膜到核．其功能涉及核酸、蛋白质、糖脂类分子的转录、合成和成熟．细胞物质跨膜运输．细胞周期调控以及细胞防御等．献分析并没有发现上述鉴定的差异表达蛋白是p38β激酶现有直接底物的证据。提示其可能为新的p38β激酶相关蛋白．这些结果表明．比较蛋白质组学方法是寻找激酶新靶标的一种有效工具．     

转录延伸相关因子P-TEFb、HEXIM1与Brd4在小鼠胃腺里的荧光免疫检测

探讨了正性转录延伸因子b(P-TEFb)及其相关调节因子在小鼠胃中的表达情况及意义.以正常小鼠为材料,通过多聚甲醛固定并石蜡包埋,利用免疫荧光组织化学的方法检测小鼠胃中P-TEFb的2个主要组成部分细胞周期蛋白依赖性激酶9(CDK9)和细胞周期蛋白T1(CyclinT1)以及正向调控P-TEFb的募集因子Brd4、P-TEFb的活性抑制蛋白HEXIM1的表达状况.检测结果表明:CDK9和CyclinT1在鼠胃泌酸腺的所有细胞中均有较强的信号;HEXIM1在胃腺的中部和底部以及胃肌间神经丛内信号强烈;而Brd4在胃腺的底部信号强烈.上述成果为在胃泌酸腺中构建P-TEFb调节转录延伸的正常生理模型奠定了基础.     

六氯苯与雌二醇共存时内分泌干扰活性拮抗效应及其机制研究

以典型天然雌激素雌二醇为代表,以人体乳腺癌细胞MCF-7增殖为手段,检验了六氯苯与雌二醇共同作用时的内分泌干扰活性及其机理.结果发现六氯苯具有强烈的内分泌干扰活性,但与雌二醇混合后,呈现明显的拮抗效应,内分泌干扰活性被显著抑制.机理分析表明六氯苯、雌二醇、二者混合物都可以干扰雌激素受体和胞外信号调节激酶(ERK)信号通路、激活转录因子、诱导细胞增殖.路径分析表明,六氯苯与雌二醇的拮抗作用与雌激素受体通路无关,主要原因是雌二醇降低了六氯苯对ERK的活化程度、降低了p-ERK蛋白的表达、从而干扰了丝裂原活化蛋白激酶信号转导.转录因子分析表明,雌二醇弱化六氯苯内分泌干扰活性的主要原因是降低了c-Myc蛋白表达.上述发现为六氯苯的控制提供了理论依据.     

转录因子和组蛋白修饰的分布特征

转录因子的结合与组蛋白修饰对于基因表达的精确调控是至关重要的.基于染色质免疫共沉淀的二代测序技术得到了大量转录因子结合和组蛋白修饰的ChIP-seq数据,借助于信号峰搜索(peak finders)算法,ENCODE数据库提供了转录因子结合和组蛋白修饰信号峰(Peaks)数据.利用人类GM12878与K562两类细胞系55种转录因子结合与11种组蛋白修饰最新的信号峰数据,统计了转录因子结合和组蛋白修饰在两类细胞系中全基因组范围及TSS附近的分布,计算了不同转录因子结合位点与组蛋白修饰的重叠率和平均重叠率,分析了转录因子之间发挥调控功能的相互作用模式,比较了转录因子结合与组蛋白修饰的细胞系特异性.     

具有时滞的P53调控网络的动力学分析

肿瘤抑制蛋白P53的动力学在细胞受到压力后对细胞命运起到重要作用.P53动力学与DNA损伤强度和P53信号通路中蛋白质表达水平密切相关.最近的研究考虑了蛋白质PDCD5调控P53信号通路并分析了对P53动力学的影响,却忽略了通路中基因转录和mRNA翻译时滞的作用.在本文,针对PDCD5调控具有时滞的P53信号通路模型,...